钙黏蛋白家族成员3及11号染色体开放阅读框30基因多态性与支气管哮喘病儿易感性及糖皮质激素疗效的研究

目的探讨钙黏蛋白家族成员3(CDHR3)及11号染色体开放阅读框30(C11orf30,EMSY)基因多态性与支气管哮喘病儿易感性及糖皮质激素疗效。方法前瞻性选取2020年5月至2021年10月于泰州市第二人民医院就诊的支气管哮喘病儿132例作为易感组。均接受糖皮质激素吸入治疗,并根据疗效分为疗效良好组和疗效不良组。选取同期体检的48例儿童作为对照组,采用倾向性匹配方法对易感组和对照组性别、年龄等基线资料进行匹配;采用PCR检测CDHR3及EMSY基因的单核苷酸多态性,计算其基因型频率和等位基因频率,基因位点的多态性与儿童支气管哮喘易感风险间的关系采用多因素logistic回归分析。对比疗效良好组和疗效不良组不同基因型分布。结果易感组和对照组经倾向性评分匹配后有36组配对成功(每组36例),匹配后基线资料对比差异无统计学意义(P>0.05)。匹配后易感组和对照组CDHR3基因rs6967330位点、EMSY基因rs12278256位点基因型频率及A等位基因频率比较差异有统计学意义(P<0.05)。多因素logistic回归分析显示:EMSY基因rs12278256位点AA基因型[OR=9.91,95%CI:(1.02,96.65)]、CDHR3基因rs6967330位点AA基因型[OR=10.09,95%CI:(1.08,94.02)]是支气管哮喘易感的危险因素(均P<0.05)。治疗12周后,24例(66.67%)为疗效良好组,其余12例(33.33%)归为疗效不佳组,两组CDHR3基因rs6967330位点基因型分布对比差异无统计学意义(P>0.05);两组EMSY基因rs12278256位点基因型分布对比差异有统计学意义(P<0.05),其中疗效良好组AA基因型分布频率[37.50%(9/24)]明显高于疗效不良组[0(0/12)](P<0.05)。结论CDHR3基因rs3847076位点以及EMSY基因rs12278256位点与儿童支气管哮喘易感有关,EMSY基因rs12278256位点与糖皮质激素治疗疗效相关。

19号染色体开放阅读框5蛋白调节自噬活性与结直肠癌恶性程度的关系

目的探讨19号染色体开放阅读框5(C19ORF5)蛋白在结直肠癌组织中的表达情况,分析C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌恶性程度的关系。方法收集141例结直肠癌患者的结直肠癌组织和癌旁正常组织,分别采用免疫组织化学染色方法和实时定量聚合酶链反应(PCR)检测两种组织中C19ORF5蛋白和mRNA表达情况,在电镜下观察组织的超微结构,分析C19ORF5蛋白对自噬活性的调节作用,比较不同临床特征结直肠癌患者结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的表达情况。结果结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的染色强度明显高于癌旁正常组织,Ⅰ/Ⅱ期结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的染色强度明显高于Ⅲ/Ⅳ期结直肠癌组织,Ⅰ/Ⅱ期结直肠癌组织的自噬活性较高,Ⅲ/Ⅳ期结直肠癌组织的自噬活性较低。结直肠癌组织中C19ORF5 mRNA的表达水平明显高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P﹤0.01)。TNM分期为Ⅰ~Ⅱ期、癌胚抗原(CEA)升高、无肝转移结直肠癌患者结直肠癌组织中C19ORF5蛋白的高表达率分别高于TNM分期为Ⅲ~Ⅳ期、CEA正常、有肝转移的患者,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。结论在结直肠癌组织中,高表达的C19ORF5蛋白可增加肿瘤细胞的自噬活性,增加基因的稳定性,降低肿瘤的恶性程度。C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌的恶性程度呈负相关,C19ORF5可能是一种重要的抑癌基因。

