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基于线粒体Cyt b基因序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
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作者 刘士力 陈大伟 +7 位作者 朱鹏灿 郑建波 夏冯博 程顺 蒋文枰 迟美丽 杭小英 李飞 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第2期342-347,共6页
黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结... 黄尾鲴(Xenocypris davidi)是浙江省自然水域增殖放流的主要鱼类,为了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,利用线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)对4个养殖群体的遗传多样性进行研究,旨在为黄尾鲴增殖放流策略制定和实施提供基础数据。结果显示,在编码Cyt b的1 140 bp序列中,检测到157个变异位点,界定了21种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为10个、11个、7个和2个,单倍型多样性介于0.226~0.794,核苷酸多样性介于0.006 14~0.023 86。除醴陵群体遗传多样性较低外,其余3个养殖群体的遗传多样性具有高单倍型数和高核苷酸多样性的特点。4个黄尾鲴养殖群体间的遗传距离为0.018 74~0.092 74,遗传分化指数为0.808 63(P<0.01),其中长兴和八里店群体的分化程度较低,双浦和醴陵群体的分化程度较高,且遗传变异主要发生在群体间。本研究结果可从分子水平为黄尾鲴的资源保护和人工增殖放流提供参考依据。 展开更多
关键词 黄尾鲴 养殖群体 Cyt b基因 遗传多样性
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基于Cyt b基因的江苏省湖泊鳙群体遗传多样性和遗传结构研究
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作者 李大命 刘燕山 +3 位作者 唐晟凯 谷先坤 殷稼雯 朱凛 《水产养殖》 CAS 2024年第6期11-16,共6页
为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)... 为了解江苏省湖泊鳙群体遗传资源现状,科学地开展鳙增殖放流,采用线粒体Cyt b基因,分析了6个湖泊群体、223个个体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,223条Cyt b序列共有10个变异位点,定义9个单倍型,单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为(0.725±0.017)和(0.00191±0.00080),整个鳙群体呈现出高Hd和低Pi的遗传多样性模式。6个群体的单倍型多样性为(0.625±0.077)~(0.771±0.032),核苷酸多样性为(0.00159±0.00027)~(0.00221±0.00011)。分子方差分析结果显示,遗传变异主要来源于群体内部(97.17%),总遗传分化系数(Fst)为0.0283。群体间Fst为-0.0258~0.0907,遗传距离为0.0016~0.0022,表明6个群体间遗传分化水平较低。中性检验结果和错配分布分析表明,鳙群体保持稳定,未经历群体扩张。指出,鳙群体遗传多样性较低,遗传结构趋于同质化,需要采取措施,提高湖泊鳙群体遗传多样性。 展开更多
关键词 Cyt b基因 遗传多样性 遗传结构 增殖放流 江苏省湖泊
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长尾蹶鼠形态学和分子系统学初步分析
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作者 高艺 吴禹岐 +7 位作者 韩美凤 郭秋颖 蔡赫 张春凤 金志民 陈欢 张隽晟 刘铸 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期515-522,共8页
