m1A/m5C/m6A/m7G调控基因预测胃癌预后及免疫关联性

目的基于m1A/m5C/m6A/m7G甲基化调控基因建立胃癌预后风险预测模型,并分析该模型与免疫的关联性。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)-胃癌数据集筛选表达具有显著差异的m1A/m5C/m6A/m7G调控基因,通过单基因Cox回归分析和LASSO算法构建预后风险评分(risk score,RS)模型,使用Kaplan-Meier(K-M)统计进行RS模型验证,并应用细胞系进行RT-qPCR验证。利用单因素、多因素Cox回归分析建立nomogram模型。使用CIBERSORT算法和estimate包进行免疫关联性分析。结果建立了基于八个甲基化调控基因的预后RS模型,将胃癌患者分为高风险和低风险。这八个基因在胃癌细胞系中高表达(P<0.05)。在TCGA-胃癌训练集和GSE62254-验证集中,患者总生存率(OS)与分组状态之间存在显著相关性(P<0.001)。nomogram生存模型预测的1年(C-index=0.703)、3年(C-index=0.729)和5年(C-index=0.734)生存率与实际生存率的一致性较好。免疫关联性分析表明,与低风险患者组相比,高风险患者组免疫评分和免疫检查点相关基因的表达较高(P<0.05)。结论基于m1A/m5C/m6A/m7G调控基因的预后RS模型可预测胃癌预后并指导个体免疫治疗决策。

m6A基因模型预测胶质母细胞瘤患者的预后

目的:构建m6A相关胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)预后模型,识别受m6A调控的潜在预后生物标志物。方法:从TCGA和GEO中分别收集了GBM的表达、临床表型和生存数据,m6A2Target中获取m6A调控因子。获得m6A调控因子与TCGA-GBM基因交集。根据TCGA-GBM表达,计算正常-癌症间差异的基因。基于差异的m6A调控因子进行一致性聚类,识别亚型,构建亚型间差异的预后相关基因模型,并进行验证。结果:从m6A2Target中获取了21个m6A调控因子,与TCGA-GBM包含的基因交集有19个。其中6个m6A调控因子在GBM显著上调。基于差异的m6A调控因子的表达进行一致性聚类,得到cluster1/2共2个亚型。且cluster2亚型中患者的免疫评分以及基质评分均显著高于cluster1,但cluster1的整体肿瘤纯度显著高于cluster2。生存分析发现,cluster2生存预后更差。cluster1和cluster2之间显著差异表达的基因共6591个,单因素cox回归和多因素cox回归筛选到171个显著预后相关基因。LASSO-cox回归构建预后风险模型显示在训练集(TCGA-GBM)及测试集(GSE121720)中均具有较好的模型效能。结论:多个m6A因子在GBM患者中存在显著差异,且基于m6A分型的2组患者存在预后不同,并基于m6A的组间差异构建了预后模型可指导患者的5年生存率。

m6A甲基转移酶METTL3通过β‐arrestin 1/p65调控结肠癌细胞增殖

目的探讨m6A甲基转移酶METTL3通过β-arrestin 1/p65在结肠癌细胞中的作用机制。方法使用结肠癌细胞系HCT116,应用荧光定量PCR、Western blot测定结肠癌细胞中METTL3、β-arrestin 1及增值蛋白PCNA、Cyclin D1及Cyclin E的表达水平;利用细胞转染及细胞克隆实验,观察METTL3、β-arres-tin1和p65在结肠癌细胞增殖中的作用。结果METTL3和β-arrestin 1在结肠癌细胞中表达升高(以actin作为内参基因,与正常对照组比较,P<0.05)。结肠癌细胞转染METTL3-shRNA后,转染组灰度(0.36±0.046)较对照组(1.27±0.14)明显减少(P=0.0004);与对照组克隆数(465±42)比较,转染组细胞增殖(85±37)明显减少(P<0.05);细胞增殖蛋白PCNA、Cyclin D1及Cyclin E的表达也明显减少(分别为P<0.01、0.05、0.01);结肠癌细胞中METTL3、β-arrestin 1和p-p65蛋白表达均增高(均为P<0.05)。随后HCT116细胞沉默MET-TL3的表达,发现细胞中β-arrestin 1、p-p65蛋白的表达明显下降(均为P<0.05)。结论METTL3影响结肠癌细胞的增殖可能通过β-arrestin 1/p65调控参与肿瘤的发生发展。

