高通量检测基因芯片测序技术对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测可行性研究

目的探讨高通量检测基因芯片测序技术对慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)合并社区获得性肺炎病原体检测可行性。方法选择2017年1月至2018年5月在我院接受治疗的128例疑似COPD并发社区获得性肺炎患者进行研究。所有患者均在使用抗生素前采集合格痰标本、肺泡灌洗液标本,均同时进行病原学临床检测和高通量测序,并对高通量测序的结果采用PCR方法进行确认,然后对基于高通量测序的慢阻肺合并肺炎病原体检测方法进行评估。参照《中国成人社区获得性肺炎诊断和治疗指南(2016年版)》中致病原的主要检测方法及其相应的诊断标准为金标准,对临床检验及高通量检测基因芯片测序技术的诊断效能进行分析。结果临床检测对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测诊断效能:灵敏度=81.52%,特异度=63.89%,准确度=76.56%,阳性预测值=85.23%,阴性预测值=57.50%。高通量检测基因芯片测序对COPD并发社区获得性肺炎病原体检测诊断效能:灵敏度=91.43%,特异度=82.61%,准确度=89.84%,阳性预测值=96.00%,阴性预测值=82.61%。高通量检测灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值等诊断效能指标均明显高于临床检测(P<0.05)。高通量病原体检出阳性率明显高于临床检验(P<0.05),在肺炎链球菌及流感嗜血杆菌方面差异无统计学意义(P>0.05),在人腺病毒方面高通量病原体检出阳性率明显高于临床检验(P<0.05)。结论高通量检测基因芯片测序技术对COPD合并社区获得性肺炎病原体检测灵敏度、特异度、准确度、阳性预测值、阴性预测值等诊断效能指标均明显高于临床检测,该方法操作方便、诊断价值较高。

芯片捕获高通量测序检测耳聋相关基因SLC26A4新突变的意义

目的:分析芯片捕获高通量测序技术(targeted DNA-Hiseq)在非综合征聋患儿中的应用,分析SLC26A4基因的新突变及突变谱,为临床开展基因诊断及遗传咨询提供依据。方法:应用飞行质谱方法对57例资料完整的非综合征聋患儿进行SLC26A4基因高发位点c.919-2A>G检测,c.919-2A>G纯合突变3例,c.919-2A>G杂合突变7例。再应用targeted DNA-Hiseq对c.919-2A>G纯合突变以外的54例患儿进行非综合征聋81个基因测序,包括SLC26A4基因,并应用桑格法通过父母DNA进行验证。结果:57例患儿中15例(26.32%)发现SLC26A4基因突变,其中致病突变中c.919-2A>G纯合突变3例,c.754T>C(p.Ser252Pro)纯合突变1例,复合杂合突变6例,11例临床均已诊断为大前庭水管综合征(LVAS),并已经进行耳蜗植入或佩戴助听器。其中1例LVAS患儿复合杂合突变为c.2168A>G(p.His723Arg)和c.1545-1546insC(p,Phe515PhefsX12),c.2168A>G为致病突变,而c.1545-1546insC为疑似致病突变,推测复合杂合突变c.2168A>G和c.1545-1546insC为致聋原因,因此SLC26A4基因突变导致耳聋占19.30%(11/57)。单杂合突变4例,临床均未诊断为LVAS。结论:SLC26A4双等位基因突变可导致LVAS,其中c.919-2A>G突变为热点突变,通过targeted DNA-Hiseq发现SLC26A4基因新致病突变c.1545-1546insC。

痉挛性截瘫并共济失调表型的家系基因分析

以该院门诊收治的5例具有痉挛性截瘫合并共济失调表型的家系先证者为研究对象,运用高通量测序芯片结合毛细管电泳技术对这些家系先证者进行致病基因动态突变检测。发现了一个家系先证者携带有ATXN3/MJD1基因CAG重复84次,其妹妹CAG重复82次,其父CAG重复73次,该家系拟诊为遗传性脊髓小脑共济失调3型(SCA3/MJD)家系,并具有明显的临床异质性及遗传早现现象。建议对于兼有痉挛性截瘫及小脑性共济失调表型的患者,特别是具有显性遗传家族史的患者,应进行SCA3致病基因的动态突变检测,同时对家系内表型正常的成员应仔细查体,以防漏诊。

一个马凡综合征家系的FBN1基因新变异及其生物信息学分析

目的探讨一个马凡综合征(Marfan syndrome,MFS)家系的遗传学病因,为患者的遗传咨询提供依据.方法收集MFS家系的临床资料,采集先证者及其家系成员的外周血样并提取基因组DNA,经芯片捕获进行高通量测序,筛查变异位点;用Sanger测序法对变异位点进行验证并进行生物信息学分析.结果高通量测序和Sanger测序结果显示该家系患者FBN1基因第7外显子上存在一个错义变异位点c.649T>C(p.Trp217Arg).查阅相关数据库以及文献未见该变异位点致病的报道,确证该变异为新变异.经生物信息学分析,预测该变异致病的可能性较大,可能导致蛋白质二级结构和氨基酸疏水性的改变.结论发现FBN1基因一个新变异位点c.649T>C,该变异可能导致原纤维蛋白-1结构和功能的改变,从而导致常染色体显性遗传的MFS.