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m1A/m5C/m6A/m7G调控基因预测胃癌预后及免疫关联性
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作者 陈小梅 王安奇 +1 位作者 杨积祯 于淼 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2024年第9期1230-1237,共8页
目的基于m1A/m5C/m6A/m7G甲基化调控基因建立胃癌预后风险预测模型,并分析该模型与免疫的关联性。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)-胃癌数据集筛选表达具有显著差异的m1A/m5C/m6A/m7G调控基因,通过单基因Cox回归分析和LASSO算法构建预后... 目的基于m1A/m5C/m6A/m7G甲基化调控基因建立胃癌预后风险预测模型,并分析该模型与免疫的关联性。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)-胃癌数据集筛选表达具有显著差异的m1A/m5C/m6A/m7G调控基因,通过单基因Cox回归分析和LASSO算法构建预后风险评分(risk score,RS)模型,使用Kaplan-Meier(K-M)统计进行RS模型验证,并应用细胞系进行RT-qPCR验证。利用单因素、多因素Cox回归分析建立nomogram模型。使用CIBERSORT算法和estimate包进行免疫关联性分析。结果建立了基于八个甲基化调控基因的预后RS模型,将胃癌患者分为高风险和低风险。这八个基因在胃癌细胞系中高表达(P<0.05)。在TCGA-胃癌训练集和GSE62254-验证集中,患者总生存率(OS)与分组状态之间存在显著相关性(P<0.001)。nomogram生存模型预测的1年(C-index=0.703)、3年(C-index=0.729)和5年(C-index=0.734)生存率与实际生存率的一致性较好。免疫关联性分析表明,与低风险患者组相比,高风险患者组免疫评分和免疫检查点相关基因的表达较高(P<0.05)。结论基于m1A/m5C/m6A/m7G调控基因的预后RS模型可预测胃癌预后并指导个体免疫治疗决策。 展开更多
关键词 m1A m5C m6A m7g 胃癌 预后 免疫浸润
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胆管癌中m7G甲基化调节因子相关预后风险模型的构建及临床意义
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作者 王卓 王敏 +5 位作者 刘莹 吕丹丹 屈园园 谌慧君 洪流 周威 《生物医学工程与临床》 CAS 2024年第2期254-264,共11页
目的表观遗传重编程在胆管癌(CCA)进展中起关键作用,m7G甲基化修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一,其通过调节肿瘤相关基因的表达在增殖、侵袭和转移等多种肿瘤相关的生物学活动中发挥着巨大作用。实验研究是探索m7G甲基化调... 目的表观遗传重编程在胆管癌(CCA)进展中起关键作用,m7G甲基化修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一,其通过调节肿瘤相关基因的表达在增殖、侵袭和转移等多种肿瘤相关的生物学活动中发挥着巨大作用。实验研究是探索m7G甲基化调节因子构建的相关修饰模式及其对CCA临床预后及治疗效果的评估。方法分析基于癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中27个m7G甲基化调节因子[Argonaute2蛋白(AGO2),细胞质脆性X智力迟钝蛋白1(FMR1)相关蛋白1(CYFIP1),脱帽mRNA2(DCP2)、清道夫脱帽酶(DCPS),真核翻译起始因子3(EIF3)亚基D(EIF3D),真核翻译起始因子4A1(EIF4A1),真核翻译起始因子4E(EIF4E),真核翻译起始因子4E家族成员1B(EIF4E1B),真核翻译起始因子4E家族成员2(EIF4E2),真核翻译起始因子4E家族成员3(EIF4E3),真核翻译起始因子4伽玛3(EIF4G3),宝石核细胞器相关蛋白5(GEMIN5),干扰素诱导蛋白5(IFIT5),La核糖核蛋白1(LARP1),Sm样蛋白(LSM1),甲基转移酶1(METTL1),核帽结合蛋白(NCBP)1,NCBP2,NCBP2样蛋白(NCBP2L),NOP2/Sun RNA甲基转移酶家族成员2(NSUN2),Nudix水解酶(NUDT)10,NUDT3,NUDT4,营养素1(SNUPN),WD重复结构域4(WDR4)]的表达水平,利用CCA患者临床数据进行生存分析。对所有患者数据进行共识聚类分析并筛选预后相关的差异表达基因(DEG),为了检测m7G甲基化调节因子及其DEG的影响进行共识聚类分析,进一步建立m7G甲基化评分系统,评估m7G甲基化评分与CCA患者预后的相关性。结果约48%(12/25)的m7G甲基化调节因子DNA拷贝数增加,其中AGO2的拷贝数增加程度最高;约56%(14/25)的m7G甲基化调节因子DNA拷贝数减少,其中EIF4G3的拷贝数减少程度最高,并且与患者预后密切相关;除IFIT5外,其余调节因子之间存在复杂且密切的相互作用关系。17个与CCA患者预后相关的m7G甲基化调节基因,其中LARP1、NUDT3、SNUPN、NCBP2、EIF4E1B、NUDT11、NSUN2、EIF4A1、GEMIN5和CYFIP1的高表达与患者预后正相关,EIF4E3、WDR4、EIF4E2、NUDT4、NCBP1、EIF4E和DCP2的高表达与患者预后不良相关(P<0.05)。通过对m7G甲基化分型之间取交集DEG,DEG主要富集于血管内皮细胞增殖与新生血管生成等。筛选预后相关基因,得到2个具有预后差异的m7G甲基化基因特征亚组,m7G甲基化评分高低两组分型之间差异有统计学意义,即m7G甲基化低评分组患者预后相对较好。结论研究表明,m7G甲基化修饰异常与CCA的发生发展密切相关,并且在肿瘤调控网络的形成中起着重要作用,评估肿瘤中的m7G甲基化修饰模式将有助于指导制定更有效的治疗策略。 展开更多
关键词 胆管癌 m7g甲基化 预后 m7g甲基化评分
