基于BSA-Seq定位胡麻耐盐相关基因位点

以胡麻耐盐材料STS和盐敏感材料DYMS及其杂交后代RIL群体为试材,采用BSA-Seq方法,研究筛选与胡麻抗盐相关的QTLs,以期为胡麻创新培育耐盐种质和分子标记辅助育种提供参考依据。结果表明:经过一系列分析筛选出14个与胡麻耐盐相关的SNP位点,其中第2号染色体上分布了8个,第3条染色体上分布了2个,第5、6、9号和13号染色体上各分布1个。通过实时荧光定量PCR过表达验证,获得一个候选基因Lus_GLEAN_10024365,其在第2号染色体上,scaffold208号位点5913,基因长度4981 bp。通过注释发现Lus_GLEAN_10024365与胞间连丝胼胝质(β-1,3-葡萄糖聚合物)结合蛋白合成相关,而胼胝质在盐胁迫过程中会有沉积。有关该基因与胼胝质合成与代谢的相关性尚需进一步深入研究。

综合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术建立与肝癌CD8^(+)T细胞相关的预后模型

目的 通过单细胞测序(scRNA-Seq)和Bulk转录组测序(Bulk RNA-Seq)技术鉴定出与肝癌CD8^(+)T细胞相关的生物标志物并建立预后模型。方法 从GEO数据库中下载肝癌的单细胞数据集,通过scRNA-Seq技术提取患者与对照组间CD8^(+)T细胞的差异表达基因。从TCGA数据库中下载肝癌的基因表达谱数据及临床数据,使用CIBERSORT算法、WGCNA技术筛选出与CD8^(+)T细胞具有相关性的模块基因。将差异基因与模块基因取交集基因并进行GO、KEGG分析,应用单因素COX回归分析和LASSO算法建立预后模型。通过K-M曲线和ROC曲线对模型在内、外部数据集中的预测效果进行验证。根据风险评分的中位值划分高低风险组,对高低风险组间的浸润性免疫细胞分布情况和肿瘤突变情况进行分析。结果 构建出具有9个基因的预后模型,K-M曲线及ROC曲线表明模型在内、外部数据集中均具有良好的预测能力,在高低风险组中,浸润性免疫细胞的分布情况和基因突变情况均存在显著差异。结论 本研究结合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq技术利用生物信息学方法开发出了一种基于CD8^(+)T细胞的新型预后模型,为肝癌患者的预后改善和生存预测提供了可靠的理论依据。

基于RNA-Seq技术探讨生(麸炒)白术对大鼠基因表达的差异性分析

目的:考察麸炒白术及生白术对实验大鼠肝脏转录组学的影响,从机体转录组角度筛选差异基因,探求白术炮制后对大鼠生物学效应的表达差异。方法:SD大鼠随机分为空白组、生白术组和麸炒组,每组3只。生白术组按照7.0 g/kg灌胃生品白术提取液,麸炒组按照6.0 g/kg灌胃麸炒白术提取液,空白组给予同体积生理盐水,连续给药21 d。给药结束后取大鼠肝脏,采用RNA-Seq全基因转录组法分析差异基因的表达。结果:生白术可上调Cyp7b1、Btg2 Pc3、Enpp2、Hao2等功能基因的表达,下调Ppplr3c、Car12功能基因的表达;麸炒白术可上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2、Cy3a18、Cyp2c11等9个功能基因的表达,下调Aacs Hmgcs 1、Hmgcs1 Aacs、Alpl、Per3等7个功能基因的表达,生白术与麸炒白术均能上调Cyp7b1、Enpp2、Hao2等3个功能基因的表达,体现在促进类固醇激素合成、醚脂代谢、维持脂质平衡、增加机体代谢水平等生物功能。麸炒白术组与生白术组差异基因筛选结果表明,白术经过麸炒后对大鼠肝脏组织的基因表达同样存在特征性差异表达,麸炒白术组与生白术组相比,上调Car12、Arntl、Cldn1等3个功能基因,下调Rpl8、LOC等2个功能基因,麸炒白术可促进氮代谢、促进昼夜节律、增加机体免疫监视、提高免疫应答、对抗炎症等生物学功能。结论:研究表明生白术及麸炒白术均对大鼠肝脏组织的基因表达产生较为明显的影响,主要体现在对调控脂肪代谢、蛋白质代谢、类固醇合成、不饱和脂肪酸合成、糖原合成等多个功能基因的调控作用。

