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胰高血糖素样肽1受体激动剂治疗阿尔茨海默病的潜在靶点预测及验证 被引量:2
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作者 韩维娜 徐晓庆 +2 位作者 史晋宁 李欣儒 蔡红艳 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第16期2568-2573,共6页
背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默... 背景:阿尔茨海默病的机制探究过程中揭示了生物信息学对共同靶点筛选的重要作用,能够利用其筛选结果为基础,探究药物对该疾病的治疗效果。目的:采用生物信息学与分子生物学等方法预测胰高血糖素样肽1受体激动剂利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的作用靶点。方法:利用DisGeNET数据库及SEA数据库获取阿尔茨海默病和利拉鲁肽作用的共同基因;利用DAVID在线数据库对共同靶点进行GO/KEGG富集分析;使用STRING数据库构建蛋白互作网络;使用CCK-8判断利拉鲁肽的最佳使用剂量;使用免疫荧光和免疫印迹技术对关键蛋白的表达情况进行分析。采用小鼠海马神经元HT22细胞系进行体外实验,细胞被随机分为3组:HT22组、HT22+Aβ组和HT22+Aβ+Lir组。HT22组不做特殊处理,HT22+Aβ组使用Aβ1-42干预HT22细胞系24 h构建Aβ损伤细胞模型,HT22+Aβ+Lir组在HT22+Aβ组的基础上添加利拉鲁肽12 h。结果与结论:①从DisGeNET数据库筛选出阿尔茨海默病相关联的基因,共得到3333个关联基因。再从SEA数据库中,得到利拉鲁肽的潜在作用靶点147个。最后使用R包筛选出阿尔茨海默病与利拉鲁肽共同靶点64个。②用DAVID数据库进行共同靶点的GO/KEGG分析,结果提示共同靶点主要富集在:神经活性配体-受体相互作用、肾素-血管紧张素系统、膀胱癌、内肽酶活性、肽受体活性、G蛋白偶联肽受体活性和转运囊泡等生物进程。③将已经得到的64个共同靶点蛋白导入至SRTING在线数据库进行蛋白互作网络构建,得到排名前3位的基因为基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β。④采用CCK-8试剂盒检测了培养细胞的活性,确定利拉鲁肽拮抗Aβ1-42的最佳浓度为100 nmol/L。⑤在免疫印迹实验与免疫荧光实验中,较HT22组相比,在HT22+Aβ组内基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β表达量明显上升(P<0.05);HT22+Aβ+Lir组较HT22+Aβ组相比基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β的表达量显著下降(P<0.05)。⑥结合上述生物信息学数据及在GEO数据库的差异基因二次验证结果提示,基质金属蛋白酶2,9和白细胞介素1β均可作为利拉鲁肽治疗阿尔茨海默病的潜在作用靶点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 利拉鲁肽 胰高血糖素样肽1受体 生物信息学 DisGeNET数据库 SEA数据库 GEO数据库 MMP9 MMP2 白细胞介素1Β
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索马鲁肽治疗阿尔茨海默病的潜在靶点:沉默信息调节因子1 被引量:2
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作者 柴世凡 李欣儒 +3 位作者 叶育采 孙俊丽 蔡红艳 王昭君 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第20期3235-3239,共5页
背景:研究发现胰高血糖素样肽1及其类似物具有显著的神经保护作用,并且已有部分药物应用到阿尔茨海默病临床三期研究阶段,然而其发挥神经保护作用的具体机制尚不明确,有待进一步探讨阐明。目的:拟通过生物信息学和网络药理学分析方法筛... 背景:研究发现胰高血糖素样肽1及其类似物具有显著的神经保护作用,并且已有部分药物应用到阿尔茨海默病临床三期研究阶段,然而其发挥神经保护作用的具体机制尚不明确,有待进一步探讨阐明。目的:拟通过生物信息学和网络药理学分析方法筛选出阿尔茨海默病发病机制的相关基因,以及索马鲁肽(一种胰高血糖素样肽1受体激动剂)治疗阿尔茨海默病的相关靶点,对两者进行综合分析挑选出潜在靶点基因,并在细胞水平加以验证。方法:利用DisGeNET数据库筛选出阿尔茨海默病患者与健康人群的差异基因,利用PubChem在线数据库得到索马鲁肽的化学结构式和2D结构图,利用DAVID在线数据库进行GO/KEGG富集分析,利用STRING数据库进行蛋白互作网络的构建,利用HPA数据库判断目的蛋白在人体各组织中的分布特点,最后使用蛋白印迹技术和免疫荧光技术检测索马鲁肽干预HT22细胞之后的蛋白表达情况。结果与结论:①利用DisGeNET数据库内数据得到3374个阿尔茨海默病患者与健康人群的差异基因,同时获得索马鲁肽潜在药物的101个靶基因,取两者交集得到23个相关基因;结合蛋白互作网络从中筛选出10个关键基因,分别是沉默信息调节因子1(SIRT1)、CASP9、CCND1、CASP1、KEAP1、DLG4、CASP4、GRB2、GRIA1、EDNRA;②GO基因功能分析显示关键基因主要富集在:半胱氨酸型内肽酶的正向调节活动,蛋白溶解的正向调节,半胱氨酸型内肽酶的正向调节,涉及凋亡活动过程的细胞质部分,AMPA谷氨酸受体复合物,炎症复合物,CARD结构域结合,半胱氨酸型内肽酶活性,半胱氨酸型内肽酶活性参与凋亡过程;KEGG信号通路分析结果主要为:结直肠癌,非小细胞癌,子宫内膜癌,上述均与免疫浸润、炎症、自噬凋亡相关;此外,根据关键基因的关联度排名及在HPA在线数据库不同组织中的分布情况,挑选出最显著的差异基因为SIRT1;③细胞实验显示,SIRT1蛋白表达在β-淀粉样蛋白1-42干预后的HT22细胞中显著下调,而经过索马鲁肽处理后明显上升;④结果显示,SIRT1可能是索马鲁肽治疗阿尔茨海默病的靶点基因。 展开更多
