GPD⁃GEM有效增益研究及其优化

偏振测量X射线聚焦望远镜阵列(PFA)属于增强型X射线时变与偏振空间天文台(eXTP)有效载荷之一,其位于焦平面的气体像素探测器(GPD)用于测量处于极端条件下天体辐射的软X射线偏振度等物理参数。GPD采用单层气体电子倍增器(GEM)作为气体放大级,有效面积为(15.5×15.5)mm^(2),孔型为双锥形结构,相邻孔间间距为50μm,孔外直径为30μm,锥角约为10°;该GEM孔采用非聚焦激光辐照技术制作成型,生产时由于激光非均匀性以及辐照区域重叠,将引起不同孔的锥角出现差异,造成孔间增益不均匀。基于GPD基线设计参数,通过构建GPD⁃GEM模拟框架,验证了模拟的有效增益和文献测试结果的一致性;在相同工作电压下,0°~10°范围内不同锥角对应的GPD⁃GEM有效增益基本呈线性关系。该结果表明GPD⁃GEM孔型最优为圆柱形结构,为其生产工艺提供了优化方向。

基于Copula-SV-GPD模型的投资组合风险度量

对于多元金融资产组合,针对资产收益的厚尾性、波动的异方差性及资产间的非线性相关结构等特征,采用SV-t模型与极值理论结合刻画单个资产收益的波动性及尾部分布特征,应用Copula函数处理多元资产间的相关性,并结合Monte Carlo模拟对投资组合进行风险测度.通过对华安创新基金的实证分析结果表明,基于SV-GPD的边缘分布模型能有效地刻画金融资产收益时序并较为精确地处理资产收益尾部的异常变化,相比其他风险度量模型具有更好的优越性,基于Copula-SV-GPD模型的多元资产组合对风险测度能力更强,能有效地管理投资风险.

梅毒螺旋体外膜蛋白Gpd基因的克隆、表达及其免疫活性研究

利用PCR技术从Tp Nichols株基因组模板中扩增梅毒螺旋体(Treponema pallidum,Tp)外膜蛋白Gpd基因,定向克隆构建真核表达重组体pcDNA3.1(+)-Gpd,免疫印迹和免疫组化技术检测pcDNA3.1(+)-Gpd在HeLa细胞中的表达;同时将真核表达重组体pcDNA3.1(+)-Gpd免疫新西兰兔,检测其在兔体内的免疫应答效果。免疫印迹和免疫组化鉴定均显示重组体在HeLa细胞中能有效表达一个41kD的Gpd融合蛋白。新西兰兔接种核酸疫苗后,能产生特异性抗体,第3次免疫后2周抗体最高滴度可达1∶1024,免疫后兔脾细胞受Gpd蛋白刺激有明显增殖反应。所诱导的抗体水平和脾淋巴细胞增殖情况均显著高于空质粒对照组和空白对照组(p<0.05)。Tp真核表达重组体pcDNA3.1(+)-Gpd的成功构建及能刺激新西兰兔产生较强特异的免疫应答,为Gpd蛋白生物学功能及梅毒DNA疫苗的深入研究奠定了一定的实验基础。

香菇印gpd-Le和ras-Le启动子的功能分析

利用从香菇菌丝体中克隆的启动子片段gpd-Le(613bp)和ras-Le(715bp)分别连接于报告基因gfp(绿色荧光蛋白基因)的上游,构建了启动子功能活性检测表达质粒pLg-gfp和pLr-gfp。采用PEG介导法把表达质粒pLg-gfp和pLr-gfp分别与辅助质粒pCc1001(含有trp1基因)共转化进色氨酸营养缺陷型的灰盖鬼伞粉孢子的原生质体中。经过选择培养基筛选、假定转化子的分子鉴定以及GFP荧光检测。结果表明:香菇gpd-Le启动子在灰盖鬼伞的菌丝中具有较强驱动外源gfp基因表达的活性,在荧光显微镜和共聚焦显微镜下观察到gfp基因表达的绿色荧光。而香菇ras-Le启动子没有检测到有驱动外源gfp基因表达的活性。

