鱼类弹状病毒分子生物学研究动态

鱼类弹状病毒(Fishrhabdovirus)是一类引起鱼及其他水生动物致死性和流行性病害的重要病毒病原。对鱼类弹状病毒基因组的结构和功能研究,是深入探讨这类病毒感染和致病机理、研制病毒疫苗及诊断试剂的理论基础。本文就鱼类弹状病毒的基因组结构,包括N基因、P基因、M基因、G基因、NV基因、L基因及编码的相应蛋白、3'前导区和5'拖尾区、基因连接区等的组成及功能的研究进展作一综述,旨为抗病毒疫苗的研制及建立准确高效的检测方法提供借鉴。

3种鱼类弹状病毒荧光定量环介导等温扩增检测方法的建立

鲤春病毒血症病毒(SVCV)、病毒性出血性败血症病毒(VHSV)和传染性造血器官坏死病病毒(IHNV)是严重危害水产养殖业的3种鱼类弹状病毒。为建立这3种鱼类弹状病毒的快速检测方法,本研究设计合成针对这3种病毒系列引物,并在扩增反应体系中加入荧光染料SYBR Green I,通过恒温荧光检测仪Deaou-308C扩增检测,分别建立了这3种病毒的荧光定量环介导等温RNA扩增(RT-LAMP)方法。经反应条件的优化,检测结果显示,这3种方法分别对SVCV、VHSV和IHNV 3种弹状病毒具有特异性的扩增反应,对传染性胰坏死病毒、狗鱼弹状病毒和牙鲆弹状病毒核酸的扩增结果均为阴性,具有良好的特异性。灵敏度试验最低检测限分别为4.0×104拷贝/μL、5.4×104拷贝/μL、4.3×104拷贝/μL。该方法在63℃下保温40 min可以完成检测,操作简单、灵敏度高、特异性强,通过恒温实时荧光检测仪可实时检测及自动判读检测结果,适合现场检测和口岸快速检测。

加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析

【目的】对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析。【方法】采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC_008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列。同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列。采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析。【结果】MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同。G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支。【结论】克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发。