关键词 DisGeNet数据库 阿尔茨海默病 索马鲁肽 2型糖尿病 生物信息学 网络药理学 沉默信息调节因子1
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中华人民共和国地质图(1∶150万)空间数据库建设方法
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作者 袁启玉 李仰春 +8 位作者 吴亮 黄辉 李超 李智佩 谷永昌 付俊彧 杨祝良 尹福光 赵小明 《地质学刊》 CAS 2024年第1期68-75,共8页
依托MapGIS平台,应用新技术和新方法,根据统一标准和要求编制了中华人民共和国地质图(1∶150万)和图形空间数据库。该图集成了近20多年来全国1∶5万和1∶25万区域地质调查、重点成矿区带1∶50万~1∶100万地质编图、部分省区地质志、基... 依托MapGIS平台,应用新技术和新方法,根据统一标准和要求编制了中华人民共和国地质图(1∶150万)和图形空间数据库。该图集成了近20多年来全国1∶5万和1∶25万区域地质调查、重点成矿区带1∶50万~1∶100万地质编图、部分省区地质志、基础地质科学研究等新成果和新资料,系统更新了全国区域地层系统、全国岩浆岩时空序列及变质岩分布与变质作用框架,建立并完善了区域地层格架,划分了全国大地构造单元,新确认一批区域性重要构造界面等。应用计算机辅助智能地质编图技术,华北、东北、华东、中南、西南、西北六大区同时编图,按省(区)分别进行地质单元、地理数据、数据结构无缝拼接,绘制“全国地质一张图”,形成库图一体成果。数据库数据量约1.65 GB,标示地质体78194个、火山口或火山喷发中心308个、重要化石点和化石群221个、金钉子12个、同位素年龄数据1197个、代表性钻孔(含大陆深钻)125个。该数据库填补了国家地质数据库体系空白,为地质大数据、“地质云”建设和服务提供了基础数据源,为自然资源规划管理、基础地质和资源环境背景研究、环境治理和灾害防治、国际合作等提供了重要的基础地质资料。 展开更多
关键词 中华人民共和国地质图 1150万 空间数据库 库图一体 MAPGIS
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PSGL-1与皮肤恶性黑色素瘤预后的相关性分析
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作者 刘梓燊 郑瑛瑛 +2 位作者 袁梦琪 张甘霖 杨国旺 《中山大学学报(自然科学版)(中英文)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期83-89,共7页
为了探究PSGL-1与皮肤恶性黑色素瘤预后是否具有相关性,从全基因组关联研究(GWAS)提取PSGL-1和皮肤恶性黑色素瘤的遗传数据,使用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模式法和简单模式法进行分析,并对数据进行敏感性分析。... 为了探究PSGL-1与皮肤恶性黑色素瘤预后是否具有相关性,从全基因组关联研究(GWAS)提取PSGL-1和皮肤恶性黑色素瘤的遗传数据,使用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模式法和简单模式法进行分析,并对数据进行敏感性分析。从TCGA数据库提取皮肤恶性黑色素瘤的生存信息,根据PSGL-1表达高低进行分组,通过Kaplan-Meier法绘制生存曲线,Log-rank检验比较两者生存期之间的差异。通过体外实验探究PSGL-1对A375细胞生物学功能影响。结果显示PSGL-1对皮肤恶性黑色素瘤的逆方差加权法分析结果为OR=0.666,95%CI(0.494~0.899),P=0.008。PSGL-1高表达组中位生存期为44.70个月,PSGL-1低表达组中位生存期为29.13个月,P=0.0002。PSGL-1体外抑制A375细胞的迁移。研究结果发现PSGL-1表达增高是皮肤恶性黑色素瘤的保护因素,是一种潜在的皮肤黑色素瘤预后标志物。 展开更多
关键词 PSGL-1 皮肤恶性黑色素瘤 孟德尔随机化 TCGA数据库
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论全国1:250000数据库的建立与更新 被引量:10
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作者 商瑶玲 王东华 李莉 《地理信息世界》 2003年第2期16-20,共5页