m6A修饰与妇科恶性肿瘤相关性的研究进展

N6-甲基腺苷(m6A)修饰是一种常见的表观遗传学修饰,动态调控RNA代谢的整个过程。m6A包括甲基转移酶、去甲基酶及m6A结合蛋白。m6A的甲基化修饰通过调节RNA的衰变、运输、剪切、翻译来调节细胞的增殖和分化,m6A与妇科恶性肿瘤的发生发展有关。笔者就近年来m6A甲基化修饰在宫颈癌、子宫内膜癌和卵巢癌中的相关研究进展进行回顾,分析m6A通过作用于RNA的修饰调节妇科恶性肿瘤发生发展的机制,为妇科恶性肿瘤的治疗、改善预后提供新的方向。

m6A甲基化调控骨代谢防治骨质疏松症的作用机制

背景:骨质疏松症发病机制复杂,其本质是各种原因导致的骨形成减弱和骨吸收增强,引起骨代谢失衡。近年来研究发现N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)甲基化可以通过调控骨代谢,达到防治骨质疏松的目的。目的:以m6A甲基化调控骨代谢作为切入点,对m6A甲基化在骨质疏松症中的相关研究进展进行系统性的整理和归纳,为寻找骨质疏松症新的治疗靶点提供一定的理论参考依据。方法:查阅国内外数据库,从各数据库建立至2023年发表的相关文献,设置中文检索词为“骨质疏松症,m6A甲基化,骨代谢,骨髓间充质干细胞,成骨细胞,破骨细胞”等,英文检索词为“Osteoporosis,m6A methylation,Bone metabolism,bone marrow mesenchymal stem cells,osteoblasts,osteoclasts”等,检索中国知网、万方、维普、PubMed、MEDLINE、Nature及Cochrane数据库,排除重复及陈旧无参考意义的文献,通过纳入和排除标准共纳入73篇标准文献进行探讨。结果与结论:①m6A甲基化可以通过多种途径影响骨髓间充质干细胞、成骨细胞、破骨细胞的活性及分化过程,调节骨代谢防治骨质疏松症;②m6A甲基化的调节过程极为复杂,其相关蛋白在不同的细胞中发挥不同的作用,甚至在同种细胞内,同类型的蛋白也会发生截然不同的作用,调控着不同的生理及病理过程。

m6A RNA甲基化在骨关节炎发病机制的研究

N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)RNA甲基化是生物体内最常见的信使RNA内部修饰,参与体内生理和病理过程。随着对m6A修饰的深入研究,其在多种疾病发病过程中的重要性备受关注。骨关节炎(osteoarthritis,OA)是一种关节软骨退行性疾病,近年来OA相关研究迅速增加,对其发病机制的探索是主要的研究方向之一。目前有关m6A修饰在OA发病机制的研究主要集中在保护ECM免受降解、抑制OA程序性细胞死亡、调节脂肪质量和肥胖相关蛋白、与非编码RNA互作影响和改善免疫微环境等五个方面。因此,本文将从这几方面重点阐释,以期为OA发病机制中m6A修饰的深入研究和基于表观遗传机制的骨科疾病诊疗思路及理论参考提供一定的依据。

基于“胞脉络于心”探讨绞股蓝通过METTL3介导RNA m6A修饰调控糖酵解途径共治动脉粥样硬化与卵巢癌的理论研究

心血管病和癌症,是导致人类患病和死亡的主要原因。研究发现,二者存在潜在联系。从中医角度而言,动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)病位在血管,与奇恒之腑“脉”对应,卵巢癌以脏腑功能紊乱、冲任失调为本,邪毒内生为标,阻于胞宫所致,又《素问·评热病论篇》曰:“胞脉者,属心而络于胞中”。可见,两种疾病可以“脉”为桥梁构建联系。绞股蓝化痰止咳,健脾理气,益气活血,解毒利湿,具有调血脂、抗衰老、调节机体免疫以及抗肿瘤等多种药理作用,在心血管系统与肿瘤领域疾病中疗效显著。N 6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)甲基化修饰是真核细胞mRNA最常见的一种表观遗传修饰方式。m6A甲基化修饰通过调控修饰mRNA,广泛参与细胞内RNA的许多生物学行为,从而影响疾病进展与肿瘤的发生。基于“胞脉络于心”理论,以中医异病同治观点为依据,构建“药物-成分-靶点”网络,以METTL3介导RNA m6A修饰调控糖酵解途径为切入点,对绞股蓝共治AS与卵巢癌的中医内涵及现代药理作用予以探讨。