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一种基于m7G RNA修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型的构建和验证
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作者 李健 刘阳 +1 位作者 刘飞 王颜 《中国现代普通外科进展》 CAS 2023年第12期933-938,共6页
目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型。方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式。下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的m... 目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型。方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式。下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的m RNA基因表达和临床预后数据。通过单变量Cox回归分析评估每个m7G相关基因对生存的预后价值。应用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归方法,构建基于m7G甲基化调节基因的乳腺癌预后风险模型。通过基因集富集分析(GSEA)阐述BC高危人群的主要作用机制。基于m7G建立预后列线图,分别在TCGA和GEO队列中进行验证。结果:构建基于7个m7G甲基化调节基因的预后风险模型。高危组总生存率(OS)明显低于低危组(P<0.001)。GSEA分析表明,在高危人群中“细胞周期”是最重要的致癌通路。利用训练集TCGA队列的风险评分及临床特征,构建了预后列线图,校准曲线和决策曲线分析(DCA)表明其一致性和预测效能很好,并于GEO队列中进行了验证。结论:基于m7G相关基因的预后模型对乳腺癌的预后具有预测作用,可用于指导乳腺癌患者的个体化治疗。 展开更多
关键词 乳腺癌 m7g RNA甲基化修饰 预后列线图 癌症基因组图谱 基因表达综合数据库
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m7G甲基转移酶METTL1在肿瘤中的作用 被引量:1
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作者 洪子强 苟文曦 +3 位作者 崔百强 白向豆 金大成 苟云久 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2023年第1期93-100,共8页
N7甲基鸟嘌呤核苷酸(N7-methylguanosine,m7G)是一种常见的RNA转录后修饰,在RNA加工、代谢和功能中起着重要作用。其主要由甲基转移酶1(methyltransferase 1,METTL1)和WD重复结构域4(WD repeat domain 4,WDR4)复合物调控。多项研究表明,... N7甲基鸟嘌呤核苷酸(N7-methylguanosine,m7G)是一种常见的RNA转录后修饰,在RNA加工、代谢和功能中起着重要作用。其主要由甲基转移酶1(methyltransferase 1,METTL1)和WD重复结构域4(WD repeat domain 4,WDR4)复合物调控。多项研究表明,METTL1/WDR4复合物促进或抑制许多肿瘤的进程,包括头颈部肿瘤、肺癌、肝癌、结肠癌、膀胱癌和食管鳞癌等,这依赖于tRNA或miRNA的m7G甲基化修饰。因此,METTL1和m7G修饰可以用作生物标志物或潜在的干预靶点,为肿瘤的早期诊断和治疗提供新的方向。本文将主要讨论METTL1通过m7G在肿瘤发生中的作用机制和相关的研究进展。 展开更多
关键词 表观遗传修饰 RNA甲基化 m7g mETTL1 肿瘤
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肝癌中m7G甲基化相关lncRNAs预后模型和动态列线图的开发
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作者 彭克楠 宁静源 +4 位作者 孙克然 范小晴 宗彦红 唐志鹏 帖彦清 《承德医学院学报》 2023年第5期366-371,共6页
目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究m7G甲基化相关的长非编码RNAs(lncRNAs)在肝癌中的预后价值并开发动态列线图。方法应用TCGA数据库来检索临床和转录组数据。采用单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析筛选预后相关的m7G甲基化相... 目的基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库探究m7G甲基化相关的长非编码RNAs(lncRNAs)在肝癌中的预后价值并开发动态列线图。方法应用TCGA数据库来检索临床和转录组数据。采用单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析筛选预后相关的m7G甲基化相关lncRNAs,最后构建预后模型和动态列线图。结果通过单因素和多因素Cox回归分析,得到4个m7G甲基化相关的lncRNAs(AL031985.3、AL365203.2、AC009403.1和AC015908.3)。构建了预后模型并验证了该模型的有效性。在评估了免疫细胞浸润水平、免疫功能、免疫检查点后,发现高风险组和低风险组之间存在显著差异。最后开发了有效的在线版动态列线图。结论基于m7G甲基化相关的lncRNAs的肝癌预后模型和动态列线图可以更准确预测肝癌患者的预后,并为临床的诊治提供了更大的方便性。 展开更多
关键词 肝细胞癌 m7g lncRNAs 预后模型 列线图
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METTL1介导的m7G RNA甲基化在肿瘤发生发展中的调控作用