长尾蹶鼠(Sicista caudata)自发现至今,获得的标本甚少,形态学数据和分子生物学信息较为匮乏。2023年4—10月,在我国黑龙江省横道河子地区(海拔约740 m,北纬44°48′44″,东经129°02′04″)针阔混交林中采集到6号长尾蹶鼠标本... 长尾蹶鼠(Sicista caudata)自发现至今,获得的标本甚少,形态学数据和分子生物学信息较为匮乏。2023年4—10月,在我国黑龙江省横道河子地区(海拔约740 m,北纬44°48′44″,东经129°02′04″)针阔混交林中采集到6号长尾蹶鼠标本。根据本次采集标本,结合原始描述,总结长尾蹶鼠形态学特征:背毛棕黄色或棕色,无纵纹;腹毛灰黄色或灰白色;前后足背面同色,均覆有白色的毛;尾背面颜色接近于体背颜色,尾腹面颜色略浅,非双色;头体长60~71 mm;尾长100~116 mm;尾长长于体长的1.5倍;颅全长19.6~20.9 mm。系统进化树显示我国黑龙江的长尾蹶鼠与俄罗斯萨哈林岛的长尾蹶鼠构成一个进化支,但存在一定的遗传分化,遗传距离为0.0376。 展开更多
关键词 蹶鼠属 长尾蹶鼠 Cyt b基因 形态学
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基于cyt b基因序列的花斑副沙鳅种群遗传多样性比较研究
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作者 胡西庚 崔韵文 +2 位作者 黎明政 谢碧文 张富铁 《四川动物》 北大核心 2024年第3期241-250,共10页
为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷... 为了解花斑副沙鳅Parabotia fasciata的种质资源现状,基于cyt b基因序列比较分析了长江水系4个野生群体和5个养殖群体的遗传多样性水平。结果显示,208个样本共检测到29个单倍型,38个多态位点。群体总体单倍型多态性较高(Hd=0.711),核苷酸多态性较低(Pi=0.00235),但野生群体(Hd=0.602,Pi=0.00374)的遗传多样性显著大于养殖群体(Hd=0.381,Pi=0.00091),说明养殖群体需要增加亲本资源。中性检验、错配分布和贝叶斯天际图结果表明,野生群体在历史上经历了种群扩张。赤水群体的单倍型最多,遗传多样性最高(Hd=0.836,Pi=0.00899),与其他群体遗传距离大,说明赤水河的花斑副沙鳅资源较丰富,且已形成相对独立、稳定的地理种群,种质优良,适合用作人工繁殖和新品系创制的种源。 展开更多
关键词 花斑副沙鳅 cyt b基因 遗传多样性
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基于线粒体Cyt b基因和D-loop区分析元江鲤和杞麓鲤群体遗传结构
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作者 张铭枭 赵玉姣 +6 位作者 姚创 刘霄 黄松茂 李红涛 代忠礼 武祥伟 孔令富 《水产学杂志》 CAS 2024年第3期13-21,共9页
本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均... 本文利用线粒体Cyt b基因和D-loop区部分序列,分析元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)和杞麓鲤(Cyprinus carpio chilia)群体的遗传结构。结果表明,在两个鲤群体中均获得929 bp的Cyt b基因序列和650 bp的D-Loop区序列。两个群体间平均遗传距离为0.00595(Cyt b)、0.00852(D-loop)。Cyt b基因共检测出元江鲤3种、杞麓鲤15种单倍型,两个群体共享两个单倍型(C-Hap1和C-Hap3);D-loop区序列共检测出元江鲤3种、杞麓鲤6种单倍型,两个群体共享两个单倍型(D-Hap1和D-Hap2)。元江鲤和杞麓鲤群体单倍型多样性(Hd)分别为0.30±0.10(Cyt b)、0.25±0.10(D-loop)和0.89±0.04(Cyt b)、0.73±0.05(D-loop)。元江鲤和杞麓鲤群体核苷酸多样性(π)分别为0.12±0.04(Cyt b)、0.12±0.09(D-loop)和0.77±0.09(Cyt b)、0.87±0.07(D-loop),杞麓鲤遗传多样性水平明显高于元江鲤群体。分子方差分析(AMOVA)显示,两个群体间有明显的遗传分化,且遗传变异主要来源于群体间。系统发育分析显示,元江鲤群体单倍型较少,类型较单一,与杞麓鲤群体差异大,多数元江鲤样本单倍型属于华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus)类型;多数杞麓鲤样本具特有单倍型,部分属于华南鲤、远东鲤(Cyprinus carpio haematopterus)类型。结果表明,杞麓鲤与元江鲤群体遗传分化明显,元江鲤线粒体遗传多样性较低。 展开更多
关键词 元江鲤 杞麓鲤 Cyt b基因 D-LOOP区 群体遗传结构 遗传多样性