基于多组学高通量数据分析乳腺癌中8号染色体开放阅读框33的表达和预后

目的揭示乳腺癌组织中8号染色体开放阅读框(C8orf)33基因的表达及预后意义。方法利用cBioPortal门户网站分析C8orf33基因突变、拷贝数变化、mRNA水平变化、mRNA差异表达与预后关系,基因拷贝数畸变通过Oncomine分析乳腺癌组织与正常组织中C8orf33表达差异;利用多组学数据分析门户网站LinkedOmics分析浸润性乳腺癌组织中C8orf33基因表达与临床指标相关性及基因拷贝数畸变、甲基化水平与C8orf33表达的相关性。结果 cBioPortal分析结果显示,38%(417/1093)乳腺癌患者发生了C8orf33基因改变,包括基因扩增、缺失、错义突变和mRNA水平改变,其中C8orf33 mRNA水平上调占比34%,且C8orf33高表达不利于患者预后(P<0.01)。Oncomine结果显示乳腺癌组织中C8orf33表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01);LinkedOmics结果显示浸润性乳腺癌患者中C8orf33表达水平分别受PAM50分子分型、组织学分型、肿瘤纯度和种族影响(均P<0.01);C8orf33 mRNA水平与其基因拷贝数畸变呈正相关(r=0.800,P<0.001),与其DNA甲基化水平呈负相关(r=-0.109,P<0.01)。结论乳腺癌中C8orf33基因拷贝数增加和低甲基化促进其高表达,C8orf33高表达不利于乳腺癌预后,可作为乳腺癌预后的候选标志物。

C12ORF66对MYCN扩增的高危神经母细胞瘤细胞的活性调控

目的探究12号染色体开放阅读框66(C12ORF66)对MYCN扩增神经母细胞瘤(NB)细胞系活性的调控效应。方法通过R2数据库GSE16476和GSE49710数据集,分析MYCN扩增和MYCN非扩增NB细胞中C12ORF66表达量,以及C12ORF66表达量与患儿预后的相关性。RT-qRCR检测正常组织永生化细胞系、MYCN扩增及MYCN非扩增细胞系中C12ORF66 mRNA表达差异。构建瞬时敲低和稳定敲低C12ORF66的MYCN扩增细胞株,对照组和敲低组细胞进行实时无标记动态细胞分析(RTCA)、集落形成能力检测及Ki67免疫荧光染色。结果R2数据库分析显示MYCN扩增NB患儿样本中C12ORF66表达显著高于MYCN非扩增NB患儿样本,并且C12ORF66表达与患儿预后负相关(P<0.05)。细胞实验表明,与MYCN非扩增细胞系CHLA-255和SH-SY5Y相比,C12ORF66在MYCN扩增细胞系BE(2)-C和SK-N-BE(2)中表达显著升高(P<0.001)。瞬时或稳定敲低C12ORF66,MYCN扩增NB细胞增殖显著减缓(P<0.001),集落形成能力显著降低(P<0.001),Ki67阳性细胞比例显著减少(P<0.05)。结论C12ORF66在MYCN扩增NB患儿样本和细胞系中高表达,且与患儿预后负相关,敲低C12ORF66显著抑制NB细胞活性。

基于生物信息数据分析C12ORF49在乳腺癌中的表达及其意义

目的通过在线数据库分析12号染色体开放阅读框49(C12ORF49)在乳腺癌中的表达情况、临床意义及互作蛋白功能,为乳腺癌防治和预后预测提供新思路。方法使用Oncomine数据库及人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析C12ORF49基因和蛋白在乳腺癌不同组织中的表达差异性,然后应用Kaplan-Meier Plotter数据库分析C12ORF49表达水平与不同病理特征乳腺癌患者预后的相关性,最后利用STRING数据库绘制C12ORF49互相作用蛋白网络图,并通过KOBAS生物分析平台进行KEGG功能富集分析。结果乳腺癌中C12ORF49的表达高于正常组织,乳腺癌C12ORF49 mRNA高表达患者的总生存时间(OS)及无远处转移生存时间(DMFS)更短,差异有统计学意义(P<0.05);C12ORF49可预测luminal B型乳腺癌患者的不良DMFS预后(P<0.05);C12ORF49对乳腺癌不良DMFS预后的影响可能独立于乳腺癌受体表达状态。C12ORF49可能通过NF-κB信号通路、TCR信号通路、血小板激活等生理过程(P<0.01,Corrected-P<0.01),促进乳腺癌进展。结论C12ORF49在乳腺癌组织中表达上调,其高表达水平对预测乳腺癌患者不良预后有重要意义,需进一步深入研究。