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作者 张佳谊 武霄勇 +3 位作者 祝嘉 闫学敏 文锦旭 王跃欣 《中国医药导刊》 2023年第4期389-393,共5页
RNA甲基化在许多基本的生物学过程中起着关键作用,包括基因表达的调控、信使RNA的稳定性和稳态。m7G甲基化通过修饰各种RNA分子,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、microRNA和转运RNA(tRNA)等,参与生理和病理功能。m7G是发生在tRNA... RNA甲基化在许多基本的生物学过程中起着关键作用,包括基因表达的调控、信使RNA的稳定性和稳态。m7G甲基化通过修饰各种RNA分子,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、microRNA和转运RNA(tRNA)等,参与生理和病理功能。m7G是发生在tRNA可变环中最普遍的修饰之一,由人类METTL1-WDR4复合物调控。m7G修饰调控mRNA的转录、microRNA的生物合成、生物学功能、tRNA的稳定性、18SrRNA的加工和成熟。作为m7G的甲基转移酶,METTL1在各种肿瘤中发挥着重要作用,包括影响甲基化水平、肿瘤相关基因稳定性、癌细胞信号通路等多种调节机制。因此,阐明METTL1在肿瘤发生发展过程中的机理,对肿瘤的诊疗具有重要意义。本研究综述了METTL1介导的m7G RNA甲基化在急性髓细胞白血病(AML)、肝内胆管癌(ICC)、肝细胞癌(HCC)、结肠癌(CC)、肺癌、鼻咽癌、膀胱癌等各种肿瘤发生发展过程中调控作用的研究进展,探讨了METTL1与RNA稳定性的关系以及对多种肿瘤的调节机制,认为METTL1可能成为新的诊断标志物和治疗靶点。 展开更多
关键词 mETTL1 m7g RNA甲基化 肿瘤 调控作用
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直肠癌中m7G调控因子构建的修饰模式探索
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作者 周威 李婷 +4 位作者 宋健 张慧敏 席娇娜 李桂香 洪流 《医学研究杂志》 2023年第10期23-30,70,共9页
目的构建基于N7-甲基鸟嘌呤(N7-methylguanosine,m7G)相关基因的直肠癌(rectal cancer,RC)预后预测模型。方法本研究从TCGA和GEO数据库中收集了292例直肠癌患者资料,综合分析了26个m7G调控因子的表达水平、突变情况及与患者预后的关系... 目的构建基于N7-甲基鸟嘌呤(N7-methylguanosine,m7G)相关基因的直肠癌(rectal cancer,RC)预后预测模型。方法本研究从TCGA和GEO数据库中收集了292例直肠癌患者资料,综合分析了26个m7G调控因子的表达水平、突变情况及与患者预后的关系。笔者定义了两种m7G修饰模式并使用主成分分析(PCA)构建了m7G评分系统。结果与邻近正常组织比较,m7G调节因子在直肠癌中普遍存在差异表达,并且多数与患者预后相关。笔者进一步在RC样本中确定了两种不同的m7G修饰模式,发现不同m7G分型之间存在临床特征和总生存期差异,并且证明m7G评分系统可以判断患者的预后。结论m7G甲基化修饰异常与直肠癌的发生密切相关,对大量直肠癌样本中不同m7G模式的分析增进了对肿瘤调控网络的理解,m7G评分系统的构建可以为患者的预后评估和个性化治疗策略提供新的思路。 展开更多
关键词 直肠癌 m7g甲基化 预后 m7g评分
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真核生物mRNA翻译起始机制研究进展 被引量:14
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作者 郑超星 马小凤 +2 位作者 张永华 李洪杰 张根发 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期607-619,共13页
在真核生物中,m RNA翻译是一个复杂的多步骤过程,包括起始、延伸和终止3个阶段。其中,起始阶段的调控是影响m RNA翻译的关键。目前已经发现,m RNA翻译起始方式有多种,以最早发现的m7G帽依赖性扫描机制最为经典,但当细胞处于逆境,经典起... 在真核生物中,m RNA翻译是一个复杂的多步骤过程,包括起始、延伸和终止3个阶段。其中,起始阶段的调控是影响m RNA翻译的关键。目前已经发现,m RNA翻译起始方式有多种,以最早发现的m7G帽依赖性扫描机制最为经典,但当细胞处于逆境,经典起始机制受到抑制时,其他类型的起始机制会将其替代以保证翻译的顺利进行。本文对目前已发现的真核生物m RNA不同翻译起始机制特别是经典起始机制的替代机制进行了综述,旨在为深入认识真核生物基因在翻译水平上的表达调控提供参考。 展开更多
关键词 翻译起始 真核生物mRNA 帽依赖性扫描 IRES CITE
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基于TCGA数据库探究m7G相关基因在肺腺癌的表达及预后意义 被引量:2
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作者 赵艳生 康绍叁 曹凤宏 《中国煤炭工业医学杂志》 2023年第3期225-229,共5页
目的应用生物信息学分析N7-甲基鸟苷(m7G)相关基因对肺腺癌(LUAD)的诊断和预后价值,探究治疗LUAD新的分子靶点。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的LUAD数据集,使用R软件运用LASSO回归与Cox回归进行模型的构建与检验,并进行差异基... 目的应用生物信息学分析N7-甲基鸟苷(m7G)相关基因对肺腺癌(LUAD)的诊断和预后价值,探究治疗LUAD新的分子靶点。方法基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的LUAD数据集,使用R软件运用LASSO回归与Cox回归进行模型的构建与检验,并进行差异基因功能分析及免疫细胞浸润和药物敏感性分析。结果成功构建15个m7G相关基因的LUAD预后模型,且风险评分可作为独立预测因子;功能相关性分析表明,模型核心基因细胞免疫和药物敏感性密切相关。结论本次研究成功建立m7G相关的LUAD预后模型,对LUAD的预后和免疫相关以及药物敏感性的研究具有一定提示作用。 展开更多
