一种快速筛选阳性克隆的方法——反向Northern印迹杂交技术

本实验采用反向Northern印迹杂交 (reverseNorthernblot)技术 ,对经反转录差异显示PCR(differentialdisplayre versetranscriptionalPCR ,DDRT PCR)获得的 5 6个差异片段 (cDNA)进行阳性片段的初步筛选 ,获得 8个候选阳性片段 ,经Northern印迹杂交实验 ,确证 5个阳性片段。实验表明该方法是一种快速检测和筛选阳性克隆片段的方法 ,并具有简便、经济的优点。它不仅可用于各种分离差异片段的方法中差异片段的初步筛选 。

Northern杂交检测多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶2在不同肿瘤细胞中的表达水平

目的:从mRNA水平检测五种不同肿瘤细胞株中多肽:N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(pp-GalNAc-T2)的表达情况。方法:采用Northern杂交方法。结果:Northern杂交结果显示了两条区带,并且pp-GalNAc-T2在不同肿瘤细胞中存在表达差异。结论:pp-GalNAc-T2基因在不同细胞存在差异表达并可能存在着剪切现象。

Northern杂交检测家蚕microRNA的技术流程

microRNA(miRNA)是一类长度约22个碱基、具有重要转录后调控作用的非编码RNA。Northern杂交方法曾被认为是检测miRNA的金标准,但是由于影响实验结果的因素很多,要高质量地检测到这些短小、特殊的RNA分子也并非易事。在建立检测家蚕miRNA的Northern杂交技术平台基础上,详细介绍了相关的检测技术流程,包括miRNA的分离纯化、探针标记和Northern杂交的全过程,总结了该技术流程的特点以及操作中须重视的环节。所述内容具有很强的可操作性和实用性,可供研究人员检测家蚕miRNA和其他小RNA参考。

奶牛乳房炎抗性基因的反向Northern斑点杂交差异筛选

分别用地高辛标记患乳房炎奶牛和健康奶牛外周血白细胞cDNA探针,对已构建的奶牛乳房炎抗性相关cDNA文库应用反向Northern斑点杂交技术进行差异筛选,筛选出的50个差异表达克隆测序后获得48个EST序列。根据在GenBank非冗余核酸数据库(nr)和EST数据库中Blastn序列比对结果,将这些EST分为3类:第一类代表已知基因,共35个;第二类代表已知EST,共5个;第三类为新EST,共3个。35个代表已知基因的ESTs按照基因功能分为八类:信号转导与细胞间通信(8.57%)、细胞结构与运动(11.43%)、细胞凋亡(5.72%)、细胞与机体防御(20.00%)、物质转运(8.57%)、翻译与表达调控(20.00%)、代谢(14.20%)及其它(11.43%)。结合相关文献初步探讨了部分患乳房炎奶牛外周血白细胞差异表达基因的功能和意义,其中BNBD5、IgJ、MIP-3、MnSOD、AHCY、WIP等基因可能在奶牛乳房炎抗性中发挥重要作用。

奶牛乳腺组织乳房炎抗性基因反向Northern杂交鉴定

通过反向Northern对构建的文库进行进一步筛选,发现了43个ESTs,测序后得到40个质量合格的EST序列。EST分为3类,第1类代表已知基因,指与GenBank中的基因同源性大于80%、同源片段长度大于100 bp的EST,其中主要是蛋白编码序列,研究中发现的37个为已知基因;第2类代表已知EST,指与已知基因无同源性或同源性较低,但与dbEST库中的序列同源性大于95%、同源性长度大于100 bp的EST,研究中发现的3个为已知EST;达不到上述标准的EST归入第3组即全新的EST,研究未发现新的EST。对检索出的已知基因,从其功能上看主要参与细胞结构、代谢、凋亡、转运、信号传导、转录和翻译调控、机体防御等生命过程,表明这些基因涉及到抗病反应的全过程,包括病原识别的抗性基因、与信号传导和转录调控有关的基因、抗凋亡的基因。

