基于荧光定量PCR和高通量测序技术的葡萄园土壤细菌群落结构多样性分析

土壤细菌在葡萄园生态系统中起着重要作用，具有十分重要的生态功能。以贵州镇远葡萄园基地根际、非根际土壤为研究对象，在对土壤的基本理化指标及酶活检测的基础上，采用荧光定量PCR（Q-PCR）和Illumina Miseq高通量测序技术对葡萄园根际和非根际土壤的细菌菌群结构进行分析。结果表明，葡萄园根际土壤细菌16S rRNA基因的拷贝数在1.38×108～1.17×109 copies/g之间，高于非根际土壤。Illumina Miseq高通量测序显示，葡萄园根际土壤细菌呈多样性分布且优势菌群突出，主要涵盖了变形菌门（Protecbacteria），放线菌门（Actinbacteria），酸杆菌门（Acidobacteri），厚壁菌门（Firmicute），绿弯菌门（Chloroflexi），蓝藻门（Cyanobacteria），泉古菌门（Crenar-choeo），拟杆菌门（Bacteroidetes），芽单胞菌门（Gemmatimonadete），硝化螺旋菌门（Nitrospirae）。其中变形菌门和放线菌门为优势菌群，两者相对丰度之和占到了53.33%～67.28%。葡萄园根际土壤的主要优势细菌属包括乳球菌属（Lactococcus），节细菌属（Arthrobacter），Candidatus nitrososphaera，亚硝化螺菌属（Nitrososphaera），热单胞菌属（Thermomonas），Phycicoccus，泛菌属（Pantoea），芽孢杆菌属（Bacillus），埃希氏杆菌属（Escherichia），鞘脂单胞菌属（Sphingomonas），和溶杆菌属（Lysobacter）。α多样性分析表明，不同位点的根际土壤细菌多样性比较接近，而根际土壤细菌多样性低于非根际土壤。冗余分析（RDA）进一步分析表明，葡萄园土壤细菌群落多样性与土壤养分及酶活存在不同程度的相关关系，群落结构多样性受多种因素的影响。

高通量测序和荧光定量PCR法在Y染色体微缺失检测中的应用比较

据报道大约15%的夫妇为不育症患者,导致不育的因素众多,其中男性因素占50%[1],而在严重男性不育中遗传因素占20%-25%[2]。染色体病和Y染色体微缺失是引起男性不育的主要遗传性因素。染色体病包括染色体结构异常（平衡易位、罗伯逊易位、倒位）和染色体数目异常（染色体单体,染色体三体等）[3]。

基于高通量定量PCR研究城市化小流域微生物污染特征

水体微生物污染(包括致病菌、病毒、寄生虫)会引起多种传染病和寄生虫病,对生产生活用水安全和人体健康造成重要威胁。本研究应用基于Taq Man探针的高通量荧光定量PCR技术对厦门市后溪流域冬季微生物污染进行检测,包含了5种粪便污染源(人源、反刍动物源、猪源、家禽源、狗源)微生物源示踪分子标记物与12种病原微生物。结果表明,该流域在上游及水库5个位点没有粪便污染,仅在其中一个水库位点检测出棘阿米巴,微生物污染极小;中下游检测出人类、反刍动物、猪、家禽、狗粪便污染,并且检测出产气荚膜梭菌、肠聚集性大肠杆菌、肠毒素型大肠杆菌、幽门螺杆菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌、棘阿米巴、克雷伯氏肺炎杆菌等病原菌,其中流经旧城区居民生活生产区水样微生物污染严重,下游新城区微生物污染较小。这些结果暗示着城市人类活动是流域微生物污染主要来源,应从污染源头加强微生物污染控制。