关键词 肺腺癌 m7g修饰 生物信息学 分子对接
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Methylation Modifications in Eukaryotic Messenger RNA 被引量:16
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作者 Jun Liu Guifang Jia 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2014年第1期21-33,共13页
RNA methylation modifications have been found for decades of years, which occur at different RNA types of numerous species, and their distribution is species-specific. However, people rarely know their biological func... RNA methylation modifications have been found for decades of years, which occur at different RNA types of numerous species, and their distribution is species-specific. However, people rarely know their biological functions. There are several identified methylation modifications in eukaryotic messenger RNA (mRNA), such as NT-methylguanosine (mVG) at the cap, Nr-methyl-2'-O-methyladenosine (m6Am), 2'-O-methylation (Nm) within the cap and the internal positions, and internal N6-methyladenosine (m6A) and 5-methylcytosine (mSC). Among them, mTG cap was studied more clearly and found to have vital roles in several important mRNA processes like mRNA translation, stability and nuclear export, m6A as the most abundant modification in mRNA was found in the 1970s and has been proposed to function in mRNA splicing, translation, stability, transport and so on. mrA has been discovered as the first RNA reversible modification which is demethylated directly by human fat mass and obesity associated protein (FRO) and its homolog protein, alkylation repair ho- molog 5 (ALKBH5). b-TO has a special demethylation mechanism that demethylases m6A to A through two over-oxidative intermediate states: N6-hydroxymethyladenosine (hm6A) and Nr-formyladenosine (frA). The two newly discovered m6A demethylases, bTO and ALKBH5, significantly control energy homeostasis and spermatogenesis, respectively, indicating that the dynamic and reversible mrA, analogous to DNA and histone modifications, plays broad roles in biological kingdoms and brings us an emerging field "RNA Epige- netics". 5-methylcytosine (5mC) as an epigenetic mark in DNA has been studied widely, but mSC in mRNA is seldom explored. The bisulfide sequencing showed mSC is another abundant modification in mRNA, suggesting that it might be another RNA epigenetic mark. This review focuses on the main methylation modifications in mRNA to describe their formation, distribution, function and demethylation from the current knowledge and to provide future 19erspectives on functional studies. 展开更多
关键词 RNA methylation N7-methylguanosine (m7g) N6-methyladenosine (m6A) 5-methylcytosine (mSC)
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