新生儿聋病基因GJB2、SLC26A4、线粒体12SrRNA的分子流行病学研究

目的通过对新生儿进行聋病易感基因筛查,探讨新生儿中聋病易感基因的分子流行病学特点,为制定防聋治聋策略提供依据。方法以659例新生儿作为研究对象,在新生儿生后3d,采集点滴微量足跟血进行线粒体12SrRNA基因、GJB2基因、SLC26A4基因的聚合酶链扩增反应(PCR),通过酶切反应或直接测序方法对3种基因突变进行筛查。对耳聋基因突变的新生儿进行流行病学特点分析。结果 659例新生儿中GJB2基因235delC杂合突变7例,致病突变的携带率为1.06%;SLC26A4基因IVS7-2A>G杂合突变3例,致病突变的携带率为0.46%,3项基因总突变率1.52%;携带突变基因的新生儿男性占2.01%,女性占0.96%;满族新生儿携带率最高,为1.82%,汉族为1.57%。结论 659例新生儿中耳聋易感基因突变率为1.52%,有男性多于女性、满族多于汉族的趋势。在新生儿中开展聋病易感基因筛查,早期发现遗传性耳聋高危人群,是降低耳聋发病率。

从12SrRNA基因序列探讨8种鳄类的系统学关系

测得扬子鳄 (Alligatorsinensis)和暹罗鳄 (Crocodylussiamensis)的mtDNA 12SrRNA基因片段的部分序列 ,与GenBank中的 2种鳄及文献中 4种鳄的 12SrRNA基因相应片段 ,经比对后构建系统树。其结果显示 ,现存鳄类为单系起源 ,可划分为 3个科 ,即 :鳄科、食鱼鳄科和假食鱼鳄科。食鱼鳄与假食鱼鳄亲缘关系较近 ,支持将假食鱼鳄作为食鱼鳄科的一个属 ,与以形态学为基础的研究结果不同。在钝吻鳄科中 ,扬子鳄与凯门鳄亲缘关系较远 ,而与密西西比鳄的亲缘关系虽较近 ,但它们的确存在很多差异 ,两者 12SrRNA基因序列差异达12 12 % ,碱基的颠换数为 9。在基于碱基转换和颠换的NJ系统树及仅基于碱基颠换的NJ系统树中 ,前者支持扬子鳄与密河鳄间的亲缘关系较近 ,而后者支持扬子鳄与凯门鳄间的亲缘关系较近 ,说明扬子鳄与密河鳄间亲缘关系是值得研究的问题。因本文仅根据 12SrRNA基因部分序列来进行分析的 。

基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征

为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A＋T含量（55.9%）高于G＋C含量（44.2%）。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个。A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%。A＋T含量（57.9%）高于G＋C含量（42.1%）。在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12。基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树。结果显示：7种闭壳龟种间差异在0~0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007~0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间（不包括平胸龟）遗传距离为0.055~0.197,平均为0.139。由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属。

基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性

对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(m itochondrial DNA,m tDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%～0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%～1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。

值得关注的线粒体12SrRNA C1494T突变--药物敏感致聋靶点

目的探讨线粒体12SrRNA C1494T突变与氨基糖苷类药物致聋的临床表型特征的相关性，警示临床值得关注的又一药物致聋敏感靶点。方法对遗传性聋资源库中两个具有母系遗传特征的耳聋大家系成员进行病史、体检、纯音测听及听性脑干反应检查并绘制系谱图。提取耳聋患者的外周血基因组DNA，运用聚合酶链扩增反应（polymerase chain reaction。PCR）方法对耳聋患者线粒体12SrRNA基因1228～1984位序列（涵盖12SrRNA 1494及1555位点）进行扩增，扩增产物纯化后进行限制性酶切鉴定或测序，运用DNAStar软件对测序结果进行比对分析。结果两个家系分别为一个四代相传的母系遗传家系（196家系）和一个三代相传的母系遗传性耳聋家系（1802家系）。196家系发现8名12SrRNA C1494T携带者，其中3名在接触氨基糖苷类药物后出现重度耳聋，成为聋哑人（Ⅱ：2、Ⅱ：5、Ⅲ：2）；2名无耳毒性药物用药史者（Ⅱ：9、Ⅱ：7），表现为高频听力损失，言语发育正常；1名患者25岁时应用链霉素后致重度耳聋，现交流困难（Ⅱ：3）；1名突变者现为2岁幼儿，目前对声音反应正常（Ⅳ：1）；1名为听力正常人（Ⅲ：3），现年28岁。1802家系发现12名耳聋患者，其中7名患者为母系后代，全部为聋哑，配偶聋哑人5名。1802家系中母系后代成员10名（3名男性，7名女性），其中7名为聋哑患者（2名男性，5名女性），3名为听力正常人（1名男性，2名女性）。7名母系后代患者中有4名有明确的耳毒性药物用药史（奎宁、链霉素或庆大霉素），3名用药史不详。2名母系患者进行基因检测发现线粒体12SrRNA C1494T突变。结论本研究通过两个线粒体12SrRNA C1494T突变家系警示线粒体12SrRNA C1494T突变又是一个值得非常关注的药物敏感作用靶点。具有此突变的患者接触氨基糖苷类药物会产生重度耳聋，而未接触该药物者可以是正常听力或是高频听力下降者。临床要高度警示线粒体12SrRNA C1494T突变患者，早发现、早预警可避免聋哑患者的出现。