烟草花叶病毒辽宁分离物Northern杂交检测体系的建立

为了建立烟草花叶病毒辽宁分离物(TMV-LN)的高特异性、高灵敏度的分子杂交检测体系,从粗提纯的TMV-LN粒子中提取RNA,设计特异性引物通过RT-PCR扩增TMV-LN的CP和3'端非翻译区域,将片段连至p UC119载体获得重组质粒p UCTMV-PP,体外转录获得地高辛(DIG)标记的TMV-LN正义链RNA杂交检测探针,同时构建DNA检测探针作为对照。采用点印迹(Dot-blot)杂交和Northern杂交对比RNA探针和DNA探针对TMV-LN的检测特异性和灵敏性。检测结果表明,RNA探针和DNA探针在点印记杂交和Northern杂交中均表现出良好的检测特异性,RNA探针在检测灵敏度方面要略好于DNA探针,且点印迹杂交体系在病毒定性方面较为快捷,Northern杂交体系在病毒基因组RNA的定量方面具有明显优势。

DIG系统在Northern杂交中的应用

非放射性标记已越来越广泛地被应用于分子生物学的研究。本文介绍本实验利用ＤＩＧ高效ＤＮＡ标记系统进行Ｎｏｒｔｈｅｒｎｂｌｏｔ的经验，供同行参考。

液相Northern杂交快速检测植物microRNA

来自四川大学生命科学学院的研究人员提出了一种利用液相Northern杂交来分析植物miRNAs的新方法,并分析做了相应的条件优化。这一研究成果公布在Int J Mol Sci杂志上,并且获得了＂Faculty of 1000 Biology＂（简称F1000）的推荐。

分子生物学实验教学中液相Northern杂交检测microRNA实验探索

为了丰富分子生物学实验教学内容,加深学生对分子杂交原理等专业理论知识的理解,在分子生物学实验教学中开展液相Northern杂交检测microRNA的实验探索。利用荧光标记的寡核苷酸做探针,通过探针灵敏性、杂交温度、杂交时间和杂交液等不同杂交条件的探索,从而简便、准确、灵敏地杂交检测不同植物中的microRNA。整个实验过程仅需几个小时即可完成,且实验结果直观生动。

利用抑制差减杂交技术分离马铃薯晚疫病抗性相关基因(英文)

以晚疫病病原菌混合小种接种处理 4 8h的马铃薯水平抗性材料 (R gene free)叶片为目的材料 ,以未处理材料作为对照 ,用抑制差减杂交技术构建了一个富集晚疫病抗性相关基因的差减文库。应用反向Northern技术对84 0个克隆进行斑点杂交筛选 ,筛选出 15 0个病原诱导后信号明显增强的克隆。 2 6个片段测序结果表明 :部分片段基因功能与抗病性明显相关。 7个差异表达片段与GenBankEST数据库中已有晚疫病原诱导马铃薯叶片得到的EST有很高同源性 (达 95 %～ 10 0 % ) ;部分片段核苷酸或氨基酸序列分别与番茄、烟草、拟南芥等的EST序列或氨基酸序列有较高同源性 ;另有 4个基因片段在GenBankEST数据库中未找到明显的同源序列 ,可能为新发现的基因片段。

用抑制消减杂交法分离巴西橡胶树胶乳特异表达基因

采用巴西橡胶树常割树胶乳的Poly(A+)RNA为Tester,叶片Poly(A+)RNA为Driver,通过抑制消减杂交法(suppressivesubtractivehybridization,SSH)构建了一个胶乳特异表达基因差减文库,通过菌落PCR及反式NorthernDot-Blot筛选鉴定阳性差异片段,获得79个胶乳特异表达阳性克隆,部分阳性克隆还通过NorthernBlot杂交及RT-PCR进一步验证。随机挑选部分阳性克隆序列比较分析,结果表明有部分克隆与巴西橡胶树中已知的基因相同,而多数克隆在巴西橡胶树中是新发现,它们与橡胶生物合成、物质代谢运输、信号传导和形态建成等相关。

液相杂交检测B细胞淋巴瘤细胞系miR-28的表达

microRNA(miRNA)是一组在进化上高度保守、非编码蛋白、参与转录后调节的小分子RNA(19-25核苷酸)。为了进一步明确miRNA的加工机制及功能和定量研究miRNA的表达水平,应用液相杂交和Northernblot两种方法检测miR-28在B细胞淋巴瘤细胞系中的表达并进行了比较。结果表明:液相杂交和Northernblot检测miR-28均显出阳性结果,但液相杂交所用的细胞总RNA量(5μg)明显少于Northernblot(30μg),液相杂交的条带信号也较Northernblot的强。结论:液相杂交是一种较Northernblot更为快速、简便和敏感的检测miR-28的方法。