高通量连续性血液滤过技术对脓毒症患者外周血单个核细胞miRNA-146a表达的影响

目的前瞻性观察高通量连续性血液滤过（HVHF）治疗对严重脓毒症患者免疫功能及其外周血单个核细胞中miRNA-146a表达的影响。方法选择严重脓毒症患者30例，分为HVHF组及对照组。①在两组治疗过程的0、6、12、24、48h时相点，分离外周血单个核细胞，提取总RNA，荧光定量PCR法检测miRNA-146a表达量的变化；②两组患者治疗24h后分离出外周血单个核细胞于体外培养，以LPS刺激，在4、8、12、24、48h时相点检测单个核细胞中miRNA-146a表达量的变化；ELISA法检测单个核细胞培养液中TNF-仅、IL-6、IL-10水平。结果①两组患者miRNA-146a表达量较治疗前均有所下调，但HVHF组较对照组下调明显（P〈0．05）；②HVHF组孵育的细胞在LPS刺激下各个时相TNF-OL、IL-6的分泌水平均明显高于对照组（P〈0．05）；HVHF组TNF—ol、IL-6在12h分泌达高峰，对照组在8h即达高峰；两组细胞IL-10分泌水平均持续升高，两组间各时相点IL-10分泌水平比较差异无统计学意义（P〉0．05）；③HVHF组孵育的细胞在LPS刺激下miRNA-146a表达量较孵育前有所升高，在12h升高最明显（P〈0．05），对照组在4、8h时miRNA-146a表达都处于高水平状态，明显高于同时相的HVHF组（P〈0．05）。结论HVHF通过大量清除脓毒症患者血循环中的炎症因子及促炎介质，从而下调部分miRNA-146a的表达水平，减轻严重脓毒症患者外周血单个核细胞的免疫抑制状态，使部分免疫功能得到恢复，可能是HVHF参与机体免疫内稳状态重建的作用机制之-。

实时荧光定量PCR联合高通量测序分析杠柳毒苷与三七总皂苷配伍对大鼠肠道菌群的影响

目的采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法和Illumina高通量测序技术研究杠柳毒苷和不同比例三七总皂苷配伍对大鼠肠道菌群的影响。方法将15只SD大鼠随机分为杠柳毒苷单独给药组(A组)、杠柳毒苷和低剂量三七总皂苷配伍组(B组)、杠柳毒苷和高剂量三七总皂苷配伍组(C组),每组5只。按杠柳毒苷10 mg/kg、三七总皂苷0.74和2.22 g/kg(分别相当于香加皮与三七的配伍比例为1∶1和1∶3)的剂量ig给药,连续给药7 d。给药结束后收集大鼠粪便,进行qRT-PCR反应和高通量测序。结果 qRT-PCR结果表明,与杠柳毒苷单独给药组比较,杠柳毒苷和三七总皂苷配伍后,总菌、拟杆菌的相对含量显著升高(P<0.05、0.01),而乳酸杆菌的相对含量呈现降低的趋势;Illumina高通量测序结果显示,在微生物群落结构上,杠柳毒苷配伍三七总皂苷后,拟杆菌的相对丰度明显升高而乳酸杆菌的相对丰度呈现降低的趋势;在肠道菌群多样性上,3组样品的多样性指数间无显著性差异。结论杠柳毒苷和不同比例的三七总皂苷配伍后,可对大鼠肠道中的总菌、乳酸杆菌及拟杆菌产生一定影响,但对肠道菌群多样性的影响不明显。

慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析

目的:分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者与健康对照人群的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱,筛选验证差异表达的circRNA,并研究差异表达circRNA的特征、通路及下游基因。方法:利用高通量芯片技术鉴定CHB患者和健康对照组中异常表达circRNA。随后对差异circRNA来源基因进行基因本体论和京都基因百科全书富集分析。基于竞争性内源RNA理论,利用多个数据库预测差异circRNA结合的微小RNA(microRNA,miRNA)和miRNA靶mRNA,并构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。最后利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)对芯片结果进行验证。结果:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在321个表达上调和549个表达下调的circRNAs。大多数差异表达circRNAs来源于外显子剪切,主要分布于1号和2号染色体。生物信息学分析表明差异circRNAs的来源基因主要参与免疫、炎症反应及疾病相关通路。circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括11个circRNAs、17个miRNAs和212个mRNAs。qRT-PCR结果显示circRNA表达趋势与芯片结果一致。与健康对照组比较,hsa_circ_0018744表达在CHB患者组中明显上调(F=4.382,P<0.01),hsa_circ_0085744表达明显下调(F=4.906,P<0.01)。结论:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs。进一步功能分析表明,这些差异表达circRNAs可以通过某些通路参与CHB发生发展。

