为了解慢性密度胁迫下绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)肌肉组织的分子响应机制,挖掘密度胁迫下的相关信号通路和差异表达基因,设置2个养殖密度组(即100尾/m^(3)的中密度组和500尾/m^(3)的高密度组)对绿鳍马面鲀肌肉转录组进行...为了解慢性密度胁迫下绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)肌肉组织的分子响应机制,挖掘密度胁迫下的相关信号通路和差异表达基因,设置2个养殖密度组(即100尾/m^(3)的中密度组和500尾/m^(3)的高密度组)对绿鳍马面鲀肌肉转录组进行了研究。分别于第25天和第50天时获得养殖绿鳍马面鲀的肌肉组织,利用Illumina测序平台对肌肉组织样本进行了转录组测序,得到103.3 Gb高质量测序数据。对照开始时暂养的绿鳍马面鲀,各试验组均筛选出大量的差异表达基因。通过GO(Gene Ontology)功能注释与KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析,筛选出涉及破骨细胞分化、MAPK、PI3K-Akt等路径以及黏着斑相关的信号传导机制,发现nfatc1、tgfbr2、map3k14、pparg、fos、flna、flnc、fn1、tln1、thbs1等关键基因在绿鳍马面鲀肌肉组织中的差异性表达。研究表明,这些差异表达基因可能在调节绿鳍马面鲀的细胞生长和分化、免疫能力等方面发挥关键作用。展开更多
海山是海底重要的生物栖息地类型之一,是研究海洋生物多样性的热点区域。黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)广泛分布于中西太平洋,具有极高的生态和经济价值,然而,鲜有关于海山及其相关特征对黄鳍金枪鱼资源丰度和分布影响的研究。基于2010...海山是海底重要的生物栖息地类型之一,是研究海洋生物多样性的热点区域。黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)广泛分布于中西太平洋,具有极高的生态和经济价值,然而,鲜有关于海山及其相关特征对黄鳍金枪鱼资源丰度和分布影响的研究。基于2010—2021年中西太平洋渔业委员会(Western and Central Pacific Fisheries Commission,WCPFC)汇总的延绳钓和围网渔业数据结合海山特征数据,采用广义加性模型(Generalized additive model,GAM)分析两种不同捕捞方式的黄鳍金枪鱼单位捕捞努力量渔获量(Catch per unit effort,CPUE)与海山相关特征之间的关系。结果表明,中西太平洋两种渔业方式的黄鳍金枪鱼渔获量主要来源于海山区域,海山特征对两种渔业黄鳍金枪鱼的CPUE均产生了极显著性影响(P<0.001)。在延绳钓渔业中,较高的CPUE出现在山顶深度、粗糙度、底面积和海山密度较小、坡度较缓的区域;而在围网渔业中,较高的CPUE则出现在粗糙度较小、山顶深度较大、底面积较大、较陡峭且密集的海山区域。研究探讨了中西太平洋海山特征对黄鳍金枪鱼不同群体的影响机制,为今后进一步探索黄鳍金枪鱼种群分布和资源丰度变化与海洋环境的关系提供了参考与新思路。展开更多
文摘为了解慢性密度胁迫下绿鳍马面鲀(Thamnaconus septentrionalis)肌肉组织的分子响应机制,挖掘密度胁迫下的相关信号通路和差异表达基因,设置2个养殖密度组(即100尾/m^(3)的中密度组和500尾/m^(3)的高密度组)对绿鳍马面鲀肌肉转录组进行了研究。分别于第25天和第50天时获得养殖绿鳍马面鲀的肌肉组织,利用Illumina测序平台对肌肉组织样本进行了转录组测序,得到103.3 Gb高质量测序数据。对照开始时暂养的绿鳍马面鲀,各试验组均筛选出大量的差异表达基因。通过GO(Gene Ontology)功能注释与KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)功能富集分析,筛选出涉及破骨细胞分化、MAPK、PI3K-Akt等路径以及黏着斑相关的信号传导机制,发现nfatc1、tgfbr2、map3k14、pparg、fos、flna、flnc、fn1、tln1、thbs1等关键基因在绿鳍马面鲀肌肉组织中的差异性表达。研究表明,这些差异表达基因可能在调节绿鳍马面鲀的细胞生长和分化、免疫能力等方面发挥关键作用。
文摘海山是海底重要的生物栖息地类型之一,是研究海洋生物多样性的热点区域。黄鳍金枪鱼(Thunnus albacares)广泛分布于中西太平洋,具有极高的生态和经济价值,然而,鲜有关于海山及其相关特征对黄鳍金枪鱼资源丰度和分布影响的研究。基于2010—2021年中西太平洋渔业委员会(Western and Central Pacific Fisheries Commission,WCPFC)汇总的延绳钓和围网渔业数据结合海山特征数据,采用广义加性模型(Generalized additive model,GAM)分析两种不同捕捞方式的黄鳍金枪鱼单位捕捞努力量渔获量(Catch per unit effort,CPUE)与海山相关特征之间的关系。结果表明,中西太平洋两种渔业方式的黄鳍金枪鱼渔获量主要来源于海山区域,海山特征对两种渔业黄鳍金枪鱼的CPUE均产生了极显著性影响(P<0.001)。在延绳钓渔业中,较高的CPUE出现在山顶深度、粗糙度、底面积和海山密度较小、坡度较缓的区域;而在围网渔业中,较高的CPUE则出现在粗糙度较小、山顶深度较大、底面积较大、较陡峭且密集的海山区域。研究探讨了中西太平洋海山特征对黄鳍金枪鱼不同群体的影响机制,为今后进一步探索黄鳍金枪鱼种群分布和资源丰度变化与海洋环境的关系提供了参考与新思路。