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都匀“红鲤”的群体结构及其多样性
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作者 张小洪 余科 +6 位作者 安苗 欧平勇 王邦平 杨胜同 李丽 李茂年 覃克斯 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期154-163,共10页
贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤... 贵州都匀“红鲤”是传统稻作农耕模式下的产物,其遗传多样性较为丰富,是品种选育的理想材料。为丰富贵州省稻田鲤的遗传背景资料,为稻田鲤种质资源的合理开发利用与保护提供理论依据,采用线粒体DNA Cyt b基因测序技术,探究了都匀“红鲤”及相邻地区的稻田鲤群体结构及其多样性。结果显示,253条Cyt b基因共检测到45个变异位点,界定了23个单倍型,都匀“红鲤”表现出9个单倍型,其中5个与对照的稻田鲤共享,个体数占其样本总数的76.19%。系统发育和神经网络结果表明,都匀“红鲤”是由远东鲤和华南鲤2个遗传差异小、分化等级高的亚种类群构成的混合群体,与国内鲤品种和对照稻田鲤之间有相同的母系来源。都匀“红鲤”中共享Hap22和4个独享单倍型的鱼归属远东鲤亚种,另外4个共享单倍型的鱼为华南鲤亚种。遗传多样性及分化分析显示,都匀“红鲤”2个亚种群体遗传变异程度低,均呈高单倍型多样性(Hd)和低核苷酸多样性(π)的特点;远东鲤亚种与对照稻田鲤间为中度分化,华南鲤亚种除了与锦屏间为高度分化外,与其余3个对照稻田鲤间的分化程度均较低,但因地理隔离及驯化过程中选择压力、创始人效应和遗传漂变,导致其遗传多样性下降,与对照群体产生遗传分化。研究表明,都匀及邻近地区稻田鲤群体间存在有限的遗传交流,群体内和群体间有不同的遗传结构。 展开更多
关键词 红鲤 Cyt b基因 遗传多样性 遗传分化
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基于cyt b基因分析河南省4大水系红鳍原鲌种群的遗传多样性
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作者 吕海敏 冯慧敏 +4 位作者 汤永涛 刘如垚 丁琪琪 聂国兴 周传江 《四川动物》 北大核心 2024年第2期163-171,共9页
选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样... 选用长江、黄河、淮河、海河4大水系的红鳍原鲌Cultrichthys erythropterus样本共100尾,基于cyt b基因分析其种群的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态等。结果显示:河南省4大水系红鳍原鲌种群整体单倍型多态性为0.909,整体核苷酸多样性为0.004 88,具有较高的遗传多样性;4个水系均有特有单倍型,这表明红鳍原鲌种群的遗传分化数值较大,遗传分化程度较高;通过构建和分析系统发育树、贝叶斯系统发生树和单倍型网络图,发现河南省4大水系红鳍原鲌种群间谱系分化不明显,且无明显的地理结构;AMOVA分析显示,种群内的变异占72.11%,组间的变异占4.63%,表明变异主要发生在种群内;Tajima’s D和Fu’s F_S分析结果表明,河南省红鳍原鲌种群近期未发生过种群扩张事件。本文研究和分析了河南省境内红鳍原鲌种群遗传多样性和遗传结构,为河南省红鳍原鲌种质资源的保护和合理开发利用提供了参考。 展开更多
关键词 红鳍原鲌 cyt b基因 遗传多样性 遗传结构
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浙江金华发现红耳巢鼠
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作者 苏梓诚 问青青 +6 位作者 章铁睿 龚宴安 洪佳 庄前进 魏濮瑞 庄家尧 黄松 《野生动物学报》 北大核心 2024年第1期204-208,共5页
2023年5月15日,在浙江省金华市婺城南山自然保护区一处农田(28°47’13’’N,119°25’56’’E)采集到1只巢鼠属(Micromys)标本。该标本为成体,体质量6.43 g;耳覆盖暗红色短毛,体背灰暗色,腹部色稍淡;尾长(66.27 mm)明显大于头... 2023年5月15日,在浙江省金华市婺城南山自然保护区一处农田(28°47’13’’N,119°25’56’’E)采集到1只巢鼠属(Micromys)标本。该标本为成体,体质量6.43 g;耳覆盖暗红色短毛,体背灰暗色,腹部色稍淡;尾长(66.27 mm)明显大于头体长(51.83 mm),比值约为1.3;尾细,上下近乎同色,特征与红耳巢鼠(Micromys erythrotis)相符合。基于细胞色素b基因(Cyt b)序列(972 bp)构建最大似然树,显示该标本与从Gen Bank下载的红耳巢鼠同源序列构成单系群(支持率为100%)。基于以上结果,确定该标本为红耳巢鼠,是浙江省新纪录种。 展开更多
