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关岭牛MSTN基因3'-UTR与bta-miR-27b的靶向验证
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作者 卢贤君 许厚强 +1 位作者 许家利 阮涌 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1235-1243,共9页
【目的】明确关岭牛bta-miR-27b与肌肉生长抑制素基因(MSTN)的结合位点及靶向调控关系,为通过调控miRNA改良关岭牛产肉量提供理论依据,也为贵州地方黄牛分子遗传改良工作提供新的切入点。【方法】通过TargetScan预测牛MSTN基因3'端... 【目的】明确关岭牛bta-miR-27b与肌肉生长抑制素基因(MSTN)的结合位点及靶向调控关系,为通过调控miRNA改良关岭牛产肉量提供理论依据,也为贵州地方黄牛分子遗传改良工作提供新的切入点。【方法】通过TargetScan预测牛MSTN基因3'端非翻译区(3'-UTR)的潜在miRNA结合区域及互作miRNA,对比关岭牛与不同关岭牛杂交品种的生理表型及MSTN基因和3'-UTR端miRNA表达差异,并分析bta-miR-27b在不同关岭牛杂交群体中的靶位点特异性。将MSTN基因3'-UTR序列野生型(WT)和3'-UTR序列突变型(MUT)分别克隆至pMIR-REPORT Luciferase(H306)载体构建重组双荧光素酶报告基因载体,与bta-miR-27b共转染293T细胞以验证bta-miR-27b与MSTN基因的作用关系,并利用实时荧光定量PCR验证bta-miR-27b对MSTN基因表达的影响。【结果】在牛MSTN基因3'-UTR端发现7个miRNA结合位点;关岭牛各系杂交品种的3个miRNA(bta-miR-27a-3p、bta-miR-27b和bta-miR-128)相对表达量均极显著高于关岭牛(P<0.01,下同),MSTN基因相对表达量极显著低于关岭牛,体质量、体高、体斜长、胸围等生长指标却明显优于关岭牛。关岭牛及其杂交牛MSTN基因3'-UTR端的bta-miR-27b结合区域均无突变、无缺失;MSTN-3'-UTR(WT)与bta-miR-27bmimics共转染293T细胞后其相对荧光值下降53.80%,极显著低于MSTN-3'-UTR(MUT)+bta-miR-27bmimics共转染;转染bta-miR-27b mimics后,bta-miR-27b在关岭牛原代成肌细胞株(N2)中成功超表达,而MSTN基因相对表达量呈极显著下调趋势,表明bta-miR-27b能抑制MSTN基因表达。【结论】bta-miR-27b与MSTN基因的结合区域位于3'-UTR端第62~69位碱基处,且靶位点保守性较高。bta-miR-27b对MSTN基因有很强的靶向调控作用,表现为bta-miR-27b能抑制MSTN基因表达。 展开更多
关键词 关岭牛 MSTN基因 3'端非翻译区(3'-utr) bta-miR-27b 双荧光靶向验证
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CXCR4-3’-UTR双荧光素酶报告基因载体的构建及与microRNA-494的靶向作用
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作者 林海霞 舒丹桦 《现代实用医学》 2023年第11期1405-1408,共4页
目的 构建野生型与突变型CXCR4基因3’-非编码区(3’-UTR)的双荧光素酶报告基因载体,验证microRNA-494 (miR-494)对CXCR4的靶向调控作用。方法 使用生物信息学相关软件预测miR-494与CXCR4之间的靶向关系;利用PCR法扩增CXCR4的目的基因... 目的 构建野生型与突变型CXCR4基因3’-非编码区(3’-UTR)的双荧光素酶报告基因载体,验证microRNA-494 (miR-494)对CXCR4的靶向调控作用。方法 使用生物信息学相关软件预测miR-494与CXCR4之间的靶向关系;利用PCR法扩增CXCR4的目的基因片段构建野生型与突变型CXCR4基因3’-UTR的双荧光素酶报告基因载体;将miR-494模拟物和阴性对照物分别与野生型pMIR-CXCR4-wt-3’-UTR或突变型pMIR-CXCR4-mut-3’-UTR双荧光素酶报告基因载体共同转染NRK-49F细胞,然后进一步检测相对荧光值。结果 成功构建野生型与突变型CXCR4基因3’-UTR的双荧光素酶报告基因载体,荧光结果显示加入miR-494模拟物可使野生型pMIR-CXCR4-wt-3’-UTR的荧光素酶活性降低约52%,但突变型pMIR-CXCR4-mut-3’-UTR的荧光素酶活性与对照组相比无显著变化。结论 初步证实miR-494与CXCR4之间存在靶向调控关系。 展开更多
关键词 CXCR4 3’-非编码区 双荧光素酶报告载体 miR-494
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转录靶向猪瘟病毒3′-UTRshRNA细胞株干扰猪瘟病毒增殖的检测 被引量:2
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作者 郭抗抗 徐浩 +5 位作者 张彦明 张为民 冶贵生 熊奎州 谢林红 党如意 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期746-751,共6页
