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基于模块统计模型在蛋白质表达谱分析中的比较与应用
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作者 雷明莉 王博 李婧 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期4134-4140,共7页
在蛋白质组学研究中,差异表达分析能够帮助寻找与疾病相关的重要蛋白和生物标志物。目前广泛应用的差异表达分析方法大多是在单蛋白水平进行的,但是很多复杂疾病或者表型是由一些关键模块或通路上多个蛋白的微弱变化累加所致。本研究中... 在蛋白质组学研究中,差异表达分析能够帮助寻找与疾病相关的重要蛋白和生物标志物。目前广泛应用的差异表达分析方法大多是在单蛋白水平进行的,但是很多复杂疾病或者表型是由一些关键模块或通路上多个蛋白的微弱变化累加所致。本研究中,我们比较评估了5种基于模块的差异表达统计学方法,这些方法相比单蛋白差异表达分析方法,应该能够找到更多跟癌症相关的功能模块。通过模拟数据集的评估结果表明,基于Mean的方法在不同的模拟数据集中都展现了较好的统计效力,L2Norm、GM和FM 3种方法的统计效力基本相同,而WKS的统计效力较差。此外,我们将5种方法应用到结直肠癌患者样本蛋白质表达谱数据分析中。结果显示,单蛋白水平差异分析方法和基于模块的统计分析方法都找到了跟端粒酶相关的功能模块,而基于5种方法综合排名的结果找到了更多与癌症密切关联的途径,包括p53调节的内源性细胞凋亡的功能模块。 展开更多
关键词 串联质谱技术 高通量蛋白质组学 差异表达分析 蛋白质功能模块
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SELDI-TOF MS技术在胰腺癌早期诊断中的应用 被引量:1
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作者 王磊 刘海林 《世界华人消化杂志》 CAS 北大核心 2007年第25期2679-2683,共5页
胰腺癌是目前预后最差的恶性肿瘤,早期诊断被认为是改善胰腺癌预后的重要出路之一.表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI- TOF MS)技术,是近年来发展起来一种新的高通量蛋白质组学研究方法,本文就SELDI-TOF MS技术相关的原理、特点,... 胰腺癌是目前预后最差的恶性肿瘤,早期诊断被认为是改善胰腺癌预后的重要出路之一.表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI- TOF MS)技术,是近年来发展起来一种新的高通量蛋白质组学研究方法,本文就SELDI-TOF MS技术相关的原理、特点,在胰腺癌早期诊断中的应用新进展和未来的发展趋势作一综述. 展开更多
关键词 胰腺癌 表面增强激光解吸电离飞行时间质谱 高通量蛋白质组学
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High throughput monoclonal antibody generation by immunizing multiple antigens
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作者 LIU Ying WANG YunDan +4 位作者 LIU Jing ZUO Wei HAO Lu ZHANG LiLi ZHEN Bei 《Science China(Life Sciences)》 SCIE CAS 2014年第7期710-717,共8页
Recognizing proteins via the production of highly specific monoclonal antibodies(mAbs)is crucial to identifying proteins for proteomic research.However,traditional mAb generation is time-consuming with low efficiency.... Recognizing proteins via the production of highly specific monoclonal antibodies(mAbs)is crucial to identifying proteins for proteomic research.However,traditional mAb generation is time-consuming with low efficiency.In this study,we assessed the high throughput method of producing mAbs by immunizing mice with multiple antigens in order to obtain hybridomas against these multiple antigens in one cell fusion.We selected eight proteins that play important roles in human physiological or pathological processes.These proteins were mixed and simultaneously administered to one mouse.We observed the immunizing period for 10 d,and determined the effect of liquid medium and semi-solid medium in hybridoma generation.As a result,all eight immunogens induced antibodies in the immunized mouse in one cell fusion,we obtained hybridomas specific to all eight proteins by enzyme-linked immuno sorbent assay(ELISA)screening,hybridomas against five out of eight showed specific positive in Western-blotting assays.This indicates that we generated mAbs specific to eight proteins in one cell fusion,greatly increasing the efficiency of mAb generation.Furthermore,we observed that hybridomas selected from the liquid medium and semi-solid medium showed different reactivity to antigens.Our study established high-throughput and time-saving methods for production of mAbs.These results provide alternative approaches for increasing the efficacy of mAb generation. 展开更多
关键词 high throughput MAB multiple antigen immunization ELISA
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