全国1:250 000数据库是国家基础地理信息系统的重要组成部分,该数据库于1998年建成,目前已在国家许多部门得到广泛应用。它的设计和建立成功与否直接影响到数据库的使用方便程度和应用方向。同时随着时间的推移和用户使用的不断深入,数... 全国1:250 000数据库是国家基础地理信息系统的重要组成部分,该数据库于1998年建成,目前已在国家许多部门得到广泛应用。它的设计和建立成功与否直接影响到数据库的使用方便程度和应用方向。同时随着时间的推移和用户使用的不断深入,数据库的更新问题变得越来越重要,国家测绘局于2001~2002年底立项并完成了对1:250000数据库的全面更新工程,使数据库主要要素的现势性达到2000~2002年,基本可以满足现阶段用户的使用需求。本文主要介绍1:250000数据库主要数据内容,数据库设计及建立;数据库更新的各种资料使用、技术流程以及更新数据库的建库等。 展开更多
关键词 国家基础地理信息系统 数据库 技术流程 数字高程模型数据库 地形数据库 地名数据库
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浅析1:250000土地利用数据自动缩编技术
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作者 黄韬 《测绘与空间地理信息》 2011年第2期253-256,共4页
简述了利用Geoway forland土地调查软件等地理信息软件,缩编广东全省大比例尺土地利用更新调查数据到1∶250 000基本过程,分析了利用计算机技术自动缩编的优缺点。
关键词 土地利用 1250000 自动 缩编
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环境一号卫星CCD数据在1:250000地形图框架要素更新中的应用能力研究
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作者 韦金丽 王龙波 +1 位作者 徐军 王国波 《测绘与空间地理信息》 2011年第2期56-60,共5页
探讨了采用环境一号卫星CCD多光谱数据在1∶250 000地形图框架要素更新中的应用情况,对不同框架要素在环境一号卫星CCD影像中的识别率和最小分辨率进行了比较和分析,并对环境一号卫星CCD影像的分辨能力和要素识别精度进行了分析和研究,... 探讨了采用环境一号卫星CCD多光谱数据在1∶250 000地形图框架要素更新中的应用情况,对不同框架要素在环境一号卫星CCD影像中的识别率和最小分辨率进行了比较和分析,并对环境一号卫星CCD影像的分辨能力和要素识别精度进行了分析和研究,进一步证实了采用环境一号卫星CCD数据进行1∶250 000地形图框架要素进行更新的可行性。 展开更多
关键词 HJ-1卫星 CCD影像 1250000地形图 框架要素更新
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1∶250000地形数据更新技术方法研究 被引量:1
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作者 吴迪 刘杰 《测绘与空间地理信息》 2021年第S01期174-176,共3页
近年来,各地政府大力推动数字城市建设,城市信息化已经进入关键阶段,社会的不断发展对多尺度基础地理信息数据的需求也越来越多,为保证全国1∶250000国家基础地理信息数据库的现势性,国家下发1∶250000地形数据库数据,对其进行更新。本... 近年来,各地政府大力推动数字城市建设,城市信息化已经进入关键阶段,社会的不断发展对多尺度基础地理信息数据的需求也越来越多,为保证全国1∶250000国家基础地理信息数据库的现势性,国家下发1∶250000地形数据库数据,对其进行更新。本文结合作业过程中东北测区实际生产,放弃以往直接缩编方式,利用1∶50000数据库更新成果,提取其增量数据,对1∶250000地形数据进行联动更新,对项目实施过程的主要流程、更新技巧与检查方法进行简要研究。 展开更多
关键词 1250000 增量数据 联动更新
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1:2500000华北侵入岩地质图空间数据库 被引量:3
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作者 杨泽黎 王树庆 胡晓佳 《中国地质》 CAS CSCD 北大核心 2020年第S01期1-24,共24页
1:2500000华北侵入岩地质图空间数据库是以华北地区近年完成的1:250000、1:50000基础地质调查资料以及专题研究为依托,结合国内外最新文献成果编制而成。地质图以研究区侵入岩为主要研究对象,通过编图建库的手段表达华北地区侵入岩时空... 1:2500000华北侵入岩地质图空间数据库是以华北地区近年完成的1:250000、1:50000基础地质调查资料以及专题研究为依托,结合国内外最新文献成果编制而成。地质图以研究区侵入岩为主要研究对象,通过编图建库的手段表达华北地区侵入岩时空格架、物质组成以及空间分带。图幅采用MapGIS 6.7软件制作,侵入岩按"岩性+年代"进行表示,包含侵入岩面元单位1743个,地层单位1534个,同位素年龄数据404个,并对侵入岩面元及同位素年龄赋予了相应属性,总体数据量约218 MB。地质图重点突出了华北地区岩浆岩分带,详细梳理了不同岩浆岩带的空间分布、岩浆期次、岩石组合、地球化学特征及构造背景等信息,充分反映了近年来地质调查和科研工作新成果,能够为后续地质调查、科学研究以及生产工作提供基础地质图件及信息资料服务,对服务资源和经济社会建设具有一定参考意义。 展开更多
关键词 华北 侵入岩 1地质图 空间数据库 同位素年龄 地质调查工程
