胡子鲇qRT-PCR内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达有效的工具之一,选取合适的内参基因,是获得可靠的基因表达结果的关键。本研究以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,采用qRT-PCR技术检测了13个候选基因(actb1、actb2、ef1a、eef1b2、rpl13a、rpl13、ccdc124、cfl1、nm23、eif3g、rap1a、ikbkg和ywhab)在胡子鲇性腺不同发育阶段和成鱼不同组织中的基因表达情况,并利用BestKeeper、GeNorm、NormFinder和RefFinder软件分析其表达稳定性,以筛选在胡子鲇性腺发育和不同组织中稳定表达的内参基因。结果显示,13个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物。在性腺不同发育阶段,候选基因表达稳定性顺序为actb2>rpl13>actb1>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>eef1b2>ywhab>ccdc124,成鱼不同组织中稳定性顺序为actb2>rpl13>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>actb1>eef1b2>ywhab>ccdc124。随后,选择稳定性前二的actb2和rpl13作为候选内参基因,分析zp3、atp2b3、slc13a5和parp8基因在胡子鲇雌、雄性腺中的相对表达量,结果进一步证实,以actb2为内参时,其雌雄性状差异基因表达水平更接近于转录组结果。综合分析表明,actb2基因可作为内参基因用于今后胡子鲇性腺不同发育时期和不同组织间功能基因表达特征的研究。

基于生物信息学分析骨肉瘤的关键基因和qRT-PCR实验验证

目的利用生物信息学方法筛选出与骨肉瘤(osteosarcoma,OS)相关的关键基因,以作为OS的潜在诊断标志物和新治疗靶点。方法从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索下载2个符合本研究的OS相关数据集(GSE16088和GSE42572),共包括21例OS组织样本和14例正常骨组织样本。对数据集进行矫正分析鉴定出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。通过加权基因共表达网络分析方法(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)与DEGs筛选出交集基因。对交集基因进行疾病本体论(Disease Ontology,DO)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该PPI网络degree排名前10位的Hubbe基因的表达水平对OS患者的诊断效能,并以另一个OS数据集GSE19276对Hubbe基因进行验证筛选出关键基因。分析关键基因与浸润性免疫细胞的相关性。收集2020年9月1日至2022年6月30日于广西中医药大学第一附属医院住院手术的4例OS患者的OS组织及其癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)对关键基因进行实验验证。结果在OS组织与正常骨组织中共筛选出687个DEGs(上调基因523个和下调基因164个)。WGCNA关键模块基因2338个。DEGs与WGCNA关键模块基因共有交集基因545个。DO富集分析结果表明,DEGs与WGCNA结果的交集基因主要与泌尿系统癌症、肾癌、生殖细胞癌、肌肉骨骼系统癌症和胚胎癌等癌症相关。GO富集结果表明,交集基因主要参与骨化的形成、细胞外基质组织和生物矿物组织发育等生物学过程。KEGG通路富集在磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,PKB,又名Akt)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptor,PPAR)信号通路及流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路上。PPI网络分析中degree排名前10位的Hubbe基因为磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha,PIK3CA)、脯氨酰4-羟化酶亚单位α1(prolyl 4-hydroxylase subunit alpha 1,P4HA1)、整合素αⅤ(integrin alphaⅤ,ITGAⅤ)、组蛋白去乙酰化酶2(histone deacetylase 2,HDAC2)、连环蛋白β1(catenin beta 1,CTNNB1)、Ⅲ型胶原蛋白α1(collagen typeⅢalpha 1,COL3A1)、Ⅰ型胶原蛋白α2(collagen typeⅠalpha 2,COL1A2)、转导蛋白β样1X相关蛋白1(transducin beta-like 1X-related protein 1,TBL1XR1)、小核核糖核蛋白多肽G(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G,SNRPG)和Ras相关核蛋白(Ras-related nuclear protein,RAN)。以数据集GSE19276绘制ROC曲线验证Hubbe基因表明,P4HA1和ITGAV的准确度较高(均AUC>0.8且P<0.05)。qRT-PCR实验结果显示,P4HA1和ITGAV mRNA在OS组织中高表达(均P<0.01)。结论P4HA1和ITGAV是OS的潜在生物标志物和治疗靶点。