对筛选的转录猪瘟病毒石门株3-′UTR shRNA的PK-15细胞株P-1(114-132位)、P-2(136-154位)和P-3(209-227位)分别接种猪瘟病毒(CSFV),在接毒后第72和96小时用半定量反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测CSFVNS3基因及-βactin基因... 对筛选的转录猪瘟病毒石门株3-′UTR shRNA的PK-15细胞株P-1(114-132位)、P-2(136-154位)和P-3(209-227位)分别接种猪瘟病毒(CSFV),在接毒后第72和96小时用半定量反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测CSFVNS3基因及-βactin基因,以研究构建细胞株在转录水平上对CSFV增殖干扰的效果;接毒后第72、96和148小时以酶联免疫吸附试验(ELISA)方法检测细胞NS3蛋白表达量,通过OD490值分析构建细胞株在病毒蛋白表达水平上对CSFV增殖的影响。检测结果表明:(1)接毒后第72和96小时P-1、P-2和P-3细胞株中NS3基因的量明显减少,与接毒的空白PK-15细胞比较差异显著(P〈0.05),说明P-1、P-2和P-3细胞株转录的shRNA能干扰CSFV RNA的转录;(2)接毒后第72和96小时P-1、P-2、P-3细胞株中NS3蛋白的表达量明显少于接毒的PK-15细胞(P〈0.05),说明转录的shRNA在病毒蛋白水平上能干扰CSFVNS3基因的表达,但接毒后第148小时干扰效果有所降低。 展开更多
关键词 半定量RT-PCR ELISA 猪瘟病毒 3′-utr
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草鱼醛缩酶A3'-UTR突变与生长性状相关研究 被引量:6
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作者 李玺洋 白俊杰 +1 位作者 于凌云 梁旭方 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2012年第5期13-16,共4页
采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为... 采用直接测序法筛选草鱼(Ctenopharyngodon idella)醛缩酶A 3'-UTR突变位点,发现其转录终止密码子后58 bp处存在17 bp的插入片段。对草鱼养殖群体的插入突变进行分型,检测到该群体有AA、BB、AB三种基因型,等位基因B在群体中的频率为0.723,处于Hardy-weinberg平衡,多态信息含量是0.32,此突变在所测群体中属于中等遗传变异。利用一般线性模型分析基因型与草鱼群体生长性状(体重、体长、体高、体宽)的相关性,结果表明:醛缩酶A 3'-UTR突变与草鱼体宽和吻长2个生长性状达到显著相关(P<0.05),BB基因型个体比AA基因型个体的体重增加8.37%,在全长、体长、体高、尾柄长等生长性状也表现出比AA和AB基因型个体好。可将醛缩酶A 3'-UTR上的这段插入突变位点作为草鱼生长性状的候选分子标记用于草鱼的选育。 展开更多
关键词 草鱼(Ctenopharyngodon idella) 醛缩酶 3'-utr 生长性状 关联分析
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GSK3B基因3'-UTR多态性与阿尔茨海默病发病风险的相关性分析 被引量:4
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作者 王芬 贾建平 +3 位作者 秦伟 魏翠柏 左秀美 周爱红 《脑与神经疾病杂志》 2019年第3期138-142,共5页
目的研究中国汉族人群中糖原合成酶激酶3β基因(GSK3B)3'端非翻译区(3'-UTR)基因多态性与阿尔茨海默病(AD)发病风险的相关性。方法采用直接测序的方法,对535例AD病例及464例正常对照的GSK3B基因3'-UTR单核苷酸多态性(SNPs)... 目的研究中国汉族人群中糖原合成酶激酶3β基因(GSK3B)3'端非翻译区(3'-UTR)基因多态性与阿尔茨海默病(AD)发病风险的相关性。方法采用直接测序的方法,对535例AD病例及464例正常对照的GSK3B基因3'-UTR单核苷酸多态性(SNPs)位点进行基因分型。结果 GSK3B基因3'-UTR各SNPs位点的等位基因频率和基因型分布在AD组和正常对照组之间的差异无统计学意义(P>0.05)。其中rs60393216、rs56728675和rs3732361存在强连锁不平衡,其构成的三种单体型的频率在AD组和正常对照组之间的差异无统计学意义(P>0.05)。结论 GSK3B基因3'-UTR多态性与中国汉族人群AD发病风险无关。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 GSK3B 基因 3′-utr 单核苷酸多态性 单体型
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转录靶向猪瘟病毒3'-UTR shRNA细胞株的初步建立 被引量:3
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作者 徐浩 张彦明 +1 位作者 冶贵生 郭抗抗 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期163-166,共4页
