鳓鱼全基因组survey分析及微卫星位点分布

为研究鳓鱼(Ilisha elongata)的遗传演化概况,对鳓鱼基因组进行了高通量测序并开展了survey分析和基因组范围内的遗传标记开发。K-mer分析结果显示,鳓鱼基因组大小约为692.8 Mb,杂合率为0.18%,重复序列比例为39.6%。基因组初步组装Scaffold N50为27694 bp,Contig N50为6306 bp。利用MISA软件对鳓鱼基因组的微卫星标记(simple sequence repeat,SSR)进行检索和分析,总共检测到786123个SSR位点,相对丰度为1204个/Mb。在所有类型中,重复最多的是二碱基,占SSR总量的75.94%,其SSR重复频率主要集中在6~28次;其次为单碱基和四碱基,分别占SSR总量的15.31%和4.25%。对二碱基类型而言,AC型具有最多的重复数量,为131732个,单碱基重复数量最多的则是A型,有48775个。研究结果表明,鳓鱼基因组经组装后可得到高质量的全基因组序列,经过筛选的SSR位点可为后续的遗传分子标记开发提供有力支持,研究结果可为鳓鱼种质资源管理和保护、生物进化和群体遗传等研究工作提供基础资料。

基于D-LOOP基因的中国沿海鳓鱼(Ilisha elongata)种群遗传结构研究

采用线粒体控制区基因序列测定技术,分析了我国沿海重要经济鱼类鳓鱼4个地理群体的遗传结构及其变异。结果表明,我国的鳓鱼资源经过度捕捞后仍保持着丰富的遗传多样性,在检测的45个鳓鱼个体中共得到44个单倍型,单倍型多样性指数(H)高达0.964—1.000,平均核苷酸多样性指数(Pi)高达0.0100—0.0152,鳓鱼种群的多样性还表现在线粒体控制区的序列长短上,研究表明,鳓鱼线粒体控制区存在一个40bp长度的重复序列,依据重复次数的多寡而造成鳓鱼个体间的显著差异;对鳓鱼群体的遗传结构进行检测发现,我国鳓鱼群体内部存在明显的遗传分化,青岛群体与广州、厦门、舟山3个群体之间分化系数Fst达0.5284(P<0.01),群体间基因流则仅有0.4463,而3个群体内部则基因流明显;AMOVA检测和聚类分析也证实了上述观点,遗传距离分析表明青岛群体和其它3个群体净遗传距离达到0.034,仍属于种内群体之间的分化水平,依据分子钟理论推断两群体间的分化时间为更新世晚期,可能由更新世晚期海平面的反复升降导致了这两个类群的隔离与分化,并依靠鳓鱼本身的生物学特性维持至今。

中国沿海鳓不同地理群体16SrRNA基因的遗传变异分析

为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P<0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P>0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。

清酒乳杆菌固态发酵鳓鱼过程中的品质变化

为研究清酒乳杆菌固态发酵鳓鱼过程中品质的变化,以促进传统发酵水产品标准化生产中品质控制水平的提高,本研究综合测定了鳓鱼发酵过程中的理化、色度和质构等常规指标,采用电子舌技术对滋味特性进行分析,对感官品质进行了人工评价,并对各指标之间的相关性进行了分析。结果表明,在鳓鱼发酵过程中,pH值先下降后上升,最小值为4.88,水分含量减少,总酸度先升高后下降,最大值为13.4 g·kg-1,氨基酸态氮(ANN)、挥发性盐基氮(TVB-N)含量增加;内聚性、硬度和咀嚼性均先上升后下降,第9天达到最大值,分别为0.6、437.4 g和217.8 g,弹性和回复性持续下降;鳓鱼色泽变化显著(P<0.01),L*值先升高后下降,a*值先下降后上升,b*值持续上升,逐渐呈现黄亮的发酵色泽。基于电子舌技术的滋味特性分析表明,发酵过程中主要形成酸味、苦味、甜味和复合滋味等,而鲜味和咸味的成分较少,且构建的主成分分析模型可明显区分不同发酵时间的样本。对感官品质的人工综合评价在第9天达到最大值(72.8)。综上所述,清酒乳杆菌固态发酵过程中,发酵鳓鱼的理化、质构、色度和滋味品质存在一定关联性,各指标在发酵中期达到最佳,发酵周期以9 d为宜,这为发酵水产品加工提供了一定的理论依据。