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Onset Time Profiles for Syncope Associated with <i>α</i><sub>1</sub>-Adrenoceptor Blockers in Males: Analysis of a Spontaneous Adverse Drug Event Database
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作者 Katsuhiro Ohyama Masaya Furumoto Munetoshi Sugiura 《Pharmacology & Pharmacy》 2018年第12期515-526,共12页
Background: α1-Adrenoceptor blockers (α1Bs) are used for the treatment of benign prostatic hyperplasia and hypertension, but they are known to cause hypotension-related adverse events. The objective of the present s... Background: α1-Adrenoceptor blockers (α1Bs) are used for the treatment of benign prostatic hyperplasia and hypertension, but they are known to cause hypotension-related adverse events. The objective of the present study was to evaluate the onset time profiles for syncope associated with the use of α1Bs. Methods: We analyzed the data obtained from?the Japanese Adverse Drug Event Report (JADER) database for a period from April 2004 until November 2016 and calculated reporting odds ratios (RORs) for eight α1Bs available on the Japanese market, using disproportionality analysis. Moreover, time information recorded in the JADER database was analyzed to evaluate the onset times of adverse events. Results: In total, 186,724 reports for males older than 20 years were analyzed. Significant RORs for syncope, with 95% confidence intervals, were obtained for naftopidil (2.53, 1.81 - 3.53), silodosin (4.24, 2.37 - 5.20), and tamsulosin (2.22, 1.75 - 2.81). The median onset times of syncope for naftopidil, silodosin, and tamsulosin were 37, 26, and 108 days, respectively. The shape parameters obtained by fitting the data for the three α1Bs to the Weibull distribution were all less than 1.0, indicating that all these drugs could be classified as the early failure type. The cumulative incidence rates showed that the onset times of syncope tended to be similar among the three α1Bs. Conclusions: Patients treated with selective α1Bs should be closely monitored for 100 days, especially in the first 20 to 40 days after initiation of silodosin or naftopidil. This information may be useful for patients and healthcare professionals in preventing syncope due to the use of selective α1Bs. 展开更多
关键词 Reporting Odds Ratio Adverse Drug Event Report database SYNCOPE Α1-ADRENOCEPTOR Blocker