利用质粒载体在细胞内转录并加工成siRNA的方法,设计3对针对猪瘟病毒3'-UTR不同位点的干扰片段,分别与干扰载体pGenesil-1连接,转化DH5α,筛选阳性克隆得到重组干扰质粒pGene-1,pGene-2和pGene-3,脂质体介导转染重组干扰质粒于PK-1... 利用质粒载体在细胞内转录并加工成siRNA的方法,设计3对针对猪瘟病毒3'-UTR不同位点的干扰片段,分别与干扰载体pGenesil-1连接,转化DH5α,筛选阳性克隆得到重组干扰质粒pGene-1,pGene-2和pGene-3,脂质体介导转染重组干扰质粒于PK-15细胞,G418抗性筛选得到转录靶向猪瘟病毒3'-UTR shRNA的PK-15细胞株,为今后应用RNAi研究猪瘟病毒3'-UTR调控病毒复制的功能以及抑制猪瘟病毒增殖的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 SHRNA 猪瘟病毒 3'-utr PK-15细胞 G418
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缩短5′-UTR序列可以提高hGH基因在昆虫细胞中的表达 被引量:1
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作者 耿朝晖 刘莹 +4 位作者 郜鹏 赵东明 李澍 俞新大 张宝珠 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期505-508,共4页
The regulation of foreign gene expression in Insect-Baculovirus Expression System is very complex. In this report, the effect of 5′-UTR in the expression of hGH gene in cultured Sf9 cells was examined. A 18 bp length... The regulation of foreign gene expression in Insect-Baculovirus Expression System is very complex. In this report, the effect of 5′-UTR in the expression of hGH gene in cultured Sf9 cells was examined. A 18 bp length in the end of 5′-UTR of hGH (human Growth Hormone, hGH) cDNA including a stem-loop structure was deleted by PCR. The truncated hGH cDNA, Δ1hGH was cloned in pFastBac1, named pFast-Bac-Δ1hGH. After transforming into E.coli. DH10Bac, which have a shuttle vetor-Bacmid, the Δ1hGH was integrated into Bacmid by site-specific transposition, and an expression vector, rBacmid-Δ1hGH DNA was acquired. By transfecting the cultured Sf9 cells with the recombinant expression vector DNA, pure recombinant virus, rAcV-Bac-Δ1hGH was obtained, and hGH gene was expressed. Immuno-blot and Chemiluminescent assay revealed that the expressed hGH had normal immunological activity, the ammount of hGH expression level in Sf9 cell supernatant infected with rAcV-Bac-Δ1hGH containing the truncated 5′UTR was four to five times higher than that infected with rAcV-Bac-hGH. 展开更多
关键词 缩短5′-utr序列 hGH基因 昆虫细胞 表达
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中国猪瘟兔化弱毒(脾淋毒)基因组5′-UTR的克隆和二级结构分析 被引量:1
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作者 胡建和 张彦明 +5 位作者 张显升 刘在新 韩雪清 季建莉 刘湘涛 谢庆阁 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2003年第1期105-108,共4页
据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进... 据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进行了序列测定。与 Shimen株、AL D株、GPE-株、Holland C-株和 Russian C-株相应区段的比较分析表明 ,其同源性分别为 96 .2 %,95 .7%,96 .0 %,98.7%和 95 .4 %。 5′- U TR中发现的隐性 AUG起始密码子及茎环二级结构 ,可能在多聚蛋白前体的翻译以及病毒的复制中起着重要作用。 展开更多
