目的基于网络药理学联合基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接技术探讨健脾清化化瘀汤治疗胃癌前病变(PLGC)的成分靶点及信号通路,预测其潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及本草组鉴数据库(HERB)搜集健...目的基于网络药理学联合基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接技术探讨健脾清化化瘀汤治疗胃癌前病变(PLGC)的成分靶点及信号通路,预测其潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及本草组鉴数据库(HERB)搜集健脾清化化瘀汤中14味药物的活性成分和靶点。通过GEO数据库中的GSE55696基因芯片获取差异表达基因,利用人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)、Dis Ge Net、Gene Cards疾病数据库获取PLGC的相关疾病靶点,运用R软件获取健脾清化化瘀汤治疗PLGC的关键靶点。通过R语言对关键靶点进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组的百科全书(KEGG)通路富集分析,利用蛋白互作(STRING)数据库及Cytoscape3.9.1软件绘制关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点,利用Cytoscape3.9.1构建健脾清化化瘀汤与PLGC的“活性成分-关键靶点”网络,筛选出核心成分,最后将核心成分与核心靶点进行分子对接,探索蛋白与分子间的亲和性。结果共获得健脾清化化瘀汤226个活性成分,对应416个药物靶点;获得PLGC差异表达基因1673个,疾病数据库获得相关靶点1302个;药物与疾病交集基因149个;GO功能富集分析得到2802个条目,KEGG通路富集分析得到161条相关通路,主要涉及糖尿病并发症晚期糖基化终末产物/AGEs受体(AGE-RAGE)信号通路与癌症相关信号通路;筛选得到核心活性成分槲皮素、木犀草素等,核心靶点TP53、JUN、AKT1等;分子对接结果证实核心成分与核心靶点之间有较好的结合活性。结论健脾清化化瘀汤可能通过参与多条信号通路作用于多成分、多靶点,从而发挥治疗PLGC的效用。展开更多
文摘目的基于网络药理学联合基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接技术探讨健脾清化化瘀汤治疗胃癌前病变(PLGC)的成分靶点及信号通路,预测其潜在作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及本草组鉴数据库(HERB)搜集健脾清化化瘀汤中14味药物的活性成分和靶点。通过GEO数据库中的GSE55696基因芯片获取差异表达基因,利用人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)、Dis Ge Net、Gene Cards疾病数据库获取PLGC的相关疾病靶点,运用R软件获取健脾清化化瘀汤治疗PLGC的关键靶点。通过R语言对关键靶点进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组的百科全书(KEGG)通路富集分析,利用蛋白互作(STRING)数据库及Cytoscape3.9.1软件绘制关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点,利用Cytoscape3.9.1构建健脾清化化瘀汤与PLGC的“活性成分-关键靶点”网络,筛选出核心成分,最后将核心成分与核心靶点进行分子对接,探索蛋白与分子间的亲和性。结果共获得健脾清化化瘀汤226个活性成分,对应416个药物靶点;获得PLGC差异表达基因1673个,疾病数据库获得相关靶点1302个;药物与疾病交集基因149个;GO功能富集分析得到2802个条目,KEGG通路富集分析得到161条相关通路,主要涉及糖尿病并发症晚期糖基化终末产物/AGEs受体(AGE-RAGE)信号通路与癌症相关信号通路;筛选得到核心活性成分槲皮素、木犀草素等,核心靶点TP53、JUN、AKT1等;分子对接结果证实核心成分与核心靶点之间有较好的结合活性。结论健脾清化化瘀汤可能通过参与多条信号通路作用于多成分、多靶点,从而发挥治疗PLGC的效用。
文摘目的探索免疫治疗在恶性胸膜间皮瘤(malignant pleural mesothelioma,MPM)中免疫疗效相关关键分子及其可能的机制。方法2018年7月至2020年7月,纳入GEO数据库中GSE117358的表达谱进行分析;首先,根据是否对免疫治疗是否有效分为两组:免疫治疗反应组和免疫治疗无反应组,同时分析两组之间差异有统计学意义基因;其次,分析两组差异有统计学意义基因在基因本体(gene ontology,GO)生物学行为及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and ge‐nomes,KEGG)富集信号通路等方面的差异;最后,对差异有统计学意义基因构建蛋白-蛋白互作网络,筛选在生物学行为中的重要模块及关键基因,并对关键基因在TCGA数据库中进行整合分析验证。结果在免疫治疗反应组(12个样本)及免疫治疗无反应组(12个样本)中共筛选出1025个差异基因,相对于免疫治疗无反应组,在免疫治疗反应组中有782个上调和243个下调基因。GO和KEGG分析显示,这些差异基因的功能主要集中在细胞因子受体通路、细胞黏附通路、T细胞受体通路及NFkappa B信号通路等;在蛋白-蛋白互作网络分析中,筛选出节点度最高的10个核心基因包括Tnf,Il6,Ptprc,Csf2,Cd86,Cxcl9,Sell,Cxcr3,Ccl2,Cd40。TCGA数据库整合分析显示,Tnf,Il6,Cd86,Cxcl9,Sell,Cxcr3,Cd40等疗效相关关键基因在肉瘤样胸膜间皮瘤中呈现相对高表达,且差异有统计学意义。结论核心基因Tnf,Il6,Ptprc,Csf2,Cd86,Cxcl9,Sell,Cxcr3,Ccl2,Cd40有望成为预测MPM的分子标志物及治疗的潜在靶点。