珠江口水域鳓鱼生长和死亡参数估算

根据1996—1998年期间在珠江口及邻近海域采集的鳓鱼(IlishaelongataBennett)生物学资料,应用FiSATⅡ软件进行鳓鱼的生长和死亡参数估算。用ELEFANⅠ技术拟合的vonBertalanffy生长方程参数分别为L∞=53.13cm(叉长)、k=0.37a-1及t0=-0.62a,用Pauly经验公式计算的自然死亡系数为M=0.74,以长度变换渔获曲线法估算的总死亡系数为Z=2.53。运用Beverton Holt模型分析该群体的最适捕捞死亡系数为F=2.5,最适开捕年龄和叉长分别为1.6龄和29.8cm,目前该群体已处于捕捞过度状态,尤其以捕捞幼鱼的问题较为突出。建议南海北部鳓鱼的最小可捕规格应为叉长30cm。

东海鳓卵巢发育的组织学观察

于光镜下对东海鳓卵巢切片作了组织学观察 ,结果表明 ,5月 - 7月为东海鳓的繁殖期 ,其卵巢有Ⅳ期、Ⅴ期、Ⅵ -Ⅳ’期和Ⅴ’期 ;8月 - 9月鳓卵巢处在产后休整阶段 ;10月 -翌年 2月为越冬Ⅱ期卵巢 ;3月 - 4月卵巢处在产前发育阶段。在小生长期 ,卵核的体积较核质的体积增大快 ,核质比大 ,大生长期 ,随着卵黄物质的积累 ,卵母细胞体积快速增加 ,核质比下降。在鳓卵母细胞发育中 ,曾见有两层卵膜结构 ,但接近成熟的卵母细胞仅有一层卵膜。东海鳓的产卵方式为短期分批产卵类型。在一个生殖周期内 ,一般产卵 2次。

东海区鳓鱼的摄食习性

利用2008年5月、8月、11月和2009年2月在东海区采集到的309 ind鳓鱼(Ilisha elongata)样品为研究对象,对其胃含物进行了分析,应用K-W非参数检验、卡方检验等方法,对不同季节鳓鱼的食物组成进行了研究。结果表明,东海鳓鱼的饵料生物种类有60余种,浮游甲壳类、鱼类和不可辨认的头足类为其主要食物类群。按相对重要性指数百分比(IRI%)排序,优势饵料种类最高的是七星底灯鱼(Benthosema pterotum)(IRI%为46.54%),其次是中国毛虾(Acetes chinensis)(IRI%为30.38%)、太平洋磷虾(Euphausia pacifica)(IRI%为12.08%)和不可辨认的头足类(IRI%为6.48%)等。统计分析检验表明,鳓鱼的空胃率和平均胃饱满系数有显著的季节变化(P<0.01),而无明显的叉长变化,摄食强度春季最高,秋季次之,夏季相对较高,而冬季最低。

糟鱼中乳酸菌的分离鉴定及鳓鱼发酵条件优化

研究了一种微生物接种发酵技术与传统糟鱼制备工艺相结合的新方法,以期实现传统糟制水产品的工业化、标准化改造。利用MRS选择性培养基从传统糟鱼产品中分离得到优势微生物,采用基础微生物学结合MIDI微生物自动鉴定系统进行鉴定。采用传统糟制工艺和微生物接种制备发酵鳓鱼,测定不同条件下蛋白质含量、总酸、挥发性盐基氮(TVBN)、氨基态氮、pH等指标的变化。通过单因素试验确定糟/鱼比、发酵温度和接菌量3个影响因素的水平,利用响应面法得到最佳工艺。结果表明:传统糟鱼中分离出的菌株鉴定为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum);发酵温度对发酵鱼的影响表现为,温度过高时鱼肉还未形成糟鱼风味已快速软化、腐败,过低不利于微生物繁殖而使发酵不成熟。酒糟量影响糟鱼口感,接菌量对发酵时间影响显著;响应面法优化鳓鱼的最佳工艺为:糟/鱼比2.5%、发酵温度20℃、接菌量2.28%。验证试验表明:此工艺可使熟化时间从传统糟制的30d以上缩短至12d;和纯乳酸菌接种发酵相比,虽发酵时间稍长,但产品更具传统糟鱼的独特风味。

鳓形态指标体系分析及雌雄鉴别模型

对鳓的形态指标体系进行了主成分分析和R—聚类分析。鳓的形态指标大体可归纳为“大小因子”、“形态因子”和“头型因子”;关子“肥瘦”方面、“长度”方面和“头部”的指标各自的相关较为密切,而这三类指标间的相关较小。在此分析基础上,构建了48个相对指标,并用逐步判别建立了雌雄判别模型,此模型回判的错判率为8.9％。

