麻芥六君子联合方组对变应性鼻炎模型大鼠治疗与鼻黏膜菌群的影响

目的比较联合处方麻芥颗粒与六君子颗粒及其单独处方对变应性鼻炎(allergic rhinitis,AR)小鼠鼻黏膜紧密连接蛋白、炎症因子、鼻黏膜菌群的影响,研究联合处方麻芥颗粒与六君子颗粒及其单独处方治疗变应性鼻炎大鼠的机制。方法将60只小鼠随机分为6组,每组10只,除空白组外,其余5组用卵清蛋白诱导AR模型后,根据所给药物分为模型组、六君子组、麻芥组、联合组、辛芩组。用反转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)法检测AR大鼠鼻黏膜紧密连接蛋白(tight junction,TJ)和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)的基因表达水平,并采用16SrDNA测序法评价鼻黏膜菌群结构的变化。结果各治疗组均能显著降低AR大鼠行为学得分;各治疗组均能显著下调血清中免疫球蛋白E(immunoglobulin E,IgE)水平;麻芥组、联合组、辛芩组显著提升连接蛋白-1(claudin-1)mRNA表达(P<0.05),各治疗组均能显著提升闭合蛋白(occludin)mRNA表达水平(P<0.05);除六君子组外各治疗组均降低AR大鼠鼻黏膜TNF-α的表达(P<0.05);除六君子组外各治疗组对AR大鼠鼻黏膜TGF-β的mRNA表达均显著上调(P<0.05)。各治疗组均可提升AR大鼠鼻黏膜菌群多样性和相对丰度;在门水平上,与空白组比较,AR大鼠模型组变形菌丰度升高,这种变化被除辛芩组外的各治疗组逆转;在科水平上,相较于空白组,模型组肠杆菌相对丰度显著降低;在麻芥颗粒联合六君子颗粒组中以乳杆菌科(Lactobacilliaceae)相对丰度最为丰富,与模型组对比显著升高(P<0.01);在麻芥组、六君子大鼠中检测到芽孢菌科(Bacillaceae)与葡萄球菌科(Staphylococcaceae)相对丰度升高(P<0.01);线性判别分析(linear discriminant analysis,LDA)得分结果检测到AR大鼠富集大肠杆菌志贺菌属,六君子组富集芽孢杆菌、麻芥组富集芽孢杆菌与粪便细菌、联合组富集乳杆菌等厚壁菌属。结论麻芥颗粒联合六君子颗粒可使炎症因子表达量恢复至正常水平并提高变应性鼻炎大鼠TJ蛋白表达水平而增强鼻黏膜屏障功能,其作用机制可能是通过调整鼻黏膜菌群多样性与相对丰度。

胃黏膜菌群在胃癌发生过程中的动态变化研究

目的:探讨胃黏膜菌群在胃癌(GC)发生过程中的动态变化。方法:收集浅表性胃炎(SG)患者8例、萎缩性胃炎(AG)患者9例、肠化生及异型增生(IM/DYS)患者12例和GC患者14例,采用16S rDNA基因高通量测序技术检测GC患者和胃癌前病变患者胃黏膜菌群,通过未观测状态重建的群落系统发育研究(PICRUSt)预测菌群的功能差异。结果:在门水平上,4组样本的胃黏膜菌群丰度排名前5的类别组成相同,但占比有所差异,由SG进展到GC的过程中,变形菌门、放线菌门丰度呈减少趋势,厚壁菌门、拟杆菌门丰度呈增加趋势;在属水平上,从SG发展到GC,普氏菌属及乳杆菌属丰度比例不断增高,螺杆菌属丰度比例在GC组中最低,同时发现GC组中乳杆菌属、戴阿利斯特杆菌属、巨球型菌属、微单胞菌属、凝聚杆菌属明显富集;线性判别(LEfSe)分析结果显示,SG组的优势菌属为细菌,IM/DYS组的优势菌属为微红微球属、红杆菌科、弓形菌属,GC组优势菌属为红蝽菌科;KEGG未富集到差异显著的代谢通路。结论:GC患者胃黏膜菌群群落及多样性与癌前病变组存在明显差异;GC发生过程中菌群的生态失调。