出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜qRT-PCR内参基因的筛选与验证

为筛选适合出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜中稳定表达的内参基因,在转录组数据(NCBI登录号为:SRA:SRR12674257)分析的基础上,以PA-2不同时间胁迫的藜叶片为材料,分析藜中ACT-1、TUB-1、GAPDH、eEF1α、eIF3、UBQ、PTB、COX10、UPL6、TIP41L、RAN-B1和IDH-5等12个内参基因的表达水平,并利用ΔCt、GeNorm、NormFinder、BestKeeper及RefFinder分析候选内参基因的表达稳定性。结果表明,内参基因COX10是PA-2不同时间胁迫下藜中最稳定的内参基因,最优组合是COX10+eEF1α。通过分析藜ACC基因的相对表达水平,验证了内参基因的可靠性,为今后杂草藜胁迫响应基因的表达分析提供了参考基因和理论依据。

IHC、FISH、qRT-PCR检测NSCLC ALK融合基因的对比分析

目的对比分析免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)ALK融合基因情况。方法收集453例NSCLC标本。随机选取IHC检测的ALK融合基因不同表达程度标本40例[ALK(-)、(+)、(2+)、(3+)标本各10例],采用FISH和qRT-PCR法分别检测各组ALK融合基因表达水平,并进行一致性分析。结果IHC与FISH、qRT-PCR的ALK融合基因检测结果比较,IHC ALK(-)/(3+)与FISH、qRT-PCR检测结果一致率均为100%,具有高度一致性(r=0.781、r=0.740,P<0.05)。FISH与qRT-PCR的检测结果一致率为97.5%,具有高度一致性(r=0.943,P<0.05)。结论FISH、qRT-PCR法与IHC法检测在不同表达程度ALK融合基因样本中检测结果存在差别,IHC敏感性更高。FISH、qRT-PCR法在ALK融合基因样本的检测结果具有高度一致性。

小麦叶锈菌2个候选效应因子的克隆及其qRT-PCR分析

小麦叶锈病是由隐匿柄锈菌(Puccinia triticina,Pt)侵染的一种气传性真菌病害,对小麦造成严重的产量损失。Pt产生的吸器是产生效应因子的主要场所,而效应因子是Pt致病的关键。本研究基于早期构建的小麦叶锈菌单胞菌系13-5-28-1(JHKT)在休眠孢子、萌发夏孢子和侵染6 d的转录组文库,在系统筛选候选效应因子的基础上,选取两个候选效应因子Pt12448和Pt34354进行克隆,利用qRT-PCR分析候选效应因子的表达模式,结果发现其中Pt12448基因表现为后期诱导上调,Pt34354基因则为前期诱导上调。研究结果将推进对小麦叶锈菌致病机制的研究进程。

梭梭qRT-PCR内参基因的筛选及稳定性分析

研究旨在探明梭梭(Haloxylon ammodendron)不同非生物胁迫下稳定表达的内参基因,为后续梭梭抗逆性相关基因功能研究奠定基础。采用实时定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)技术从梭梭转录组数据库中检测了GAPDH、EF1-α、UBC、RPL32、ALB、50S-1721、50S-1063、RPⅡ、H3、PP2A、SOD、HSC70、TUA和TUB 14个候选内参基因在热胁迫、干旱、盐、ABA和昼夜节律条件下的表达变化,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对梭梭候选内参基因的稳定性进行评价,最终筛选出合适的内参基因,并通过对梭梭磷酸烯醇丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxylase,PEPC)基因表达分析,验证不同内参基因对试验结果的影响。4种软件分析得到的最优内参基因存在差异,在RefFinder网站上综合排序分析表明,在ABA处理和昼夜节律下,ALB是最优内参基因,RPⅡ基因在干旱胁迫下表达最稳定,TUB和RPⅡ基因在盐胁迫下最适用,H3基因在热胁迫下表达最为稳定。各种胁迫下最适宜的内参基因为ALB和RPL32。计算几何平均值得14个候选内参基因的综合稳定性排名,其中排名前2位的基因分别为SOD和RPL32。综上,SOD和RPL32可作为梭梭qRT-PCR标准化的内参基因。