基于GWAS和BSA-seq挖掘辣椒果实中辣椒红色素含量的QTL区间及候选基因

辣椒红色素是目前全球销量最大的纯天然可食用色素,培育高辣椒红色素品种为辣椒产业重要任务。通过对255份一年生栽培种辣椒核心种质的辣椒红素含量进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),在第1、2、3、5、6、8、9、10、11和12号染色体均关联到与辣椒红素含量显著相关的区间,关联区间内共包括93个基因,根据功能注释和转录表达数据预测了3个影响辣椒果实中辣椒红素含量的候选基因。通过对高辣椒红色素材料Pep-340、低辣椒红色素材料Pep-276构建的F2群体进行混合分组分析法-测序(bulked segregant analysis-sequencing,BSA-seq)分析,在第1、3、5和10号染色体定位到与辣椒红色素含量相关区间,其中第3和5号染色体上的定位区间与GWAS分析中的显著相关区间相近或重合;利用这两个区间的In Del分子标记,进行遗传连锁分析,将调控辣椒红色素含量基因定位在3号染色体的q CC3.1,物理位置为22.8~25.9 Mb,其中含有99个基因,根据功能注释和转录组分析,预测了4个影响辣椒果实中辣椒红色素含量的候选基因Capana03g001314、Capana03g001325、Capana03g001334和Capana03g001387。研究结果为调控辣椒中辣椒红色素含量基因精细定位及分子标记辅助选择育种奠定基础。

BSA-Seq结合RNA-Seq技术挖掘大豆叶片提前黄化衰老基因

大豆产量与其生殖生长的持续时间呈正相关,延缓其开花后叶片的衰老,提高其生理功能,有利于增加植物的粒重。叶片黄化是植物衰老的显著特征之一。关于在大豆鼓粒后期叶片黄化的研究鲜见报道。本研究对鼓粒后期叶片提前黄化突变体ly和野生型ofc杂交组合进行遗传分析,结果表明,大豆鼓粒后期叶片提前黄化性状受单隐性核基因控制。通过BSA-Seq在19号染色体得到一个2.23Mb的初定位区间,经开发标记图位克隆后将区间缩短至1.75 Mb,区间内有219个基因,再结合RNA-Seq分析,得到了区间内12个候选基因,其中有4个SNP变异基因和8个差异表达基因。本研究结果为大豆鼓粒后期叶片黄化衰老基因的克隆奠定了基础。

基于BSA-seq的大豆棕色荚皮L2基因定位

大豆荚皮的颜色是重要的驯化性状和表型特征,与炸荚习性和躲避捕食关系紧密。大豆荚皮颜色主要由2对等位基因控制,其中棕色荚皮L2基因尚未被鉴定。为了在大豆基因组上对该基因进行鉴定,为大豆棕色荚皮相关基因功能解析和育种应用提供一定的理论基础。以栽培大豆中龙优203(黄色荚皮)和野生大豆FF1235(黑色荚皮)为亲本构建F 2分离群体进行遗传分析。利用F 2群体棕色豆荚和黄色豆荚单株构建混池进行BSA-seq定位分析,并在此基础上进行重组交换单株分析。结果表明,大豆棕色荚皮性状为1对等位基因控制的质量性状。棕色荚皮L2基因关联区域位于3号染色体0~0.75 Mb的区段。进一步开发InDel分子标记进行精细定位,获得具有多态性的InDel引物7对。最终将棕色荚皮位点定位于3号染色体上的Indel-L2-3~Indel-L2-6,物理距离为344 kb。定位区间内共有候选基因32个,其中Glyma.03G005700基因注释为异丙基苹果酸聚合酶,与已发现的黑色荚皮基因L1(Glyma.19G120400)高度同源,其功能为将4-羟基丙酮酸转化为红果酸和番石榴酸,可能是调控大豆棕色荚皮形成的关键基因。