基于COⅠ基因和D-loop序列的东海鳓鱼种质资源遗传变异研究

以东海区鳓鱼背部肌肉的线粒体DNA作为模板,对16个个体的COⅠ基因和D-loop序列进行了扩增,通过对PCR产物进行双向测序,最终得到了691 bp的COⅠ基因片段和718 bp的D-loop序列片断。用DNASP软件分析得知,16个COⅠ基因序列定义了6个单倍型(在GenBank登录号:HM030765-HM030768,HM030769-HM030770),在6个单倍型中,共检测到6个变异位点,其中有5个变异位点发生在第三密码子位置上,有1个变异位点发生在第一密码子位置上。东海区鳓鱼16个个体D-loop序列共定义了14个单倍型(GenBank登录号:HM030781,HM030783-HM030792,HM030794-HM030796)。除去插入/缺失位点,14个单倍型共检测到30个多态位点,主要发生在D-loop序列的两端区域;D-loop序列还检测到80个插入或缺失位点,碱基插入主要发生在340～419 bp之间的中央区域,以40 bp重复片断插入的形式进行。每个个体含有2～4个连续重复片断。对鳓鱼进行了遗传多样性分析,COⅠ基因序列的单倍型多样性为0.617,核苷酸多样性指数为0.001 37,平均核苷酸差异数为0.950。D-loop序列的单倍型多样性为0.983,核苷酸多样性指数为0.009 98,平均核苷酸差异数为6.367。综合分析,东海区鳓鱼的遗传多样性并不高,有必要采取综合措施对其进行种质资源保护。

鳓生长特性的研究

对鳓的生长特性和生长过程进行了研究,结果表明:1～5龄的鳓处于生长期;在2龄前生长速度最快,2龄后生长速度减慢。它的生长过程可用特殊的VonBertalanffy生长方程描写。它的生长拐点年龄为2.6龄,在2.6龄时它的体长可达303.03mm,体重为393.38g。

厦门近海鳓鱼生殖群体监测调查

鳓鱼Ilisha elongata(Bennett)为福建省重要经济鱼类,年产量曾达4000～5000吨。厦门近海鳓鱼产卵场是福建鳓鱼主要产卵场之一,厦门鳓鱼生殖群体历来是闽南地区近海延绳钓、流刺网的捕捞对象,也是机围、拖网作业的兼捕对象之一。50～60年代鳓鱼资源鼎盛时期,每年汛产量可达150～200吨,

厦门近海鳓鱼生殖群体生长与资源状况

鳓鱼Ilisha elcngata(Bennett)隶属鲱形目,鲱科,鳓属。广泛分布于印度洋北部沿海,东至原苏联东部大彼得湾,南至印度尼西亚,我国沿海也均有分布。鳓鱼为我省重要经济鱼类,年产量曾达4—5千吨。厦门近海鳓鱼产卵场是我省鳓鱼主要产卵场之一,其生殖群体曾是闽南地区近海延绳钓和流刺网的捕捞对象,也是机大围缯,拖网作业的兼捕对象之一。50—60年代鳓鱼资源鼎盛时期,每年汛产量可达150—200吨。80年代中期以后,生殖群体资源数量急剧减少,出现严重的衰退,近年来几乎形不成渔汛。为了繁殖保护和合理利用厦门近海鳓鱼生殖群体,本文拟就厦门近海鳓鱼生殖群体的生长特性及资源状况作一初步研究探讨,以供行政管理部门进行渔业管理决策作参考。

闽江口鳓鱼生殖群体的生态特性

报道了闽江口海域鳓鱼的生殖群体结构、生长特性、死亡参数和繁殖、摄食习性等生态学资料。阐述了鳓鱼的捕捞死亡系数、捕捞努力量及单位网产的变化，分析讨论了捕捞努力量对捕捞死亡系数和单位网产的影响。针对目前沿岸定置网作业对鳓鱼幼鱼损害的严重性，指出８～１０月保护鳓鱼幼鱼的重要性。

东海鳓鱼精巢的周年变化

本文研究了东海鳓鱼精巢的周年变化。结果表明,鳓鱼精巢为典型的壶腹型精巢。其基本结构:精小叶、精小囊、精小叶腔以及小时间组织等都随季节而周期性变化。本文还对小叶问组织的生理功能和繁殖季节过后,精巢内残留精子的退化等问题作了描述和探讨。