关键词 基因组 猪瘟 兔化弱毒 5′-utr 二级结构分析 基因克隆 序列分析
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鹅催乳素受体基因cDNA2种新5'-UTR特征分析 被引量:1
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作者 邢光东 王根林 +2 位作者 刘庆华 傅泽红 刘铁铮 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期298-301,共4页
应用5'-RACE技术,在成年雄鹅睾丸中克隆到长度分别为361bp、499bp和594bp3种催乳素受体基因(gPRLR)cDNA5’-端片段,表明雄鹅睾丸至少表达3种gPRLR mRNA。3种5’-端序列含有长度分别为210bp、348bp及443bp的不同5’UTR。3种5’-端... 应用5'-RACE技术,在成年雄鹅睾丸中克隆到长度分别为361bp、499bp和594bp3种催乳素受体基因(gPRLR)cDNA5’-端片段,表明雄鹅睾丸至少表达3种gPRLR mRNA。3种5’-端序列含有长度分别为210bp、348bp及443bp的不同5’UTR。3种5’-端序列后195个核苷酸一致,与鸡催乳素受体基因(cPRLR)cDNA第3和第4a外显子高度同源。3种5’-端序列起始密码子ATG均位于第3外显子45—47bp处,与cPRLR cDNA起始密码子同一位置。348bp与443 bp 5'-UTR结构相似。348 bp 5'-UTR中,第3外显子上游依次是235bp和69bp,其中69bp与cPRLReDNA第2外显子高度同源。443bp 5’-UTR比348 bp 5’-UTR多插在235bp和69bp之间的95bp。这些结果表明,含348bp和443bp 5’-UTR的mRNA来源于同一初级转录本转录后的选择性剪接。与348bp和443bp 5’-UTR不同的是210bp 5’-UTR在第3外显子的上游含有一个不同的166bp序列。这表明含210bp 5’-UTR的mRNA来源于另一初级转录本348bp 5’-UTR或443bp 5’-UTRmRNA。 展开更多
关键词 催乳素受体 5’-utr
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蜜蜂残翼病病毒PCR检测及5′-UTR基因序列分析 被引量:1
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作者 郑言 宋战昀 +5 位作者 杨倩 王向辉 隋佳辰 张健 王振国 李敏思 《动物医学进展》 北大核心 2015年第5期52-55,共4页
从吉林省某蜂场疑似蜜蜂残翼病病料中分离到一株蜜蜂残翼病病毒(DWV),命名为DWVJL1,提取该分离株的总RNA,采用RT-PCR技术扩增其基因组的5′-UTR并测序。测序结果与GenBank公布道的DWV 5′-UTR序列同源性在95%~99%之间。将测序结果与Ge... 从吉林省某蜂场疑似蜜蜂残翼病病料中分离到一株蜜蜂残翼病病毒(DWV),命名为DWVJL1,提取该分离株的总RNA,采用RT-PCR技术扩增其基因组的5′-UTR并测序。测序结果与GenBank公布道的DWV 5′-UTR序列同源性在95%~99%之间。将测序结果与GenBank上公布的9个相关序列进行系统遗传进化树分析,证实其与JX878304同源性最近,而与GU109335、KJ437447同源性最远。 展开更多
关键词 蜜蜂残翼病病毒 5′-utr 克隆和测序分析
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CD133基因3-UTR区域变异位点与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性 被引量:1
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作者 洪超 赵雨笛 +6 位作者 谭芳 李盈甫 马千里 刘楠楠 刘舒媛 史荔 李传印 《贵州医科大学学报》 CAS 2019年第1期26-30,共5页
目的:研究CD133基因3-UTR区域变异位点(rs2240688和rs3130)单核苷酸多态性位点(SNPs)与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性。方法:选取420例云南汉族非小细胞肺癌患者为病例组,588例云南汉族健康个体作为对照组;采用Taq Man探针基因分型... 目的:研究CD133基因3-UTR区域变异位点(rs2240688和rs3130)单核苷酸多态性位点(SNPs)与云南汉族人群非小细胞肺癌的相关性。方法:选取420例云南汉族非小细胞肺癌患者为病例组,588例云南汉族健康个体作为对照组;采用Taq Man探针基因分型方法对2组受试者CD133基因中rs2240688和rs3130位点进行基因分型,并采用χ2检验分析上述两SNPs位点等位基因、基因型及构建的单倍型分布频率在病例组与对照组中的差异。结果:病例组与对照组rs2240688位点等位基因和基因型分布频率比较差异有统计学意义(P=0.013、0.033),而两组rs3130等位基因和基因型分布频率比较差异无统计学意义(P>0.05),rs2240688位点等位基因G是云南汉族非小细胞肺癌的风险性因素(OR=1.301,95%CI为1.056~1.601),rs2240688及rs3130间存在强连锁(D'>0.8);构建的两个SNPs位点的单倍型中rs2240688G-rs3130C与肺癌风险升高有关(OR=1.238,95%CI为1.003~1.528),而单倍型rs2240688T-rs3130C可能是肺癌发生的保护性因素(OR=0.828,95%CI为0.690~0.994)。结论:CD133基因3-UTR区域的SNP位点rs2240688与云南汉族人群非小细胞肺癌相关,等位基因G可能是云南汉族人群非小细胞肺癌的风险性因素。 展开更多