膀胱癌m6A相关长链非编码RNA预后模型的构建和免疫分析

目的:探究膀胱癌中N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)相关长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)及其与患者预后的关系。方法:通过癌症基因组图谱(the cancer genome Atlas,TCGA)数据库获取转录、突变和临床数据,获得m6A相关的lncRNA表达数据,采用共表达网络分析、Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and se-lection operator,LASSO)回归分析鉴定与m6A相关的lncRNA,并构建风险预后模型和对其进行验证。然后,本研究还构建了列线图来预测膀胱癌患者的预后。通过基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)研究生物学功能的差异。使用ESTIMATE算法计算基质、免疫评分。采用单样本基因集富集分析(single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)算法定量分析免疫细胞浸润和免疫功能。采用oncoPredict算法预测潜在治疗药物。结果:本课题组确定了1739个m6A相关lncRNA,其中14个与预后相关。再通过LASSO回归分析筛选了5个m6A相关的lncRNA(GRK5-IT1、AC008883.2、AC145207.5、AC103746.1、AC104564.3)来构建预后预测模型。Kaplan-Meier和受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)曲线显示,该特征在训练集、验证集和全集中具有良好的预测能力。与其他临床特征相比,m6A相关lncRNA模型具有更高的诊断效率。免疫细胞浸润和ssGSEA分析进一步证实,特征lncRNA与膀胱癌患者的免疫状态显著相关。此外,高风险组对多种药物的治疗反应与低风险组存在显著差异。结论:5个m6A相关的特征ln-cRNA可能有助于评估膀胱癌患者的预后和免疫特征,并指导个性化治疗方案的制定。

METTL16在多发性骨髓瘤患者中的临床应用价值

目的探究甲基转移酶样蛋白16(METTL16)在多发性骨髓瘤(MM)患者临床诊断及对预后预测的应用价值。方法在多发性骨髓瘤研究基金会(MMRF)及基因型-组织表达项目(GTEx)数据库中分析参与N6-甲基腺苷(m6A)修饰的各基因在MM中表达水平及预后潜力。分别收集26例初次诊断MM患者及19例标准方案治疗后MM患者骨髓标本和24例正常人外周血标本,采用qRT-PCR技术测定m6A各基因表达量;同时收集MM初诊患者各实验室及临床指标:血红蛋白(Hb)、白细胞数(WBC)、血小板数(PLT)、血肌酐(Scr)、血清钙离子(Ca^(2+))、β-微球蛋白(β-MG)、骨破坏、ISS分期、分型、生存期(OS),对上述指标进行METTL16相关性分析。进一步检测标本中:白细胞介素(IL)-4、IL-6、IL-10、IL-18及趋化因子(CCL)2、CCL3、CCL4表达水平,并对其与METTL16表达的相关性进行分析。结果数据库分析提示METTL16在MM患者样本中较正常对照表达显著升高,与不良预后相关。qRT-PCR结果显示,MM初诊患者骨髓中METTL16表达水平显著高于治疗后患者以及正常对照组。其表达与血红蛋白、白细胞、骨破坏及分期、生存期等均有相关性,且其表达与CCL4表达呈正相关。结论METTL16在MM患者中高表达,其表达水平与贫血、更严重的骨质破坏及更晚的分期等相关,可能提示不良预后。METTL16与CCL4表达有显著相关性,提示其可能通过相关通路发挥相应致病作用。METTL16在MM的诊疗中将具有重要临床价值。