草菇gpd启动子的克隆及序列分析

根据已报道的gpd启动子的序列设计合成了一对引物,以草菇菌丝的基因组DNA为模板,采用PCR扩增的方法克隆出一条长1367bp的DNA特异片段gpd-vv。gpd-vv序列用Promoter Scan Ⅱ和Promoter Predictions软件进行分析,结果表明,其序列上有6个核心启动子区,而且除了具有一般启动子的CAAT-box、TATA-box等基本顺式作用元件外,还含有几个重要的元件如G-box,GC-motif,CTrich-motif等。经Tfsitescan Service分析,gpd-vv序列还包含多个转录因子的结合位点,包括GCR1,GCN4,AFT1,Repressor of CAR1等。

立枯丝核菌不同融合群菌株GPD基因的克隆及序列特征分析

利用同源克隆的方法对11个立枯丝核菌标准融合群菌株的GPD基因进行了分离。分析发现不同融合群立枯丝核菌GPD基因在外显子数目、编码蛋白长度及内含子剪切方式等方面存在差异,如AG-2-2ⅢB、AG-2-2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因的外显子个数为10个,其他融合群均为11个;AG-8融合群的GPD基因的编码蛋白长度为267个氨基酸,其余融合群的GPD基因的编码蛋白长度约为340个氨基酸。AG-2-2ⅢB、AG-2-2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因在98、98、272氨基酸位点的内含子发生了缺失。基于蛋白序列的进化分析表明不同融合群之间GPD基因编码蛋白存在明显差异,可以有效地将不同融合群菌株区分开来;同时,不同物种之间GPD基因在进化上仍具有一定保守性,立枯丝核菌自身的GPD基因蛋白序列归为一类且与担子菌门同源性最高。这些结果表明进行保守基因序列差异分析是进行立枯丝核菌分类分群研究的新思路。

灰树花gpd-Gf启动子的功能分析

利用从灰树花菌丝体中克隆的gpd-Gf(615bp)启动子片段串联于报告基因gfp上游,构建启动子功能活性检测表达质粒pGg-gfp。采用PEG介导法把表达质粒pGg-gfp与辅助质粒pCc1001(含有trp1基因)共转化进色氨酸营养缺陷型的灰盖鬼伞粉孢子的原生质体中。经过选择培养基筛选、假定转化子的分子鉴定以及GFP荧光检测,结果表明:灰树花gpd-Gf启动子在灰盖鬼伞菌丝中具有较强驱动gfp基因表达的活性,在荧光显微镜和共聚焦显微镜下可以观察到转化子菌丝发出的强烈荧光。

香菇ras和gpd启动子的克隆与功能鉴定

以香菇基因组DNA为模板,利用PCR技术克隆了香菇1个ras启动子Lras,2个gpd启动子Lgpd1和Lgpd2。这3个启动子的大小分别为715bp、1056bp和611bp,与已报道的ras和gpd启动子的同源性很强。对这3个启动子的分析结果表明,它们都含有丰富的启动子顺式作用元件。将这些启动子片段分别与GUS基因连接构建了表达载体,并将这些表达载体导入草菇菌丝体中,检测其活性,最终显示3个片段都有启动GUS基因表达的能力,其中Lgpd1启动子活性最强,Lras启动子次之,Lgpd2最弱。

