基于16S rDNA高通量测序分析水牛初乳与常乳中细菌多样性

目的:利用16S rDNA高通量测序研究广西水牛研究所种畜厂三品杂水牛初乳与常乳的细菌多样性。方法:提取当天采集的生水牛乳样本的细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300平台进行高通量测序以及BLAST比对。结果:初乳组样本共得到19个门,292个属和437个种。而常乳两组样本共得到7个门,203个细菌属和330个细菌种,初乳组的细菌多样性高于常乳组。初乳组中的优势菌属为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseusomonas),而常乳组中的优势菌则为金黄杆菌属(Chryseobacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、肠球菌属(Enterococcus)。样本层级聚类显示:初乳组与常乳组组间群落差异不显著。PCA与PLS-DA分析表明:两组样本组间菌群结构差异显著。结论:三品杂水牛初乳与常乳均呈现较丰富的多样性,常乳组中细菌多样性显著高于初乳组。

基于16S rDNA高通量测序技术分析水牛原料乳中细菌的多样性

为研究不同品种水牛原乳中的细菌组成,本研究采用16SrDNA高通量测序技术分析了印摩拉水牛、尼里·拉菲水牛及三品杂水牛原乳中的细菌多样性,结果显示,3品种原料乳样本中的细菌种类覆盖430个种314个属,共540个OTU,其中包括有益菌如乳酸杆菌(Lactobacillus)和致病菌如大肠埃希菌属志贺菌(Escherichia-Shigella);各样本的菌群组成和相对丰度分析结果表明,不同品种原料乳中主要菌群组成和优势菌均呈现明显差异,其中三品杂、摩拉、尼里·拉菲水牛原料乳中的优势菌属分别为肠球菌属(Enterococcus)、籍伏氏菌属(Vogesella)、假单胞菌属(Pseudomonas),样本中还有部分未鉴定的细菌,需要进一步研究。

16S rRNA高通量测序研究柴芪汤对代谢综合征大鼠肠道菌群的影响

目的:采用16S rRNA高通量测序技术分析柴芪汤对代谢综合征(MS)大鼠肠道菌群的影响。方法:通过Illumina Miseq PE300型高通量测序仪对大鼠粪便肠道菌群进行16S rRNA基因V3-V4可变区检测,运用Usearch、Mothur、LEfSe分析肠道菌群的组成结构及不同菌属相对丰度变化。结果:柴芪汤能够逆转MS大鼠肠道菌群物种多样性的下降,并纠正MS导致的菌群组成结构改变。研究发现MS大鼠的肠道菌群在菌属水平有57个菌属相对丰度发生显著变化,而柴芪汤能将其中的54个菌属恢复至正常水平。结论:从肠道微生态角度阐释了MS的可能病机,柴芪汤可以通过调节肠道菌群防治MS。

基于16S rRNA高通量测序技术分析生鲜水牛乳在加工前的细菌多样性

本研究利用16S rRNA高通量测序分析生鲜水牛乳加工前的细菌多样性。分别提取刚挤出30min内,及冷藏5h、12h及24h的水牛乳样本细菌总DNA,PCR扩增其16S rDNA,利用纯化后的扩增片段构建其菌群的16S rDNA文库,采用Miseq PE300进行高通量测序及BLAST比对。结果显示,在属水平,刚挤出30min~冷藏5h组中的优势菌属为金黄杆菌属(39.28%)、巨型球菌属(16.47%)、乳球菌属(9.61%),而在冷藏12~24h组中则以不动杆菌属(34.95%)、芽孢杆菌属(11.2%)、库特氏菌属(9.01%)为优势菌属。葡萄球菌属在刚挤出组中未检出,但随着冷藏时间的延长,其丰度呈上升趋势。可以得出,生鲜水牛乳从刚挤出至冷藏24h内,其微生物群落结构和组成呈动态变化,且此次测序中条件致病菌检出率较高,冷藏12h后样本组中细菌多样性显著高于其他组,由此可知生鲜水牛乳从挤出至加工前,低温贮藏时间越短越好,最好控制在5h内。

