高通量测序文库质量控制技术研究进展

作为生命科学和医学领域中的关键性支撑技术,高通量测序已得到快速发展并日趋成熟。该技术工作流程可分为核酸提取、文库构建、上机测序、数据分析等,其中文库构建是承上启下的关键步骤,文库构建的效果受制于上游样品质量,同时会对测序数据产出后的数据分析造成影响。对文库构建质量控制技术的选择和实施是提高结果可靠性、降低测序数据误差的重要保证。本文对文库构建质量控制技术进行深入综述,总结评价其原理、优缺点、适用范围,并对实际应用场景中相关技术的选择进行了论述,以期为科研人员、疾病预防控制人员等在选择文库质量控制技术时提供理论依据与参考,从而促进高通量测序工作的质量和效率。

RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术

RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。

煤气化废水驯化后硝化菌群的脱氨性能及群落分析

试验以工业污水处理厂活性污泥为接种物,在培养装置中连续加入质量分数为10%~15%的煤气化废水曝气驯化培养,考察驯化后硝化菌液的脱氨性能,旨在获得耐受高浓度氨氮、耐酚氰的硝化菌群,同时采用16SrRNA基因文库高通量测序对其微生物群落分析。结果表明,在ρ(NH4+-N)为450 mg/L环境下,该硝化菌液较市售的2种硝化菌剂具有显著优势;经过煤气化废水驯化后的硝化菌液在pH值为8.0,温度为30℃环境条件下,NH4+-N脱除率达97%以上;经测序分析得出,驯化后样品的优势菌群主要有亚硝化单胞菌(Nitrosomonas)、硝基黄杆菌(Diaphorobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)。驯化后硝化菌液中有利于NH4+-N转化,促进酚、烃降解的菌群被富集,可为煤气化废水的工业化处理提供硝化菌剂。