基于gpd基因的大蒜黑腐病菌实时荧光定量PCR鉴定技术

【目的】大蒜黑腐病菌(Embellisia allii(Campanile)Simmons)的检疫鉴定主要采用形态鉴定方法。不仅耗时长,而且大蒜黑腐病菌与本属其他种以及其他属的分生孢子非常相似,极难分辨,需要建立快速、有效的分子诊断方法。研究旨在建立实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,q PCR)体系以准确、灵敏地鉴定大蒜黑腐病菌。【方法】从NCBI的Gen Bank数据库中,选取大蒜黑腐病菌和其他大蒜病害以及近似种的3-磷酸甘油脱氢酶(gpd)基因核酸序列数据15种,应用引物设计软件Primer express,根据探针设计原则从理论上选出1条探针和3对引物。根据试验结果对上述引物进行筛选,筛选出能够鉴定出大蒜黑腐病菌的特异性引物对和Taq Man探针。同时对反应体系中复性-延伸温度的反应参数进行优化,设计56、58、60℃3个温度梯度;将大蒜黑腐病菌基因组DNA在紫外核酸分析仪上进行定量后进行10倍的梯度稀释,对探针灵敏性进行测试,从而建立大蒜黑腐病菌Taq Man水解探针法q PCR检测体系。【结果】从基于Gen Bank上的15种gpd基因核酸序列设计的引物和探针中,筛选出能够鉴定大蒜黑腐病菌的特异性引物对Emb21/Emb32和Taq Man探针Emb。在供试的6种菌株中,只有靶标菌大蒜黑腐病菌利用该引物对和探针能够被特异性的检测到阳性,空白对照和其他参试菌均没有荧光信号的增加,检测为阴性。复性-延伸温度反应参数优化中,△Rn荧光信号增加值在58℃时达最大,56、60℃荧光信号增加值降低,经过多次重复试验,确定最佳的复性-延伸温度为58℃。灵敏度测试中,大蒜黑腐病菌DNA浓度稀释到140 pg时,所得的图形较好;当体系中模板浓度稀释到14 pg时,所得的图形较差。最终DNA检测灵敏度为140 pg。应用该引物和探针建立的q PCR检测方法能够从供试的菌株中特异性地检出大蒜黑腐病菌。【结论】建立了大蒜黑腐病菌Taq Man探针法q PCR检测体系,该检测技术能够从供试的6种病原菌中特异性检测出大蒜黑腐病菌,检测灵敏度可达140 pg。建立的基于gpd基因的大蒜黑腐病菌q PCR方法具有高度的特异性和灵敏度,适合口岸大蒜黑腐病菌的快速检测。

银耳芽孢内源gpd启动子的克隆与功能鉴定

利用反向长距离PCR技术从银耳(Tremellafuciformis)芽孢gpd基因出发克隆上游gpd启动子序列,将预测的gpd启动子片段与多功能纤维素基因(mfc)连接构建表达载体,与潮霉素抗性质粒pBgGl-hph共转化银耳芽孢,对拟共转化子进行酶活发酵试验。结果表明:4轮反向长距离PCR克隆得到了1761bp的上游序列,经预测启动子落在上游1000bp左右区域内,包含两个高分值的起始转录位点,将gpd启动子分成gpd-Tre1(885bp)、gpd-Tre2(708bp)、gpd-Tre3(466bp)3段区域,分别与多功能纤维素基因(mfc)构建表达载体pgTre1-mfc、pgTre2-mfc和pgTre3-mfc。拟共转化子酶活发酵试验结果发现3个表达载体的转化子均能检测到多功能纤维素酶活,转化子T1-2包含gpd-Tre1启动子大片段,整体酶活最高,CMC酶活为14.12U/mL,比出发菌株Tr01提高34.3%,比工程菌株yLes3提高25.7%,木聚糖酶活为34.8U/mL,比Tr01酶活提高26.3%,略低于yLes3。3个启动子片段均具有表达活性,相比之下885bp的大片段gpd启动子表达活性更高。

基于POT-GPD模型的地震巨灾损失分布研究

极值理论关注风险损失分布的尾部特征,通常用来分析概率罕见的事件,它可以依靠少量样本数据,在总体分布未知的情况下,得到总体分布中极值的变化情况,具有超越样本数据的估计能力。因此,基于GPD(generalized pareto distribution)分布的POT(peak over threshold)模型可更有效地利用有限的巨灾损失数据信息,从而成为极值理论当前的主流技术(以下简称,POT-GPD模型)。针对地震巨灾发生频率低、损失高、数据不足且具有厚尾性等特点,利用POT-GPD模型对我国1969年至2013年间的地震直接经济损失数据进行了统计建模;采用样本Hill图及区间筛选算法选取阈值,并对形状参数及尺度参数进行了估计。模型检验表明,POT-GPD模型对巨灾风险厚尾特点具有较好的拟合效果和拟合精度,为地震巨灾风险估计的建模及巨灾债券的定价提供了理论依据。