基于16S rRNA高通量测序技术分析安格斯牛瘤胃微生物多样性和功能预测的研究

本研究旨在系统探索和分析安格斯牛瘤胃微生物多样性及其基因功能。选用体重550 kg左右的安格斯牛6头分成2组,利用基于16S rRNA高通量测序技术检测牛瘤胃液样本进行组学分析。结果表明,2组样本通过Illumina Miseq测序平台共获得86298条高质量优质序列,聚类为346个操作分类单元(OUT),经分类学鉴定分属13个门,21个纲,24个目,40个科,123个属。拟杆菌门(Bacteroidetes)43.16%和厚壁菌门(Firmicutes)36.29%为优势菌群。基于属的组成,依次为普雷沃氏菌属_7(Prevotella_7)29.28%、琥珀酸弧菌科_UCG-001(Succinivibrionaceae_UCG-001)11.30%、琥珀酸菌属(Succiniclasticum)11.10%、普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)6.65%、瘤胃球菌属_1(Ruminococcus_1)5.17%、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)2.75%等。16S功能预测和COG、KEGG代谢通路数据库对比发现,功能集中在氨基酸运输和代谢、碳水化合物转运及代谢的相关基因上,可能含有丰富的蛋白分解、转运及代谢酶相关基因和大量的纤维素以及木质素降解酶基因。经碳水化合物活性酶(CAZymes)注释和KEGG代谢酶数据库比对显示,预测的功能基因糖苷水解酶和糖基转移酶所占比例较高;产乙酸和丁酸相关酶基因丰度较高。安格斯牛瘤胃内含有丰富的蛋白质分解、木质纤维素降解和挥发性脂肪酸生成菌群及酶系,为展示瘤胃微生物多样性,发现和筛选新的功能酶基因提供参考。

基于16S rDNA高通量测序研究电针对腹泻型肠易激综合征大鼠肠道菌群的调节作用

目的采用16S rDNA高通量测序技术,分析电针足三里对腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome-diarrhea,IBS-D)大鼠肠道菌群物种相对丰度和多样性的影响,探讨电针对IBS-D的作用机制。方法将SD大鼠随机分为空白组、模型组、电针组。采用束缚联合番泻叶煎剂灌胃法造模,电针组采用电针双侧足三里干预,空白组与模型组不做干预处理。干预结束后,检测大鼠内脏敏感性,并取大鼠粪便进行16S rDNA高通量测序技术检测大鼠肠道菌群。结果(1)与空白组比较,模型组大鼠腹壁回撤反射评分明显升高(P<0.05);经过电针治疗后,在20 mmHg压力下的腹壁回撤反射评分明显降低(P<0.05)。(2)与空白组相比,模型组OTU数目明显降低,电针组接近于空白组。(3)与空白组相比,模型组芽孢杆菌纲、乳杆菌属、真杆菌属等丰度明显降低,拟杆菌纲、梭菌纲、δ-变形杆菌纲、毛螺菌属等丰度明显升高,而电针组上述菌纲/属丰度均有所改善。(4)三组的Beta多样性分析结果显示,模型组与空白组的样本明显被区分开,而电针组则在两组之间。结论IBS-D与内脏高敏感性以及肠道菌群结构紊乱有关,电针能调节IBS-D大鼠内脏敏感性以及肠道菌群物种相对丰度,改善菌群多样性。

基于16S rDNA高通量测序分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化

目的利用16S rDNA高通量测序技术,研究2型糖尿病腹泻患者肠道菌群的变化。方法收集18例2型糖尿病腹泻患者和23例健康受试者的粪便样本,提取肠道菌群基因组,采用二代高通量基因测序技术,对16S rDNA V3~V4高变区进行扩增测序、生物信息学分析,比较两组人群肠道菌群结构和种类的差异。结果Alpha多样性分析显示2型糖尿病腹泻患者肠道中菌群的丰度和多样性低于健康对照组,P<0.05。在门水平上,2型糖尿病腹泻患者组拟杆菌门占比低于健康组,P<0.05;而厚壁菌门,疣微菌门高于健康组,P均<0.05。另外,厚壁菌门/拟杆菌门比值,患者组高于健康组,P<0.05。在属水平上,2型糖尿病腹泻患者组中粪杆菌属低于健康对照组,P<0.05。结论16S rDNA高通量测序技术有助于分析2型糖尿病腹泻患者肠道菌群多样性,为研究肠道菌群与2型糖尿病腹泻的关系提供新的思路和理论依据。