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Analysis of the expression and prognostic value of ENO1 in ovarian cancer based on Oncomine database
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作者 Tao-Hong Zhang Li-Li Xiong +3 位作者 Xiao-Wei Wang Wei-Hong Wang Ying Liu Rui-Fang An 《Journal of Hainan Medical University》 2019年第18期45-48,共4页
Objective:Ovarian cancer is one of the leading causes of death in women,because of late diagnosis,recurrence and resistance to chemotherapy.Therefore,it's necessary to design a novel sensitive and specific maker t... Objective:Ovarian cancer is one of the leading causes of death in women,because of late diagnosis,recurrence and resistance to chemotherapy.Therefore,it's necessary to design a novel sensitive and specific maker to diagnose and treat patients of ovarian cancer.However,this study intends to explore the expression and prognostic value of ENO1 in ovarian cancer.Method:ENO1 data were collected from Oncomine database,and then were performed subgroup analysis and systematic analysis.Meanwhile,the prognostic significance of ENO1 was analyzed by an online survival analysis tool"Kaplan-Meier Plotter"(KM plotter)database.Results:In Oncomine database,a total of 14 studies were involved ENO1 in ovarian cancer tissues and normal tissues,including a total of 1001 samples.Comparing with normal tissues,ENO1 expression is higher(P<0.05).Moreover,the overall survival of ENO1 high expression in ovarian cancer is closely related with high survival(P<0.05).Further study indicated that ENO1 expression showed negative relation to the prognosis of serous ovarian cancer patients while ENO1 expression showed no effects on the prognosis of endometrioid ovarian cancer patients.Conclusion:Through exploration of tumor gene information in Oncomine database,ENO1 was found highly expressed in ovarian cancer and related to the prognosis of ovarian cancer,which might be a new marker for ovarian cancer prognosis and alternative drug therapy. 展开更多
关键词 OVARIAN CANCER Oncomine databaseαdenolase(ENO1) Overall SURVIVAL Kaplan-Meier Plotter database
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基于SEER数据库倾向评分匹配分析放疗对不同危险因素分组的pT_(1-2)N_(1)M_(0)期乳腺癌患者的生存影响
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作者 胡美雪 陈进 权毅 《四川医学》 CAS 2023年第3期248-256,共9页