溃疡病的发生对半滑舌鳎体表黏膜菌群结构的影响

溃疡病是危害养殖半滑舌鳎的一种流行性疾病,黏膜菌群在维持鱼体健康中发挥了重要的作用。为了分析溃疡病的发生对半滑舌鳎体表黏膜菌群结构的影响,利用高通量测序技术对体表黏膜菌群16S rRNA基因的V4高变异区进行测序,分析了健康(MH)、患溃疡病早期(体表散布小的溃疡点)(PMD)和晚期(体表有明显溃疡灶)(MD)的半滑舌鳎体表黏膜菌群结构。结果表明:在MH、PMD和MD样本中分别鉴定到了4036、1758、1763个OUTs(Operational Taxonomic Units)。在属分类水平上,MH样品中Pseudoalteromonas、unidentified_Chloroplast、Blautia和Bifidobacterium丰度较高,而在PMD和MD样品中,其优势菌群是Pseudomonas和Vibrio。物种注释表明,MH样品中的细菌菌群结构比PMD和MD样品中的细菌群落更具多样化。细菌分离结果显示,在PMD和MD样品中发现了更多潜在的致病菌。综上,在养殖半滑舌鳎溃疡病的发生过程中,鱼体表皮黏膜细菌菌群的丰度、多样性及均一性水平均显著下降。研究结果为阐明半滑舌鳎溃疡病的发生机制提供了新思路。

炎症性肠病患者肠黏膜菌群改变及抗体反应

目的 探讨炎症性肠病 (1BD)患者肠道菌群改变及机体免疫反应。方法 采用梯度稀释法行菌群分析 ,同时采用透射比浊法测定IgG、IgM、IgA。结果 发现急性期溃疡性结肠炎患者菌群中肠杆菌 (8 82± 0 69,P <0 0 5 )、肠球菌 (7 73± 0 2 1,P <0 0 1)及小梭菌 (6 68± 0 78,P <0 0 1)的数量显著增加 ,而双歧杆菌 (6 89± 0 3 4,P <0 0 1)和乳杆菌 (6 95± 0 5 2 ,P <0 0 1)的数量明显下降 ,而缓解期与对照组相比无明显差异。拟杆菌 (7 2 6± 0 0 3 ,P <0 0 5 )及双歧杆菌 (7 5 9± 0 3 4,P <0 0 1)较急性期明显上升 ,小梭菌 (6 13± 0 66,P <0 0 1)明显下降。急性期克隆氏病患者的菌群中肠杆菌 (8 93± 0 62 ,P <0 0 1)和酵母菌 (3 88± 0 96,P <0 0 5 )明显增加 ,而双歧杆菌 (6 44± 0 2 5 ,P <0 0 1)和乳杆菌 (6 87± 0 43 ,P <0 0 1)明显下降。缓解期较正常菌群相比肠杆菌 (8 82± 0 42 ,P <0 0 5 )仍很高 ,而双歧杆菌 (7 11± 0 3 4,P <0 0 1)有回升但仍明显低于正常。缓解期与急性期相比双歧杆菌的数量有明显差异。监测的血清抗体反应中 ,急性期UC病人比正常组有更高的IgG(17 92± 3 62 ,P <0 0 1) ,IgA也有上升。而在缓解期IgA(2 84± 0 76,P <0 0 5 )与正常组相?