19号染色体开放阅读框5调节自噬活性与结直肠癌恶性程度和紫杉醇化疗敏感性的关系

目的观察19号染色体开放阅读框5(C19ORF5)调节自噬活性与结直肠癌恶性程度和紫杉醇化疗敏感性的关系。方法选取哈尔滨医科大学附属第二医院2015—2017年141例结直肠癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织,采用免疫组织化学法和实时定量聚合酶链反应法检测C19ORF5蛋白和mRNA的表达情况,探讨C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌恶性程度的相关性。141例患者均行术后化疗,91例采用常规化疗方案(卡培他滨联合奥沙利铂,常规化疗组),50例采用常规方案联合紫杉醇化疗(紫杉醇组),两组均治疗6个疗程。结果癌组织在透射电镜下可见自噬体,C19ORF5蛋白为淡黄色至棕褐色颗粒,表达于细胞质;癌组织C19ORF5蛋白染色强度明显强于正常组织,且Ⅱ期染色强度明显高于Ⅳ期。Ⅰ~Ⅱ期患者C19ORF5蛋白高表达率明显高于Ⅲ~Ⅳ期患者[83.3%(25/30)比17.1%(19/111)],差异有统计学意义(P<0.01)。癌组织C19ORF5 mRNA表达水平明显高于正常组织(1.17±0.45比0.82±0.29),差异有统计学意义(P<0.05)。癌组织C19ORF5蛋白表达水平与肿瘤分期、癌胚抗原和肝转移有关(P<0.01或<0.05),癌组织C19ORF5蛋白表达水平与淋巴结转移无关(P>0.05)。常规化疗组91例患者中,有效70例(76.9%),无效21例(23.1%);紫杉醇组50例患者中,有效42例(84.0%),无效8例(16.0%),两组有效率比较差异无统计学意义(P>0.05)。在常规化疗组中,有效患者和无效患者化疗前癌组织与化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平比较差异均无统计学意义(P>0.05);有效患者与无效患者化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平比较差异无统计学意义(P>0.05)。在紫杉醇组中,有效患者化疗前癌组织C19ORF5蛋白表达水平明显高于化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平(0.9±0.3比0.5±0.2),有效患者化疗后血清C19ORF5蛋白表达水平明显低于无效患者(0.5±0.2比0.8±0.2),差异有统计学意义(P<0.05)。结论C19ORF5蛋白的高表达可以提高结直肠癌组织的自噬活性;C19ORF5蛋白调节自噬活性与结直肠癌的恶性程度呈负相关;C19ORF5蛋白可能通过增强自噬活性提高紫杉醇化疗的敏感性。

9号染色体开放阅读框72基因六核苷酸GGGGCC致病性重复扩增在神经系统变性病中的研究进展

2011年9月在国际学术杂志Neuron上，DeJesus-Hemandez和Renton首次同时报道，在肌萎缩侧索硬化（amyotrophic lateral sclerosis，ALS）和额颞叶痴呆（frontotemporal dementia，FTD）患者中发现9号染色体开放阅读框72（C90RF72）基因的非编码区六核苷酸GGGGCC（G4C2）的致病性重复扩增现象[1-2]。之后，全球各研究中心掀起了一股C90RF72基因与神经系统变性病相关的研究热潮。因此，我们将国内外针对C90RF72基因G4C2致病性重复扩增的研究现状进行综述。

基于高通量数据分析DNA甲基化和拷贝数畸变对C1orf26基因表达的影响

目的:揭示乳腺癌中1号染色体开放阅读框26(Chromosome 1 Open Reading Frame 26,C1orf26)DNA甲基化和拷贝数畸变对表达的影响。方法:利用癌症多组学和临床数据库LinkedOmics分析DNA甲基化和拷贝数畸变对乳腺癌组织中C1orf26基因表达的影响。结果:C1orf26 mRNA水平与其基因拷贝数变化拷贝数畸变正相关(P<0.01),而与其DNA甲基化水平负相关(P<0.01);且LinkedOmics分析结果显示乳腺癌中C1orf26 mRNA水平分别受到组织学类型、肿瘤纯度和患者种族影响(P<0.05、P<0.01、P<0.01)。结论:C1orf26基因拷贝数畸变和DNA甲基化水平影响其表达,C1orf26可作为乳腺癌预后的潜在标志物。