淹水胁迫下中国南瓜转录组及差异表达基因分析

近年来,受全球气候变化的影响,洪涝灾害频繁发生,已严重影响我国南瓜生产。为研究南瓜耐涝机理,以耐涝性强和淹水敏感的2份中国南瓜为试材,采用双套盆法进行淹水胁迫,利用转录组测序及实时荧光定量PCR进行差异表达基因分析。结果表明:淹水胁迫后,耐涝型南瓜材料013-2叶片氧化酶基因相对表达量整体上调,均高于淹水敏感型南瓜材料367-2;013-2和367-2叶片鉴定出3231个差异表达基因,其中上调表达基因1778个,下调表达基因1453个。GO富集发现差异表达基因显著富集在光合作用、乙烯反应、磷酸信号转导系统、细胞对乙烯刺激的反应、乙烯激活信号通路等生物过程中;KEGG注释发现有947个差异表达基因被注释到121条代谢通路中,包括光合作用-天线蛋白、植物激素信号转导、MAPK信号通路、植物-病原体相互作用、苯丙烷类生物合成等。KEGG GSEA发现植物激素信号转导、昼夜节律、MAPK信号通路、植物-病原互作等基因集得最高分。研究结果可为进一步探索与南瓜耐涝相关的基因奠定基础。

基于DNA标记的食品掺假定量分析研究进展

食品供应链长,组成成分复杂,经济利益驱动的食品掺假事件频发,传统的PCR定性分析方法无法区分故意掺假和无意沾染。因此制定合理的食品掺假判定阈值,开展定量分析对于食品掺假监管执法具有重要的意义。本文综述了食品掺假分析阈值设置考虑的因素以及掺假定量DNA分析方法,讨论了DNA含量与食品成分含量关系需要注意的问题,并探讨了食品掺假定量分析技术未来发展趋势。

基于细菌群落结构和病原菌定量检测的尾水环境安全研究

采用454高通量测序和实时荧光定量PCR技术对污水处理厂待排尾水的微生物群落结构和典型致病菌数量进行分析,结果表明尾水中微生物分布在18个菌门、70个菌纲.共检出146种菌株,相对丰度大于0.1%的有75种,主要分布在18个菌门、47个菌纲、58个菌属中.其中35种菌株属于变形菌门(Proteobacteria),占29.30%,其次是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占28.10%和11.60%.在纲水平上,β-变形菌纲(β-proteobacteria)占绝对优势(16.26%),其余各纲数量均低于10%.相对丰度大于0.1%的75种菌株中与氮循环相关的13种,与氯循环相关的4种,与硫循环相关的3种.研究还发现虽然尾水已达到污水处理排放国家一级A标准,但其中存在的致病菌或潜在致病菌的种类和数量仍较多,因此必须重视尾水微生物安全.

移植术常见病原体检测的多联qPCR法的建立与初步应用

目的 探讨多联实时荧光定量PCR(qPCR)应用于移植术中常见病原体检测的有效性。方法 选择临床移植术后常见的24种感染病原体,设计qPCR检测体系的引物探针序列,以每种病原体的标准质粒做qPCR反应验证;优化本实验中每种病原体反应体系的引物探针效果及浓度,分析确定qPCR方法的灵敏度、相关系数(R^(2))、扩增效率(E)后,用四川省人民医院移植ICU提供的肝肾移植患者标本22例做检测体系的应用验证:提取标本的总核酸100μL/(人)份,均分为二,分别以多联qPCR反应体系检测,以高通量测序方法(NGS)分析微生物种类;同时对移植患者的标本2 mL/份做微生物培养法检测。比较3种检测方法的检测结果,将NGS法作为金标准,分析多联qPCR法的阳性检出率,及其与培养法和NGS检测结果的差异。结果 所建立的qPCR检测体系24种病原体的qPCR检测下限均达到10^(1)cp/μL,均为R^(2)>0.99;对临床肝肾移植患者标本的病原体阳性检出率59.1%(13/22),NGS法相应为63.6%(14/22)(P>0.05)、微生物培养法为18.2%(4/22)(P<0.05)。检出的病原体比例:人类疱疹病毒6型(HHV-6) 30.8%(4/13)、巨细胞病毒(HCMV) 23.1%(3/13)、EB病毒(EBV)23.1%(3/13)、人细小病毒B19 15.4%(2/13)、流感嗜血杆菌(Hin)15.4%(2/13)、屎肠球菌(Efm)15.4%(2/13)、艰难梭菌(Cd)15.4%(2/13)、大肠杆菌(Eco)7.7%(1/13)、嗜麦芽窄食单胞菌(Sma) 7.7%(1/13)、肺炎克雷伯菌(Kpn)7.7%(1/13)、粪肠球菌(Efa)7.7%(1/13)、肺炎链球菌(Spn)7.7%(1/13)。3种方法的病原体检出一致率32%(7/22),其中多联qPCR法和NGS法的一致率为59%(13/22)和培养法的一致率41%(9/22)。结论 相较于微生物培养法,多联qPCR法对临床移植术中常见病原体的检测灵敏度高、定量准确、用时短、成本低;多联qPCR法结合NGS法、培养法有助于临床快速判断患者移植术后病原体感染状况。