解淀粉芽孢杆菌和胶红酵母复合菌对虹鳟生长性能及胃黏膜、肠黏膜菌群结构的影响

为研究饲料中添加不同水平的复合菌剂(解淀粉芽孢杆菌,Bacillus amyloliquefaciens V4和胶红酵母,Rhodotorula mucilaginosa)对虹鳟(Oncorhynchus mykiss)幼鱼生长及消化道黏膜微生物菌群结构的影响,选用体重为(205.1±4.82)g的虹鳟幼鱼360尾,随机分为4组(每组3个重复,每个重复30尾),分别投喂基础饲料(C0)和3种添加水平为5×10~6/5×10~7 CFU/g(T1),1.5×10~7/1.5×10~8 CFU/g(T3),2.5×10~7/2.5×10~8 CFU/g(T5)的复合菌剂(B.amyloliquefaciens V4/R.mucilaginosa),实验周期42 d。研究结果发现饲料中添加复合益生菌对虹鳟的生长及存活有一定的促进和提高,T1比例的复合益生菌能够显著提高虹鳟的增重率和特定生长率、显著降低饲料系数(P<0.05),同时T1和T3比例添加显著降低虹鳟的死亡率(P<0.05);对其消化道黏膜细菌群落16S rDNA进行聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)指纹分析,结果表明:虹鳟胃黏膜和肠黏膜上微生物菌群种类存在差异;胃黏膜菌群DGGE图谱中分别检测到35.7±17.0(C0)、37.0±3.5(T1)、36.7±13.6(T3)、26.0±13.2(T5)条谱带,各处理组间谱带数目无显著差异(F=0.500,P=0.692),肠黏膜菌群DGGE图谱显示分别检测到23.3±5.8(C0)、22.3±3.2(T1)、16.7±8.0(T3)、24.7±7.4(T5)条谱带,各处理组间谱带数目也无显著差异(F=0.916,P=0.475);胃黏膜菌群多样性随着益生菌添加量增加,菌群多样性有升高趋势,但是在最高浓度组(T5)多样性降低,肠黏膜菌群多样性随着复合菌剂的添加,多样性指数持续降低,中浓度添加组(T3)多样性最低,但是随着添加浓度升高,呈现恢复和升高趋势(T5);基于所得PCR-DGGE指纹图谱中谱带丰度值数据的UPGMA聚类和PCA排序分析均显示胃黏膜微生物群落与肠黏膜微生物群落结构差异明显,大致分为两个不同的分支,胃黏膜和肠黏膜微生物菌群并没有按照不同处理组而有显著分化。以上结果表明解淀粉芽孢杆菌和胶红酵母复合添加能显著促进虹鳟的生长,提高存活率,外源益生菌添加对虹鳟消化道黏膜上优势菌群能产生一定影响,但并未对胃黏膜及肠黏膜菌群多样性产生显著影响,同时也未显著改变虹鳟肠黏膜微生物菌群结构,高比例添加降低消化道黏膜细菌数量及多样性风险。

反流性食管炎严重程度与食管黏膜菌群结构变化的关系初探

目的探讨反流性食管炎(RE)的严重程度与食管黏膜菌群结构变化的关系。方法选取2017年5-10月于首都医科大学附属北京安贞医院首次就诊的RE患者32例,经胃镜检查确诊为RE,根据RE洛杉矶分型分为轻度RE组(A和B级,21例)和重度RE组(C和D级,11例)。招募17名健康志愿者作为健康对照组。提取受试者食管下段黏膜样本细菌基因组DNA,采用16S r DNA基因扩增和Illumina测序技术将细菌归类。结果轻度RE组、重度RE组与健康对照组之间比较,γ-变形菌纲、普氏菌属、螺杆菌属和莫氏杆菌属丰度差异均有统计学意义[9. 0(8. 5,9. 7)%比9. 9(9. 0,11. 1)%比8. 7(8. 3,9. 2)%、0. 12(0. 06,0. 16)%比0. 13 (0. 09,0. 18)%比0. 20 (0. 14,0. 35)%、0. 04 (0. 02,0. 07)%比0. 02 (0. 02,0. 04)%比0. 10 (0. 03,0. 14)%、0 (0,0)%比0 (0,0)%比0. 002 (0,0. 019)%](P=0. 049、0. 001、0. 034、0. 013)。重度RE组胃食管反流病量表(GERDQ)评分较轻度RE组明显升高[8(8,11)分比4(2,8)分],差异有统计学意义(Z=-2. 876,P=0. 004)。Spearman相关性分析结果显示,RE患者GERDQ评分与厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门均无明显相关性,相关系数分别为0. 213(P=0. 242),-0. 082(P=0. 657),0. 068(P=0. 712),0. 204(P=0. 262)。结论 RE患者食管下段黏膜菌群构成较健康受试者出现明显变化,这可能为RE的防治提供新的方向。