基于TCGA分析乳腺癌中C1orf26基因的表达变化

目的:揭示1号染色体开放阅读框26(Chromosome 1 Open Reading Frame 26,C1orf26)在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法:利用TCGA数据库门户网站cBioPortal、癌症芯片数据库Oncomine分析乳腺癌组织中C1orf26基因表达变化,C1orf26表达变化与患者预后关系。结果:cBioPortal网站分析结果显示963例乳腺癌患者中有223例患者C1orf26基因发生包括突变、拷贝数畸变和mRNA水平上调等变化,其中mRNA水平上调超过默认阈值(EXP>=2)的占比例为15%,且C1orf26高表达不利于患者预后(P<0.05);Oncomine分析结果显示浸润性乳腺癌中C1orf26 mRNA水平显著高于癌旁组织(P<0.01)。结论:乳腺癌中C1orf26基因表达上调,且不利于预后,C1orf26可作为乳腺癌预后的潜在标志物。

C1ORF54在小鼠心肌梗死后心脏修复中的作用

目的:探讨1号染色体开放读码框54位基因编码蛋白(C1ORF54)在小鼠心肌梗死后心脏修复中的作用及其机制。方法:选择C1ORF54基因敲除小鼠与野生型小鼠,采用结扎冠状动脉左前降支制作心肌梗死小鼠模型。21 d后以超声心动图测定各组小鼠心功能相关指标,Masson染色法观察心脏组织纤维化程度。应用免疫组织化学染色法检测心肌梗死后第3天心脏Ki-67蛋白表达变化;应用Western blot定量测定各组小鼠p38丝裂原活化蛋白激酶/磷酸化的p38丝裂原活化蛋白激酶(p38/p-P38)、信号转导及转录激活因子3/磷酸化的信号转导及转录激活因子3(STAT3/p-STAT3)、β-连环蛋白(β-catenin)和磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)等的表达水平。结果:心肌梗死21 d后,尽管两组小鼠的心率相似,但与野生型小鼠相比,C1ORF54基因敲除小鼠左室舒张末期内径[(6.04±0.14)mm对(5.41±0.17)mm]和收缩末期内径[(5.77±0.15)mm对(5.07±0.19)mm]明显增大,而射血分数明显降低[(18.75±3.03)%)对(23.12±0.70)%],P均<0.01。C1ORF54基因敲除小鼠心肌纤维化程度增高,Ki-67阳性细胞数明显减少。两组小鼠心肌p38/p-P38、STAT3/p-STAT3、β-catenin的蛋白表达水平无统计学差异,C1ORF54基因敲除小鼠p-AKT的蛋白表达水平较野生型小鼠明显降低(P<0.05)。结论:C1ORF54可能通过调控PI3K/AKT信号通路,影响心肌纤维增殖,在心肌梗死后心脏组织修复中发挥重要作用。

反义寡核苷酸技术治疗肌萎缩侧索硬化研究进展

肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)尚无有效的治疗方法,目前已经发现多个致病基因以及修饰基因可导致ALS。反义寡核苷酸(antisense oligonucleotides,ASOs)是可以调节目的mRNA的分子工具,可以针对ALS的突变基因进行治疗。本文综述ASOs在ALS治疗中研究进展,从治疗机制、研究情况等方面进行总结,目前针对超氧化物歧化酶基因1(superoxide dismutase 1,SOD1)、反式激活反应-DNA-结合蛋白(transactive response DNA binding protein,TARDBP)、9号染色体开放阅读框72(chromosome 9 open reading frame 72,C9ORF72)、肉瘤融合基因(fused in sarcoma,FUS)的ASOs在动物实验中得到其有效的结果,多项临床试验正在进行,但在药物体内分布、药物用量把控、ALS不同类型适用性等方面的问题尚待解决,以研制出减缓疾病进展且副作用小的ASOs。

髓源性生长因子的研究进展

近年来,以细胞为基础治疗急性心肌梗死得到了广泛关注,研究表明以骨髓来源细胞进行治疗能够取得很好的疗效。对急性心肌梗死患者的骨髓细胞进行分析发现,由骨髓来源的单核细胞和巨噬细胞分泌的蛋白质在骨髓细胞治疗急性心肌梗死中起到重要作用,这种蛋白质被命名为髓源性生长因子。研究发现髓源性生长因子具有增强血管内皮细胞增殖,促进血管生成,保护心肌细胞的作用,现主要对髓源性生长因子的研究进展进行阐述。

