目的分析全球鼠伤寒沙门菌的流行和分子特点。方法从NCBI数据库批量下载全球沙门菌基因组和相应血清型及meta信息。使用在线软件ResFinder、PlasmidFinder、Mobile Element Finder和MLST分析抗生素耐药基因(ARGs)、质粒、移动遗传元件(M...目的分析全球鼠伤寒沙门菌的流行和分子特点。方法从NCBI数据库批量下载全球沙门菌基因组和相应血清型及meta信息。使用在线软件ResFinder、PlasmidFinder、Mobile Element Finder和MLST分析抗生素耐药基因(ARGs)、质粒、移动遗传元件(MGEs)在鼠伤寒沙门菌中的分布及其序列分型(STs)。结果323株鼠伤寒沙门菌中共检出101种ARGs,其中最常见的是aac(6′)-Iaa(322/323,99.69%),其次为sul2(155/323,47.99%)、aph(3″)-Ib(128/323,39.63%)、aph(6)-Id(127/323,39.32%)、tet(B)(109/323,33.75%)和blaTEM-1B(106/323,32.82%)。共检出36种质粒,以IncFⅡ(S)(110/323,34.06%)和IncFⅠB(S)(108/323,33.44%)最为常见。另外,鉴定到376个MGEs,包括367种插入序列和9种转座子,以MITEEc1(322/323,99.69%)和ISSen1(308/323,95.36%)最为流行。323株鼠伤寒沙门菌鉴定到32种不同的STs,其中,ST19(157/323,48.61%)和ST34(105/323,32.51%)是最为常见的2种STs,占82%以上。人类来源的115株细菌中鉴定出18种STs,也是以ST19(52/115,45.22%)和ST34(39/115,33.91%)最为常见。结论鼠伤寒沙门菌携带有多种类型的ARGs,并伴有大量插入序列和质粒的流行为耐药的流行播散提供了有利条件,针对该菌应加强感染防控措施。展开更多
目的1株mphA和mcr-1阳性鼠伤寒沙门菌的鉴定及耐药特征分析;方法分离自4岁腹泻患者粪便样本中的1株鼠伤寒沙门菌,使用沙门菌血清凝集法进行菌株鉴定,质谱法复核鉴定结果;使用微量肉汤稀释法进行药敏试验;通过全基因组测序及耐药基因注...目的1株mphA和mcr-1阳性鼠伤寒沙门菌的鉴定及耐药特征分析;方法分离自4岁腹泻患者粪便样本中的1株鼠伤寒沙门菌,使用沙门菌血清凝集法进行菌株鉴定,质谱法复核鉴定结果;使用微量肉汤稀释法进行药敏试验;通过全基因组测序及耐药基因注释鉴定菌株所携带的耐药基因;通过质粒测序及生信分析进行质粒类型鉴定、质粒耐药基因、插入子等注释及质粒结构分析;通过质粒接合转移试验评估质粒的水平转移能力。结果药敏试验结果显示分离株对包括阿奇霉素、多黏菌素、头孢曲松和环丙沙星等临床常用抗生素药物耐药。耐药基因鉴定结果显示:该分离株携带包括大环内酯类抗性基因mphA,多黏菌素抗性基因mcr-1在内的12类45个耐药基因及1个氟喹诺酮类耐药点突变gyr A S83F。质粒测序分析结果显示:该菌株携带一个260,008bp大小的Inc HI2型质粒,该质粒携带包括mphA基因和mcr-1基因在内的19个耐药基因,15种插入子,4种转座子。质粒接合转移实验结果显示该质粒可以在肠杆菌目细菌之间水平转移。结论研究结果为临床治疗鼠伤寒沙门菌感染中合理使用抗生素以及有效预防、控制耐阿奇霉素、多黏菌素鼠伤寒沙门菌的传播提供了科学依据。展开更多
文摘目的分析全球鼠伤寒沙门菌的流行和分子特点。方法从NCBI数据库批量下载全球沙门菌基因组和相应血清型及meta信息。使用在线软件ResFinder、PlasmidFinder、Mobile Element Finder和MLST分析抗生素耐药基因(ARGs)、质粒、移动遗传元件(MGEs)在鼠伤寒沙门菌中的分布及其序列分型(STs)。结果323株鼠伤寒沙门菌中共检出101种ARGs,其中最常见的是aac(6′)-Iaa(322/323,99.69%),其次为sul2(155/323,47.99%)、aph(3″)-Ib(128/323,39.63%)、aph(6)-Id(127/323,39.32%)、tet(B)(109/323,33.75%)和blaTEM-1B(106/323,32.82%)。共检出36种质粒,以IncFⅡ(S)(110/323,34.06%)和IncFⅠB(S)(108/323,33.44%)最为常见。另外,鉴定到376个MGEs,包括367种插入序列和9种转座子,以MITEEc1(322/323,99.69%)和ISSen1(308/323,95.36%)最为流行。323株鼠伤寒沙门菌鉴定到32种不同的STs,其中,ST19(157/323,48.61%)和ST34(105/323,32.51%)是最为常见的2种STs,占82%以上。人类来源的115株细菌中鉴定出18种STs,也是以ST19(52/115,45.22%)和ST34(39/115,33.91%)最为常见。结论鼠伤寒沙门菌携带有多种类型的ARGs,并伴有大量插入序列和质粒的流行为耐药的流行播散提供了有利条件,针对该菌应加强感染防控措施。
文摘目的1株mphA和mcr-1阳性鼠伤寒沙门菌的鉴定及耐药特征分析;方法分离自4岁腹泻患者粪便样本中的1株鼠伤寒沙门菌,使用沙门菌血清凝集法进行菌株鉴定,质谱法复核鉴定结果;使用微量肉汤稀释法进行药敏试验;通过全基因组测序及耐药基因注释鉴定菌株所携带的耐药基因;通过质粒测序及生信分析进行质粒类型鉴定、质粒耐药基因、插入子等注释及质粒结构分析;通过质粒接合转移试验评估质粒的水平转移能力。结果药敏试验结果显示分离株对包括阿奇霉素、多黏菌素、头孢曲松和环丙沙星等临床常用抗生素药物耐药。耐药基因鉴定结果显示:该分离株携带包括大环内酯类抗性基因mphA,多黏菌素抗性基因mcr-1在内的12类45个耐药基因及1个氟喹诺酮类耐药点突变gyr A S83F。质粒测序分析结果显示:该菌株携带一个260,008bp大小的Inc HI2型质粒,该质粒携带包括mphA基因和mcr-1基因在内的19个耐药基因,15种插入子,4种转座子。质粒接合转移实验结果显示该质粒可以在肠杆菌目细菌之间水平转移。结论研究结果为临床治疗鼠伤寒沙门菌感染中合理使用抗生素以及有效预防、控制耐阿奇霉素、多黏菌素鼠伤寒沙门菌的传播提供了科学依据。