关键词 细胞色素B基因 单系 遗传距离 浙江省新纪录种
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基于线粒体Cyt-b序列的太湖湖鲚与短颌鲚种群遗传分析 被引量:7
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作者 轩中亚 姜涛 +2 位作者 刘洪波 陈修报 杨健 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2020年第4期33-40,共8页
为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因,开展了种群遗传学研究。结果显示,47条序列共有变异位点26个,其中,简约信息位点12个,共得到22... 为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因,开展了种群遗传学研究。结果显示,47条序列共有变异位点26个,其中,简约信息位点12个,共得到22个单倍型。两物种间Fst值达0.703,分化程度较高,种群间的基因流仅为0.212。湖鲚种群内平均Kimura双参数遗传距离为0.002,短颌鲚种群内为0.001,而湖鲚与短颌鲚种间平均Kimura双参数遗传距离为0.005,湖鲚与短颌鲚种间遗传距离高于湖鲚种群内部遗传距离,也高于短颌鲚种群内部遗传距离。系统发育树和单倍型网络图结果显示,湖鲚与短颌鲚分成2个大的类群,但有1个湖鲚个体与短颌鲚具有共有单倍型。总体结果显示,湖鲚与短颌鲚之间存在明显的遗传分化,Cyt-b序列可用于区分湖鲚与短颌鲚个体。 展开更多
关键词 湖鲚 短颌鲚 cyt-b 遗传分化
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基于Cyt-B基因鉴定肉制品中鸭源性成分的研究 被引量:3
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作者 刘玟妍 陈思秀 +4 位作者 王天添 段思琪 艾金霞 王艳双 孙丽媛 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第24期173-179,共7页
基于Cyt-B基因设计特异性引物,建立高效快速检测肉制品中鸭源性成分的方法。选取Cyt-B基因作为检测靶标,应用生物信息学技术设计各物种特异性引物,建立聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)体系检测肉制品中鸭源性成分,并将... 基于Cyt-B基因设计特异性引物,建立高效快速检测肉制品中鸭源性成分的方法。选取Cyt-B基因作为检测靶标,应用生物信息学技术设计各物种特异性引物,建立聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)体系检测肉制品中鸭源性成分,并将鸭特异性基因片段进行克隆和测序分析。该检测体系可以对鸭肉含量为1pg的肉制品实现稳定检测,灵敏度髙,特异性好。测序分析结果显示克隆的特异性基因序列与Genbank中相同物种(序列ID:EU755253.1)的核苷酸同源性达100%。该文建立的基于Cyt-B基因的PCR检测方法,可实现对肉制品中鸭源性成分高效快速的检测,既为肉类产品DNA鉴定试剂盒的研发提供试验基础,也有望对肉制品的市场监管和相关执法提供有力的技术保障。 展开更多
关键词 cyt-b基因 鸭源性成分 聚合酶链式反应 克隆 生物信息学
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基于线粒体Cyt b基因序列的浙江省3个马口鱼群体遗传多样性分析 被引量:3
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作者 刘士力 练青平 +7 位作者 贾永义 迟美丽 李飞 姜建湖 刘一诺 郑建波 程顺 顾志敏 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期293-300,共8页