基于BSA-seq技术定位黄瓜黄绿叶色突变基因

为明确课题组从地方收集的黄瓜黄绿叶色突变体中黄绿叶色突变基因,本研究利用绿叶(野生型)与黄绿叶色(突变体)黄瓜材料为亲本,配制正反杂交一代及二代分离群体,在分析黄绿叶色突变基因遗传规律的基础上,利用BSA-seq技术对双亲及F 2代叶色极端混池进行测序,筛选黄瓜黄绿叶色突变性状的关联标记及候选基因。结果表明,绿叶色对黄绿叶色为完全显性,黄绿叶色突变基因为隐性基因。突变性状关联分析(SNP-index检测)得到1个与黄绿叶色突变相关的候选区域,位于黄瓜1号染色体上,总长度18484 bp。该候选区域共有118个与黄绿叶色突变相关的SNP位点;候选区域共注释到3个基因,其中CsaV3_1G032820基因为黄瓜黄绿叶色突变最可能相关基因。本研究结果可为黄瓜黄绿叶色突变基因克隆和分子标记辅助育种提供基础。

利用QTL-Seq结合分子标记定位粳稻垩白粒率控制位点qChalk8

[目的]垩白是影响稻米外观品质的重要性状。本研究旨在利用QTL-Seq和分子标记作图定位粳稻垩白粒率调控相关的QTL。[方法]利用高垩白粒率粳稻材料拉木加和低垩白粒率粳稻品种水晶3号构建F_(2)分离群体,将两份独立的F_(2)群体分别种植于河南原阳和海南三亚,两个群体单株垩白粒率考种后分别选取极端个体混池进行QTL-Seq分析,然后使用分子标记作图对稳定的QTL进行验证。[结果]两个F_(2)群体的QTL-Seq分析发现8号染色体存在一个较为稳定的QTL位点qChalk8。进一步通过分子标记作图将该QTL定位于17.6-18.5Mb,该QTL位点的LOD值为7.08,表型贡献率为15.9%。[结论]利用QTL-Seq和分子标记作图定位了粳稻垩白粒率相关QTL-qChalk8,为粳稻垩白调控基因进一步的精细定位和基因克隆奠定了基础。

基于BSA-seq法的水稻稻瘟病抗性基因定位

为挖掘水稻稻瘟病抗性相关性状基因位点,于2022—2023年以水稻2013ZJP-3×京宁11杂交得到的重组自交系群体为试验材料,采用人工接种和自然诱发相结合的方法鉴定其对叶瘟、穗颈瘟的抗性,并采用BSA-seq法进行QTL定位分析。表型鉴定结果表明,F11群体的稻瘟病抗性呈连续性分布,且大部分材料表现为中抗,偏向于抗病亲本京宁11。筛选出19个抗性株系和17个感性株系材料,构建了抗感池。经过测序、变异检测和关联分析,共得到2个与稻瘟病抗性相关的区间,主要分布在5号和7号染色体上,区间总长度为1.45 Mb,共筛选出94个差异基因,其中,移码突变基因12个,非同义突变基因82个,移码和非同义突变基因9个。最终预测,基因LOC_Os05g10630、LOC_Os05g10650和LOC_Os07g08960与水稻稻瘟病抗性的相关性较大。

基于RNA-Seq技术对不同品种猪排卵前卵泡差异表达基因的筛选与注释

[目的]筛选淮猪和大约克猪排卵前卵泡组织差异表达基因。[方法]采集淮猪和大约克猪各3头的排卵前卵泡,提取RNA,个体独立建库。采用RNA测序技术以及GO和pathway方法对所获序列进行显著性富集分析。[结果]测序后,获得的淮猪clean reads数分别为85958912、91701082、84448828,其中有效Reads数分别达到98.39%、98.59%、96.04%;获得的大约克猪clean reads数分别为87914166、80480542、85994612,其中有效reads数分别达到98.61%、96.95%、98.80%,测序饱和度良好(证明测序数据真实可靠)。结果表明,筛选到上调基因67个,下调基因54个。GO和Pathway分析发现,差异表达基因富集在繁殖过程、生长过程和代谢过程及WNT信号通路、卵巢类固醇生成通路和类固醇生物合成通路等。[结论]获得了猪排卵前卵泡基因表达谱,并筛选到与繁殖性状相关的关键候选基因。