鳓鱼的养生保健价值浅谈

在广泛文献检索基础上,对鳓鱼的种属、成分、养生保健价值和食用注意事项等方面进行概述,为深入开发利用提供科学资料。

腌制条件对鳓鱼腌制品品质的影响研究

[目的]研究腌制条件对鳓鱼在腌制过程中品质的影响。[方法]以鳓鱼为原料,研究腌制温度、加盐量和腌制时间对鳓鱼腌制品中理化指标亚硝酸盐、挥发性盐基氮(TVB-N值)和过氧化值的影响。[结果]研究表明,腌制条件对鳓鱼腌制品中亚硝酸盐含量、TVB-N值、过氧化值的影响显著;食盐添加量越低,腌制咸鱼中亚硝酸盐的峰值出现越早并且峰值越高,TVB-N值含量越高;腌制温度越高、腌制时间越长,亚硝酸盐的峰值出现越早且峰值越高,TVB-N值和过氧化值含量越高。[结论]研究对鳓鱼腌制过程具有一定的指导意义。

固态发酵过程中鳓鱼品质及抗氧化能力的研究

为研究固态发酵过程中鳓鱼蛋白的降解及其对鳓鱼品质和抗氧化能力的影响,对鳓鱼蛋白的降解情况及氨基酸态氮、挥发性盐基氮和组胺等指标进行了测定,并对其抗氧化能力的变化进行了分析。结果表明,随着发酵时间的延长,鳓鱼蛋白在发酵过程显著降解,其中分子量为220、135、90、35 k Da以及20~29 k Da的蛋白条带明显减弱或消失。在发酵9 d以后,肌球蛋白重链(MHC,220 k Da)及14~20 k Da之间的蛋白条带基本消失。在此期间,氨基酸态氮含量逐渐增加;鳓鱼的水分含量不断下降;TVB-N以及组胺含量不断上升。随着发酵时间的延长,蛋白质降解产物增强了发酵鱼的抗氧化性。自由基清除率逐渐增加随后略有下降,在发酵第9天时,自由基清除率达到了47.31%。

基于传统分离培养和高通量测序分析市售咸鳓鱼中微生物多样性

以6种浙东地区市售咸鳓鱼为对象,采用分离培养的方法结合16S rDNA V4可变区高通量测序较为全面地探究其中微生物多样性,并且分析分离菌株氨基酸脱羧酶基因及常见抗生素耐药基因携带情况。试验共分离获得151株可培养细菌,16S rDNA测序将其鉴定至14个属和23个种,其中芽孢杆菌数量最多(98株,64.90%);葡萄球菌其次(20株,13.25%);嗜冷杆菌次之(13株,8.61%)。132株分离菌株携带组氨酸脱羧酶基因,占比高达87.42%;鸟氨酸脱羧酶基因和赖氨酸脱羧酶基因的携带比例分别为46.36%和45.03%。耐药基因携带率处于较低水平。高通量测序研究结果表明,门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)是市售咸鳓鱼中主要优势微生物。碱杆菌属(Alkalibacillus)、慢性芽孢杆菌属(Lentibacilus)、狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto)、梭菌属(Clostridiaceae)等分别在不同样品中占据较高比例,不同来源样品中微生物多样性呈现出较大的差异。

咸鳓鱼中产组胺菌的分离与鉴定

针对细菌引起的腌制水产品中生物胺残留问题,胺以传统工艺腌制的咸鳓鱼为对象,利用组胺菌筛选培养基,从不同腌制时期的咸鳓鱼样品中对产组胺微生物进行了筛选,通过16S r DNA测序完成了分离菌株种属鉴定,采用PCR扩增检测了分离菌株组氨酸脱羧酶基因携带情况,并用高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)检测了分离菌株发酵液中组胺的含量。结果表明,分离纯化后共获得32株疑似产生物胺细菌,分布于3个属8个种。葡萄球菌属细菌是优势分离菌株,共计29株,以腐生葡萄球菌数量最多,共16株;24株分离菌株携带组氨酸脱羧酶基因; 23株分离菌株发酵液中测出不同浓度的组胺含量,产组胺菌发酵液组胺平均含量达38. 10μg/m L,其中,1株腐生葡萄球菌菌株发酵液中组胺质量浓度高达100. 21μg/m L,是分离菌株中组胺积累能力最强的菌株。咸鳓鱼生产中产组胺菌的研究,对评估咸鳓鱼的安全性,科学指导其发酵菌株筛选具有理论指导意义。