为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个... 为进一步了解浙江省马口鱼的种质资源现状和人工繁殖对群体遗传多样性的影响,通过对瓯江(OJ)和钱塘江(QT)的野生群体以及八里店(BL)养殖群体的线粒体Cyt b基因进行扩增和测定,获得了编码Cyt b基因的1140 bp序列与GenBank中已有的236个个体的序列进行综合分析,共检测出288个变异位点,界定了136种单倍型,其中瓯江、钱塘江和八里店群体单倍型数目分别为1、10和6。钱塘江群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716和0.01616,八里店群体分别为0.607和0.01205。分子方差分析(AMOVA)显示,遗传变异主要来源于群体间(55.06%),少数来自群体内(44.94%),群体间遗传分化均达到显著水平(P<0.05)。八里店群体亲本源于钱塘江,但经过数代人工繁殖后其遗传多样性有所降低。基于邻接法构建的系统发育树显示,钱塘江群体可以分为3支,1支与长江水系湖南采集的单倍型聚为一支,63.64%的钱塘江个体属于这一支;1支与珠江水系广西采集的单倍型聚为一支,9.38%的个体属于这一支,剩下的样本和浙江瓯江采集的样本聚为一支。这说明钱塘江群体的祖先来源有一定的复杂性。本研究结果可为马口鱼种质资源的保护和利用提供数据支持。 展开更多
关键词 马口鱼 Cyt b基因 遗传多样性
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四川白腹鼠属(啮齿目:鼠科)一新分布记录及其形态学研究 被引量:2
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作者 唐明坤 索郎夺尔基 +4 位作者 王旭明 刘莹洵 廖锐 王新 刘少英 《四川动物》 北大核心 2023年第1期61-74,共14页
为掌握四川省白腹鼠属Niviventer物种及形态特征,在系统梳理四川省林业科学研究院动物标本馆保存的四川省白腹鼠属标本基础上,利用分子及形态学方法开展比较研究,发现:(1)四川省白腹鼠属一新分布记录——海南社鼠N.lotipes,确认四川省... 为掌握四川省白腹鼠属Niviventer物种及形态特征,在系统梳理四川省林业科学研究院动物标本馆保存的四川省白腹鼠属标本基础上,利用分子及形态学方法开展比较研究,发现:(1)四川省白腹鼠属一新分布记录——海南社鼠N.lotipes,确认四川省分布有安氏白腹鼠N.andersoni、川西白腹鼠N.excelsior、北社鼠N.confucianus、华南针毛鼠N.huang和海南社鼠5种;(2)安氏白腹鼠为同属体型最大,背毛颜色最暗淡,腹毛纯白色,前后足背呈饱满的浅灰棕褐色,尾上部末端约1/3或1/2截然变白;(3)川西白腹鼠腹毛纯白色,前足背白色,后足背中央具长条状深色纵斑,尾上下二色具白色尾梢,尾尖毛簇明显;(4)北社鼠与海南社鼠17项度量指标均无显著性差异,二者背毛黄棕色、腹毛淡黄白色,但北社鼠前后足背浅棕色至白色,尾上下二色明显,尾尖毛短而显稀疏,而海南社鼠前后足背颜色更深近与体背同色,尾仅后半段呈上下二色;(5)华南针毛鼠背毛呈鲜亮的黄棕色,腹毛淡黄白色,前后足背白色,后足腕部有金色斑块,尾上下二色直至尾梢,尾尖毛极短,眶间宽均值最大。根据研究结果制定了四川省白腹鼠属物种分种检索表。 展开更多
关键词 白腹鼠属 海南社鼠 形态学 cyt b 检索表
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利用线粒体序列比较分析梭鲈鸭绿江和乌伦古湖群体的遗传结构 被引量:1
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作者 孙志鹏 鲁翠云 +1 位作者 那荣滨 郑先虎 《水产学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期10-16,26,共8页
利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)分析了梭鲈(Sander lucioperca)鸭绿江(YL)和乌伦古湖(XJ)群体的遗传结构及变异。结果显示:Cyt b和D-loop序列的A+T含量分别为57.37%和66.64%,明显高于C+G含量(42.63%和33.36%)。Cyt b... 利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)分析了梭鲈(Sander lucioperca)鸭绿江(YL)和乌伦古湖(XJ)群体的遗传结构及变异。结果显示:Cyt b和D-loop序列的A+T含量分别为57.37%和66.64%,明显高于C+G含量(42.63%和33.36%)。Cyt b序列共检测变异位点2个,包括单变异位点和简约信息位点各1个。D-loop序列中检测到变异位点26个,其中单变异位点19个,简约信息位点7个。