利用多态性片段长度扩增（AFLP）法对印度大吉岭茶树遗传多样性的研究

大吉岭地区的茶树因其特殊的地理环境而具有遗传特点.其不同品系的基因组DNA指纹分析证明有很高的多态性,所以适合以AFLP来研究其无性品系茶树的基因.聚类分析显示,其遗传系统树图谱与先前以形态特征为依据的分类结果一致.大吉岭茶树各品系问的遗传相似性达到70%.在中国类型品种中遗传变异程度较大.在三个种质类型(viz.China,Assam and Cambod type)之间及内部的变异程度分别为63%和36%.

法国甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

甘蔗种质的遗传多样性研究,能为种质的杂交和创新利用提供参考。本研究对43份法国甘蔗种质开展遗传多样性分析,用10对AFLP引物总计扩增出1222条带,多态性条带为891条,多态性条带比率为72.91%。43份法国甘蔗种质间的相似性系数平均为0.809,最小是0.721,最大是0.880。每个位点的多态信息量是0.182,有效等位基因数是1.304,多样性指数是0.283。聚类结果显示在相似性系数0.78处切割时,可划分为2个类群,第Ⅰ类群包括‘FR97-047’、‘FR93-1066’、‘FR96-245’、‘FR97-053’、‘FR93-910’、‘FR93-316’、‘FR97-164’和‘FR93-697’;第Ⅱ类群有35份种质。43份法国甘蔗种质亲缘关系较近,遗传多样性并不丰富。

基于AFLP分子标记的鸭绿江茴鱼遗传多样性分析

为探讨鸭绿江茴鱼群体遗传结构及分化水平,为其种质资源保护提供遗传学依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)方法,对分别采自吉林省内鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的总计90尾鸭绿江茴鱼的遗传多样性进行了比较研究。结果显示,鸭绿江上游、松花江上游和临江金鲨养殖场3个群体的观测等位基因数(Na)分别为1.340 9、1.251 7和1.269 1,有效等位基因数(Ne)分别为1.153 8、1.130 0和1.144 1,Nei’s遗传多样性指数分别为0.093 2、0.078 2和0.086 3,Shannon’s信息指数分别为0.144 7、0.119 8和0.131 9,遗传分化系数(G_(st))为0.176 7~0.254 7,平均值为0.219 4,遗传相似性为0.820 6~0.936 3。UPGMA聚类分析结果显示,松花江上游群体单独聚为一支,鸭绿江上游群体和临江金鲨养殖场群体出现了聚群情况。结果表明,采样的3个鸭绿江茴鱼群体均具有较高的遗传多样性水平,3个群体发生了显著的遗传分化。

38株维氏气单胞菌分离株的AFLP基因分型研究

试验通过人工设计合成的通用接头以及与接头序列相匹配的专用引物,对38株维氏气单胞菌分离株和1株维氏气单胞菌标准菌株进行AFLP基因分型研究。结果显示,采用5对引物使39株维氏气单胞菌扩增出1080条可见条带,片段长度在50—1000 bp之间,其中多态性条带727条,平均每对引物组合产生154条多态性条带,平均多态性检出率为66.7%。按UPGMA方法对条带进行聚类分析,建立聚类分支树状图,将39株维氏气单胞菌分为9个基因型,其中第四类群基因Ⅳ型包含了14株菌株,约占总菌数的35.9%,分布在5个不同的地区,推测其可能是引起斑点叉尾发病的主要流行性基因型。不同地区分离的维氏气单胞菌具有地域性差异,而同一地区分离株既存在相同基因型现象,也存在基因型多样性现象。

龙眼品种(系)遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

选用两对引物组合EcoRⅠACT +MseⅠCTT和EcoRⅠACT +MseⅠCTC对 46份龙眼材料进行AFLP分析 ,共得到扩增位点 111个 ,其中多态性位点 10 3个 ,多态性比例达 92 6 9%,区分率达 10 0 %。对AFLP扩增结果进行聚类分析 ,根据相似系数 0 76的水平可将 46份龙眼品种 (系 )分为 11个品种群。供试各品种多态性比例介于 0 2 70 3和 0 4 95 5间。福建东壁与广东东壁应为不同品系 ;早熟一号为一个新的品系。