目的本研究旨在确定pT_(1-2)N_(1)M_(0)期乳腺癌患者改良根治术后乳腺癌特异性生存(BCSS)的预后危险因素,并讨论可能省略术后放疗的患者的选择,以期提供临床决策。方法对SEER数据库中2010~2017年诊断的11351例患者数据进行回顾性分析,... 目的本研究旨在确定pT_(1-2)N_(1)M_(0)期乳腺癌患者改良根治术后乳腺癌特异性生存(BCSS)的预后危险因素,并讨论可能省略术后放疗的患者的选择,以期提供临床决策。方法对SEER数据库中2010~2017年诊断的11351例患者数据进行回顾性分析,运用倾向评分匹配法(PSM)将7928例匹配患者分为放疗组(n=3964)和未放疗组(n=3964),采用单因素成组X^(2)检验、t检验和多因素Cox回归分析确定总生存(OS)及BCSS的预后因素,并使用Kaplan-Meier进行亚组生存分析,log-rank检验进行组间比较。结果中位随访时间80个月,PSM后放疗对pT_(1-2)N_(1)M_(0)期乳腺癌总人群OS及BCSS均有显著获益,OS放疗组(86.6%)与未放疗组(82.8%)差异有统计学意义(P_(OS)<0.001);BCSS放疗组(91.3%)与未放疗组(89.5%)差异有统计学意义(P_(BCSS)=0.007);PSM后多因素分析显示年龄>62岁、Grade分级III级、腋窝淋巴结转移比例>7%、三阴型、肿瘤大小2.4~5 cm是BCSS的独立预后危险因素(P<0.05);亚组分析中,放疗改善了高风险组患者的BCSS,放疗组与未放疗组(89.5%vs.86.7%,P_(BCSS)=0.001);在中风险组中,放疗组与未放疗组差异无统计学意义(96.4%vs.96.0%,P_(BCSS)=0.764);在低风险组中,放疗组与未放疗组(94.6%vs.98.8%,P_(BCSS)=0.031),放疗增加了患者的特异性死亡率。结论pT_(1-2)N_(1)M_(0)期乳腺癌患者的放疗受益明显不同,因此对于该类人群的放疗应个体化建议。对于高风险组的患者应考虑采用放疗,对于中风险组的患者应谨慎建议,而对于低风险组的患者应不予使用。 展开更多
关键词 pT_(1-2)N_(1)M_(0)期乳腺癌 危险因素 放疗 SEER数据库 倾向评分匹配
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通过miRNA-TF-mRNA调控网络揭示儿童1型糖尿病的潜在生物标志物
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作者 赵威 魏广友 《齐齐哈尔医学院学报》 2023年第5期401-406,共6页
目的通过miRNA-TF-mRNA调控网络来预测儿童1型糖尿病(T1D)的潜在生物标志物。方法以基因表达综合数据库(GEO)的GSE33440数据集为基因表达阵列。利用R包微阵列数据线性模型(LIMMA)识别差异表达基因(DEG)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)... 目的通过miRNA-TF-mRNA调控网络来预测儿童1型糖尿病(T1D)的潜在生物标志物。方法以基因表达综合数据库(GEO)的GSE33440数据集为基因表达阵列。利用R包微阵列数据线性模型(LIMMA)识别差异表达基因(DEG)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选最重要模块,共同基因(CGs)被确定为DEG和最重要模块中的基因的交叉点;对CGs进行GO、KEGG通路富集分析;通过miRNA-TF-mRNA调控网络预测潜在生物标志物。结果识别出51个DEG和9个重要模块;筛选出了12个CGs;CGs富集在腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路以及胰岛素受体底物2基因(IRS2);在miRNA-TF-mRNA调控网络中miR-499b-5p可靶向IRS2,通过AMPK信号通路调节儿童T1D。结论研究揭示了miR-499b-5p/IRS2可能被视为儿童T1D的潜在治疗靶点。 展开更多
关键词 儿童 1型糖尿病 GEO数据库 miRNA-TF-mRNA 生物标志物
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基于TCGA数据库分析HMGB1在结肠癌中的表达及临床意义
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作者 梁宇堃 陈良全 赵贵君 《内蒙古医学杂志》 2023年第4期385-390,共6页
目的运用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,探究高迁移率族蛋白B1(high mobility group box 1,HMGB1)在结肠癌组织样本和正常组织样本中的表达情况,挖掘其与结肠癌临床特征的相关性。方法运用生物信息学方法从TCGA数据库中获取结肠癌(COAD)患... 目的运用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,探究高迁移率族蛋白B1(high mobility group box 1,HMGB1)在结肠癌组织样本和正常组织样本中的表达情况,挖掘其与结肠癌临床特征的相关性。方法运用生物信息学方法从TCGA数据库中获取结肠癌(COAD)患者HMGB1的表达数据及临床资料。运用R.4.2.2软件和Strawberry Perl 5.30.0.1软件分析HMGB1在结肠癌和正常组织样本之间的表达差异。运用R语言分析HMGB1表达量与临床资料的相关性,绘制Kaplan-Meier曲线进行生存分析,并利用单基因富集分析(ssGSEA)法富集HMGB1在结肠癌中所参与的信号通路。结果(1)HMGB1在14种癌症及正常组织间的表达差异有统计学意义(P<0.05)。(2)总计下载结肠癌组织样本476例、正常结肠组织样本41例。与正常组织样本相比,结肠癌组织样本中HMGB1表达量明显升高,差异具有统计学意义(P<0.001)。(3)HMGB1的表达与M分期和Stage分期相关。(4)HMGB1的表达与结肠癌患者的生存时间无明显相关。(5)ssGSEA结果显示,HMGB1主要参与RNA降解、Nod受体信号通路、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、P53信号通路、错配修复、Wnt信号通路、ErbB信号通路、嘌呤代谢、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、DNA复制等多条通路。结论HMGB1在结肠癌中高表达,参与结肠癌发生发展的多条通路,与其恶性程度息息相关。HMGB1可作为判断结肠癌的标志物,并有望成为结肠癌靶向治疗的新方向。 展开更多