检测到Cyt b序列3个单倍型,YL群体单倍型多样性(Hd)(0.032±0.031)和核苷酸多样性(π)(0.000 08±0.000 07)均低于XJ群体(0.467±0.043)(0.001 10±0.000 10),YL群体内遗传距离(0.000 076)小于XJ(0.001 102),群体间遗传距离为0.000 873;检测到D-loop序列17个单倍型,YL群体Hd(0.466±0.088)和π(0.002 41±0.000 69)略高于XJ群体(Hd=0.435±0.100,π=0.001 91±0.000 67),YL群体内遗传距离(0.002 422)大于XJ群体(0.001 919),群体间遗传距离为0.002 269。结果显示,两个群体Cyt b和D-loop的遗传多样性较低。D-loop序列的中性检验结果表明,乌伦古湖群体可能经历种群扩张。Cyt b和D-loop序列分子方差分析(AMOVA)分析显示:梭鲈遗传差异主要来源于群体内(64.56%和97.42%),少部分来源于群体间(35.44%和2.58%)。鸭绿江梭鲈群体可能不完全来源于乌伦古湖群体。本研究结果为两个群体在人工繁育中的利用提供了参考,对群体的遗传多样性监测及保存具有重要意义。 展开更多
关键词 梭鲈 细胞色素B基因 线粒体D-LOOP区 遗传结构
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基于Cyt b基因和形态学探讨大麝鼩的亚种分化
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作者 刘铸 钱洪安 +7 位作者 王再山 韩美凤 蔡赫 张春凤 时艳菁 金志民 陈欢 张隽晟 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期422-429,共8页
为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大... 为了进一步探讨大麝鼩(Crocidura lasiura)的亚种分化问题,在中国东北地区采集大麝鼩标本13号,结合已报道的大麝鼩形态学数据和Cyt b基因序列一并进行分析。形态学结果显示:在绝大多数个体中,分布于中国东北—俄罗斯远东的大麝鼩体型大于分布于韩国的个体(体长:> 82 mm vs.<82 mm,尾长:> 39 mm vs.<39 mm,颅基长:> 20 mm vs.<20 mm);中国东北—俄罗斯远东种群体背毛色更黑,韩国种群体背毛色更灰;中国东部种群尾较长,绝大多数超过体长之半;而分布于中国东北—俄罗斯远东、韩国的大麝鼩种群尾长绝大多数不及体长之半。基于Cyt b基因的遗传距离、系统发育关系和中介网络分析,都显示大麝鼩样本可分为3个地理谱系:中国东北—俄罗斯远东谱系、韩国谱系、中国东部谱系。研究结果支持大麝鼩分为3个亚种:东北亚种(C. l. lasiura)分布于中国东北和俄罗斯远东,韩国亚种(C. l. thomasi)分布于韩国,华东亚种(C. l. campus-lincolnensis)分布于中国东部。 展开更多
关键词 麝鼩属 大麝鼩 亚种 Cyt b基因 形态学
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马鹿mtDNA Cyt b基因的生物信息学分析 被引量:2
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作者 田新民 宋雅祺 《牡丹江师范学院学报(自然科学版)》 2023年第1期33-40,共8页
基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏... 基于NCBI数据库获取马鹿(Cervus elaphus)Cyt b基因序列,应用生物信息学方法对马鹿Cyt b基因编码的蛋白质进行理化性质、结构和相关功能的预测分析,了解马鹿mtDNA Cyt b基因的结构、功能和表达特性.结果表明:马鹿Cyt b编码的蛋白质为疏水性蛋白质,推测相互作用的蛋白质包括LOC100524873,UQCRC1,UQCRQ,ND1,MT-ND2,COX1,COX2,COX3,ND4H和CYC,功能与电子运输、耦合质子运输以及泛醌-细胞色素c还原酶活性有关;二级结构主要为无规则卷曲,有2个潜在的N-糖基化位点和34个磷酸化位点,9个跨膜螺旋结构域,定位于内质网和细胞质膜;马鹿与梅花鹿(Cervus nippon)的亲缘关系较近.这对于马鹿种质鉴定分子标记的筛选及其与梅花鹿的渐渗杂交具有理论意义. 展开更多
关键词 马鹿 mtDNA Cyt b基因 生物信息学
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基于线粒体Cyt b基因的洪泽湖翘嘴鲌群体遗传多样性分析
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作者 李大命 杨子萍 +3 位作者 刘燕山 谷先坤 唐晟凯 杨家新 《水产科技情报》 2023年第6期341-348,共8页