植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法

植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增,如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术;③在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因,如Cas-16S-seq方法;④改变PCR扩增流程,如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点,有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法,避免或者减少宿主基因的污染,更准确地进行植物内生细菌群落的研究。

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3~V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteriota)为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属(Acinetobacter)、棒杆菌属(Corynebacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)分别是分娩猪舍、妊娠猪舍以及保育猪舍中相对丰度最高的菌属。猪舍环境空气中存在创伤球菌属(Helcococcus)、链球菌属(Streptococcus)、军团菌属(Legionella)、沙雷菌属(Serratia)等多个对动物具有潜在致病力的菌属。[结论]猪舍环境微生物群落多样性丰富,分娩猪舍以及保育猪舍在细菌种类、系统进化多样性以及丰富程度上高于妊娠猪舍。研究发现的猪舍环境中潜在动物致病菌属为猪舍环境消毒的药物选择提供了依据。

基于16S rDNA高通量测序技术的地图舌儿童舌苔菌群多样性研究

目的探究地图舌患儿与健康儿童舌苔菌群差异及地图舌菌群的分布规律。方法收集2021年10月—2022年12月就诊于福建中医药大学附属福州中医院儿科门诊、住院中舌苔表现为地图舌患儿30例(D组)及30例无地图舌的健康患儿(Z组),采集舌苔标本,采用16S rDNA高通量测序技术进行物种分析。结果与Z组比较,D组患儿的舌苔菌群存在显著差异,具体表现为嗜血杆菌属、链球菌属、罗思氏菌属、颗粒链球菌属及孪生球属升高(P<0.05),放线菌属、纤毛菌属、巨球型菌属、于默奥毛绒厌氧杆菌属及奇异菌属降低(P<0.05)。结论地图舌患儿与健康儿童的舌苔菌群存在差异性;其中嗜血杆菌属、链球菌属及罗思氏菌属、颗粒链球菌属、孪生球属可能是差异菌属。

基于高通量测序分析苗药血人参根和根瘤内生菌的多样性

目的:探究血人参根和根瘤内生细菌的组成差异,筛选优势内生菌菌株。方法:通过对16S rRNA基因进行高通量测序,对血人参根及根瘤中内生菌进行物种注释、分类、物种多样性和组间差异分析。结果:血人参根和根瘤内生菌总计含有5 574个OTU,隶属于30门79纲192目324科587属。根部的内生菌总计有5 518个OTU,在门分类水平上相对丰度较高的主要为变形菌门Proteobacteria、放线菌门Actinobacteriota,在属水平上相对丰度较高的为游动放线菌属Actinoplanes和norank_f__Kineosporiaceae属,其平均相对丰度分别为18.60%、10.05%;根瘤中内生菌总计有895个OTU,在门分类水平上相对丰度较高的为变形菌门Proteobacteria,在属水平上慢生根瘤菌属Bradyrhizobium占据绝对优势,其平均相对丰度为97.87%。血人参根瘤中内生菌的Shannon、ACE及Chao指数均显著低于根中(P<0.05)。根瘤内参与氨基酸的转运和代谢,细胞的复制、重组和修复,细胞的生物发生等功能菌群相对丰度较高。结论:血人参根瘤中内生菌以埃氏慢生根瘤菌和大豆慢生根瘤菌为主,且与根部相比,物种多样性水平低、群落结构更为单一、物种分布不均匀。