镉胁迫下构树qRT-PCR内参基因筛选及验证

[目的]筛选出镉(Cd)胁迫下构树中稳定表达的内参基因,为后续开展构树耐Cd的分子机理研究奠定基础。[方法]以Cd胁迫下构树的根和叶组织为材料,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测10个候选基因(BpUBE2、BpRPL8、BpActin、BpGAPDH、BpHSP、BpTUA、BpDOUB、Bpβ-TUB、BpHIS、BpNADH)的表达情况,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder分析软件对候选内参基因的表达稳定性进行综合评估,并通过逆境胁迫响应基因BpDREB验证筛选出的内参基因的稳定性。[结果]BpDOUB和BpNADH在Cd胁迫下构树中基因表达相对稳定,BpGAPDH表达稳定性最差。以Bp-DREB验证内参稳定性时发现,单独或组合使用BpDOUB及BpNADH为内参基因时,BpDREB基因表达水平显示出相似的趋势,而稳定性较差的BpGAPDH基因未能对BpDREB的表达量进行准确校正。[结论]Bp-DOUB、BpNADH基因以及BpDOUB+BpNADH基因组合均可作为合适的内参基因,提高Cd胁迫下构树相关基因表达分析的可靠性。

黄带拟鲹qRT-PCR内参基因筛选及验证

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达的一种广泛使用且有效的方法,选用黄带拟鲹(Pseudocaranx dentex)合适的内参基因,是qRT-PCR技术获得该物种基因表达可靠结果的关键。本研究首先测定了9个常用内参基因(β-actin、RPL13、EF-1α、GAPDH、HPRT、PPIA、β2M、TUB和PP2A)在黄带拟鲹成鱼组织中的表达丰度;同时,利用BestKeeper、NormFinder、geNorm和RefFinder 4种模型预测了内参基因的表达稳定性,发现其表达稳定性排序为RPL13>EF-1α>PP2A>HPRT>PPIA>TUB>β2M>β-actin>GAPDH。进一步通过定量检测目标基因myod1在不同组织的表达情况,验证上述预测结果的准确性。研究发现,RPL13和EF-1α单独或联合作为黄带拟鲹qRT-PCR内参基因,可显著提高目标基因表达量检测结果的稳定性与可靠性。结果表明,RPL13和EF-1α可作为黄带拟鲹不同组织q RT-PCR分析的内参基因。同时,也证实了并不是管家基因的表达在所有物种中都具有良好的稳定性,需要根据实际情况筛选适宜的内参基因。本研究结果可为后续黄带拟鲹功能基因表达特征的研究提供技术支撑,有望适用于其他鲹科鱼类。

番茄响应南方根结线虫侵染相关转录因子的初步分析

为明确番茄接种根结线虫后基因种类和表达量在转录水平的变化规律,利用RNA-seq对未接种及接种南方根结线虫2龄幼虫6、12、24和48 h的番茄进行转录组测序,探究番茄响应南方根结线虫侵染相关的关键转录因子,并采用qRT-PCR方法对测序结果进行验证。结果显示,接种南方根结线虫后6、12、24和48 h分别有350、390、580、1154个基因差异表达,其中差异表达转录因子分别为11、11、19、50个。这些转录因子属于15个家族,其中数量最多的为MYB家族和bHLH家族(均为20个),其次是ERF家族19个、WRKY家族15个、bZIP家族9个。南方根结线虫侵染过程差异表达最明显的主要为ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子,其中Solyc03g005520、Solyc02g094270和Solyc09g066350显著上调,接种后48 h log2FC分别为9.16、6.49和6.33;Solyc02g079280、Solyc12g100140和Solyc04g072460显著下调,接种后48 h log2FC分别为-2.60、-1.72和-1.70。qRT-PCR验证结果显示,6个随机选取基因的表达趋势与测序结果基本一致。以上结果表明,ERF、WRKY、MYB和bHLH家族转录因子可能参与番茄与南方根结线虫互作,在番茄响应南方根结线虫侵染反应中发挥着重要的调控作用。