亚剂量硫酸新霉素对黄羽肉鸡回肠黏膜菌群组成的影响

以1日龄岭南黄肉鸡（♂）为试验动物,研究在日粮中长期添加亚剂量硫酸新霉素对黄羽肉鸡回肠黏膜菌群动态变化与组成的影响。于1、7、14、21、28、35及42日龄分别从A组（饲喂基础日粮）和D组（饲喂基础日粮＋50mg·kg-1硫酸新霉素）采集鸡回肠肠段并提取黏膜细菌基因组DNA,采用PCR-DGGE技术分析鸡回肠黏膜菌群结构,同时应用16SrDNA基因序列技术,建立42日龄鸡回肠黏膜细菌16SrDNA的随机克隆文库。DGGE图谱分析发现,A、D两组1-28日龄回肠黏膜细菌结构存在明显差异,其相似性为40%-60%;A、D两组肉鸡1-35日龄菌群结构发生变化的程度不同,A组的动态变化值（%change）为9%-33%,D组的动态变化值为17%-45%。分析回肠文库发现,A组文库有94个序列,共产生9个OTUs（Operational Taxonomic Units）,其中未知菌属（微杆菌属）所占克隆总数比例最大为48.94%（46/94）,其次是乳杆菌属占38.30%（36/94）;D组文库有93个序列,共产生6个OTUs,其中乳杆菌属所占克隆总数比例最大为49.46%（46/93）,其次是微杆菌属占45.16%（42/93）;两组回肠文库中其他菌属的组成种类与数量存在差异,且未发现与大肠杆菌相关的序列。A组与D组42日龄肉鸡回肠黏膜菌群的组成及多样性存在差异,尤其是乳杆菌属的组成比例,这种差异可能是抗生素持续压力的影响所致。

广西百色市慢性胃炎患者胃黏膜菌群特征研究

为考察Hp感染慢性胃炎与胃黏膜菌群的相关性,根据13C呼气试验结果将慢性胃炎患者分为Hp感染阴性组(无感染组)和阳性组(感染组)各3例,采用16S rRNA基因测序技术对胃黏膜菌群进行研究。结果表明:在门水平上Hp感染组中变形菌明显高于无感染组,而厚壁菌、拟杆菌等显著低于无感染组;在属水平上Hp感染组中螺杆菌、链球菌和放线杆菌极显著高于无感染组,而沙雷菌、unidentified-Chloroplast和不动杆菌极显著低于无感染组;在种水平上Hp感染组有幽门螺杆菌,而无感染组则是粘质沙雷菌;Alpha和Beta多样性指数组间差异分析表明无感染组菌群丰度和多样性均高于Hp感染组(P<0.05)。Hp感染可改变胃黏膜菌群,导致菌群丰度和多样性降低。

16S rRNA基因测序技术分析胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群特征

提取胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析其胃黏膜菌群特征.所有样品胃黏膜菌群在门分类水平上,其结构主要由变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门等组成;在属分类水平上,则由螺杆菌属、Gilliamella属、链球菌属和Snodgrassella属等优势菌属组成;其中YHP14、YHP15和YHP16样品的螺杆菌属极显著高于YHP11、YHP12和YHP13(P<0.001).此外,YHP14、YHP15和YHP16样品的菌群丰度和多样性均低于YHP11、YHP12和YHP13.幽门螺杆菌感染可改变胃窦糜烂患者的胃黏膜菌群结构,其诱导的慢性炎症是慢性胃窦糜烂发生、发展的机制之一.

食管鳞状细胞癌患者食管黏膜菌群构成变化研究

目的探讨食管鳞状细胞癌患者食管黏膜菌群构成变化。方法选取2018年1月至2020年1月于首都医科大学附属北京安贞医院经胃镜及病理检测诊断为食管鳞状细胞癌的患者18例(CA组),另选取同期于本院行胃镜检查的17例健康志愿者(健康对照组)。于胃镜下取食管鳞状细胞癌患者的癌组织样本、健康志愿者食管黏膜组织样本,提取组织样本细菌基因组DNA,采用16S rDNA基因扩增和Illumina MiSeq测序技术将细菌归类。分析2组食管黏膜菌群构成差异。结果CA组操作分类单元少于健康对照组[684.5(588.8,742.2)比792.0(780.5,804.5)](P<0.001)。在门、纲、目、科水平,2组丰度差异有统计学意义的菌群包括放线菌门、梭杆菌门;梭状芽孢杆菌纲、放线菌纲、芽孢杆菌纲、γ变形菌纲、梭杆菌纲、β变形菌纲;梭状芽孢杆菌目、双歧杆菌目、乳杆菌目、肠杆菌目、梭杆菌目;双歧杆菌科、肠杆菌科、普氏菌科、韦荣球菌科、梭杆菌科(均P<0.05)。在属水平,CA组双歧杆菌属、另枝菌属、Hungatella丰度均低于健康对照组[3.4(0.8,27.4)%比32.3(29.2,37.3)%、0.7(0.1,1.4)%比1.6(1.4,1.9)%、0.10(0.01,1.63)%比1.80(1.61,1.90)%],梭杆菌属、奈瑟菌属、韦荣球菌属丰度均高于健康对照组[0.9(0.5,4.0)%比0.1(0.1,0.3)%、0.9(0.4,3.3)%比0.3(0.2,0.5)%、0.5(0.4,2.1)%比0.1(0.1,0.3)%](均P<0.05)。结论食管鳞状细胞癌患者与健康人群食管黏膜菌群存在明显差异,有害菌丰度明显升高、有益菌丰度明显下降。