改良剂对酸性植烟土壤化学性质、细菌群落结构和丰度的影响

研究不同改良剂对酸性植烟土壤细菌群落结构和丰度的影响,从微生物角度为改良剂的筛选及推广应用提供科学依据。采用田间试验,应用荧光定量PCR和高通量测序技术,研究改良剂(T1,硅钙钾镁肥;T2,白云石粉;T3,硅钙钾镁肥+生物炭;T4,白云石粉+生物炭)处理下土壤细菌的丰度和群落结构的变化特征,并分析驱动土壤细菌群落结构变化的主要因素。结果表明,添加改良剂均显著提高了土壤pH值和细菌数量。T3处理细菌丰度最高,分别比CK、T1、T2、T4处理提高了61.29%、3.66%、17.89%、7.73%。施用改良剂显著增加了土壤细菌群落α多样性指数,以T3处理效果最明显。在门水平上,放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门为优势类群。其中,放线菌门、变形菌门、绿弯菌门的相对丰度在T3处理下显著高于对照。层次聚类和PCoA结果表明,不同改良剂处理的土壤细菌群落结构差异明显,其中T3、T4处理的群落结构相似,CK与其他处理间群落结构差异较大。土壤pH值和有机碳、速效磷、硝态氮含量是驱动土壤细菌数量和群落结构变化的主要因素。综合分析,硅钙钾镁肥+生物炭混施处理在缓解植烟土壤酸化、提高土壤细菌数量和群落多样性、促进烟株生长发育等方面效果最好。

电针足三里等穴对糖尿病胃轻瘫大鼠肠道菌群的影响

目的观察电针“足三里”“梁门”“三阴交”对糖尿病胃轻瘫(diabetic gastro paresis,DGP)大鼠胃肠动力、肠道菌群结构及特定菌种含量的影响。方法42只SD大鼠雌雄各半随机分为空白对照组、模型组、胃复安组、电针组。按55 mg/kg剂量,采用一次性腹腔注射由柠檬酸-柠檬酸钠配制成2%浓度0.1 mmol/L链脲佐菌素结合高脂高糖不规律饮食制备DGP模型。胃复安组以1 mL/100 gL的剂量予1.7%浓度的胃复安药液灌胃,电针组取同侧“足三里”“梁门”“三阴交”电针治疗。三诺血糖仪测量大鼠血糖、酚红灌胃测量大鼠胃排空率及小肠推进率,16S rRNA高通量测序技术检测肠道菌群结构多样性,实时荧光定量PCR技术测定肠球菌、乳酸杆菌、双歧杆菌的含量。结果造模前,各组血糖值差异无统计学意义(P>0.05)。造模后,与空白对照组相比,模型组血糖值显著上升(P<0.01),胃排空率与小肠推进率显著降低(P<0.01),β多样性显示空间距离较远,各组间门水平相对丰度和特定菌种数量差异无统计学意义(P>0.05);电针组和胃复安组血糖值显著上升(P<0.01),胃排空率与小肠推进率显著降低(P<0.01),β多样性显示空间距离较近,各组间门水平相对丰度和特定菌种数量差异无统计学意义(P>0.05)。与模型组相比,电针组和胃复安组血糖值显著下降(P<0.05),胃排空率与小肠推进率显著升高(P<0.05),β多样性显示空间距离较远,各组间门水平相对丰度和特定菌种数量差异无统计学意义(P>0.05);与胃复安组相比,电针组血糖值、胃排空率与小肠推进率均差异无统计学意义(P>0.05),β多样性空间距离较近,各组间门水平相对丰度和特定菌种数量差异无统计学意义(P>0.05)。结论电针“足三里”等穴能降低DGP大鼠血糖水平、提升DGP大鼠胃肠推进率,可能与部分调控肠道菌群的结构有关。