构建C5orf13基因慢病毒载体对SGC-7901细胞恶性生物学行为的影响

目的构建5号染色体开放阅读框13(chromosome 5 open reading frame 13,C5orf13)基因siRNA慢病毒载体,探讨其对胃癌SGC-7901细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法针对人C5orf13基因设计3个不同的siRNA靶点,构建重组质粒,包装GV115慢病毒。取对数生长期SGC-7901细胞,分为KD1组、KD2组、KD3组和阴性对照组,前3组分别转染3个不同siRNA靶点的GV115慢病毒,阴性对照组转染阴性对照慢病毒。转染72 h,用嘌呤霉素筛选稳转细胞株,4组转染效率均>90%时,采用实时荧光定量PCR法检测4组细胞C5orf13 mRNA相对表达量,筛选出表达最低的KD2组细胞为C5orf13敲低组。取SGC-7901细胞为空白对照组。采用MTT实验检测空白对照组、阴性对照组、C5orf13敲低组转染后培养0、24、48、72、96 h时细胞增殖吸光度(optical density,OD)值,采用细胞划痕实验检测细胞迁移能力,采用Transwell小室实验检测细胞侵袭能力。结果KD1组(0.45±0.04)、KD2组(0.25±0.02)、KD3组(0.49±0.04)细胞C5orf13 mRNA相对表达量均低于阴性对照组(1.00±0.04)(P<0.05),KD1组、KD3组均高于KD2组(P<0.05),KD1组与KD3组比较差异无统计学意义(P>0.05)。空白对照组、阴性对照组、C5orf13敲低组转染后培养0 h时细胞增殖OD值比较差异无统计学意义(P>0.05);C5orf13敲低组转染后培养24、48、72、96 h时细胞增殖OD值(0.30±0.01、0.51±0.03、0.62±0.03、0.93±0.13)均低于空白对照组(0.36±0.03、0.64±0.03、0.81±0.04、1.39±0.10)和阴性对照组(0.36±0.02、0.63±0.02、0.79±0.05、1.30±0.07)(P<0.05),空白对照组与阴性对照组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。C5orf13敲低组细胞迁移率[(0.24±0.01)%]及侵袭率[(3.07±0.13)%]均低于空白对照组[(0.41±0.05)%、(4.91±0.66)%]和阴性对照组[(0.38±0.03)%、(4.70±0.23)%](P<0.05),空白对照组与阴性对照组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。结论构建的C5orf13基因siRNA慢病毒载体可明显下调SGC-7901细胞C5orf13表达,抑制SGC-7901细胞增殖、迁移及侵袭能力。

乳腺癌中靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA预测和验证的研究

目的预测并初步验证乳腺癌中靶向抑制8号染色体开放阅读框33(C8orf33)基因表达的微小RNA(miRNA)。方法使用癌症基因组图谱(TCGA)高通量数据进行泛癌症分析,首次发现包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中C8orf33基因较正常组织高表达,使用该数据库进一步分析发现C8orf33基因在不同肿瘤组织中表达也有差异性。使用Oncomine对上述结果进行验证,Oncomine分析结果与TCGA高通量数据分析结果相一致。进一步通过starBase V2.0中PITA、clipExpNum和miRmap 3种软件预测可靶向抑制C8orf33基因表达的miRNA,分析结果取交集。使用TCGA RNAseq数据库对分析交集结果进行验证,进一步确定miRNA与C8orf33基因表达的相关性。结果TCGA数据分析结果发现C8orf33基因在膀胱癌、乳腺癌、卵巢癌和肺鳞癌组织中表达水平均高于正常组织。Oncomine验证结果发现C8orf33基因在包括乳腺癌在内的多种肿瘤组织中表达水平与正常组织不同,且在多种肿瘤组织中表达水平有差异。PITA、clipExpNum和miRmap软件进行预测并取交集获得9个miRNA,分别为:hsa-miR-370、hsa-miR-501、hsa-miR-502、hsa-miR-6131、hsa-miR-1294、hsa-miR-206、hsa-miR-328、hsa-miR-1321和hsa-miR-1-2。使用LinkedOmics网站访问TCGA数据库,分别验证预测所得的9个miRNA在乳腺癌组织中与C8orf33基因表达的相关性。分析结果发现hsa-miR-370与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.124,P=0.026)、hsa-miR-1294与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.116,P=0.001)、hsa-miR-1-2与C8orf33基因表达呈负相关(r=-0.108,P=0.003),其余miRNA与C8orf33基因表达均无相关性。结论乳腺癌中hsa-miR-370、hsa-miR-1294和hsa-miR-1-2具有潜在靶向抑制C8orf33基因表达的功能,可为乳腺癌诊断治疗提供新思路。