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角鲨烯合成酶抑制剂的高通量虚拟筛选 被引量:2
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作者 詹冬玲 韩葳葳 刘景圣 《吉林大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期361-364,共4页
以SQS抑制剂CP-320473为先导物,在60%结构相似性的基础上,先通过AutoDockVina软件进行分子对接,再选取结合能量最低的新化合物进行分子对接研究.结果表明:zinc_8442249比先导化合物CP-320473的抑制效果更好;SQS活性位点的Lys52通过与氢... 以SQS抑制剂CP-320473为先导物,在60%结构相似性的基础上,先通过AutoDockVina软件进行分子对接,再选取结合能量最低的新化合物进行分子对接研究.结果表明:zinc_8442249比先导化合物CP-320473的抑制效果更好;SQS活性位点的Lys52通过与氢键与抑制剂结合,在抑制过程中具有重要作用. 展开更多
关键词 角鲨烯合成酶 高通量虚拟筛选 分子对接 抑制剂
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高通量虚拟筛选CDK2/Cyclin A2靶点抑制剂
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作者 叶成濠 梁亨 +3 位作者 李恩民 许丽艳 李鹏 陈广慧 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第10期3135-3143,共9页
CDK2/Cyclin A2复合蛋白的异常表达与乳腺癌、口腔癌、食管鳞状细胞癌的发生密切相关.CDK2/Cyclin A2复合蛋白的活性位点不同于CDK2单体.至今临床上尚无靶向此复合蛋白的药物分子.针对CDK2/Cyclin A2复合蛋白,以实验报道的10个抑制剂分... CDK2/Cyclin A2复合蛋白的异常表达与乳腺癌、口腔癌、食管鳞状细胞癌的发生密切相关.CDK2/Cyclin A2复合蛋白的活性位点不同于CDK2单体.至今临床上尚无靶向此复合蛋白的药物分子.针对CDK2/Cyclin A2复合蛋白,以实验报道的10个抑制剂分子构建药效团模型,通过药物体外药代动力学(ADME)、Docking、聚类分析、毒性预测,从DrugBank,ChEMBL和TCM@Taiwan 3个数据库约90万组数据中进行高通量虚拟筛选,进一步进行MD模拟、MM/PBSA结合自由能计算、能量分解和平均非共价作用(aNCI)分析,筛选出3个抑制效果优于阳性实验药Roscovitine的先导分子:DrugBank-2004,DrugBank-583和ChEMBL-7122.与CDK2蛋白相比,CDK2/Cyclin A2复合蛋白结合位点空间变大,先导分子与Lys33,Asp86,Lys129和Asp145残基之间的排斥作用有所降低,导致结合自由能更大. 展开更多
关键词 CDK2/Cyclin A2 分子模拟 高通量虚拟筛选 抑制剂 自由能分解
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新型环保气体双三氟甲基硫醚的热稳定性研究
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作者 唐念 庞衍泽 +3 位作者 孙东伟 王中奥 张博雅 李兴文 《广东电力》 北大核心 2024年第9期29-35,共7页
为了降低SF_(6)高温室效应对环境的影响,寻找环境友好、性能优异的SF_(6)替代气体很有必要,双三氟甲基硫醚(CF_(3)SCF_(3))因其综合性能良好有望成为新一代SF_(6)替代气体。为了探究CF_(3)SCF_(3)的热稳定性,将CF_(3)SCF_(3)样品充入石... 为了降低SF_(6)高温室效应对环境的影响,寻找环境友好、性能优异的SF_(6)替代气体很有必要,双三氟甲基硫醚(CF_(3)SCF_(3))因其综合性能良好有望成为新一代SF_(6)替代气体。为了探究CF_(3)SCF_(3)的热稳定性,将CF_(3)SCF_(3)样品充入石英管中,使用管式炉加热该气体。在特定温度保持一定时间后,采集气体样品并送入气相色谱质谱联用仪中,提取样品色谱与色谱峰对应的质谱,并在NIST 2017数据库中搜索所获质谱以确定气体成分。研究发现:该气体在450℃时开始生成极少量CF 3 SSCF 3;在500℃时开始出现较为明显的分解;温度继续升高至550℃后,有更多气体分解,并出现了CF 3 CF 3、CS 2、CF 3 SCF 2 CF 3等更多分解产物。由此可知CF_(3)SCF_(3)热稳定性与C_(4)F_(7)N基本相当。研究成果为SF_(6)的环保替代提供了新选择。 展开更多
关键词 SF_(6)替代气体 高通量虚拟筛选 CF_(3)SCF_(3)分子 热稳定性 局部过热
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基于核范数正则化的抗癌药物组合协同作用预测
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作者 史磊晶 王波 +2 位作者 张杉 任福全 李玉双 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第3期634-646,共13页
目的抗癌药物联合疗法是一种很有前途的治疗策略。针对特定癌症类型,选择高度协同的药物组合,对提高癌症疗效至关重要。然而,确定具有协同作用的药物组合是一项复杂而困难的工作。本研究旨在完全以数据驱动、计算建模的方式优化抗癌药... 目的抗癌药物联合疗法是一种很有前途的治疗策略。针对特定癌症类型,选择高度协同的药物组合,对提高癌症疗效至关重要。然而,确定具有协同作用的药物组合是一项复杂而困难的工作。本研究旨在完全以数据驱动、计算建模的方式优化抗癌药物组合高通量虚拟筛选,为“旧药重新定位新组合”提供理论参考。方法借鉴矩阵填充思想,构建了基于核范数正则化的计算模型NNRM,用于预测抗癌药物组合的协同得分和协同状态。针对固定细胞系构造对称的协同得分观测矩阵;采用分折技巧将观测矩阵稀疏化;借助“交替方向乘子法”和“软阈值估计”求解模型。结果将NNRM应用于O’Neil团队发布的数据集,预测的协同得分与观测值之间的均方根误差为14.78,预测的协同状态准确率为0.94,优于随机森林(RF)和支持向量机(SVM),完全可以与深度学习模型相媲美。此外,NNRM预测的部分缺失值结果与已有研究或临床实践相吻合。结论NNRM可实现大规模、批量预测抗癌药物组合的协同作用,极大地降低了已有模型对数据的要求和计算成本,缩短了高通量虚拟筛选的测试时间,可以作为抗癌药物组合高通量虚拟筛选的可选择工具。 展开更多
关键词 抗癌药物组合 协同作用 高通量虚拟筛选 矩阵填充 核范数正则化 计算模型
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抗SARS新药生不逢时?