基于16S rDNA测序技术分析实验用猫的肠道菌群特征

目的通过16S rDNA高通量测序研究不同品种和不同性别实验用猫肠道菌群的变化特征。方法选取实验用猫21只,根据实验用猫的品种和性别进行分组,按品种分组(普通组=12只、品种组=9只),按性别分组(雄性组=9只、雌性组=12只)。采取猫的粪便样本,提取DNA,PCR扩增,利用通过16S rDNA高通量测序进行菌群结构及多样性的差异分析。结果实验用猫门水平的优势菌为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门(相对丰度之和大于96%)。属水平相对丰度水平较高的菌群为链球菌属、肠球菌属、欧鲁森氏菌属、普雷沃氏菌属、双歧杆菌属和柯林斯菌属。性别可对实验用猫肠道菌群的构成产生影响,且雄性猫和雌性猫之间存在丰度有统计学差异的菌种。相较于雌性猫,普雷沃氏菌属、柔嫩梭菌属和土孢杆菌属在雄性猫的肠道中的相对丰度增加(t检验,P<0.05)。结论利用16S rDNA高通量测序分析了实验用猫的肠道菌群的组成、丰度等基本特点,并阐述了性别及品种对实验用猫肠道菌群物种组成的影响。

16S rRNA测序探讨岭南湿证人群肠道菌群结构变化

目的:探讨岭南湿证人群的肠道菌群结构。方法:利用高通量基因测序手段,通过对11名湿证志愿者和11名正常志愿者的粪便样本进行肠道菌群16S rRNA扩增子测序,采用OTU聚类分析和比对注释,对样本物种丰度和样本间门、科、属、种等水平上的差异进行统计分析,找出湿证组与正常组的肠道微生态结构差异,并用PICRUSt软件预测差异功能通路。结果:湿证人群肠道菌群分布较健康对照组存在明显差异,主要体现为群落丰富度指数差异显著,梭杆菌门差异最大,丰度上湿证组减少86.5%,有3个科、6个属、9个种水平上均表现出显著差异,另外湿证组与正常组在9个功能通路上存在显著不同,分别是:半胱氨酸和甲硫氨酸代谢、能量代谢、叶酸生物合成、半乳糖代谢、甘油磷脂代谢、脂多糖生物合成蛋白、氮代谢、氧化磷酸化作用、五磷酸途径。结论:湿证症状的产生可能与肠道菌群结构改变有关。

基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异。结果表明:14个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99。分析细菌,臭苋菜梗固形物的可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)最多、Shannon指数最高;而酸笋固形物中的OTU最少,酸笋汁的Shannon指数最低;且臭苋菜梗汁、固形物和培养物以及酸笋固形物和培养物的菌群结构更为接近。分析真菌,臭冬瓜培养物和酸茭白固形物中的真菌OTU最多,臭苋菜梗培养物中的OTU最少,而酸茭白汁中没有检测出真菌;酸笋汁的Shannon指数最高,臭苋菜梗培养物的Shannon指数最低;除卤水、臭苋菜梗汁和酸笋样品外其余样品的真菌群落组成更为接近。在属水平,臭冬瓜培养物、酸笋汁、酸笋固形物和酸茭白汁的优势细菌属分别为脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、埃希菌属(Escherichia)和Caproiciproducens,卤水培养物、酸茭白固形物和培养物的优势细菌属为梭菌属(Clostridium),臭苋菜梗汁、固形物和培养物的优势细菌属为拟杆菌属(Bacteroides),卤水、臭冬瓜汁和固形物的优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus);卤水的优势真菌属为柯达酵母属(Kodamaea),臭苋菜梗汁、固形物和培养物的优势真菌属为假丝酵母属(Candida),而其他样品的优势真菌属为Leptospora。