关键词 非小细胞肺 基因 CD133 3-utr 多态性 单核苷酸 云南 汉族
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绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变与尾脂沉积能力的关联性 被引量:1
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作者 张伟 王世银 +3 位作者 高莉 徐梦思 王新华 甘尚权 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1511-1519,共9页
【目的】明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率。【方法】... 【目的】明确绵羊脂肪特异蛋白27基因(Fsp27)5'端非编码区(5'-UTR)g.16767527位点和g.16767779-16767780位点突变与其尾脂沉积能力的关联性,为低脂肪绵羊品种选育提供理想的分子标记,提高低脂肪绵羊品种改良选育效率。【方法】以5个不同尾脂沉积能力的绵羊品种为研究对象,包括脂尾型绵羊品种阿勒泰羊,短脂尾型绵羊品种小尾寒羊和湖羊,长瘦尾型绵羊品种中国美利奴细毛羊和萨福克羊,采用PCR-SSCP结合基因测序对绵羊Fsp27基因5'-UTR区碱基突变情况进行检测,并分析相关突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性。【结果】绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点为C/A突变,在所检测的绵羊群体中均存在3种基因型(CC、CA和AA),但在不同尾脂沉积能力绵羊品种群体中的基因型频率存在明显差异:阿勒泰羊群体中以CC基因型为主,基因型频率为0.869;小尾寒羊和湖羊群体中以CA基因型为主,基因型频率分别为0.698和0.628;中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体则以AA基因型为主,基因型频率分别为0.616和0.833。g.16767527位点的基因型分布在阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.01),在萨福克羊群体中显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。g.16767779-16767780位点为双碱基突变,对应为GG/GG、GG/TC和TC/TC基因型;在尾脂沉积能力强的阿勒泰羊、小尾寒羊和湖羊群体中,g.16767779-16767780位点以TC为优势等位基因,对应的等位基因频率分别为0.862、0.954和0.927;在尾脂沉积能力差的中国美利奴细毛羊和萨福克羊群体中则以GG等位基因为主,其等位基因频率分别为0.980和0.983。这2个位点的突变均对绵羊Fsp27基因5'-UTR区二级结构产生明显影响。【结论】绵羊Fsp27基因5'-UTR区g.16767527位点的C/A突变和g.16767779-16767780位点的GG/TC突变与其尾脂沉积能力密切相关,可作为分子标记应用于低脂肪绵羊品种的辅助选育。 展开更多
关键词 绵羊 Fsp27基因 5'-utr 碱基突变 尾脂沉积能力 关联性
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T细胞CD3ζ3'-UTR区域突变类型的特点
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作者 罗伟峰 赵素文 +6 位作者 肖彦恺 郭理杏 廖紫薇 邬明娟 方苏 李琰 李萡 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期46-50,共5页
目的:分析CD3ζ3'-UTR区域的突变/SNP的类型情况,深入了解中国汉族健康人CD3ζ3'-UTR的突变/SNP特点.方法:利用RT-PCR,T载体克隆以及核苷酸测序等技术分析20例健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-UTR突变/SNP突变类型等情况.... 目的:分析CD3ζ3'-UTR区域的突变/SNP的类型情况,深入了解中国汉族健康人CD3ζ3'-UTR的突变/SNP特点.方法:利用RT-PCR,T载体克隆以及核苷酸测序等技术分析20例健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-UTR突变/SNP突变类型等情况.结果:20例健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-UTR区域共检出21种突变/SNP.CD3ζ3'-UTR区域的腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶均发生不同频率的突变,依次为37.36%,16.48%,40.66%和5.50%.腺嘌呤的突变频率显著高于胸腺嘧啶和胞嘧啶(P均为0.00);鸟嘌呤的突变频率显著高于胸腺嘧啶和胞嘧啶(P均为0.00);胸腺嘧啶的突变频率显著高于胞嘧啶(P=0.02).CD3ζ3'-UTR区域缺失、转换和颠换突变检出频率依次为21.98%,35.16%和42.86%,缺失突变的频率显著低于转换和置换突变(P=0.05,P=0.02),转换/颠换比值为0.82.结论:首次报道中国健康人外周血单个核细胞中CD3ζ3'-UTR区域突变类型特点,T>C转换突变在中国汉族健康人CD3ζ3'-UTR区域的高频出现影响转换/颠换比. 展开更多