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作者 赵乐 《新经济导刊》 北大核心 2003年第12期34-36,共3页
["急需研究时,拿不到病毒样本;新药需要临床了,又快找不到病人了。"蒋博士如是说。]
关键词 SARS 防治药物 病毒样本 高通量虚拟筛选 多肽药物
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CPS1小分子抑制剂的筛选及其抗结直肠癌的机制研究 被引量:2
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作者 姜星 靳文珂 +2 位作者 李自祥 刘博 符雷蕾 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2671-2681,共11页
氨基甲酰磷酸合成酶1(CPS1)参与尿素循环中的第一步反应,为细胞嘧啶和精氨酸的合成提供前提分子,促进肿瘤细胞的增殖与生长。研究发现CPS1在多种肿瘤中高表达,包括结直肠癌、肺癌等,且其过表达与肿瘤的不良预后有关。因此,小分子靶向抑... 氨基甲酰磷酸合成酶1(CPS1)参与尿素循环中的第一步反应,为细胞嘧啶和精氨酸的合成提供前提分子,促进肿瘤细胞的增殖与生长。研究发现CPS1在多种肿瘤中高表达,包括结直肠癌、肺癌等,且其过表达与肿瘤的不良预后有关。因此,小分子靶向抑制肿瘤中CPS1的功能,可能为过表达CPS1的癌症患者提供治疗益处。本研究对CPS1的功能进行体外研究,发现过表达CPS1能够增强结直肠癌细胞HCT15的迁移能力。此外,基于CPS1已有的晶体结构联合高通量虚拟筛选方法,筛选得到8个候选小分子化合物,经体外抗增殖活性评价,发现化合物3对结直肠癌HCT15、HCT116细胞系都有较好的抗增殖活性[HCT15的半数抑制浓度(IC_(50))为7.69±1.10μmol‧L^(-1),HCT116的IC_(50)为13.53±0.46μmol‧L^(-1)],分子对接和动力学模拟研究表明化合物3能够靶向抑制CPS1活性。通过体外研究发现化合物3能够显著减弱结直肠癌细胞系的迁移能力,同时还发现化合物3能够阻断结直肠癌细胞的S期进程和诱导凋亡。总而言之,本研究发现化合物3是靶向CPS1的潜在小分子抑制剂,为靶向干预小分子治疗药物的开发提供实验依据和理论基础,以化合物3为母核进一步优化其抗肿瘤活性和治疗潜力,为CPS1相关肿瘤患者提供广阔的治疗前景。 展开更多
关键词 氨基甲酰磷酸合成酶1 结直肠癌 高通量虚拟筛选 小分子抑制剂 细胞周期阻滞 细胞凋亡
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Virtual screening and high-throughput testing of L1 metallo-β-lactamase inhibitor
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作者 Chennan Liu Qian Wang +9 位作者 Jiangxue Han Sihan Liu Chunling Xiao Yan Guan Xinghua Li Ying Wang Xiao Wang Jianzhou Meng Maoluo Gan Yishuang Liu 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS CSCD 2021年第10期806-812,共7页
As a zinc-dependent enzyme, metal-β-lactamase L1 contributes to the development of β-lactam antibiotic resistance. The metal-β-lactamase inhibitor can restore the efficacy of β-lactam antibiotics, and its developm... As a zinc-dependent enzyme, metal-β-lactamase L1 contributes to the development of β-lactam antibiotic resistance. The metal-β-lactamase inhibitor can restore the efficacy of β-lactam antibiotics, and its development has attracted much attention. In the present study, we used four widely-used virtual screening programs to screen 7035 small molecules to identify potential L1 inhibitors, and a high-throughput experimental model of L1 inhibitors was established. In this high-throughput testing model, the inhibition rate of 163 compounds on L1 exceeded 40%. The results of virtual screening of 7035 small molecules using the following four programs showed that among the top 1.35% of the compounds, their hit rates were ranked as Schr?dinger’s(5.26%), DS(1.05%), and Sybyl-x 2.0(1.05%), and Smina(2.11%). 展开更多
关键词 L1 Metallo-beta-lactamase inhibitor Virtual screening High-throughput screening
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