基于16S rDNA测序及培养基法探究虹鳟鱼贮藏优势腐败菌

为探究虹鳟鱼腐败机制,选取新鲜虹鳟鱼鱼片在0 ℃条件下进行贮藏。根据鱼肉样品的菌落总数和挥发性盐基氮(TVB-N)含量,确定虹鳟鱼鱼片的贮藏终点。利用传统培养基分离手段及16S rDNA高通量测序技术相结合的方法鉴定贮藏过程中的优势腐败菌。采用16S rDNA测序技术,对虹鳟鱼贮藏初期、中期及末期的腐败菌组成进行鉴定。16S rDNA高通量测序结果显示,贮藏末期的优势腐败菌属种类丰富,包括不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)和希瓦氏菌属(Shewanella)等多个菌属。利用培养基法分离的腐败菌为假单胞菌属及希瓦氏菌属,两者均包含在高通量测序菌属内。将分离到的这两个菌属接种到无菌虹鳟鱼鱼汁中进行贮藏,在贮藏过程中监测菌落总数及挥发性盐基氮含量,通过挥发性盐基氮产量因子评价优势腐败菌的致腐能力。腐败菌致腐能力结果显示,希瓦氏菌株S2的致腐能力最强。研究结果可为深入认识虹鳟鱼贮藏过程优势腐败菌提供依据,为进一步开发虹鳟鱼保鲜剂提供参考。

16S rDNA测序分析妊娠期细菌性阴道病患者的阴道菌群结构组成

目的本研究主要通过对健康孕妇与妊娠期细菌性阴道病(bacterial vaginosis,BV)患者的阴道分泌物进行检测,试图阐述不同孕期BV患者的阴道菌群组成。方法选取在濮阳市妇幼保健院产科门诊诊断为妊娠期BV的孕早期患者15例、孕晚期患者24例及孕早期、孕晚期健康孕妇各30例。所有样本选择16S rDNA V3V4可变区进行测序分析,比较各组之间阴道微生物构成的差异。结果孕早期健康孕妇组与孕早期BV组之间的Alpha多样性比较,差异有统计学意义(P<0.05),孕晚期健康孕妇组与孕晚期BV组之间的Alpha多样性比较,无显著统计学差异。共发现26个门,各组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门占主要比例。在属水平上,共发现51个属,孕早期健康孕妇组相对丰度最高的是乳杆菌属(约占87%)。孕晚期健康孕妇组相对丰度最高的是乳杆菌(约占97%)。BV患者乳杆菌明显减少,阿托波菌属,巨球型菌属,普氏菌属,需氧球菌属,纤毛菌属明显增多。结论健康孕妇阴道菌群以乳杆菌占绝对优势,大部分以瑞士乳杆菌或惰性乳杆菌为主,还存在普氏菌属,双歧杆菌属,链球菌属等差异菌属;大部分BV患者阴道菌群表现为乳杆菌显著减少甚至缺失。

老年细菌性肺炎痰标本的临床应用价值:基于16S rDNA测序方法

目的采用16S rDNA高通量测序技术,比较不同采集方式获得的老年细菌性肺炎患者呼吸道标本的共有或独有细菌,评估质量合格的呼吸道标本的临床价值。方法选取该院收治的10例诊断为细菌性肺炎且未经治疗的老年患者作为研究对象,分别采集自然咳痰(SH组)、纤维支气管镜吸痰(XT组)和纤维支气管镜肺泡灌洗液(XC组)标本,采用16S rDNA高通量测序技术检测并比较3组标本细菌组成的相似性和差异性。结果3组标本共有菌群959个属,3组标本独有细菌的属比较,差异有统计学意义(P<0.05),但非度量多维尺度分析显示,3组标本在属水平上总体细菌结构差异不明显。结论16S rDNA高通量测序SH组标本细菌更丰富,但质量合格的3组标本在属水平上总体细菌结构差异不明显,SH组标本仍有一定的临床价值。

基于16S rDNA高通量测序技术的活动期溃疡性结肠炎大肠湿热证患者舌苔菌群多样性研究

目的:探究活动期溃疡性结肠炎(UC)大肠湿热证患者与健康人舌苔菌群差异。方法:纳入2019年5月至11月就诊于北京中医药大学东方医院门诊及病房的活动期UC大肠湿热证患者32例,体检中心健康人32名,采集舌苔标本,采用16S rDNA高通量测序技术进行物种分析。结果:活动期UC大肠湿热证患者的舌苔菌群多样性显著低于健康人(P<0.05),具体表现为拟杆菌、普雷沃氏菌属、弯曲菌属、巨球型菌属等较健康人升高(P<0.05);奈瑟菌属、链球菌属、罗氏菌属、颗粒链球菌属等较健康人降低(P<0.05)。结论:活动期UC大肠湿热证患者舌苔菌群与健康人群存在差异,其中拟杆菌、普雷沃氏菌、弯曲菌、链球菌、奈瑟菌可能是活动期UC大肠湿热证患者区别于与健康人舌苔菌群差异菌种。