硝菔通结方对功能性便秘大鼠血清内毒素和结肠黏膜菌群的影响

目的观察硝菔通结方对功能性便秘大鼠血清内毒素和结肠黏膜菌群的影响,探讨硝菔通结方治疗便秘的作用机制。方法将50只SPF级Wistar雄性大鼠随机分为空白组、模型组、硝菔通结方大、中、小剂量组。除正常组外,其余大鼠以15 mg/kg复方地芬诺酯混悬液灌胃复制便秘模型。造模成功后,给予硝菔通结方水煎剂灌胃治疗,给药30天后,ELISA法检测血清内毒素水平;取结肠黏膜组织,DGGE法检测结肠黏膜菌群。结果与空白组比较,模型组的大鼠血清中内毒素含量显著升高(P<0.01);给药治疗后,硝菔通结各治疗组大鼠血清中内毒素含量均降低(P<0.01),其中硝菔通结方大剂量组最为显著;模型组大鼠结肠黏膜菌群多样性和丰富度与空白组比较显著不同(P<0.01),给药治疗后,各剂量的硝菔通结方治疗组大鼠结肠黏膜菌群多样性和丰富度均明显升高(P<0.01),其中以硝菔通结方大剂量组最为明显。结论硝菔通结方可通过提高结肠黏膜菌群多样性和丰富度对功能性便秘发挥治疗作用,同时该方还有显著的血清内毒素的作用。

香连片治疗反流性食管炎大鼠后食管黏膜菌群构成变化研究

目的探讨香连片灌服对反流性食管炎(RE)大鼠食管黏膜菌群构成的影响.方法采用“幽门部分结扎及前胃完全结扎手术”建立大鼠RE模型;24只健康雄性SD大鼠用随机数字表法分为假手术组、蒸馏水组(RE对照组)、香连片组(RE观察组),每组8只.术后1周后香连片组每日灌服香连片蒸馏水溶液,假手术组、蒸馏水组每日给予相同容量蒸馏水灌胃,2周后获取2块食管下段黏膜组织,1块用于提取黏膜样本细菌基因组DNA,采用16S rDNA基因扩增和Illumina测序技术将细菌归类;1块进行苏木精-伊红染色和RE病理分级.比较各组食管黏膜菌群构成差别,比较各组食管黏膜病理学改变.结果每组6只完成研究,假手术组、蒸馏水组和香连片组食管下段黏膜属水平菌群构成:消化链球菌属丰度值分别为(2.5±0.5)%、(1.7±0.7)%和(2.5±0.3)%(P=0.040),螺杆菌属丰度值分别为(1.5±0.1)%、(0.9±0.4)%和(1.6±0.1)%(P=0.003);乳球菌属丰度值分别为(0.8±0.1)%、(0.4±0.2)%和(0.7±0.1)%(P=0.018).蒸馏水组RE病理分级轻度1例、中度3例、重度2例;香连片组轻度6例,无中度及重度;2组间比较差异有统计学意义(P=0.015).结论RE大鼠灌服香连片后食管下段黏膜菌群构成发生改变,有益菌比例增加,从而起到治疗作用,这可能为RE的治疗提供新的方向.