为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验... 为全面了解洪泽湖翘嘴鲌的种质资源遗传状况,采用Cyt b基因(线粒体细胞色素b基因),分析了洪泽湖6个群体共计210尾翘嘴鲌的遗传多样性及遗传结构。结果显示,Cyt b基因序列全长为1141 bp,碱基A+T的含量(56.0%)大于G+C的含量(44.0%)。试验共检测到31个变异位点,定义26个单倍型,平均单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(P i)分别为0.735±0.032和0.0019±0.0001;6个群体的单倍型多样性(H d)为(0.618±0.096)~(0.788±0.064),核苷酸多样性(P i)为(0.0015±0.0003)~(0.0021±0.0002);翘嘴鲌的遗传多样性属于高H d低P i类型,暗示其遗传多样性较低。分子方差分析显示,遗传差异主要来源于群体内部,群体间的遗传分化指数F st为-0.0177~0.0182,P>0.05,表明群体间没有显著的遗传分化。单倍型邻接关系树和单倍型网络结构图显示,所有单倍型聚为1个分支,6个群体未形成特定的地理遗传结构。Tajima’s D和Fu’s F s中性检验均为负值,且具有显著性差异,核苷酸错配分布曲线呈现明显的单峰分布,均表明翘嘴鲌在历史上经历了显著的群体扩张事件。研究结果表明,洪泽湖翘嘴鲌6个群体间没有显著的遗传分化,应作为1个整体进行管理和保护。洪泽湖翘嘴鲌资源遗传多样性较低,需要采取措施增加翘嘴鲌种群数量,提高其遗传多样性。 展开更多
关键词 洪泽湖 翘嘴鲌 Cyt b基因 遗传多样性 群体历史动态
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基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景 被引量:2
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作者 杨秋蕾 魏旭东 +3 位作者 马志杰 陈生梅 晁生玉 乌兰巴特尔 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期285-292,共8页
为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系... 为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明:柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.5882±0.0300,核苷酸多样度为0.0040±0.0022,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.0104~0.1618,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.1618),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.0104)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体与茫崖群体也最先聚为一起,随后它们再聚为1类,而乌兰群体单独为另一类,2类最后聚为一大类。系统发育分析表明,柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系遗传支系组成,表明柴达木黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源且以普通牛起源为主。此外,研究发现,茫崖、乌兰、都兰各群体均有1个个体为牦牛mtDNA Cyt b单倍型序列类型,占总头数的1.12%,提示柴达木黄牛品种中存在一定程度的牦牛基因渗入。 展开更多
关键词 柴达木黄牛 MTDNA Cyt b 遗传多样性 分化 母系起源
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荔波樟江野生斑鳜线粒体Cyt b基因序列多态性分析 被引量:1
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作者 麻智芳 余科 +4 位作者 安苗 黄胜 潘秋芝 李珊 何孝宽 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期21-29,共9页