基于RNA-seq对复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本预测及可变剪接、SNP分析

为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d)两个阶段。42日龄时进行肉鸡屠宰试验,取对照组和益生菌组回肠各3个样本进行转录组测序。对测序数据进行分析,共发现1047个新基因,20176个新转录本,276个新基因在GO数据库中得到归类注释。对转录组数据进行可变剪接分析,外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高,共筛选到1131个显著的差异剪接基因,在外显子跳跃(SE)、第一个外显子可变剪接(A5SS)、最后一个外显子可变剪接(A3SS)、外显子选择性跳跃(MXE)、内含子滞留(RI)事件中鉴定到的差异剪接基因数分别为588、139、176、136、92。对获得的差异剪接基因进行GO富集分析,主要富集在代谢和免疫GO term。KEGG富集到了胞吞作用、MAPK信号通路等。在各样品中大多数碱基取代均为转换大于颠换,其中转换单核苷酸多态性(SNP)所占百分比为73.53%~73.94%;颠换型SNP所占百分比为26.05%~26.47%。试验对对照组、益生菌组肉鸡的回肠进行了RNA-seq测序分析,为发掘复合益生菌作用于肉鸡回肠中的可变剪接事件提供基础,为进一步了解复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本的发现和SNP位点提供了数据支撑。

基于BSA-seq技术定位花生种皮颜色基因

花生种皮颜色是花生重要性状,同时种皮颜色和黄酮类化合物例如花青素的含量有着密切关联。定位与种皮颜色相关的基因对培育和开发新品种,提高花生营养成分有重要作用。本研究以紫色种皮花生‘T371’和粉色种皮花生‘T34’为亲本进行杂交并构建F_2分离群体。基于高通量测序技术,在亲本和分离群体中获得了312.96 G高质量的Clean Reads数据,采用BSA-seq方法定位到1个SNPs和InDels关联区域交集,区间长度为7.61 Mb,位于12号染色体上,区间内有675个基因,其中非同义突变基因14个,移码突变基因3个。根据基因注释结果推测arahy.AFLD8J、arahy.26781N、arahy.YQ76T0、arahy.1KM4NQ、arahy.X3FWT9可能是调控种皮颜色的候选基因。本研究为挖掘花生种皮颜色遗传相关基因和开发新品种提供了一定的理论基础。

基于RAD-seq的菜心InDel标记开发及应用

【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个(72.5%)在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量(PIC)为0.263~0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366~0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有良好的多态性,能有效地揭示不同菜心种质材料间的遗传距离,可为菜心遗传种质分析、新品种选育等方面提供可利用的标记信息。

基于BSA-seq技术的青花菜花球蜡质基因初定位及鉴定研究

为了发掘调控青花菜花球蜡质合成的相关基因,以青花菜有蜡粉野生型(WT20)为父本,无蜡粉突变体(MT20)为母本构建F2群体,基于F2构建极端有蜡混池和无蜡混池,利用BSA-seq技术对亲本混池和F2极端混池进行混池测序,通过ΔSNP-index算法初步定位与蜡质合成关联的区间,根据基因注释信息预测候选基因,并采用qRT-PCR分析候选基因在亲本中的表达情况。结果表明F2分离群体中有蜡粉株与无蜡粉株分离比为2.87:1,符合单基因隐性核基因遗传规律;两个混池间共获得高质量SNP位点2,045条、InDel位点687条,基于SNP-index关联分析将候选基因定位在4号、7号和8号染色体的3个区间,包含93个基因。进一步对候选区域内的基因进行KEGG、GO、GOC数据库分析发现0.12 Mb和1.07 Mb的区段内92个基因获得注释,对区间内可能跟蜡质合成相关的11个基因进行定量分析,筛选出4个差异显著表达基因BoAPC3、BoCDH1、BoEEF1A和BoAHP4。本研究结果可以为进一步研究青花菜蜡质合成通路提供新思路,以及为选育高品质青花菜奠定基础。

基于BSR-Seq分析筛选Y1499条锈病抗性相关基因

条锈病是危害小麦生产安全的重要病害之一,而携带不同抗病基因小麦品种的利用与合理布局是降低病害威胁最经济可靠的途径。为挖掘和丰富小麦条锈病抗性相关基因资源,本研究以筛选到的抗条锈病硬粒小麦种质Y1499和感病材料Gaza为亲本构建遗传群体,在室内对其进行苗期抗性鉴定和统计分析;利用衍生后代中选择的F 3∶4群体构建混池,进行RNA测序,对测序数据进行相关分析。结果表明,Y1499对CYR32的抗性由两个主效基因互补遗传控制。利用BSR-Seq关联分析在鉴定到3个小麦材料Y1499中条锈病抗性基因候选区间。GO富集结果显示,F 3∶4抗感池间差异表达基因涉及多个过氧化物酶等抗氧化反应相关基因。KEGG富集结果表明,显著差异表达基因主要富集于谷胱甘肽代谢和苯丙烷类生物合成等代谢通路。