酸化剂和抗生素对黄羽肉鸡回肠黏膜菌群的影响

本试验旨在研究饲粮中长期添加酸化剂和亚剂量硫酸新霉素对黄羽肉鸡回肠黏膜菌群动态变化和组成的影响。选择800只1日龄健康岭南黄羽肉鸡,随机分为4个组,每组5个重复,每个重复40只鸡。对照组(A组)饲喂基础饲粮,B、C和D组饲粮分别在基础饲粮中添加0.2%酸化剂Ⅰ、0.3%酸化剂Ⅱ和50 mg/kg硫酸新霉素。试验期42 d。分别于1、7、14、21、28、35和42日龄时,采集肉鸡回肠黏膜并提取细菌DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术分析肉鸡回肠黏膜菌群结构,同时应用16S r DNA基因序列技术,建立42日龄肉鸡回肠黏膜细菌16S r DNA的随机克隆文库。动态变化趋势分析发现,4组肉鸡回肠黏膜菌群结构发生变化的程度不同,1~28日龄时4组的动态变化值分别为9%~33%、8%~90%、8%~56%和17%~45%。回肠黏膜细菌随机克隆文库分析发现,A组文库有94个序列,共产生16个OTUs(operational taxonomic units);B组有87个序列,共产生7个OTUs;C组有98个序列,共产生5个OTUs;D组有94个序列,共产生9个OTUs。A和D组乳酸杆菌属(Lactobacillus)所占克隆总数的比例分别为39.36%和50.00%,极显著高于B(6.90%)和C组(10.20%)(P<0.01);A组与其他各组其他菌属的种类与组成比例存在差异,且均未发现与埃希氏菌属(Escherichia)相关序列。由此可知,饲粮中长期添加酸化剂和亚剂量硫酸新霉素会使1~28日龄岭南黄羽肉鸡回肠黏膜菌群结构发生剧烈变化,42日龄肉鸡回肠黏膜菌群的多样性下降,乳酸杆菌属的组成发生改变,这种变化与差异可能是酸化剂与抗生素持续压力的影响所致。

十二指肠球部和末端回肠黏膜菌群多样性分析

目的分析十二指肠球部与末端回肠正常状态下黏膜菌群多样性,比较不同部位菌群组成情况。方法选择胃镜及肠镜检查的健康体检者各15例,分别钳取十二指肠球部和末端回肠黏膜组织,使用16S rRNA测序法对球部和末端回肠黏膜组织进行生物信息分析。另外又选取8例球炎患者和15例末端回肠炎患者进行对比分析。结果球部黏膜菌群测得个28个门,397个属。末端回肠黏膜测得25个门,344个属。两个部位在门水平上均以梭杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门为主要菌群,球部优势菌群所占比例依次为49.43%、25.93%、8.68%、5.19%、5.76%;末端回肠优势菌群比例依次为38.30%、29.61%、17.56%、8.15%、3.70%。属水平球部黏膜以鲸甘菌属、气单胞菌属、贪铜菌属、不动杆菌属、梭菌属为主要菌群,比例依次为49.38%、6.42%、5.62%、4.78%、3.84%;末端回肠黏膜以鲸甘菌属、贪铜菌属、气单胞菌属、拟杆菌属、不动杆菌属为主要菌群,比例依次为37.56%、12.83%、4.2%、3.84%、2.74%。球部正常黏膜与炎症状态菌群组成差异有统计学意义(P<0.05)。末端回肠正常黏膜与炎症状态菌群差异无统计学意义(P>0.05)。结论不同部位的肠道黏膜菌群分布存在差异,球部黏膜菌群比末端回肠黏膜菌群更多样。球部黏膜菌群失调参与炎症发生;末端回肠黏膜菌群在炎症状态下有轻微改变。

胃黏膜菌群与幽门螺杆菌的相关性

除幽门螺杆菌之外,胃黏膜内还定居着大量细菌,占主导地位的是厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门。幽门螺杆菌和胃黏膜菌群之间可通过竞争营养和空间、扰乱抑菌肽的分泌以及改变宿主胃生理环境等直接或间接相互影响。本研究总结了胃内正常菌群的组成特征,分析了胃黏膜菌群与幽门螺杆菌之间的相互关系及其潜在机制,并进一步探讨了胃黏膜菌群对幽门螺杆菌相关胃部疾病的影响,有利于深入理解慢性胃病的发病机制,为疾病预防及治疗提供理论依据。