草菇gpd启动子的克隆及表达载体的构建

[目的]从草菇基因组中克隆内源强启动子,为草菇基因工程育种提供启动子元件材料。[方法]采用PCR技术从草菇基因组DNA中克隆gpd启动子片段,利用生物信息学手段对其序列特征和调控元件进行分析,并构建表达载体。[结果]从草菇基因组中克隆出2条特异gpd启动子片段,大小分别为1056和614bp;成功构建了分别以这2条启动子片段驱动的、以gfp基因为报告基因的2个表达载体。[结论]该研究为进一步利用基因工程手段培育品质优良的草菇新菌株奠定了基础。

姬松茸(Agaricus blazei Murrill.) gpd启动子的克隆及其序列分析

[目的]对姬松茸中分离的gpd启动子片段进行序列分析。[方法]根据报道的gpd启动子序列设计合成1对引物,以姬松茸基因组DNA为模板,采用PCR扩增法克隆得到了2条DNA特异性片段,并利用启动子信号扫描和启动子预测程序对2条序列的片段启动子区和转录结合位点进行分析。[结果]测序结果表明,2条序列分别为372 bp和614 bp,分别命名为J-gpd1和J-gpd2,GenBank登陆号分别为:EU220746和EU220747;J-gpd1有3个,J-gpd2有4个核心启动子区;2条序列不仅具有基本启动子作用元件CAATBOX和TATABOX外,还具有多个重要作用元件,如CGCGBOX、GATABOX、ASF-motif、W-BOX、TGACGT-motif和GTGA motif等。利用TFSEARCH ver.1.3分析表明,2条序列还含有多个转录因子结合位点,包括GCR1、ADR1、HSF、ABF1和RAP1等。[结论]研究推测,2条序列所启动的基因具有较高的多样性和准确性。

基于双截尾-GPD分布的船舶溢油损失分布拟合研究

以全国船舶溢油事故损失数据为样本,针对船舶溢油损失数据的主体部分和厚尾部分分段建模,并将双截尾-GPD分布引入船舶溢油损失序列的分布拟合中,对船舶溢油损失序列的分布特征进行研究。实证研究发现,船舶溢油损失数据不服从正态分布,具有"尖峰、厚尾"的特性;分段拟合则进一步提高了损失分布的拟合准确性。

桦褐孔菌GPD基因cDNA序列和启动子的克隆与分析

利用RACE和染色体步移技术首次从桦褐孔菌中克隆得到三磷酸甘油醛脱氢酶(GPD)基因和启动子序列。桦褐孔菌GPD基因的cDNA序列全长1223 bp,其中,编码区1020 bp,共编码339个氨基酸,相对分子质量约为36.39 kDa,理论等电点为8.28。序列比对结果表明:桦褐孔菌GPD基因与鲍姆桑黄(Sanghuangporusbaumii)相似度为88%。利用染色体步移技术方法克隆得到GPD基因起始密码子上游446 bp启动子序列,分析表明在152 bp和160 bp处有2个转录起始位点,含有TATA、CAAT、CCAAT box及重要顺势作用元件LTR、O2-site、circadian、Sp1、TCCC-motif等,这将为桦褐孔菌菌株的分类鉴定、功能研究及高效表达载体的建立提供基因资源。

梅毒螺旋体外膜蛋白Gpd的基因型分析及其重组蛋白的免疫原性鉴定

目的 构建梅毒螺旋体 (Treponemapallidum ,Tp)外膜蛋白Gpd基因的原核表达载体 ,检测其表达产物的免疫原性 ,并比较梅毒螺旋体各菌株Gpd基因序列的同源度。方法 从TpNichols株基因组模板中PCR扩增Gpd基因 ,与GenBank登录的序列做blast比较 ,定向克隆构建原核表达重组体pET2 8b( + ) -Gpd ,转入大肠杆菌ril表达菌 ,SDS -PAGE分析重组蛋白的表达 ,Western -blot检测重组蛋白的免疫原性。结果 载体上所连目的基因片段序列与GenBank登录的Nichols株Gpd基因序列完全一致 ,同其他病原性密螺旋体菌株登陆序列比较同源度为 98%～ 1 0 0 %。SDS -PAGE检测诱导产物显示有一Mr约为 41kDa的特异蛋白带 ,免疫印迹技术检测其能与梅毒阳性标准血清反应。结论 Tp原核表达重组体pET2 8b( + ) -Gpd成功构建 ,且能够在ril表达菌中融合表达 ,为进一步研究该蛋白的生物学功能奠定了一定的实验基础。