基于KAS-seq测序的四妙勇安汤改良及其促进糖尿病足小鼠创面愈合情况的观察

目的 基于现代科学技术对四妙勇安汤进行改良,验证其促进糖尿病足伤口愈合的效果。方法 采用乙氧二羟丁酮辅助的单链DNA测序(kethoxal-assisted single stranded DNA sequencing, KAS-seq)技术检测糖尿病足患者创面组织和正常创面组织,筛选糖尿病足相关的关键基因,并结合网络药理学,根据这些关键基因寻找有针对性的中药从而对四妙勇安汤进行改良,最后通过糖尿病足动物模型验证改良方的治疗效果。结果 通过临床样本测序分析得到CREB1、GRID2、PIK3R3、DRD2、ADORA1、TNFSF11、EDNRB、HTR1B 8个关键基因,靶向到黄柏、苍术、地黄和半夏4味中药配伍入原方。在灌胃干预第7天时改良方组(S+)小鼠伤口愈合效率显著高于对照组(Control)(P<0.05),第12天时S+组伤口愈合率显著高于原方组(S)(P<0.05)。改良方中药靶点在原方基础上更多富集到了神经系统、缺氧和血液循环调节相关通路中。结论 改良方与经方相比具有更好地促进糖尿病足伤口愈合的效果,相关机制可能与调节炎性反应、改善周围神经病变和促进伤口愈合等通路有关,同时也为中药方剂的临床加减应用提供了一种新方法和现代科学理论依据。

基于BSA-seq发掘水稻抽穗期相关QTLs及候选基因

抽穗期作为水稻重要的性状之一,不仅与水稻生育时期密切相关,还与水稻产量、品质和抗逆性密切相关,决定了水稻品种的种植地区和季节适应性,因此,定位水稻抽穗期相关基因在水稻生产中有着重要的作用。利用HQ20和金23B及其杂交构建的F4群体为试验材料,根据群体中水稻抽穗期划分3个等级:抽穗期早、抽穗期适中、大青棵(不抽穗),并构建早、中、青3个混池,采用BSA-seq(bulked-segregant analysis sequencing)方法挖掘水稻抽穗期基因。结果表明,BSA-seq结果与参考基因组比对率在94%以上,4×基因组覆盖率在80%以上;基于此,在置信度为0.95时,经SNP-index算法获得位于4条染色体(6、7、8和9号)的17个SNPs与Indels一致的关联区间,进一步分析区域内的候选基因,发现61个基因存在非同义突变。GO与KEGG富集分析表明,与水稻抽穗期密切相关的途径有UDP-糖基转移酶活性、细胞周期G2/M期转变的正向调控和植物激素信号转导等。结合3K水稻数据库中的单倍型分析与已公布的表达量数据,挖掘出3个抽穗期关键候选基因:LOC_Os07g22720、LOC_Os07g23740、LOC_Os08g07200。以上结果为开展水稻抽穗期性状遗传改良以及遗传基础解析奠定了基础。

基于BSA-seq和RNA-seq挖掘西瓜果皮硬度候选基因

为了挖掘西瓜果皮硬度关键调控基因,选育耐裂高硬度果皮西瓜品种。以西瓜果皮硬度差异显著的高硬度材料901和低硬度材料BSH为亲本,构建F 2分离群体,采用极端性状混池重测序接合BSA(BSA-seq)方法进行定位,并结合转录组测序(RNA-seq)数据进行关联分析,挖掘果皮硬度关键调控基因。BSA-seq结果表明,SNPs和InDels关联区域交集位于10号染色体1620000—3760000 bp区间内共2.14 Mb的区段,包含150个候选基因,其中2个非同义突变基因和1个移码突变基因。将BSA-seq测序结果与RNA-seq测序结果进行联合分析发现,共有Cla97C10G187120、Cla97C10G187020、Cla97C10G187430、Cla97C10G187510、Cla97C10G187280和Cla97C10G1865406个基因相关联,经生物信息学分析,确定Cla97C10G187120基因为西瓜果皮硬度候选基因。实时荧光定量(qRT-PCR)试验结果表明,转录组试验数据可靠,并且候选基因Cla97C10G187120在901中表达较BSH明显降低。本研究为进一步精细定位西瓜果皮硬度调控基因奠定了基础。