荔枝品种亲缘关系的AFLP分析

应用AFLP技术 ,对 39个荔枝品种进行了遗传多样性分析及分类研究。筛选出适于荔枝AFLP分析的最佳引物组合 3对 ,分别为EcoRIAAC +MseICTG ,EcoRIAGC +MseICAT ,EcoRIACC +MseICAT。在分子水平上 ,荔枝品种的遗传多样性并非形态学性状所体现的那样丰富。AFLP分析将 39个荔枝品种分成了 6组 ,与传统的以果皮龟裂片隆起类型为分类标准的分类没有一致性。初步建立起荔枝主要栽培品种的分子标记标准图谱。应用AFLP技术对来自两个不同地方的两个荔枝品种 (桂味、妃子笑 )进行了鉴别。

粉蕉、大蕉和龙牙蕉的AFLP分类研究

应用AFLP技术 ,对 32个粉蕉、大蕉、龙牙蕉品种进行了遗传多样性分析及分类研究。在分子水平上 ,可将供试品种聚为 6个独立群体 ,其中包括 3个分别由单一品种组成的群体 (群体Ⅳ :酸大蕉 ;群体Ⅴ :孟变 ;群体Ⅵ :千旁培 ) ;可以将群体Ⅰ (大蕉 )和群体Ⅱ (粉蕉 )分别划分为 3个品种群 ,将群体Ⅲ (龙牙蕉 )划分为 2个品种群。参照Simmonds的形态学分类方法 ,研究结果显示粉蕉、大蕉以及龙牙蕉各个品种之间存在丰富的遗传多样性 ,将其划分为AAB或ABB等类型 ,不能反映品种间的亲缘关系 ;粉蕉与大蕉两个类群之间遗传距离差异明显 ,将其简单的归为ABB类型是不妥当的。

AFLP和RFLP标记检测水稻亲本遗传多样性比较研究

利用AFLP和RFLP技术对 2 0个水稻品种 (系 )进行了遗传多样性分析。在AFLP分析中 ,用 6 4对引物组合进行了初筛 ,然后用其中适合水稻的 15对引物进行了详细研究 ,每对AFLP引物组合扩增出了 4 7～ 118条带 ,其中多态性带为 5～ 32条 ,15个引物组合共得到多态性条带 2 99条 ;在RFLP分析中 ,4 9个RFLP探针共检测出 10 7条多态性带。聚类分析表明 ,两种标记均能将 2 0个材料分成籼粳两大类群 ,但AFLP标记比RFLP标记更能反映品种间系谱亲缘和地理生态上的差异。两种标记检测出的遗传距离的趋势是一致的 ,但AFLP标记相对于RFLP而言提高了品种间的遗传距离的估计 ,降低了亚种间遗传距离的估计 ,因此 ,AFLP更适应于多样性的研究 。

利用扩增片段长度多态性(AFLP)研究坛紫菜的遗传变异

应用AFLP技术对浙江普陀列岛、渔山列岛和南麂列岛野生坛紫菜、福建野生厚型及薄型以及栽培坛紫菜的两个表型分化类型进行了研究。结果表明 :坛紫菜的遗传变异较为丰富 ,共记录了 5 2 8个位点 ,其中 16个为单态位点 ,其余的为多态位点 ,多态位点比例达到 96 97%。其遗传距离与地域分布正相关 ,说明不同的环境因素可能是造成坛紫菜遗传变异的主要因素。对遗传距离进行UPGMA和Neighbor joining聚类分析表明具有薄型叶片性状的浙江野生坛紫菜和福建野生薄型坛紫菜聚合 ,而福建野生厚型与栽培具厚型叶片 ,当地俗称为木耳菜的样本聚合。该结果基本清楚地反映了坛紫菜表型特征的分化。栽培薄型叶片俗称鸡毛菜样本在不同聚类方法中分别于外侧并入不同的分支。在福建野生坛紫菜与养殖坛紫菜的AFLP图谱中仅发现了三条与叶片性状相关的谱带 :具有厚型叶片性状的坛紫菜共有的ACC CAA(10 0 )和ACT CAG(2 32 ) ,具有薄型叶性状的坛紫菜共有的ACC CAA(490 )。

用RAPD和AFLP的方法对中国卤虫 (Artemia)种及亲缘关系的研究

利用ＲＡＰＤ（随机扩增多态ＤＮＡ）和ＡＦＬＰ（扩增片段长度多态性）技术对不同种及种群卤虫的关系进行分析。 １０１个随机引物对４种卤虫Ａｆｒａｎｃｉｓｃａｎａ、Ａ ｕｒｍｉａｎａ、Ａ ｓｉｎｉｃａ和Ａ．ｐａｒｔｈｅｎｏｇｅｎｅｌｉｃａ基因组ＤＮＡ进行扩增，平均每个种获得７５１条带，其中４５８条带为多态性标记，每个引物提供平均７４个标记信息，聚类结果表明Ａ．ｓｉｎｉｃａ是不同于其他旧大陆两性生殖卤虫的一个独立的种。对来自 １５个种及品系的卤虫的 ＡＦＬＰ分析显示了非常好的遗传多态性，采用 １２对引物检测到 ５９４条带，其中 ４８０个为多态性标记。聚类结果表明来自西藏的两性生殖卤虫为不同于中国内陆两性生殖卤虫的新种。而孤雌生殖卤虫在进化过程中可能是多源的，中国内陆和沿海的孤雌生殖卤虫是沿着不同的途径进化的，内陆和沿海的孤雌生殖卤虫可能为不同的种。