关键词 CD3ζ基因 3’-utr 单核苷酸多态性 突变
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动物脂肪细胞分化过程中全转录组3'-UTR动态变化研究
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作者 杜志强 赵素娟 +3 位作者 陈耀峰 丁然 殷宗俊 杨彩侠 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期50-60,共11页
基因转录调控,涉及3’-端非翻译区(3’-UTR)序列长度和组成动态调节,直接参与m RNA稳定性、亚细胞定位和翻译效率等生物学过程。研究表明,复杂性状(包括动物生产性能、人类疾病等)与3’-UTR密切相关。然而,动物前脂肪细胞分化过程中3’-... 基因转录调控,涉及3’-端非翻译区(3’-UTR)序列长度和组成动态调节,直接参与m RNA稳定性、亚细胞定位和翻译效率等生物学过程。研究表明,复杂性状(包括动物生产性能、人类疾病等)与3’-UTR密切相关。然而,动物前脂肪细胞分化过程中3’-UTR动态变化模式和规律鲜有报道。研究运用生物信息学方法,通过分析四种动物(鸡、鸭、猪和小鼠)不同分化时期前脂肪细胞转录组测序(RNA-seq)数据,检测并比较选择性多聚腺苷酸化动态变化。结果发现,京海黄鸡、北京鸭前脂肪细胞和小鼠3T3-L1细胞在分化过程中,存在3’-UTR长度动态变化,而长白猪中无变化。前脂肪细胞分化过程中,北京鸭和小鼠倾向于使用3’-UTR更短转录本;而京海黄鸡倾向于在分化前期和后期分别使用3’-UTR更长和更短转录本。基因功能富集分析发现,3’-UTR长度显著差异基因主要富集于脂肪细胞分化,脂质代谢,细胞生长和迁移等信号通路。综上,不同动物前脂肪细胞分化过程中,存在基因3’-UTR长度动态和规律变化,并同脂肪生成和脂类物质代谢相关,可为进一步研究脂肪生长发育分子调控机制提供新思路和参考。 展开更多
关键词 前脂肪细胞 转录组 3’-utr 脂肪生成
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苏淮猪BMP7基因3′-UTR多态性分析 被引量:6
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作者 尹杭 杜星 +3 位作者 潘增祥 李强 刘红林 李齐发 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期346-352,共7页
[目的]本研究旨在了解苏淮猪骨形态发生蛋白7(BMP7)基因3′-UTR序列特征,以及突变位点多态性与繁殖性状、3′-UTR活性的关系,为解析猪BMP7基因3′-UTR的调控机制提供参考。[方法]采用PCR扩增和测序等技术获得苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列... [目的]本研究旨在了解苏淮猪骨形态发生蛋白7(BMP7)基因3′-UTR序列特征,以及突变位点多态性与繁殖性状、3′-UTR活性的关系,为解析猪BMP7基因3′-UTR的调控机制提供参考。[方法]采用PCR扩增和测序等技术获得苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,利用生物信息学方法分析其序列特征;池DNA测序筛选苏淮猪BMP7基因3′-UTR上的突变位点,直接测序法对突变位点进行基因分型,采用线性模型分析突变位点多态性与繁殖性状的关系;构建突变位点不同等位型BMP7基因3′-UTR报告载体,用双荧光素酶报告基因系统分析突变位点对BMP7基因3′-UTR活性的影响。[结果]获得639 bp的苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列,与其他猪种序列的同源性较高;序列中含有AU-富集元件(ARE)和miRNA应答元件(MRE)等经典的顺式作用元件。在苏淮猪BMP7基因3′-UTR序列的273 nt处发现1个A>G突变,命名为c.*273A>G突变。在苏淮猪群体中BMP7基因c.*273A>G位点有3种基因型,其中AA型为优势基因型,A为优势等位基因。关联分析发现该突变位点多态性与初产产仔数显著关联,其中AG型母猪比GG型每胎高0.83头。荧光素酶活性分析发现A等位型3′-UTR报告载体的荧光素酶活性高于G等位型,但差异不显著。[结论]BMP7是苏淮猪繁殖性状的候选基因。 展开更多
关键词 苏淮猪 BMP7基因 3′-utr 多态性 繁殖性状
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鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应 被引量:3
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作者 李素雅 张建宏 +4 位作者 陈文 黄艳群 孙桂荣 韩瑞丽 康相涛 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1613-1620,共8页
