低深度高通量测序技术在早期流产中的应用

目的:探讨低深度高通量测序技术(CNV-seq)在早期流产中的应用。方法:将2017年1月～2018年1月我院收治的265例早期流产患者(99例染色体核型异常)作为研究对象,取其绒毛或胚胎组织,提取DNA,采用低深度高通量测序技术分析其基因组信息,并与常规染色体核型相对照,分析染色体异常的类型及检出率情况。结果:265例早期流产患者中出现99例染色体核型异常者,发生率为37.36%;其中染色体异常核型分布:16三体12例(12.12%)、13三体6例(6.06%)、21三体9例(9.09%)、2三体3例(3.03%)、3三体4例(4.04%)、8三体3例(3.03%)、10三体4例(4.04%)、22三体3例(3.03%)、常染色体缺失或重排27例(27.27%)、45,X 21例(21.21%)、47,XYY 3例(3.03%)、47,XXX 4例(4.04%)。低深度高通量测序对核型异常检出率为100.00%,显著高于常规染色体分析的74.75%,比较具有统计学差异(P<0.05)。结论:低深度高通量测序技术较常规染色体分析对早期流产患者基因组信息的检出率较高,值得临床选择。

唐氏综合征胎儿21号染色体上新微小RNA基因的鉴定和功能分析

目的:利用Solexa高通量深度测序技术鉴定21号染色体上新的微小RNA(miRNA)基因,为阐明21号染色体功能、探索唐氏综合征(DS)患者新的治疗靶点提供依据。方法:收集5例经染色体核型分析诊断为DS胎儿的脐带血和3例正常胎儿脐带血,分析染色体核型;提取胎儿脐带血单个核细胞总RNA,构建小RNA文库,采用Solexa高通量深度测序、计算机分析、Stem-loop RT-PCR法鉴定miRNA基因并分析其生物学功能。结果:血染色体核型分析,5例DS胎儿脐带血显示DS标准核型,3例正常胎儿脐带血显示正常核型;在DS胎儿脐带血中共发现21个新miRNA,其中仅1个候选miRNA来源于21号染色体,位于21号染色体的"DS关键区域",命名为"miR-nov21",后者在DS胎儿脐带血单个核细胞中表达水平高于正常胎儿。生物学功能分析,miR-nov21可调节211个靶基因共215个位点,与基因的表达、细胞分化的调节、胚胎形态的发生和心脏的发育有关。结论:21号染色体"DS关键区域"存在1个新的miRNA基因———miR-nov21。

CNV-seq技术在高龄孕妇产前诊断中的临床应用评价

探讨了以CNV-seq为基础的高通量测序技术对老年妇女进行产前筛查的可行性。方法 选择我院(2021年9-2022年7)cnv-seq研究计划中144份大龄妊娠妇女的羊水标本,采用G-显带技术对其进行染色质结构鉴定,并采用高通量测序技术测定其 DNA,并将其与GRCh37、 UCSCreleasehgl9等相关基因进行比较。结果 通过CNV-Seq在144例的羊水样品中,发现了14例的致病性染色体异常,异常率9.72%。在这些病例中,有6例是21三体,3例是致病性染色体微重复,2例是明确的致病性染色体微缺失,2例是18三体,1例是性染色体的非整倍体,17例是具有临床意义的不明确的拷贝数变异。107例同时兼做核型分析,这两个项目所发现的非整倍体异常结果相同:6例异常核型,检出率为5.61%,4例为21三体,1例18三体,1例性染色体非整倍体异常;有37例只单一做了CNV-seq,共检出3例致病性染色体异常数,2例为21三体、1例18三体。结论 CNV-seq技术在高龄孕妇产前诊断中具有较高的应用价值,值得临床借鉴。

CNV-seq在侧脑室增宽胎儿产前诊断中的应用价值

目的探讨低深度全基因组高通量测序技术(low-coverage massicely parallel copy number variation sequencing,CNV-seq)在产前超声提示侧脑室增宽胎儿产前诊断中的应用价值。方法回顾性分析186例侧脑室增宽胎儿的产前CNV-seq结果。根据侧脑室增宽是否伴随其他超声异常,分为孤立性123例和非孤立性63例。结果CNV-seq共检出染色体异常21例(11.29%,21/186),包括数目异常3例(2例21-三体和1例克氏综合征)和结构异常18例,结构异常中包含9例致病性CNVs,其中4例来源于孤立性侧脑室增宽胎儿(4/123,3.3%),5例来源于非孤立性侧脑室增宽胎儿(5/63,7.9%)。孤立性侧脑室增宽胎儿中检出染色体异常13例(13/123,10.6%),非孤立性中检出8例(8/63,12.7%)。结论CNV-seq在侧脑室增宽胎儿的染色体异常检出率较高,尤其在非孤立性侧脑室增宽病例中检测出CNVs及其存在致病性的概率更高。

7q21.3微缺失致手足裂畸形一例

目的对1例手足裂畸形(split-hand/split-foot malformation,SHFM)患儿进行分子遗传学分析。方法应用低深度全基因组高通量测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)对患儿进行染色体拷贝数变异分析,对检测到的微小基因组拷贝数变异通过实时荧光定量PCR进行验证。结果患儿染色体7q21.3区存在一个约3.37 Mb的杂合缺失,对缺失区域内的DLX6基因应用实时荧光定量PCR技术验证,结果显示DLX6基因杂合缺失,与CNV-seq结果相符。结论7q21.3区域内约3.37 Mb缺失可能是导致该患儿患病的原因。CNV-seq技术可为临床基因检测和产前诊断提供更有价值的信息。