利用SRAP、SSR和AFLP标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱

【目的】建立甘蓝型油菜的高质量遗传图谱,为在分子水平上研究复杂性状打下基础并提供保证。【方法】以甘蓝型油菜自交不亲和系“SI-1300”及其恢复系“Eagle”组配得到的184个F2单株为群体,利用SRAP、SSR和AFLP标记技术构建甘蓝型油菜遗传图谱。【结果】该图谱共包含21个连锁群,涉及137个SRAP标记、143个SSR标记和118个AFLP标记。图谱总长1949.8cM,标记间平均图距为4.9cM。以SSR标记为锚定标记,该图谱与国际标准图谱进行了初步对应。研究共发现了8个偏分离区域。【结论】根据对标记分布的均匀程度,图谱覆盖程度以及标记密度等方面的分析,本研究构建的甘蓝型油菜分子遗传图谱质量较高,并且SRAP标记可能是比AFLP标记更适合于图谱构建的标记体系。

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用 12对AFLP引物组合检测了 19个中国地方猪种 (群 )、1个培育猪种和 4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异 ,根据AFLP分析结果计算了 2 4个猪种 (群 )间的遗传相似系数 ,据此构建了UPGMA聚类关系图。结果表明 ,AFLP标记有着很高的多态检测效率 (Ai) ,平均每个引物组合检测到 17.3个多态标记 ,非常适合于猪种(群 )遗传多样性分析和品种鉴定 ;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显 ,两类猪群间的亲缘关系较远 ;南昌白猪与大白猪、铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系 ,分别与其育成历史、地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种 (群 )的聚类分析结果与其形态学。

利用AFLP技术筛选与银杏性别相关的分子标记

利用 amplified fragment length polymorphism(AFLP)技术 ,应用 4 8个引物组合 ,检测了雌雄银杏基因组DNA的多态性 ,筛选与银杏性别相关的分子标记 ,其中 3个引物组合各提供了 1个与雌性相关的分子标记 .经Southern点杂交证实有两个标记为银杏雌性基因组所特有 .这些分子标记的获得 ,为寻找性别特异的探针或PCR引物 。

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到"0,1"矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V.2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA(unweighted pair group method analysis)聚类分析和PCA(principal component analysis)主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484—0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群(A、B、C、D、E、F、G、H和I)。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。

用AFLP技术分析紫茎泽兰的遗传多样性

利用AFLP技术,选择EcoRI/MesI这一酶切组合,应用6对E+3/M+3引物组合进行选择性扩增,检测了24个地区的紫茎泽兰种群的基因组DNA多态性。共扩增出509个遗传位点,其中392个多态位点,多态率为77.01%。有效等位基因数(Ne)为1.50,Nei’s基因多样性指数(H)为0.29,Shannon信息指数(I)为0.42。并通过Jaccard的方法将电泳带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵,进行了UPGMA聚类分析。结果表明:被检测的24个紫茎泽兰种群遗传多样性丰富;丰富程度与入侵定植时间有关,最早受紫茎泽兰入侵的云南省遗传多样性最丰富,变异最大,大致分为9个类群,紫茎泽兰的遗传基因可能对该省多样的气候条件或生境产生了明显的适应性变化;新入侵地区的则遗传多样性相对较低,并与云南省临近地区具有明显的种源地的地源性亲缘关系。子实的风媒传播是紫茎泽兰入侵的主要途径,样点间均具有明显的地源性亲缘关系;水媒也可能是该草传播的途径之一。紫茎泽兰可能首先从缅甸、越南、老挝经风媒入侵我国云南南部,逐渐扩散入侵中北部,又从云南北部和东部传入四川、贵州、广西、湖北等省。