METTL3介导的m6A甲基化调控脂多糖诱导的内皮细胞通透性变化

目的探讨甲基化转移酶3(METTL3)介导的N6-甲基腺苷(m6A)甲基化修饰参与调控脂多糖(LPS)诱导的内皮细胞通透性变化的分子生物学机制。方法选用人脐静脉内皮细胞(HUVECs)进行体外培养,使用50、125、250、500、1000、2000 ng/ml的LPS干预HUVECs 24 h,应用Real-time PCR检测METTL3 mRNA的表达;选用500 ng/ml的LPS干预HUVECs 24 h,检测m6A甲基化水平,应用细胞通透性实验检测细胞通透性,应用Real-time PCR和Western blot检测细胞间连接蛋白(Claudin-5、Occludin和VE-caherin)mRNA和蛋白表达;构建METTL3过表达稳转细胞株,检测METTL3过表达时内皮细胞m6A甲基化水平及通透性的变化。结果与对照组相比,LPS抑制HUVECs METTL3 mRNA表达,使得内皮细胞m6A甲基化下调,细胞通透性升高,细胞间连接蛋白(Claudin-5、Occludin和VE-caherin)mRNA和蛋白表达下降;当METTL3过表达时,内皮细胞m6A甲基化水平增强,LPS诱导的内皮细胞通透性增加得以改善。结论METTL3介导的m6A甲基化能够改善脓毒症诱导的内皮细胞通透性增加。

激素性股骨头坏死中m6A相关基因差异性的鉴定

背景:已知m6A参与了多种疾病的发生与发展,研究推测其也参与了激素性股骨头坏死的病理改变,但m6A甲基化修饰在激素性股骨头坏死中的研究比较匮乏。目的:通过生物信息学的方法寻找m6A相关基因在激素性股骨头坏死中的差异性表达,并预测与其相关的miRNA,以进一步阐明m6A甲基化在激素性股骨头坏死中所发挥的作用和机制。方法:从GSE123568基因表达谱中分析激素性股骨头坏死与对照组差异基因的表达,通过R语言‘limma’包进行差异基因鉴定,并对差异基因进行功能富集分析。用R语言的‘ggstatsplot’包对相关基因进行差异性分析。通过GSE74089数据集对差异基因进行交叉验证。构建mRNA-miRNA调控网络。采用共表达分析对共表达模块进行聚类并对模块基因进行富集分析。采用ssGSEA方法对激素性股骨头坏死与对照组之间免疫细胞浸润的差异进行量化分析。结果与结论:①通过相关性分析发现13个m6A相关基因,进行PPI网络识别和受试者操作特征曲线进一步分析发现YTHDF2有望成为早期生物标志物的核心差异基因;②富集分析发现差异基因主要参与炎症反应和免疫应答,并与破骨细胞关系密切;③交叉验证分析2个数据集差异基因表达结果一致;④mRNA-miRNA调控网络分析发现YTHDF2与miRNA-27a呈负相关;⑤免疫浸润分析发现激素性股骨头坏死中免疫细胞浸润水平上升,YTHDF2与免疫细胞CD4^(+)T细胞的浸润程度呈正相关;⑥结论:m6A相关基因YTHDF2可以作为激素性股骨头坏死潜在生物标志物,对激素性股骨头坏死的早期临床诊断和治疗具有一定的价值;验证了YTHDF2与miRNA-27a呈负相关,且与CD4^(+)T细胞的浸润程度呈正相关,为激素性股骨头坏死的早期诊断和治疗提供新的思路,并为进一步阐明m6A在激素性股骨头坏死中发挥的作用机制提出新的见解。

m6A修饰调控酶及其结合蛋白在细胞自噬中作用的研究进展

自噬可消除细胞内错误折叠或聚集的蛋白质、清除受损的细胞器以及降解不必要的细胞成分,对于维持细胞功能和新陈代谢十分重要[1]。自噬水平的异常在癌症、心血管、呼吸系统和神经退行性病变等疾病的发病机制中起到重要作用[2]。在过去几十年,对自噬的研究主要集中在自噬的调控机制及自噬基因的生物学功能[3-4]。