梅毒血清学诊断用抗原Gpd蛋白的重组表达及鉴定

目的利用基因工程技术重组表达梅毒螺旋体Gpd蛋白,探讨其在梅毒血清学诊断中的应用。方法 PCR扩增Gpd基因序列,构建表达载体pET-28b-Gpd,将表达载体转化感受态细胞E.coli BL21(DE3)并以IPTG诱导蛋白表达,经镍柱亲和层析纯化后,利用质谱和免疫印迹法鉴定重组蛋白。以重组蛋白建立间接ELISA法,并检测20份TPPA阳性和20份TPPA阴性血清去评价其在梅毒血清学诊断中的应用。结果 PCR扩增出约1.1kb的Gpd片段,成功构建重组质粒pET-28b-Gpd。表达的重组蛋白的相对分子质量约41×103,主要以包涵体形式存在,占菌体总蛋白的40%。质谱和免疫印迹分析证实重组蛋白为Gpd蛋白,并能够与梅毒患者血清发生免疫学反应。间接ELISA法测定TPPA阳性血清和TPPA阴性血清的符合率分别为95%(19/20)和100%(20/20)。结论重组Gpd蛋白能够与梅毒患者血清发生特异性的免疫学反应,是一种可潜在应用于梅毒血清学诊断的新抗原。

梅毒螺旋体Gpd-IL-2融合基因原核表达重组体的构建、表达及免疫活性的初步研究

目的以梅毒螺旋体(Tp)外膜蛋白基因Gpd及细胞因子佐剂IL-2为目的基因,融合构建原核表达重组体pET28a/Gpd-IL-2,表达鉴定并进行免疫活性的初步分析,为进一步开展Tp疫苗动物实验打下基础。方法定向克隆构建原核表达重组体pET28a/Gpd-IL-2进行诱导表达;Ni亲和层析纯化重组融合蛋白后,Western blot检测其免疫反应性;免疫新西兰兔评价重组蛋白的免疫原性。结果成功构建原核表达重组体pET28a/Gpd-IL-2,表达鉴定及纯化获得相对分子量约为60 kDa的融合蛋白;Western blot检测其能与梅毒阳性血清发生特异性结合,说明两融合基因之间的表达相互没受到太大影响;纯化的Gpd-IL-2重组蛋白免疫新西兰兔能诱导其产生特异性免疫应答,ELISA检测免疫血清中特异性抗体滴度在1∶6 400以上。结论 Gpd-IL-2融合基因重组蛋白具有良好的免疫活性,这为进一步开展Tp疫苗动物实验条件的优化打下一定的基础。

基于截L-矩和GPD的中国股市VaR经验测度:1991-2011

L-矩方法现已成为金融领域厚尾分布分析和建模的重要工具,当极端值较多时,L-矩方法会变得较敏感,截L-矩不但具有L-矩方法的优良特征,而且增加了对首尾极端值的控制参数,对极端值存在的情况更加适用。论文采用AR(1)-GARCH(1,1)模型对收益率序列进行建模分析,得到近似独立同分布的残差序列。在此基础上,基于截L-矩考察广义帕累托分布对上证指数的损失尾部拟合情况,VaR的返回检验表明:基于截L-矩的GPD分布可以较好地拟合损失收益率的尾部,极值VaR可以有效地度量上海股市的风险。

珠海市16方位风速极值分布特征

为了更精确地定量描述珠海市的极端大风情况,采用基于POT的广义Pareto分布(GPD)方法,对珠海市2004—2022年逐日10 min最大风观测数据,分别进行了全风向风速和16方位风速的极值模拟,结果表明:香洲区东部、海岛、金湾区和高栏港西部的风速平均阈值较大。极端大风重现水平也最高,50和100 a重现期的重现水平分别达到了30和38 m/s以上,其中高栏港西部、海岛不仅平均大风较多,发生破纪录的极端大风概率也较大;大部分地区的极值指标较大,极端大风事件之间近似独立;斗门北部、高栏港、香洲东部的极端大风近年有明显增加的趋势。珠海大部分站点最大的极端大风风向都为NE、ENE和NNE。极端大风除了受到天气系统的影响,地形的影响也不可忽视。