关键词 HMGB1 结肠癌 TCGA数据库 GSEA 信号通路
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基于生物信息学分析NUSAP1在肺腺癌组织中的表达及临床意义
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作者 葛恒广 李新丽 《现代医药卫生》 2023年第8期1281-1287,共7页
目的探讨核仁和纺锤体相关蛋白1(NUSAP1)在肺腺癌组织中的表达及临床意义。方法通过检索Oncomine、GEPIA、UALCAN、TIMER、STRING等数据库,分析肺腺癌NUSAP1基因与蛋白表达情况、NUSAP1表达对患者预后的影响、NUSAP1基因与肿瘤免疫细胞... 目的探讨核仁和纺锤体相关蛋白1(NUSAP1)在肺腺癌组织中的表达及临床意义。方法通过检索Oncomine、GEPIA、UALCAN、TIMER、STRING等数据库,分析肺腺癌NUSAP1基因与蛋白表达情况、NUSAP1表达对患者预后的影响、NUSAP1基因与肿瘤免疫细胞浸润的关系,以及蛋白网络图富集参与的生理过程等。结果NUSAP1在肺腺癌组织中高表达,基因表达越高患者预后越差,差异有统计学意义(P<0.05);NUSAP1在肺腺癌组织中表达水平与肿瘤微环境中B淋巴细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、树突细胞均呈负相关(P<0.05),与CD8^(+)T淋巴细胞、巨噬细胞、中性粒细胞均呈正相关(P<0.05);NUSAP1主要参与调节细胞周期、有丝分裂细胞周期的正调控、核分裂等生物学过程。结论NUSAP1在肺腺癌组织中高表达,并与肺腺癌的发生、发展相关,可能作为肺腺癌诊断及预后评估的生物标志物。 展开更多
关键词 计算生物学 肺肿瘤 腺癌 基因表达 数据库 核仁和纺锤体相关蛋白1
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1∶100万中华人民共和国数字地质图空间数据库 被引量:22
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作者 庞健峰 丁孝忠 +5 位作者 韩坤英 曾勇 陈安蜀 张艳玲 张庆合 姚冬生 《中国地质》 CAS CSCD 北大核心 2017年第A01期8-18,125-138,共12页
中华人民共和国1∶100万数字地质图数据库是根据统一标准和要求编制的专题数字地质图,以中华人民共和国1∶50万数字地质图数据库为数据源,在综合研究的基础上,充分吸收近年来地质调查1∶25万、1∶20万、1∶5万等区调工作新成果、新资料... 中华人民共和国1∶100万数字地质图数据库是根据统一标准和要求编制的专题数字地质图,以中华人民共和国1∶50万数字地质图数据库为数据源,在综合研究的基础上,充分吸收近年来地质调查1∶25万、1∶20万、1∶5万等区调工作新成果、新资料,应用地质编图新技术、新理论和新方法编制而成。以年代地层单位为主、辅以岩石地层的表示方法,侵入岩按“岩性加年代”表示方法,进一步提高了基础地质的研究程度。地质图数据库内容丰富,信息量大,数据量约为1.2 GB,标示了岩石地层单位5347个图例,侵入体“岩性加时代”单位1780个图例,跨省区重要断裂93条,各省(市、自治区)内重要断层558条,同位素年龄数据1545个(组),有代表性的钻孔382个。所有地质体的面元及线元、同位素年龄和钻孔都建立了相应的属性,相邻图幅之间进行了接图处理,编写了编图说明书和元数据。数据库采用统一的线型库、符号库、色标库等,成图过程全部采用MapGIS6.5平台计算机辅助成图,成图精度高,质量好,符合设计要求,全国64幅图采用分4个片区的工作方法,最后统一编制而成。该数字地质图是目前中国资料最全、内容最新的1∶100万地质图,是中国第一份应用GIS技术的1∶100万数字地质图的最新成果,充分反映了中国地质构造特点和当前地质研究的新水平。 展开更多
关键词 1100万数字地质图 空间数据库 MAPGIS
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在基于数字填图系统的1∶25万区域地质调查修测中前人地质资料的利用与数据采集 被引量:3
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作者 覃小锋 周开华 +4 位作者 胡贵昂 周府生 李广宁 谢凌锋 潘艺文 《地质通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期986-994,共9页