【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行... 【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列(GenBank登录号:NC_006090)设计一对特异性引物,采用PCR直接测序结合克隆测序的方法,进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析【。结果】①从6个品种中发现了8个变异位点,包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR,3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb;②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域,从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点,未检测到河南斗鸡品种内的变异;③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点(g.11A>T,g.77C>G,g.108_109delinsG,g.110_111delinsG,g.270A>G和g.348G>T)进行单倍型的构建和分析,从6个品种鸡中共检测到6种单倍型,其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型,频率均大于30%,河南斗鸡仅包含一种单倍型;④g.77C>G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异,3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。 展开更多
关键词 Lpin1基因 3′-utr 遗传变异 miRNA靶位点
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猪繁殖与呼吸综合征病毒3’-UTR碱基缺失对病毒复制影响的初步研究 被引量:2
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作者 熊俊垚 赵款 +4 位作者 于芳 杨勇博 田志军 蔡雪辉 安同庆 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期783-788,共6页
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)3’-非编码区(UTR)在病毒复制过程中具有重要作用,本研究经序列比对发现,与经典PRRSV相比,高致病性PRRSV(HP-PRRSV)3’-UTR中第17位碱基G(鸟嘌呤)发生缺失。为进一步探究3’-UTR中该碱基缺失对3’-UTR二... 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)3’-非编码区(UTR)在病毒复制过程中具有重要作用,本研究经序列比对发现,与经典PRRSV相比,高致病性PRRSV(HP-PRRSV)3’-UTR中第17位碱基G(鸟嘌呤)发生缺失。为进一步探究3’-UTR中该碱基缺失对3’-UTR二级结构和PRRSV复制效率的影响,本研究在HP-PRRSV HuN 4感染性克隆株的基础上,将缺失碱基补平,得到突变病毒HuN 4-3’-UTR-(17+G)。复制动力学结果显示突变病毒HuN 4-3’-UTR-(17+G)在48 h和96 h病毒滴度均较亲本病毒HuN 4株显著降低(p<0.05),表明3’-UTR第17位碱基G的缺失增强了HP-PRRSV的复制能力;同时第17位碱基对应的茎环区域的缺失不影响病毒拯救,其还可以作为标记疫苗的分子标签。本研究结果为进一步探究PRRSV复制的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 3’-utr 复制 缺失
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苏淮猪BMP4基因3'-UTR区克隆和多态性分析 被引量:2
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作者 马百全 魏天雨 +6 位作者 吴艳 郭苹 王钧顺 张建生 邢军 刘红林 李齐发 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期819-824,共6页
[目的]本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪BMP4(bone morphogenetic protein 4)基因3'-UTR区序列特征,分析苏淮猪BMP4基因3'-UTR区SNP位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪BMP4基因3'-UTR SNP位点多态性。[方法]采用克隆测序技... [目的]本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪BMP4(bone morphogenetic protein 4)基因3'-UTR区序列特征,分析苏淮猪BMP4基因3'-UTR区SNP位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪BMP4基因3'-UTR SNP位点多态性。