绿肥配施减量化肥对土壤固氮菌群落的影响

为了探讨绿肥配施减量化肥对土壤固氮菌的影响,以开展八年的紫云英配施减量化肥的长期定位试验站为平台,选取不施肥(CK)、单施化肥(NPK)、紫云英配施80%化肥(MF80)、紫云英配施60%化肥(MF60)和紫云英配施40%化肥(MF40)共5个处理,于水稻分蘖期采集土样,采用荧光定量PCR和Illumina Miseq高通量测序技术,分析了不同施肥制度下土壤固氮菌nif H基因丰度和多样性的变化规律。结果表明:与单施化肥相比,翻压紫云英的减量施肥处理水稻产量与其无显著差异,从化肥用量和产量综合考虑,MF60处理是一种适宜的施肥制度。翻压绿肥处理土壤全氮明显增加;碱解氮含量(除MF60处理)与NPK处理无显著差异。翻压紫云英配施减量化肥的施肥处理(除MF40处理)土壤固氮菌丰度明显高于NPK处理,且固氮菌丰度与土壤碱解氮、硝态氮和p H呈显著正相关。翻压紫云英后土壤固氮菌Shannon指数明显低于NPK处理,各施肥处理间OTU指数差异不明显。各施肥处理的土壤固氮菌均以变形菌门为绝对优势菌门,翻压紫云英的减量施肥处理变形菌门丰度显著低于单施化肥处理。主坐标分析表明,翻压紫云英配施减量化肥的3个施肥处理与CK、NPK处理的土壤固氮菌的群落结构差异较明显。研究表明,紫云英配施减量化肥有利于提升土壤肥力和固氮菌的数量,紫云英的施用和化肥用量都是影响土壤固氮菌群落结构的重要因素。

亚热带4种典型森林植被土壤固碳细菌群落结构及数量特征

为研究亚热带不同森林植被类型土壤固碳微生物特征及其影响因子,选取毛竹林(Moso banboo groves)、阔叶林(Broad-leaved forest)、杉木林(Chinese fir forest)和马尾松林(Masson pine forest)等4种森林植被为研究对象,以cbbL为固碳细菌指示基因,利用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR)和MiSeq高通量测序为研究手段。结果表明,4种林分土壤的细菌16S rRNA基因和固碳细菌cbbL基因丰度范围分别是5.40×10^(10)~2.81×10^(11) copies·g^(-1)干土和4.55×10^(8)~3.53×10^(9) copies·g^(-1)干土,其中毛竹林显著高于其他三种林分(P<0.05);基因丰度显著关联的环境因子是阔叶林土壤的有效磷、不同土层的pH(P<0.05)。杉木林土壤固碳细菌多样性显著低于其他3种林分(P<0.05),其亚表层土壤高于表层(P<0.05);双因子分析表明,林型、土层之间土壤固碳细菌多样性均存在显著或极显著差异。所有土壤具有相似的优势属但相对丰度不同,其中毛竹林和杉木林土壤的甲基化石油杆菌属(Methylibium)和诺卡菌属(Nocardia)占比明显高于阔叶林和马尾松林。冗余分析结果显示,不同林分土壤pH、土壤有机碳、有效磷、全氮差异是影响土壤固碳细菌群落特征形成的主要因素。综上,4种植被对土壤固碳微生物数量及群落结构多样性影响明显,从土壤理化性质、固碳细菌基因丰度、多样性以及结构特征等多维度结果证明,毛竹林对土壤肥力以及固碳细菌影响效果最好,固碳微生物对毛竹林土壤有机质积累贡献大于阔叶林,定量结论有待进一步研究。

纳污河流抗性基因和微生物群落相关性

通过Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术,研究某纳污河流中四环素类与磺胺类抗性基因(ARGs)的分布特征、传播情况及微生物群落结构相关性.结果表明:在河流地表水与沉积物中均检测到四环素类抗性基因tetA和tetB与磺胺类抗性基因sul1和sul2,四环素类抗性基因和磺胺类抗性基因的绝对丰度分别为5.09×10^3~1.26×10^7,3.94×10^5~1.32×10^9copics/L,磺胺sul1抗生素抗性基因丰度显著高于其它基因;河流主要优势菌门为Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria和Cyanobacteria,其平均总相对丰度占总比例的95.62%,且总体差异较小.抗性基因与微生物群落冗余分析显示, Methylotenera菌属是影响tetA抗性基因分布丰度的主要因素, Dechloromonas和Clostridium sensu stricto 1菌属是影响tetB抗性基因分布丰度的主要因素,Dechloromonas、Clostridium sensu stricto 1和Methylotenera菌属是影响sul1、sul2抗性基因分布丰度的主要因素.