基于RNA-Seq探究蔗糖影响黑果枸杞枝刺发生的机理

【目的】黑果枸杞Lycium ruthenicum是集生态、经济和药用价值等为一体的灌木。然而,其密集的枝刺严重阻碍其作为经济林推广,本研究旨在探究蔗糖(Suc)促进黑果枸杞(黑杞)枝刺的发生机理,为培育其无刺优良品种提供依据。【方法】在证明Suc通过能量和信号路径促进黑杞枝刺发生的基础上,利用RNA-Seq对无刺茎顶芽(TleCK)、有刺茎顶芽(ThoCK)、黑暗处理的有刺茎顶芽(ThoDCK)、减少内源Suc处理后有刺变无刺茎顶芽(TleDPL)和喷施外源Suc后无刺变有刺茎顶芽(ThoSuc)5种样品的差异表达基因(DEG)和叶绿体差异基因(cpDEG)进行筛选和分析,并采用RT-qPCR验证了9个DEG的表达情况。【结果】5组有刺和无刺材料顶芽之间(ThoCK vs.TleCK、ThoCK vs.TleDPL、ThoDCK vs.TleDPL、TleCK vs.ThoSuc和TleDPL vs.ThoSuc)的DEG分别为5281、4363、3125、5226和3278个,这5组DEG共同显著富集在9个GO条目和4个KEGG通路(“类黄酮生物合成”“二萜生物合成”“苯丙烷生物合成”、“芪类、二芳基庚烷和姜辣素生物合成”)。韦恩图显示5组比较组共有的DEG是196个,其中33个被预测为转录因子基因,较多转录因子基因被预测为NAC和WRKY家族。5组比较组有3个共有DEG注释在植物激素信号转导KEGG通路,分别参与生长素、茉莉酸和水杨酸信号传导。3个关键有刺和无刺比较组(ThoCK vs.TleCK、ThoCK vs.TleDPL和TleCK vs.ThoSuc)中共有2个DEG被预测为TCP转录因子基因,这3个比较组均有cpDEG被注释到光合作用KEGG通路。9个DEG的RT-qPCR验证了RNA-Seq结果的可靠性。【结论】Suc可能通过影响生长素、茉莉酸和水杨酸信号传导以及赤霉素合成基因表达来促进黑杞枝刺发生,枝刺发生也可能与类黄酮积累和木质素减少有关,而且增施外源和减少内源Suc并非通过简单地逆转cpDEG的表达来影响枝刺发生。注释到WRKY、TCP和NAC转录因子家族的共有DEG可能是调控枝刺发生的关键基因。本研究建立了Suc影响黑杞枝刺发生的机理模型图。

CNV-seq检测辅助生殖技术助孕自然流产绒毛组织遗传学分析

目的通过低深度全基因组测序CNV检测技术(CNV-seq)分析自然流产绒毛组织的染色体情况,为流产原因做出临床诊断,为下次妊娠提供遗传学指导。方法采用CNV-seq检测早期自然流产胚胎绒毛组织,统计染色体异常情况。回顾性分析2019年1月至2023年6月于滨州医学院附属医院就诊经彩超提示诊断为自然流产的181例女性患者的年龄、孕龄、既往流产次数及受孕方式对胚胎染色体结果的影响。自然妊娠流产108例(108/181),经辅助生殖技术(ART)助孕后流产73例(73/181),其中体外受精-胚胎移植(IVF)助孕42例、卵胞浆内单精子注射(ICSI)助孕24例、人工授精(IUI)助孕7例。181例自然流产患者年龄(32.83±5.34)岁,孕龄(57.39±10.05)d,自然流产次数0~5次。统计学方法采用单因素方差分析、χ^(2)检验。结果181例自然流产绒毛组织均检测成功,74例结果未见异常,107例结果异常,异常率为59.12%。其中染色体数目异常98例,包括三体67例、X单体13例、嵌合体17例(16三体嵌合型7例)、三倍体1例;基因拷贝数变异9例,片段变异范围为2.12~95.92(37.32±24.57)Mb。根据受孕方式不同,分为自然妊娠组与ART助孕组,ATR助孕组共73例,异常40例,异常率54.8%;自然妊娠组共108例,异常67例,异常率62.0%;两组比较差异无统计学意义(χ^(2)=0.954,P=0.331)。结论染色体异常是胚胎早期流产的主要因素,主要为染色体数目异常;ART助孕不会增加自然流产的风险;CNV-seq方法检测绒毛染色体对明确早期自然流产原因有重大意义。