鼠脑心肌炎病毒(TMEV)3D基因的序列保守性分析

为了探索RNA依赖RNA聚合酶基因(3D基因)的抗病机理,试验比较了小RNA病毒科所有病毒3D基因的序列,分析了3D基因的序列特征。结果表明:小RNA病毒科病毒3D基因的核酸同源性为50.91%,其中最保守的位点有37个,且均有1个异常保守的TAYGGNGAYGAY基序,它编码的氨基酸为YGDD;3D基因的氨基酸同源性为42.22%,保守的基序有KDE、PSG、YGDD和PLKR。

鼠脑心肌炎病毒TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立快速诊断鼠脑心肌炎病毒感染的荧光定量RT-PCR方法。方法根据鼠脑心肌炎病毒(EMV)PEC9毒株全基因组序列(Gen Bank登录号:DQ288856.1),设计一对特异性引物和TaqMan探针,建立EMV的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法,进行条件优化,检测其特异性,敏感性,稳定性。结果建立的荧光定量PCR方法,标准曲线的线性关系良好,r2值可达0.99,敏感性最低检测限为1个拷贝数,高于普通PCR方法 1000倍,其特异性强,与其他常见感染的小鼠病毒株均无特异性扩增,批内和批间变异系数均小于2%。利用该方法对上海市120份小鼠心肌样品进行检测,未检测到阳性感染。结论本研究为鼠脑心肌炎病毒感染的分子检测,为制定国家标准提供良好的方法。