慢性胃炎患者胃黏膜菌群定位及定量分析

目的对慢性胃炎患者胃黏膜菌群进行定位及定量分析,探究其与胃炎及幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染的相关性。方法收集58例慢性胃炎患者胃黏膜标本,提取胃黏膜菌群DNA,行荧光定量PCR定量胃黏膜总细菌及H.pylori,并进行相关性分析;另收集12例慢性胃炎患者胃黏膜标本石蜡包埋切片行荧光原位杂交定位胃黏膜菌群;慢性胃炎、肠化生程度的分类依据新悉尼分类系统。结果慢性胃炎患者胃黏膜细菌主要分布于胃黏膜表面、胃小凹及腺体中,细菌单个散在分布或聚集成团。多元线性回归分析显示胃黏膜总细菌数与性别、年龄、肠化生程度无关,与H.pylori感染、慢性胃炎程度有关(P<0.05)。H.pylori阳性组胃黏膜总细菌数与H.pylori细菌数目呈明显正相关(r=0.536,P<0.01)。不同胃炎程度之间胃黏膜总细菌数差异有统计学意义(P<0.05),其中重度胃炎组胃黏膜总细菌数明显高于轻、中度胃炎组(P<0.05、0.01)。不同肠化生程度之间胃黏膜总细菌数差异无统计学意义(P>0.05)。H.pylori阳性组胃黏膜总细菌数明显高于阴性组(P<0.01)。结论慢性胃炎患者胃黏膜菌群主要分布于胃黏膜表面、胃小凹及腺体中,细菌单个散在分布或聚集成团。胃黏膜菌群与慢性胃炎程度、H.pylori感染有关,与性别、年龄、肠化生程度无关,提示胃黏膜菌群的改变参与慢性胃炎的发展,H.pylori感染可改变胃黏膜菌群。

Illumina高通量测序分析人结肠恶变组织黏膜菌群变化

目的分析结肠腺瘤及腺癌患者的正常组织和恶变组织黏膜菌群特征,试图寻找癌变过程中黏膜菌群变化趋势。方法研究对象为广东医学院附属南山医院消化内科就诊的5例腺瘤和2例腺癌患者,肠镜下取微量的结肠黏膜组织,每例患者收集病变组织和病变旁5~10 cm处的正常组织,用试剂盒提取基因组DNA,PCR扩增16S r RNAV3~V4区,对PCR产物进行二代Illumina高通量测序,通过COPE软件分析和统计样品序列数目,在0.97相似度下利用QIIME（v1.8.0）软件将序列聚类为用于物种分类的OTUs（Operational taxonomic units）,进一步分析结肠正常组织和恶变组织的黏膜菌群物种丰度及结构组成特点。结果 14个样本共得到3 306个OTUs,测序深度不一;腺癌患者结肠正常组织黏膜菌群多样性指数高于恶变组织,腺瘤患者的两组指数比较没有一致规律。14个样本的共有菌门为6个,7例患者的黏膜菌群均以厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）以及变形菌门（Proteobacteria）为主,在2例腺癌患者恶变组织的黏膜菌群中,梭杆菌门（Fusobacteria）比正常组织显著增多,占30%以上,成为了优势菌门,而在5例腺瘤患者的两组黏膜菌群比较中均没有此现象。在纲和属的分类水平上,梭杆菌纲（Fusobacteriia）和梭杆菌属（Fusobacterium）仍然在腺癌患者恶变组织和正常组织中存在显著性差异,均明显增多且成为黏膜定植的优势菌。结论腺瘤到腺癌演变过程中,黏膜定植菌群的多样性变化未出现明显趋势,但根据梭杆菌的变化特点推测其可能是因癌症发生发展导致了数量的增多,而并非是结肠癌发生的病原学因子。