小麦抗叶锈病基因Lr45的AFLP分子标记

利用AFLP技术对小麦抗叶锈基因Lr45进行了标记,从60对AFLP引物中筛选出2对在亲本及TcLr45×ThatcherF2抗感群体间揭示多态性的引物P-AGG/M-GAG和P-ACA/M-GGT。其扩增片段为261bp和105bp,2个标记与Lr45的遗传距离分别为0.6cM和1.3cM。测序比较261bp片段与大麦属VulgareHotrI基因部分序列同源性达86%,105bp片段与一粒小麦磷脂酰丝氨酸脱羧酶基因部分序列同源性高达96%。2个测序片段均包含开放阅读框(ORF)序列。

亲本数目对鲍养殖群体AFLP标记位点及其遗传结构的影响

为了探讨不同的交配亲本数对鲍养殖群体遗传结构的影响,实验中对两个皱纹盘鲍自交群体SS(亲本数少)和LS(亲本数多)及两个皱纹盘鲍(♀)×日本盘鲍(♂)的杂交群体SH(亲本数少)和LH(亲本数多)进行了位点频率和遗传结构的AFLP标记分析。研究表明,自交组中亲本数少的SS群体的总位点数少于LS群体,后者的一些低频位点在前者中丢失,同时群体的位点频率发生漂移,SS的低频位点数目减少而高频位点略有增加。另外统计了各群体的相似指数和杂合度,发现SS群体的相似指数低于LS,而杂合度高于LS群体。在杂交组两群体(SH,LH)中位点数目频率、相似指数和杂合度变化趋势与两自交群体相似。两组结果均表明群体的亲本数减少会引起一些低频位点丢失及位点频率发生漂移,同时亲本数过少会导致群体的杂合度暂时升高。

鉴定与水稻光敏核不育基因pms3连锁的AFLP-RFLP标记

运用 ＡＦＬＰ技术对农垦 ５８Ｓ×１５１４的 Ｆ２代群体构建的极端集团进行了分析，在 ２５３对ＡＦＬＰ引物中，９１％具有多态性带，有２０对引物扩增到了阳性带．阳性带经克隆后用作ＲＦＬＰ探针进行极端集团分析，其中４个具有多态性带．２个（Ｆ３和Ｖ４）表现为阳性带．Ｆ２代不育群体ＲＦＬＰ分析结果显示，Ｆ３和Ｖ４两个标记与第１２染色体上的光敏核不育基因ｐｍｓ３连锁．通过极大似然法估算，Ｆ３和Ｖ４标记距光敏核不育基因ｐｍｓ３的遗传距离分别为５.８０ｃＭ和７．７５ ｃＭ．

苹果属种、杂交种及品种之间关系的AFLP分析

用AFLP技术,对72个苹果属植物样本(34个种、变种、杂交种及38个品种)进行遗传多样性分析。在64对AFLP引物中选出6对引物进行扩增,得到有效谱带1692条,其中多态谱带1547条,多态谱带比率为91.4%。对72个样品的试验数据进行聚类分析,它们的相似系数为0.54～0.82。在相似系数0.60处参试材料被分为4大类,即佛罗伦萨苹果(Malusflorentina)为一类;绿苹果组(Sect.Choromeles)和多胜苹果组(Sect.Docyniopsis)分别各聚一类;花楸组(Sect.Sorbomalus)、脱萼组(Sect.Gymnomeles)和苹果组(Sect.Malus)聚为一类,所有苹果品种和观赏海棠品种全聚在原产亚洲的花楸组、脱萼组及苹果组中。亚洲原产的苹果属植物对于苹果及观赏海棠品种的发展起重要作用。根据试验结果及文献资料,支持将佛罗伦萨苹果组(Sect.Florentinae ChengM.H.)成立单种组;建议将原属花楸组植物除佛罗伦萨苹果外,全部并入苹果组;取消脱萼组,将其组内的植物全部并入苹果组。

香蕉种质资源的AFLP鉴别与分类中DNA模板的制备

在运用AFLP技术进行香蕉种质资源的鉴别与分类时,成功的关键之一是HMW基因组DNA的成功制备和避免降解,为了获得高纯度的HMW香蕉模板DNA和清晰的AFLP指纹图谱,以粉蕉为试材进行了用不同方法从不同植物体部位提取香蕉DNA的研究。结果表明,以香蕉未展开的幼叶、成熟叶、新根为材料提取的DNA量足以进行AFLP分析,但考虑到取材的方便性,最好选用未展开的幼叶或成熟叶;用改进后的SDS、CTAB法均可以获得HMW基因组DNA和AFLP指纹图谱,SDS法(用氯仿异-戊醇溶液抽提3次)提取的DNA量将近是CTAB法提取的DNA量的2倍,但SDS法提取的DNA纯度不如CTAB法提取的高。两种方法提取的DNA片段大小一致,大约在16kb左右。