基于16S rDNA测序研究当归拈痛汤对膝骨关节炎小鼠肠道菌群的影响

目的:本研究旨在通过16S rDNA探讨当归拈痛汤调控肠道菌群进而治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法:将36只C57BL/6J小鼠采用前交叉韧带切断(ACLT)的方法构建膝骨关节炎疾病模型,并随机分为假手术组、模型组、当归拈痛汤低剂量组(0.819 g·kg^(-1))、当归拈痛汤中剂量组(1.638 g·kg^(-1))、当归拈痛汤高剂量组(3.276 g·kg^(-1))、美洛昔康组(0.975 mg·kg^(-1)),每组6只。除给药组外,假手术组与模型组均予生理盐水灌胃,连续干预4周后,分别收取小鼠粪便和完整膝关节,苏木素-伊红(HE)和番红O-固绿染色观察膝关节组织形态的病理改变;采用16S rDNA测序分析给药前后肠道微生物丰度、多样性变化及相对应的功能预测。结果:高剂量当归拈痛汤和美洛昔康可以明显缓解KOA小鼠的疼痛症状,改善关节结构的紊乱,维持膝关节软骨的完整性,提高关节软骨Ⅱ型胶原a1(Col2a1)表达,降低关节软骨基质金属蛋白酶-13(MMP-13)表达。16S rDNA结果显示,高剂量当归拈痛汤可调整肠道菌群物种丰富度与菌群结构,与假手术组比较,模型组中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)丰度显著提高(P<0.05),与模型组比较,当归拈痛汤组中这4种菌群丰富度显著降低;与假手术组比较,模型组疣微菌门(Verrucomicrobia)、颤螺菌属(Oscillospira)和阿克曼氏菌属(Akkermansia)丰度明显降低(P<0.05),与模型组比较,当归拈痛汤组中这三类菌群丰度明显升高(P<0.05)。对差异菌属进行功能学通路预测发现,各组间差异物种涉及到丰度较高的代谢通路主要涉及到生物合成及前体代谢物和能量的产生,包括氨基酸生物合成、核苷和核苷酸生物合成、辅因子、假体基团、电子载体和维生素生物合成。结论:当归拈痛汤能够有效保护关节软骨,延缓KOA疾病进展,可能是通过调节肠道菌群结构、促进益生菌、抑制有害致病菌生长实现的。

口腔综合治疗台水路污染现状及水样16S rDNA高通量测序分析

目的调查口腔综合治疗台水路(DUWLs)污染现状,探讨预防控制措施。方法选取北京市某医院13台独立水源口腔综合治疗台,采用7.5‰的次氯酸钠消毒管路,采集消毒前、后三用枪和高速手机水样,计算菌落总数,采集其中两台牙椅三用枪和高速手机水样进行16S rDNA高通量测序进行物种相对丰度、β多样性分析。结果DUWLs三用枪位点消毒前菌落总数为(1621±853)CFU/ml,消毒后菌落总数为(3±7)CFU/ml;高速手机位点消毒前菌落总数为(2787±1239)CFU/ml,消毒后菌落总数为(3±8)CFU/ml;DUWLs消毒前后三用枪和高速手机水样菌落总数比较均有统计学差异(P<0.05)。DUWLs水样中主要门是变形菌门,相对丰度超过65%,其他门包括浮霉菌门、拟杆菌门、蓝藻门、放线菌门、螺旋菌门等,消毒后,物种相对丰度降低,尤其是鞘氨醇单胞菌属、浮霉菌属。Beta多样性分析显示,消毒前后两组间β多样性差异有统计学意义(P<0.05)。结论DUWLs存在微生物污染,其内壁有生物膜,存在引起医院感染的潜在风险。使用7.5‰的次氯酸钠消毒剂对DUWLs具有较好的消毒效果,可常规应用于临床口腔综合治疗台。