氮肥水平对稻田细菌群落及N_2O排放的影响

作为土壤氮素转化的驱动者,微生物群落结构关系着稻田氮素利用及温室气体N_2O排放等问题。本研究分别基于高通量测序和荧光定量PCR技术,分析了不同氮肥水平[CK(不施氮)、N(施N 180 kg·hm-2)、2/3N(施N 120 kg·hm-2)、1/3N(施N 60 kg·hm-2)]下稻田细菌群落及硝化反硝化关键微生物功能基因丰度的变化。结果显示:氮肥水平提高增加了稻田细菌物种丰富度Chao1指数和群落多样性Shannon指数,改变了细菌群落组成,其中与硝化作用相关的硝化螺菌门Nitrospirae和嗜酸的醋杆菌门Acidobacteria的相对丰度随氮肥水平提高而增加,但甲烷氧化菌Methylosinus的相对丰度随氮肥水平提高而降低。氮肥水平对稻田硝化作用关键微生物氨氧化细菌amo A基因丰度的影响较大,0~5 cm和10~20 cm深度土层中的amo A基因丰度均随氮肥用量增加而提高;反硝化作用关键微生物功能基因nir S、qno B和nos Z的丰度在不施肥处理(CK)中显著低于施肥处理(1/3N、2/3N和N)(P<0.05),但1/3N、2/3N和N处理的稻田nir S基因丰度没有明显差异;0~5 cm土层中qno B和nos Z基因丰度存在随氮肥水平提高而增加的趋势,10~20 cm土层中nos Z基因丰度在2/3N和N处理下显著高于1/3N处理(P<0.05)。N处理的稻田N_2O排放通量显著高于2/3N及1/3N处理(P<0.05),后者又显著高于CK处理(P<0.05)。相关分析结果表明稻田N_2O排放通量与0~5 cm土层中硝化螺菌门Nitrospirae相对丰度及10~20 cm土层中amo A基因丰度存在显著相关性(P<0.05,n=10)。综上所述,氮肥水平提高增加了稻田细菌群落多样性,促进了稻田N_2O排放,且本研究稻田中硝化作用微生物群落及丰度变化与稻田N_2O排放的关系更为密切。

冬季河流中抗生素抗性基因和微生物群落相关性研究

为分析冬季河流中tetA、tetB、sul1和sul2抗性基因的分布特征与微生物群落的相关性,用Miseq高通量测序分析和荧光定量PCR技术进行。冬季河流地表水中抗性基因丰度比沉积物中的高2个数量级,磺胺类抗性基因丰度比四环素类的高1个数量级。4种抗性基因总丰度变化范围为3.65×10~2~7.94×10~7copies/L。河流中Proteobacteria和Bacteroidetes为绝对优势菌群,河流地表水与沉积物中优势菌群略有不同。4种抗性基因对样本的影响较大,微生物群落与抗性基因之间相关性较大。4种抗性基因与河流地表水样本均呈正相关,沉积物中仅有sul1与WS1、QS1呈正相关,其他均呈负相关。抗性基因的传播仅与特定的菌群有关,大多数菌属是影响抗性基因分布丰度的主要因素,且对四环素类抗性基因影响的菌群较多。

悬铃木方翅网蝽触角气味结合蛋白基因鉴定

【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq^(TM) 4000高通量测序技术对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角进行转录组测序并对测序结果进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qPCR)方法,分析OBP基因在悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角中的表达模式。【结果】对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角6个样品的转录组测序,共获得40.87 Gb clean reads,各样品的序列长度均达到6.31 Gb。转录组数据分析共鉴定出26个推测的悬铃木方翅网蝽OBP基因,其编码蛋白中24个(CcilOBP1-24)属于Classic OBPs,CcilOBP25/26属于Plus-C OBPs;与半翅目其他昆虫相关OBPs系统发育分析表明,大部分CcilOBPs形成独立一簇,少数与其他半翅目昆虫OBPs直系同源。qPCR分析显示,有11个OBP基因在雌雄成虫触角中表达量差异显著,其中有9个OBP基因(CcilOBP5/6/9/10/17/18/21/24/25)在雄成虫触角中显著高表达,有2个OBP基因(CcilOBP14/16)在雌成虫触角中显著高表达。【结论】本研究获得了悬铃木方翅网蝽成虫触角气味结合蛋白基因信息,研究结果为生物控制该害虫提供了重要基础数据和候选分子靶标。

分子生物学技术在胃肠道微生物研究中的应用

本文论述了末端限制性片段长度多态性(T-RLFP)技术、变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、荧光原位杂交(FISH)技术、实时荧光定量PCR(RT-PCR)技术、基因芯片(Gene chip)技术及高通量测序(HTS)技术等多种分子生物学技术在胃肠道菌群研究方面的应用。