低温诱导甜菜(Beta vulgaris L.)Ty7Br600基因的Northern blotting和Southern blotting分析

以低温诱导甜菜幼苗为试验材料,以未进行低温诱导的甜菜幼苗为对照,采用α-32P-ATP放射标记按随机引物标记法标记本实验室克隆的Ty7Br600基因,进行Northern杂交。Northern杂交试验结果显示,在低温诱导培养的甜菜幼苗的RNA群体中,出现较强的杂交条带,而在未诱导培养的甜菜幼苗的RNA群体中,则几乎没有阳性杂交条带出现。因此,Ty7Br600这一序列有可能是二年生甜菜幼苗经低温诱导处理之后被诱导表达的与抽薹相关的新基因序列。Southern杂交结果发现,在每一组酶切中至少有2~3条条带,表明Ty7Br600确为甜菜基因组片段,也同时表明该基因在甜菜基因组中以2个拷贝或低拷贝形式存在。

非同位素反向Northern筛选法

此文介绍了一种非同位素简单快速的反向Northern筛选方法。采用非同位素法标记探针,操作简便,不涉及污染环境。在杂交过程中采用三次校正,结果可靠,重复性好。该方法能有效地,高通量地验证差异表达基因。

滞育七星瓢虫抑制性消减杂交文库的构建及分析

七星瓢虫是优良的天敌昆虫,可凭滞育特性抵御逆境胁迫,提高种群生存能力。为研究七星瓢虫的滞育分子机制,构建抑制性消减杂交文库,经反向Northern斑点杂交技术进一步筛选,得到231个差异点。blastx/n比对后,正、反向文库分别得到差异表达基因64和54个,GO分类和PATHWAY分析表明,差异表达基因参与的生物过程涉及滞育的信号传导、生物合成、初级代谢和次级代谢等。文库中发现多种基因,为进一步筛选、克隆、分析滞育相关基因提供线索。着重讨论了与抗寒性相关的28 k D抗干燥应激蛋白、卵巢发育相关的Cullin 3蛋白,能量代谢相关的异柠檬酸脱氢酶的生物学功能,进而推测其与七星瓢虫滞育的相关性。

反向 Northern Blotting 对绵羊卵巢组织差异表达ESTs的鉴定

利用地高辛DNA标记与检测技术反向Northern斑点杂交,对小尾寒羊和滩羊卵巢组织差异显示ESTs进行鉴定,避免同位素放射性污染,安全性很高且操作简单,提高了实验的准确性,一种鉴定差异显示ESTs简单而有效的方法。在研究基因表达、比较不同环境条件下动物组织的mRNA差异表达等方面具有广阔的应用前景。

抑制消减杂交法分离血管内皮细胞中表达的TNFα相关基因

介绍使用快速而高效地分离差别表达基因的新方法———抑制消减杂交法 ,克隆了在TNFα作用后血管内皮细胞中的差异表达cDNA。经反向Northern杂交试验证实。为进一步研究血管内皮细胞中表达的TNFα作用相关基因打下基础。

用差减抑制杂交方法鉴定太谷核不育小麦花药败育过程中的特异表达基因

以太谷核不育小麦败育花药为对照群体 ,可育花药为目标群体 ,进行抑制差减杂交。用经过败育花药差减的可育花药cDNA群体构建了一个差减抑制杂交文库。结果显示 ,插入片段的大小主要集中在 30 0～ 5 0 0bp之间。随机选取 8个克隆进行Northern杂交分析 ,结果其中 7个克隆在可育花药和不育花药之间的表达存在差异。对其中 16个插入cDNA片段测序后与GenBank同源性比较表明 ,共获得未重复序列 13条 ,占81% ,其中与已知功能基因同源的 3条 ,与EST库中的序列同源的 7条 ,新的cDNA片段 3条。

核酸分子杂交检测黄瓜花叶病毒

为检测黄瓜花叶病毒的存在,应用Northernblot,将提取的黄瓜花叶病毒RNA样品,经甲醛变性凝胶电泳分离,使RNA解离成单链,然后用上行毛细管转移法,将凝胶上的单链RNA片段转移到尼龙膜上.经适当洗涤、干燥后,在烤箱中80℃保温2h,用于杂交.以带有黄瓜花叶病毒目的片段的细菌质粒制备DNA探针,用放射性同位素32P标记探针DNA,100℃变性处理用于杂交的探针,然后进行杂交.结果表明,在杂交膜上显示与特异性探针结合的阳性RNA条带,检测到了黄瓜花叶病毒的存在.