为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为11... 为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为1141 bp的Cyt b基因同源序列,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为24.4%、27.2%、15.5%和32.9%,A+T的含量(51.6%)略高于G+C(48.4%)的含量。共检测到17个变异位点,其中8个为简约信息位点,9个为单一信息位点。共定义15个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,邻接法构建的分子系统发育树显示,所有的单倍型均聚成一支;单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.613±0.064和0.00172±0.00021,平均核苷酸差异数为1.968。中性检验Tajima′s D值为-1.37917,差异不显著(P>0.10)。荔波漳江流域的野生斑鳜群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性,遗传多样性低,无种群扩张史,且与长江中上流的支流陆水河和洞庭湖水系的斑鳜群体有较高的亲缘性。研究结果可为当地斑鳜种质资源的保护和开发利用提供依据。 展开更多
关键词 斑鳜 细胞色素b基因(Cyt b) 樟江 遗传多样性
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基于cyt b基因的黄河上游高原鳅复合体的物种鉴定 被引量:2
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作者 伊日贵 高强 +5 位作者 刘丹 聂苗苗 晁燕 张存芳 祁得林 朱世海 《四川动物》 北大核心 2023年第3期271-279,共9页
高原鳅属Triplophysa是青藏高原鱼类区系的主要类群之一。本研究以cyt b基因为分子标记,对黄河上游干流及支流湟水河流域高原鳅进行物种鉴定。高原鳅复合体95尾个体均获得cyt b基因全序列(1140 bp),共定义46个单倍型。联合BLAST在线同... 高原鳅属Triplophysa是青藏高原鱼类区系的主要类群之一。本研究以cyt b基因为分子标记,对黄河上游干流及支流湟水河流域高原鳅进行物种鉴定。高原鳅复合体95尾个体均获得cyt b基因全序列(1140 bp),共定义46个单倍型。联合BLAST在线同源性比对、系统发育分析、ABGD划分和遗传距离计算分析,并结合形态学鉴定,共鉴定6个物种:东方高原鳅T.orientalis、隆头高原鳅T.alticeps、斯氏高原鳅T.stoliczkae、粗壮高原鳅T.robusta、硬刺高原鳅T.scleroptera和拟鲶高原鳅T.siluroides。对于同域分布、形态趋同的高原鳅属幼鱼群体,利用cyt b基因可有效解决物种鉴定问题,该结果为黄河上游高原鳅物种分类、组成研究提供了科学依据,为黄河上游高原鳅物种多样性评估与保护奠定了一定的基础。 展开更多
关键词 高原鳅复合体 黄河上游 MTDNA cyt b 物种鉴定
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几种动物肉源性成分膜芯片检测方法的建立 被引量:1
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作者 徐轶飞 王泽祥 +5 位作者 赵禹 马永华 李羽翡 李涛善 曲志强 孙晓林 《动物医学进展》 北大核心 2023年第3期73-76,共4页
用斑点杂交技术构建对牛、羊、鸭肉源性成分快速检测的膜芯片方法。在3种动物的线粒体细胞色素b基因上设计特异性引物,对3种动物基因组进行PCR扩增,扩增产物用地高辛进行标记,作为标记探针。将3种动物PCR扩增产物固定到尼龙膜上,再选取... 用斑点杂交技术构建对牛、羊、鸭肉源性成分快速检测的膜芯片方法。在3种动物的线粒体细胞色素b基因上设计特异性引物,对3种动物基因组进行PCR扩增,扩增产物用地高辛进行标记,作为标记探针。将3种动物PCR扩增产物固定到尼龙膜上,再选取3种常见动物作为参照,将其扩增产物一并固定到尼龙膜上。将制作好的膜芯片与标记探针进行斑点杂交试验,来检验标记探针的标记效率和特异性。试验结果表明,标记探针在1 pg/μL浓度下显点清晰可见;3种标记探针分别与6种动物源性扩增产物杂交,结果标记探针只与其对应扩增源性产物发生显点。证明研究设计的膜芯片标记探针具有灵敏度高、特异性强的特点,符合膜芯片检测要求,从而成功构建了一种快速检测牛、羊、鸭3种动物肉源性的膜芯片方法,同时也为动物源性成分检测提供新的依据。 展开更多
关键词 细胞色素B基因 斑点杂交 标记探针 灵敏性 特异性 膜芯片
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