藜麦叶花青素生物合成转录组-代谢组联合分析

本研究利用转录组和代谢组学技术探究了翠绿色和粉红色藜麦(Chenopodium quinoa Willd.)叶片中花青素的合成机制,分析了不同时期不同品种之间的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)及差异代谢物(Differential accumulated metabolites,DAMs)。通过对藜麦叶片的DEGs进行分析发现:与花青素生物合成密切相的DEGs有11个分别为4CL、C3’H、HCT、CHS、CHI、ANR、CYP75B1、UGT79B1、FG3、FG2、CYP73A;转录因子有4个分别为:MYC2、BHLH14、HY5和TGA。GO富集分析结果表明有7条GO Terms(GO:0009812(类黄酮代谢过程,flavonoid metabolic process)、GO:0010468(基因表达调控,regulation of gene expression)、GO:0051553(黄酮生物合成过程,flavone biosynthetic process)、GO:0009813(类黄酮生物合成过程,flavonoid biosynthetic process)、GO:0009411(应对紫外线,response to UV)、GO:0043169(阳离子绑定,cation binding)和GO:0016703(氧化还原酶活动,oxidoreductase activity))与花青素生物合成密切相关;KEGG富集分析发现6条(苯丙氨酸代谢(Phenylalanine metabolism,ko00360)、苯丙素的生物合成(Phenylpropanoid biosynthesis,ko00940)、类黄酮生物合成(Flavonoid biosynthesis,ko00941)、植物激素信号转导(Plant hormone signal transduction,ko04075)、黄酮和黄酮醇生物合成(Flavone andflavonolbiosynthesis,ko00944)和昼夜节律-植物(Circadianrhythm-plant,ko04712))与花青素生物合成显著相关的代谢途径。代谢组学分析确定了矢车菊素3-O-3",6"-O-二丙二基葡萄糖苷(Cyanidin 3-O-3",6"-O-dimalonylglucoside)和柚皮素(Naringenin)可能是粉红色藜麦叶片形成的关键DAMs;转录组-代谢组学联合分析表明类黄酮生物合成和花青素生物合成途径是藜麦叶片中花青素生物合成的主要富集途径;通过qRTPCR对10个DEGs进行验证,结果表明qRT-PCR的验证结果与转录组测序结果一致。

睡莲品种保罗蓝花器官不同部位的转录组测序分析

为探究热带睡莲花器官不同部位的花香代谢通路及参与萜类香气物质生物合成的差异表达基因,本研究借助转录组测序技术,以热带睡莲品种保罗蓝为研究对象,对其花器官的花瓣(PE,petal)、雄蕊(ST,stamen)和雌蕊(PI,pistil)3个部位进行转录组测序分析。差异表达基因分析结果显示,花瓣相对于雌蕊(PE-vs-PI)、雄蕊相对于雌蕊(ST-vs-PI)和雄蕊相对于花瓣(ST-vs-PE)的差异表达基因数目分别为7853个、7501个和2526个。GO分类和富集分析显示,3个比较组的差异表达基因主要参与了生物调节、细胞过程、代谢过程和刺激应答的生物学过程;KEGG分类和富集分析显示,PE-vs-PI的差异表达基因显著富集的KEGG通路最多,其次为ST-vs-PI,ST-vs-PE最少。从3个比较组共有的794个差异表达基因中筛选出98个参与萜类物质代谢差异表达基因,富集于4条萜类物质合成通路,且PE-vs-PI和ST-vs-PI的差异表达基因数目均高于ST-vs-PE。已知的金合欢醛和二萜贝壳杉烯合成关键基因HMGR和DXS在花瓣和雄蕊的表达量均高于雌蕊。从98个差异表达基因中随机选取了6个基因进行q RT-PCR验证,基因表达变化趋势与转录组测序一致。研究结果为热带睡莲萜类香气物质生物合成分子机制研究提供了科学参考。