有氧运动调节circRNAs m6A甲基化修饰改善高脂饮食小鼠心脏病理性重塑研究

目的:通过甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)绘制N6-甲基腺苷(m6A)修饰图谱,探讨环状RNA(circRNAs)m6A甲基化修饰在有氧运动改善高脂饮食小鼠心脏病理性重塑中的作用。方法:C57BL/6J野生型小鼠随机分为正常饮食安静(normal diet-sedentary,ND-SED)组、正常饮食运动(normal diet-exercise,ND-EX)组、高脂饮食安静(high-fat diet-sedentary,HFD-SED)组和高脂饮食运动(high-fat diet-exercise,HFD-EX)组。ND-SED组和ND-EX组小鼠给予普通饲料喂养,HFD-SED组和HFD-EX组小鼠给予60%脂肪供能高脂饲料喂养12周后,ND-EX组和HFD-EX组小鼠进行8周有氧运动。运动干预结束后,检测小鼠体重、体脂含量和心功能。采血、取心脏,检测血清TC和TG含量,酶联免疫吸附测定检测心脏组织TG含量,RT-qPCR检测m6A调节因子,Western blot检测METTL3和FTO蛋白表达,比色法检测心脏组织m6A RNA甲基化含量,MeRIP-seq检测HFD-SED组和HFD-EX组小鼠心脏circRNAs m6A甲基化修饰,SRAMP预测发生m6A甲基化差异和表达差异的circRNA甲基化位点,MeRIP-qPCR验证其m6A水平。结果:8周有氧运动显著降低了高脂饮食小鼠体重和体脂含量,提高了左心室射血分数和短轴缩短率,抑制心脏纤维化和脂质沉积,改善心脏病理性重塑。有氧运动可以显著降低高脂饮食小鼠心脏m6A甲基化水平,甲基转移酶METTL3在其中发挥了重要作用。MeRIP-seq显示,HFD-SED组和HFD-EX组小鼠心脏受m6A修饰的circRNAs大部分都只具有1个m6A修饰位点,且m6A circRNAs主要来自重叠区和外显子。与HFD-SED组比较,HFD-EX组小鼠心脏有13个circRNAs发生了甲基化上调,19个circRNAs发生了甲基化下调,两组差异甲基化的circRNAs大部分来源于重叠区,长度主要富集在1~10000 bps,大部分位于1号、7号和13号染色体上。RNA-seq显示,与HFD-SED组比较,HFD-EX组小鼠心脏有40个circRNAs发生差异表达,其中22个显著上调,18个显著下调。MeRIP-seq和RNA-seq联合分析发现,只有circRNA_4614|Chr7:127484542_127486889_+(以下简称“circRNA_4614”)同时发生m6A甲基化差异和表达差异,其m6A水平和表达水平均显著上调。SRAMP预测显示,circRNA_4614存在8个潜在的m6A位点,其中1个位点具有非常高置信度,2个位点具有高置信度。MeRIP-qPCR验证显示,与HFD-SED组比较,HFD-EX组小鼠心脏circRNA_4614的m6A水平显著上调,其趋势与MeRIP-seq测序结果一致。结论:有氧运动可以显著降低高脂饮食小鼠心脏m6A甲基化水平,调节心脏circRNAs表达谱和m6A修饰谱。circRNA_4614介导的m6A修饰在有氧运动改善肥胖性心脏重塑中可能发挥重要作用。