1∶25万区域地质调查修测的核心任务是挖掘、利用前人资料和对前人资料的二次开发。在1∶25万玉林市幅数字地质填图试点的过程中,总结出一套基于数字填图系统的前人地质资料利用与数据采集的工作方法。其工作流程和工作步骤可分为6个阶... 1∶25万区域地质调查修测的核心任务是挖掘、利用前人资料和对前人资料的二次开发。在1∶25万玉林市幅数字地质填图试点的过程中,总结出一套基于数字填图系统的前人地质资料利用与数据采集的工作方法。其工作流程和工作步骤可分为6个阶段:①前期准备阶段;②室内地质资料录入阶段;③野外数字地质调查阶段;④室内资料整理阶段;⑤图件编制阶段;⑥成果提交阶段。该工作方法与传统的地质调查方法相比,提高了地质调查的工作效率和质量,已基本上达到了在1∶25万区调修测区推广应用的"实战性"要求。 展开更多
关键词 数字填图系统:1:25万区域地质调查 前人地质资料利用 数据采集
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全国1:200000数字地质图(公开版)空间数据库 被引量:21
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作者 李晨阳 王新春 +3 位作者 何春珍 吴轩 孔昭煜 李晓蕾 《中国地质》 CAS CSCD 北大核心 2019年第A01期1-10,10001-10014,共24页
全国1:200 000数字地质图空间数据库是基于目前中国唯一的、实测的、全国性的1:200 000区域地质调查成果,由全国多家单位共同完成的全国性基础地质学空间数据库之一。数据库在空间上包含1 163幅1:200 000地质图数据,覆盖整个国土范围的7... 全国1:200 000数字地质图空间数据库是基于目前中国唯一的、实测的、全国性的1:200 000区域地质调查成果,由全国多家单位共同完成的全国性基础地质学空间数据库之一。数据库在空间上包含1 163幅1:200 000地质图数据,覆盖整个国土范围的72%,包含MapGIS和ArcGIS两种格式,总数据量达到90 GB。数据库主要资料来源于1:200 000区域地质调查报告和地质图及矿产图,原始资料时间跨度从20世纪50年代中期到90年代初期。全国1:200 000数字地质图(公开版)空间数据库通过国家级验收,数据完整性、逻辑一致性、位置精度、属性精度、接缝精度均符合中国地质调查局制定的有关技术规定和标准的要求,质量优良可靠。全国1:200 000数字地质图空间数据库是国家空间数据的重要组成部分,为国民经济信息化提供数字化空间平台,为国家和省级各部门进行区域规划、地质灾害监测、地质调查、找矿勘查、宏观决策等提供信息服务。 展开更多
关键词 1:200000数字地质图 空间数据库 地理信息系统
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甘肃省花牛山幅1:50000矿产地质图数据库 被引量:9
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作者 王春女 杜泽忠 +4 位作者 于晓飞 李永胜 吕鑫 孙海瑞 杜轶伦 《中国地质》 CAS CSCD 北大核心 2019年第A01期55-65,10072-10086,共26页
甘肃省花牛山幅(K46E017023)1:50 000矿产地质图是根据《矿产地质调查技术要求(1:50 000)》和行业的统一标准及要求,在充分利用1:200 000、1:50 000等区域地质调查工作成果资料的基础上,采用数字填图系统进行野外地质专项填图,并应用室... 甘肃省花牛山幅(K46E017023)1:50 000矿产地质图是根据《矿产地质调查技术要求(1:50 000)》和行业的统一标准及要求,在充分利用1:200 000、1:50 000等区域地质调查工作成果资料的基础上,采用数字填图系统进行野外地质专项填图,并应用室内与室外填编图相结合的方法完成的。本图对南华系-震旦系洗肠井群、寒武系西双鹰山组、奥陶系花牛山群的建造类型进行了重新划分,把图幅内侵入岩时代归纳为晚奥陶世—早志留世、泥盆纪、晚三叠世等3期,建立了岩浆岩的演化序列。本数据库包含12个地层单位和3期岩浆岩资料,数据量约为3.77 MB。这些数据充分反映了1:50 000矿产地质调查示范性成果,对该区矿产资源研究、能源勘探等具参考意义。 展开更多
关键词 甘肃 花牛山幅 1:50000 矿产地质图 数据库
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全国1:10000基础地理信息数据库整合升级总体设计 被引量:11
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作者 王东华 刘建军 +3 位作者 赵仁亮 商瑶玲 杜晓 杨眉 《地理信息世界》 2014年第2期1-5,共5页
1:10 000数据库是我国省级基础地理信息资源的主要组成部分,是构建数字中国的重要内容。本文介绍了全国1:10 000数据库整合升级工程的总体技术设计,根据全国1:10 000数据库建设与更新的实际情况,对其存在的问题进行了分析,并重点阐述了... 1:10 000数据库是我国省级基础地理信息资源的主要组成部分,是构建数字中国的重要内容。本文介绍了全国1:10 000数据库整合升级工程的总体技术设计,根据全国1:10 000数据库建设与更新的实际情况,对其存在的问题进行了分析,并重点阐述了整合处理的内容、总体思路、技术方法以及数据库优化升级技术方案等。 展开更多
关键词 1 10 000数据库 整合 升级
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