[方法]采用克隆测序技术获得苏淮猪BMP4基因3'-UTR区序列;利用生物信息学方法分析其序列特征;利用池DNA测序技术筛选SNPs,采用AS-PCR技术分析苏淮猪和梅山猪SNPs位点多态性。[结果]苏淮猪BMP4基因3'-UTR区序列长度为267 bp,含有一个(AC)9微卫星位点和Poly A结构;在苏淮猪BMP4基因3'-UTR区20 nt处发现一个SNP,AS-PCR检测到3种基因型(GG、GC和CC);在苏淮猪中,GG型和G等位基因为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.815和0.887,而在高繁殖力猪种梅山猪中CC型和C等位基因为优势基因型和优势等位基因,频率分别为为0.667和0.770。[结论]获得了BMP4基因3'-UTR区序列,鉴定了一个新的SNP位点,发现BMP4基因3'-UTR区20G>C位点多态性可能与猪繁殖性能有关。 展开更多
关键词 苏淮猪 BMP4基因 3'-utr SNP 多态性
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CD133基因3-UTR区域变异位点与云南汉族人群宫颈癌的相关性 被引量:2
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作者 周紫云 姚宇峰 +5 位作者 张新文 杨龙雨 陈珺 戴书颖 史荔 严志凌 《贵州医科大学学报》 CAS 2019年第1期31-34,58,共5页
目的:研究CD133基因3-UTR区域的(rs2240688和rs3130)单核苷酸多态性位点(SNPs)与云南汉族人群宫颈癌的相关性。方法:选取云南汉族宫颈癌患者428例作为病例组,455例云南汉族健康个体作为对照组;采用Taq Man探针基因分型方法对2组受试者CD... 目的:研究CD133基因3-UTR区域的(rs2240688和rs3130)单核苷酸多态性位点(SNPs)与云南汉族人群宫颈癌的相关性。方法:选取云南汉族宫颈癌患者428例作为病例组,455例云南汉族健康个体作为对照组;采用Taq Man探针基因分型方法对2组受试者CD133基因中rs2240688和rs3130位点进行基因分型,并采用χ2检验分析上述两SNPs位点等位基因、基因型及构建的单倍型分布频率在病例组与对照组中的差异。结果:rs2240688位点等位基因和基因型分布频率在病例组和对照组比较,差异具有统计学意义(P=0.019、0.040),该位点等位基因G是宫颈癌的风险性因素(OR=1.292,95%CI为1.042~1.601);而rs3130位点等位基因和基因型分布频率在病例组和对照组比较,差异无统计学意义(P>0.05);单倍型分析结果显示,单倍型rs2240688G-rs3130C是宫颈癌发生的风险性因素(P=0.023,OR=1.300,95%CI为1.037~1.630)。结论:CD133基因3-UTR区域的SNP位点rs2240688与云南汉族人群宫颈癌的发病风险相关,该位点等位基因G可能是宫颈癌发生的风险性因素。 展开更多
关键词 宫颈肿瘤 基因 CD133 3-utr 多态性 单核苷酸 云南 汉族
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非小细胞肺癌中PTCH1-3’-UTR调控的lncRNAs的ceRNA网络(英文) 被引量:1
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作者 赵琛 万学超 +3 位作者 伊传友 秦睿 孔哲 黄燕 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期305-315,共11页
目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通... 目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通过GO和KEGG通路分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs可能的生物学功能。通过TCGA数据分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与NSCLC患者生存率的直接关系。结果荧光定量PCR验证了PTCH1-3’-UTR上调表达的lnc RNAs(LOC100507547,FAM41C,DOCK4-AS1,AC009305.1,KLF7-IT1,RP11-749H20.1,LINC01511)。GO和KEGG通路分析结果显示,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与一系列的生物过程,包括基因转录、信号转导、蛋白质转运、翻译延伸以及钙信号通路、Jak-STAT信号通路、p53信号通路、胰岛素信号通路有关。TCGA数据分析的结果表明,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs中,NSCLC患者中高表达lnc RNA-CDKN2BAS或FAM66D者预后较差,而高表达lnc RNA-LINC00240、LOC400027、ABCC6P2或FLJ10038者可能预示高存活率。结论本研究结果提示了PTCH1-3’-UTR的功能,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNA可作为NSCLC预后标志物。 展开更多
关键词 长链非编码RNA PTCH1-3’-utr 内源竞争性RNA网络 表达谱 非小细胞肺癌
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