m6A去甲基化酶ALKBH5在形觉剥夺性近视豚鼠中的表达变化及其意义

目的探讨形觉剥夺性近视(FDM)豚鼠视网膜中m6A去甲基化酶AlkB同源蛋白5(ALKBH5)表达变化及其参与近视的作用机制。方法采用随机数字表法将30只健康SPF级3周龄三色豚鼠分为正常对照组和实验组,每组15只。实验组中眼罩遮盖右眼作为FDM组,暴露左眼为自身对照组。分别于实验前及实验1、2、3和4周时进行豚鼠眼生物学参数测量。采用带状光检影镜测量屈光度,采用A型超声仪测量眼轴长度。实验4周,通过免疫组织化学染色和免疫荧光染色检测ALKBH5在豚鼠视网膜中的表达分布。采用实时荧光定量PCR和Western blot法检测豚鼠视网膜中ALKBH5 mRNA和蛋白表达情况。结果与正常对照组和自身对照组相比,实验2、3和4周,FDM组豚鼠近视屈光度明显增加,眼轴显著增长,差异均有统计学意义(均P<0.001)。免疫组织化学染色和免疫荧光染色显示,ALKBH5分布在视网膜神经纤维层、视锥视杆细胞层和视网膜色素上皮(RPE)层,其中以神经纤维层和RPE层为主。正常对照组、自身对照组和FDM组豚鼠ALKBH5蛋白相对荧光强度值分别为1.000±0.204、0.874±0.076和0.571±0.053,FDM组视网膜中ALKBH5蛋白荧光强度值明显小于正常对照组和自身对照组,差异均有统计学意义(t=4.069,P=0.006;t=5.176,P=0.014)。造模后4周,FDM组豚鼠视网膜中ALKBH5 mRNA和蛋白相对表达量明显低于正常对照组和自身对照组,差异均有统计学意义(均P<0.01)。结论FDM组豚鼠视网膜中m6A去甲基化酶ALKBH5表达下降,ALKBH5及相关m6A甲基化修饰可能参与了近视的发生和发展。

RNA m6A甲基化在卒中后认知障碍中的研究进展

卒中后认知障碍(PSCI)主要表现为学习、记忆等方面的障碍。哺乳动物大脑中高度富集的RNA m6A甲基化修饰,参与神经胶质细胞介导的神经炎症。鉴于神经炎症是PSCI神经损伤以及空间和记忆能力下降的主要机制,推测RNA m6A甲基化修饰可调节脑卒中后神经胶质细胞炎症反应,进而改善PSCI。该文就RNA m6A甲基化修饰在PSCI发展中的作用及其调控神经胶质细胞介导的炎症的详细机制进行总结分析,为该领域的研究者提供参考。

METTL14介导ACSL4的m6A甲基化在髓核细胞铁死亡和细胞衰老中的作用

目的探究METTL14介导ACSL4的m6A甲基化在髓核细胞铁死亡和细胞衰老中的作用。方法采用市售人髓核细胞,利用叔丁基氢过氧化物复制细胞模型,分别复制METTL14过表达和敲除的稳转细胞株。通过分光光度法检测细胞内亚铁离子、MDA、GSH、GPX4水平,流式细胞术检测ROS和细胞线粒体膜电位,采用β-半乳糖苷酶染色评估细胞衰老情况。同时进行了甲基化RNA免疫共沉淀结合实时荧光定量聚合酶链反应(MeRIP-qRT-PCR)和RNA稳定性实验,探究METTL14对ACSL4表达的调控作用。结果METTL14过表达在髓核细胞中导致显著的铁过载(P<0.05)、ROS相对表达量升高(P<0.05)、MDA水平增加(P<0.05),以及GSH与GPX4水平下降(P<0.05),同时降低线粒体膜电位(P<0.05),从而促进了细胞衰老。通过MeRIP-qRT-PCR和RNA稳定性实验发现METTL14调控ACSL4的表达,并影响其mRNA的稳定性。挽救实验进一步证实METTL14通过调控ACSL4促进髓核细胞衰老的机制。结论METTL14通过介导ACSL4的m6A甲基化过程促进髓核细胞的铁死亡和衰老,为深入理解髓核细胞相关疾病的发病机制提供新的视角和治疗靶点。

甲基转移酶METTL3介导m6A甲基化调控犬JBMMSCs成骨分化

目的:探究甲基转移酶METTL3对颌骨骨髓间充质干细胞(Jaw bone marrow mesenchymal stem cells, JBMMSCs)增殖、迁移及成骨分化的影响。方法:体外培养JBMMSCs,慢病毒转染构建沉默METTL3基因细胞模型,转染后siMETTL3组JBMMSCs mRNA水平(P<0.001)及蛋白水平(P<0.01)下降。检测两组细胞的增殖、迁移、碱性磷酸酶活性、钙沉积以及成骨相关因子骨钙素(osteocalcin,OCN)mRNA及蛋白水平。结果:与沉默对照(siNC)组相比,siMETTL3组培养24、48、72、96 h的增殖活性降低(P<0.001),24 h后细胞迁移能力下降(P<0.05)。成骨诱导7 d后siMETTL3组碱性磷酸酶活性下降,21 d后矿化沉积较siNC组少。qRT-PCR及Western Blot显示,OCN的mRNA(P<0.001)和蛋白(P<0.05)表达水平降低。结论:沉默METTL3可抑制JBMMSCs的增殖、迁移及成骨分化。

