家鸽粪便细菌多样性的高通量测序分析及其环境意义

[目的]研究家鸽粪便细菌群落组成与结构特征,明确鸽粪中病原微生物主要类群,探究鸽粪微生物多样性与环境风险之间的关系。[方法]以规模化养殖场家鸽粪便为试验材料,采用Illumina Mi Seq高通量测序方法分析了3个养殖场鸽粪(HP、WB和HH)细菌16S rDNA(V3V4)多样性及其环境意义。[结果]3个鸽粪样品共获得大约12万条有效序列,在Cutoff值为0.03水平上进行可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)归类,HP、WB、HH分别有4 215、3 672和2 446个OTU类型,Shannon指数为5.00~6.17;VEN图比较分析表明,3个鸽粪样品中微生物种群组成较为一致,细菌共有13个门、31个纲、55个目、101个科和164个属,以拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)为主,覆盖了92%以上的物种数。优势菌属为Myroides、Pseudomonas、Sphingobacterium、Sporosarcina、Erysipelothrix、Oceanisphaer,约占总类群的48.5%~54.6%,且鸽粪中存在18.1%细菌16S rDNA序列未能归类。鸽粪中存在大量的好氧微生物,约占总类群的52%,然而,仅有11%的厌氧微生物。此外,发现鸽粪中含有Myroides、Sphingobacterium、Pseudomonas、Erysipelothrix、Acinetobacter 5种致病性微生物菌属。[结论]鸽粪中存在高度丰富的微生物多样性,有一定的传播禽类病原微生物的环境风险。