糙皮侧耳PoLIM基因家族鉴定与表达分析

在NCBI、JGI数据库中检索糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)PoLIMs,进行生物信息学分析;测定PoLIM 1~PoLIM 6在25℃培养7 d(菌丝期),16℃培养5 d(扭结前期)、10 d(扭结后期)、15 d(原基期)、22 d(子实体期)的相对表达量以及菌丝在4℃冷胁迫12、24、48 h的相对表达量。结果表明:PoLIM1~PoLIM6的氨基酸数量为353~1 673;等电点为7.26~9.98;亚细胞定位预测均在细胞核中;有10个保守基序;启动子序列中包含光、生长素、MYB转录因子以及低温胁迫等响应元件。就相对表达量而言,PoLIM1在子实体期较高;Po LIM2在扭结后期和子实体期较高;Po LIM3、Po LIM4、Po LIM6在菌丝期较高;Po LIM5在扭结后期较高,在原基期及子实体期降低。与对照(25℃)相比,4℃冷胁迫时Po LIM1、Po LIM3、Po LIM5、Po LIM6的相对表达量升高。

黑线姬鼠睾丸实时荧光定量PCR内参基因的筛选及验证

为筛选出不同季节黑线姬鼠睾丸的最适内参基因,基于黑线姬鼠睾丸转录组数据,初步筛选出12个候选内参基因,即ALDOA、GLUL、RABAC1、TEGT、EID3、SYF2、MRPL20、GAPDH、HPRT、18s、B2M、NWD1。以不同季节(春季、夏季、秋季)成年黑线姬鼠的睾丸作为试验材料,进行RNA的提取并反转录成cDNA,再通过实时荧光定量PCR技术(Real-time Quantitative PCR,RT-qPCR)检测上述候选内参基因的表达水平。将所得到的循环阈值(Cyclethreshold,Ct)通过GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder等分析软件进行基因稳定性的综合分析。结果表明,不同季节黑线姬鼠睾丸中12个候选内参基因表达稳定性由高到低排序为STF2>B2M>GAPDH>MRPL20>18s>HPRT>ALDOA>EID3>RABAC1>TEGT>NWD1>GLUL,其中SYF2是最稳定的内参基因,GLUL是最不稳定的基因。综上,本研究确定了不同季节下黑线姬鼠睾丸的内参基因,为黑线姬鼠功能基因的开发及基因表达的研究提供基础,并为后续黑线姬鼠基因组学的研究提供参考。

中国沙棘HrNHX6基因的生物信息学分析及其在盐胁迫下的表达模式

Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白(NHX)广泛存在于多种生物中,可调节植物响应盐胁迫.本研究对中国沙棘HrNHX6进行结构预测和分析,并采用qRT-PCR技术分析不同浓度NaCl胁迫下HrNHX6基因的表达情况.结果如下:①HrNHX6基因总长为1347 bp,与月季花等植物NHX6基因具有较高的同源性.②HrNHX6为稳定的疏水性蛋白,定位于高尔基体膜中,不具有信号肽,含7个跨膜螺旋结构,且α-螺旋和无规则卷曲为其二级结构的主要构成元件,具有多个修饰位点.③盐胁迫下中国沙棘根、茎、叶中的HrNHX6基因表达上调,说明HrNHX6基因在中国沙棘响应盐胁迫的过程中可能发挥着重要的调控作用.本研究结果可为阐明中国沙棘应对盐胁迫的机制奠定基础.