基于TCGA数据库分析m6A调节因子甲基化修饰对肺腺癌预后的影响

目的通过生物信息学分析探究m6A甲基化调节因子在肺腺癌中的表达及预后。方法通过TCGA数据库下载516例肺腺癌患者的转录组数据及其临床数据,使用R软件分析比较肺腺癌组织和癌旁组织中20个m6A甲基化调节因子的表达差异,并通过单变量Cox回归分析进行生存分析。通过Consensus Cluster Plus R非监督类的方法进行m6A聚类生存分析。结果16个m6A甲基化调节因子在肺腺癌中差异表达,其中有5个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、YTHDC2)与肿瘤分期、7个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP3、HNRNPC、RBMX、METTL3、YTHDF2、METTL14)与T期和2个m6A甲基化调节因子(IGF2BP3、YTHDC2)与N期显著相关。Cox回归分析结果表明6个m6A甲基化调节因子(IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3、HNRNPA2B1、HNRNPC、RBM15)是影响肺腺癌患者预后的独立危险因素。结论m6A甲基化调节因子与肺腺癌进展有关,6个m6A甲基化调节因子可以作为预测肺腺癌患者预后的潜在生物标志物。

m6A去甲基化酶ALKBH5在肝细胞癌发生发展中的功能作用

目的探讨m6A去甲基化酶ALKBH5在肝细胞癌(HCC)发生发展中的功能作用。方法分析公共数据库(TCGA、CPTAC)中ALKBH5在肝癌和癌旁组织中的mRNA和蛋白表达情况。采用qRT-PCR检测ALKBH5在正常肝细胞LO2和肝癌细胞系HepG2、Hep3B和Huh7中的表达;采用siRNA干扰技术和慢病毒技术构建稳定敲减的肝癌细胞株,并检测ALKBH5 mRNA及蛋白质水平的干扰效率;随后通过CCK-8、平板克隆、细胞划痕及Transwell等实验研究ALKBH5对HCC增殖活性及迁移、侵袭能力的影响。结果对TCGA、CPTAC数据库分析显示,相比于癌旁组织,ALKBH5在肝癌组织中的mRNA[(5.78±0.62)vs(5.41±0.25)]和蛋白表达[(0.09±0.35)vs(-0.01±0.16)]水平呈高表达。ALKBH5在正常肝细胞系LO2(1.0±0.1)中的表达显著低于肝癌细胞Hep3B(1430.7±103.9)、Huh7(1515.6±162.4)和HepG2(311.0±29.6)。通过慢病毒法成功构建ALKBH5稳定敲减的Hep3B、Huh7肝癌细胞株。抑制ALKBH5的表达后,Hep3B和Huh7细胞的增殖活性、迁移和侵袭能力均明显减弱(P<0.05)。结论ALKBH5在肝癌细胞中呈高表达,低表达ALKBH5后,对HCC的恶性生物学行为具有抑制作用,但是ALKBH5在HCC中其他的生物学功能及其关联的调控网络仍需进一步探讨。

m6A甲基化修饰在急性肾损伤中的研究进展

急性肾损伤因高发病率、高病死率、高治疗费用已然成为全球性重要公共健康问题,其发病机制复杂、治疗策略有限,深入探索其病理生理机制、寻找临床治疗的潜在靶点具有重要意义。N6-甲基腺嘌呤(m6A)甲基化是真核生物中最为普遍和高度保守的表观遗传修饰,是由m6A甲基转移酶、去甲基化酶和阅读蛋白共同调控RNA的剪接、出核、翻译、稳定性和高级结构的动态可逆过程。研究表明m6A甲基化修饰在急性肾损伤的发生发展中发挥重要调节作用,有望成为治疗急性肾损伤的有效靶点。本文就m6A在急性肾损伤中的调控作用及未来可能的研究方向进行综述。