基于高通量测序技术研究原发性胃癌患者胃肠道菌群特征

目的:探讨原发性胃癌患者胃肠道菌群种类和分布构成,探究原发性胃癌患者的微生态与癌变发生相关性,并寻找可能存在的菌群生物标志物。方法:根据纳入排除标准,分别收集未经治疗的5例初诊胃癌患者(胃癌组)和5例健康对照人群(对照组)胃黏膜和粪便样本,共20个样本,采用16S rDNA基因高通量测序技术检测胃癌组和对照组胃肠道菌群,通过PICRUSt2预测菌群功能差异。结果:操作分类单元(Operational taxonomic units OTU)物种多样性分析显示,胃癌组和对照组胃黏膜样本优化序列数量差异无统计学意义,但胃癌组粪便(WAFB)OTU数明显高于对照组。两组间ɑ多样性指数Dominance、Shannon、Chao1、Simpson、Pielou_e及Observed_otus比较差异均无统计学意义,但距离矩阵与(主坐标分析)PCoA分析显示两组菌群结构存在显著差异。线性判别效应分析(LefSe)结果显示,在细菌分类的门水平上,与对照组相比,胃癌组黏膜(WANM)古细菌和拟杆菌门丰度降低,而厚壁菌门和弯曲杆菌门丰度增加,胃癌组粪便(WAFB)的厚壁菌门和放线菌门丰度降低,而变形杆菌门、拟杆菌门和弯曲杆菌门丰度增加。在属水平上,胃癌组大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度高于对照组,而拟杆菌属(Bacteroides)等益生菌则低于对照组。功能基因预测结果显示,胃癌组与对照组菌群代谢通路存在差异。结论:胃癌患者胃肠道菌群多样性和结构发生了特征性改变,其中在门水平上,无论是胃黏膜菌群,还是肠道菌群,其拟杆菌门和变形杆菌门为具有显著差异的标志性菌群,在属水平上,胃癌患者大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)丰度显著增高,而拟杆菌属(Bacteroides)等益生菌则显著降低。大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)可能作为本地区胃癌患者潜在的生物标志物。

腹泻型肠易激综合征患者肠黏膜相关菌群及其与症状的关系研究

目的比较腹泻型肠易激综合征(diarrhea predominant irritable bowel syndrome,IBS-D)患者与健康对照者在总细菌、大肠杆菌、梭菌属、拟杆菌、双歧杆菌和乳酸菌等6种细菌的差异,并探究菌群与症状之间的相关性。方法选取2016年6月至2016年10月于西安交通大学第二附属医院消化内镜中心进行结肠镜检查的IBS-D患者20例及健康体检者16名。收集其肠道黏膜标本,制成冰冻切片后进行荧光原位杂交,对肠黏膜相关细菌进行观察计数,并分析其与临床表现之间的关系。结果 IBS-D患者肠黏膜中的细菌主要定植在黏膜表面及与之相邻的黏液层中,仅个别患者有极少量的细菌定植在黏膜深处的固有层中。与健康对照组相比,IBS-D患者肠黏膜相关菌群中的细菌总数、大肠杆菌、拟杆菌和梭菌属数量明显增多(P<0.05),双歧杆菌数量则明显减少(P<0.05),但二者在乳酸菌的数量上差异无统计学意义(P>0.05)。与健康对照组相比,IBS-D患者固有层中细菌数量差异无统计学意义(P>0.05)。在IBS-D中,腹痛程度评分与大肠杆菌数量、排便次数、乳酸菌的数量、对大便的满意情况与双歧杆菌之间有显著相关性(P<0.05),其他细菌的数量与其他IBS-D症状之间均无显著的相关性(P>0.05)。结论与健康对照组相比,IBS-D患者的肠道微生态发生了显著改变,总细菌、大肠杆菌、拟杆菌、梭菌属和双歧杆菌的数量均产生了变化,而这种变化则与IBS-D某些症状的严重程度具有一定的相关性。

不同分期溃疡性结肠炎患者黏膜相关菌群的变化及意义

目的研究活动期、缓解期溃疡性结肠炎(UC)患者肠黏膜标本中梭菌属、肠球菌属、乳酸杆菌属、双歧杆菌属及拟杆菌属、大肠杆菌属这6种菌群含量,探讨肠道膜菌群改变在UC发病中的可能作用及意义。方法收集35例UC患者(活动期组20例、缓解期组15例)及20例健康体检者(对照组)乙状结肠黏膜活检组织,提取标本细菌DNA,根据细菌的16SrDNA序列设计特异性引物,应用实时荧光定量PCR法测定不同细菌的数量。结果与对照组相比,活动期组的肠黏膜标本中大肠杆菌含量增加,双歧杆菌属、拟杆菌属、乳酸杆菌属、梭菌属含量减少(P<0.05),但肠球菌属含量无明显变化;与对照组比较,缓解期组拟杆菌属及双歧杆菌属减少(P<0.05),大肠杆菌属、乳酸杆菌属、梭菌属、肠球菌属含量无明显变化。活动期组患者双歧杆菌/大肠杆菌(B/E)值<1,较对照组降低,而缓解期组与对照组B/E值均>1,且两者间差异无统计学意义。结论 UC患者结肠黏膜存在明显的菌群变化,以活动期UC更明显,提示肠道菌群改变与UC发生发展密切相关。