腰果CBF基因家族的鉴定及响应冷胁迫的表达模式

腰果(Anacardium occidentalie Linn)属于典型的热带果树,主要在我国的云南省、海南省等地种植。腰果具有重要的经济价值、社会价值、生态价值,为农民增产创收,实现共同富裕和乡村振兴战略具有重要价值。腰果对于低温十分敏感,在8℃时就会受到严重伤害,生长停止。所以低温胁迫是制约腰果生长的重要非生物胁迫。CBF转录因子是植物在应对低温、干旱、盐等非生物胁迫下中发挥重要作用的转录因子。然而CBF基因家族在腰果中的作用尚未阐明,该家族在低温胁迫下的表达模式尚不清楚。本研究对腰果AoCBF基因家族的基本特性进行探究,通过生物信息学方法,在腰果转录组中鉴定并获得6个AoCBF基因家族成员,分别对其系统发育、理化性质、蛋白结构、低温诱导下表达模式和启动子作用元件进行分析。理化性质分析结果表明:6个AoCBF蛋白长度为189~334 aa,蛋白分子量为21.31~37.89 kDa,等电点均小于7,表明该蛋白呈酸性,且均包含AP2/ERF结构域。基序分析表明:AoCBF基因存在5个基序,不同AoCBF基因Motif的缺失暗示着相关功能的缺失性。系统发育树分析表明:6个AoCBFs可分为A、B两个亚组,其中A组包含1个基因,B组仅包含5个基因。启动子顺势作用元件分析得出,AoCBF可能参与激素响应及非生物胁迫响应过程。荧光定量表达分析显示,AoCBFs对低温冷胁迫均有不同程度的响应,表明AoCBF在响应低温胁迫生物学过程中发挥着一定的作用。本研究分析了AoCBF基因家族的基本特性,为后续AoCBF的深入研究和应用积累基础数据。

TaqMan探针双重实时荧光定量PCR法同步检测兰花中的建兰花叶病毒和齿兰环斑病毒

为建立一种同步定量检测建兰花叶病毒(cymbidium mosaic virus,CymMV)和齿兰环斑病毒(odontoglossum ringspot virus,ORSV)的高效检测方法,本研究根据CymMV和ORSV CP基因高度保守区分别设计引物和探针并筛选,获得156 bp和148 bp的靶标序列及对应的最优特异性引物探针组合,建立了基于TaqMan探针的双重实时荧光定量PCR方法。该方法最低检出限为1拷贝或6.2×10^(-3)fg,最低稳定检出限为10拷贝或6.2×10^(-2)fg,是RT-PCR的10~100倍;构建的标准曲线线性关系良好,扩增效率分别为97.7%和100.2%,相关系数R2分别为1.000和0.999;对其他5种常见病毒均无扩增曲线,检测特异性强;批组内与批组间重复性试验Ct值变异系数≤0.60%,重复性和稳定性好。利用该方法和基因芯片法分别对4个种属的66个兰花样品进行方法验证,该方法相较于基因芯片法检出率提高了53.85%(CymMV)和162.5%(ORSV)。综上所述,本方法可同时高通量检测CymMV和ORSV 2种病毒靶基因,结果可靠,应用前景广阔,可为开展病毒精准鉴定、科学防控以及从源头遏制病毒传播提供技术支撑。

口腔鳞状细胞癌中ANO1的表达及临床意义

目的:探讨ANO1在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达及预后价值。方法:分别采用免疫组织化学法(n=163)和实时荧光定量PCR(n=42)检测ANO1蛋白和mRNA在OSCC及癌旁正常组织中的表达水平,分析ANO1的表达与OSCC患者临床病理特征(n=163)和预后(n=93)的关系,并与TCGA数据库样本分析结果进行比较。结果:免疫组化和实时荧光定量PCR结果证实ANO1在OSCC中高表达(P<0.05),与TCGA数据库分析结果一致。ANO1蛋白表达与T分期、淋巴结转移、TNM分期、预后不良密切相关(P<0.05)。Cox回归分析结果显示,ANO1蛋白表达(P=0.002)和分化程度(P=0.034)是影响OSCC患者预后的独立危险因素。结论:ANO1在OSCC组织中高表达,且与患者不良预后相关,可作为肿瘤患者不良预后的新型生物标志物。

玉米ACO基因家族生物信息学及表达模式分析

【目的】对玉米1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶ACO基因家族进行全基因组鉴定,分析其在玉米不同器官和不同发育时期以及响应外源激素和病菌侵染中的表达模式,为明确玉米ACO基因家族功能打下基础。【方法】利用生物信息学方法,在玉米B73自交系基因组中鉴定ACO,对其基因结构、蛋白质理化性质、家族成员间的亲缘关系以及保守基序进行分析,利用实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)技术分析ZmACO基因家族的表达模式。【结果】除ZmACO11外,ZmACO家族成员均具有Fe2+离子结合位点和底物抗坏血酸结合位点。系统发育分析显示,ZmACO_(2)与ScACO在同一分支,亲缘关系较近,Bootstrap值达98。基因表达分析表明,ZmACO_(2)、5、9、15、20、35在各发育时期均活跃表达,且在叶片中呈优势表达,因此选择上述6个基因进行下一步检测。喷施乙烯利后,上述6个基因的表达均有所波动,其中ZmACO_(2)的表达量受影响较大,变化幅度在8倍左右。在乙烯利处理的0—24 h内这6个基因的表达量存在波动,但在处理后24 h,6个基因的表达量均接近0。水杨酸处理后,ZmACO5的表达量受影响较大,变化倍数在2倍左右。其他基因的表达量在处理后24 h均接近0。ZmACO9、35在3—12 h的表达量存在波动,ZmACO_(2)、15、20表达量呈下调趋势。在响应生物胁迫方面,接种玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)后,ZmACO5、9的表达量变化幅度最大,在接种后第10天,这两个基因的表达量分别升至对照组的50和60倍。接种玉米小斑病菌(Cochlibolus heterostrophus)后,ZmACO5的表达量变化幅度较大,变化倍数在40—90倍。接种立枯丝核菌(Rhizoctonia solani)后,ZmACO5、35表达量变化幅度最大,在病菌接种的第3天达到200倍。【结论】ZmACO_(2)、5、20、35在玉米生长发育过程中表达变化最活跃;施加外源乙烯利和水杨酸可以对ZmACO的表达水平造成显著影响。病菌侵染玉米后ZmACO的表达水平产生显著变化,与生物胁迫应答关系密切。

糙皮侧耳BAG家族蛋白鉴定及其基因表达模式分析

在NCBI、JGI数据库检索糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)BAG蛋白(PoBAGs),对其进行生物信息学分析,并测定不同发育(菌丝、原基、子实体)阶段和高温(42℃)、低温(4℃)胁迫时PoBAG基因的表达情况,分析其表达模式。结果表明:共检索到3个(分别命名为PoBAG-1、PoBAG-2、PoBAG-3)具有BAG结构域的蛋白,其中,PoBAG-1、PoBAG-2还分别含有1个IQ基序和类泛素化结构域;PoBAG-1、PoBAG-3为亲水性不稳定蛋白,且亲缘关系较近,可能主要定位于细胞核和细胞质中;PoBAG-2为亲水性稳定蛋白,与其他具有类泛素化结构域的BAG蛋白具有较近的亲缘关系,可能主要定位于线粒体和细胞质中。与菌丝相比,3个PoBAGs在原基和子实体中相对表达量均显著上调;与对照(25℃)相比,42℃高温胁迫时,PoBAG-1、PoBAG-3相对表达量极显著上调,PoBAG-2显著下调;4℃低温胁迫时,PoBAG-1和PoBAG-2相对表达量显著上调,PoBAG-3显著下调。研究结果为进一步解析BAG家族蛋白在糙皮侧耳生长发育以及温度胁迫响应过程中的功能提供参考。

膀胱癌组织中MIS18BP1的表达及临床意义

目的探讨MIS18BP1在膀胱癌中的表达、与临床病理参数相关性及临床意义。方法TCGA、GEO数据库分析MIS18BP1在肿瘤和对照组中mRNA表达并经qRT-PCR验证;UALCAN在线数据库分析MIS18BP1表达及与临床病理参数、免疫细胞浸润程度相关性;免疫组织化学分析MIS18BP1在膀胱癌中的表达及与临床病理特征的关系;ROC曲线评价MIS18BP1 mRNA对膀胱癌的诊断价值。结果生物信息学分析及qRT-PCR结果显示,与对照组相比较,MIS18BP1 mRNA在膀胱癌中表达增加(P<0.05);免疫组织化学结果表明膀胱癌MIS18BP1蛋白阳性率显著增高(P<0.05),且与肿瘤临床分期、浸润深度及淋巴结转移相关(P<0.05);免疫浸润分析显示MIS18BP1与膀胱癌中免疫细胞浸润相关。结论MIS18BP1基因和蛋白在膀胱癌中表达水平增高,可能通过影响免疫细胞浸润调控膀胱癌的发生发展。