浙江省非综合征型耳聋患者12SrRNA突变频谱分析

线粒体DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA)突变是引起耳聋的重要原因之一。尤其是12S rRNA基因是药物性耳聋与非综合征型耳聋相关的突变热点区域。文章收集了浙江省各地区非综合征型及药物性耳聋患者标本318例,对其进行临床和分子遗传学评估。12S rRNA基因突变分析发现34个变异位点,已知的1555A>G、1494C>T和1095T>C突变分别占9.1%、0.6%和1.25%。结构和种系发生分析显示,839A>G和1452T>C突变位于12S rRNA基因的高度保守区域且未在449例正常对照组中发现,可能增加了耳毒性药物的敏感性。其他变异位点为多态性位点。文章数据支持了12S rRNA基因是耳毒性药物的作用靶点之一这一理论,为预测个体耳毒性的发生风险,提高氨基糖甙类药物治疗安全性提供了有价值的信息,以期降低耳聋的发生。

几种腹蛇12SrRNA和Cyt b基因片段序列的初步研究

首次对我国几种腹属蛇类的 1 2SrRNA和Cytb基因的部分序列进行了测定。 1 2SrRNA基因片段序列结果揭示 :中介蝮有较大的种下分化。本文为蝮属蛇类的分子系统学研究提供了一些资料。

从12SrRNA基因序列研究中国蛙科24种的进化关系

测定了中国蛙科动物 2 4种和蟾蜍科的中华大蟾蜍线粒体 12SrRNA基因长约 40 0bp片段的序列。采用邻接法 ,对其数据的系统发生分析表明 2 4种可分成 3个支系 :第一个支系包括棘腹蛙、合江棘蛙、棘胸蛙、大头蛙、虎纹蛙、倭蛙、泽陆蛙共 7种 ,其中 3种棘蛙组成一个单系 ;第二个支系由 3种湍蛙 ,即戴云湍蛙、华南湍蛙和武夷湍蛙组成 ,应属于湍蛙亚科 ;第三支系包含余下的 14种蛙 ,其中 5种林蛙和 4种臭蛙分别组成一个单系 ;2种侧褶蛙先聚合后 ,再与弹琴水蛙聚合 ,2种粗皮蛙首先聚合在一起 ,再与由林蛙组成的单系群聚合。第三支系首先与第二支系相聚 ,然后它们与第一支系形成姐妹群 ,即由蛙亚科的 7个物种组成的第一支系 ,不与蛙亚科另 14个物种组成的第三支系直接聚合 ,表明第一支系的物种可能不属于蛙亚科。此外 ,分子证据提示把陆蛙属、大头蛙属、虎纹蛙属、棘蛙属、臭蛙属、粗皮蛙属和侧褶蛙属从原来的蛙属分出有其合理性。

从12SrRNA基因片段序列研究20种蛇的系统发生关系

本文测定了中国产蛇亚目 2 0种蛇约 80 0bp的mtDNA 12SrRNA基因片段序列。所测序列与楔齿蜥的同源序列一起经ClustalX 1 8软件比对 ,共有 881个位点 ,其中变异位点有 4 94个。以楔齿蜥为外群 ,用NJ法构建了 4科 2 0种蛇的进化关系树 ,对这 2 0种蛇的系统发生关系作了初步探讨。研究结果表明 :所研究的 4个科2 0种蛇分成 4个支系。第一个支系包括蟒科的东方沙蟒和蟒 2种蛇 ;第二个支系为蝰科 3种蛇 ,即草原蝰、尖吻蝮、竹叶青组成一个单系群 ;眼镜蛇科的眼镜蛇和银环蛇构成第三个支系 ;游蛇科的 13种蛇构成了第四个支系 ,其中灰鼠蛇、乌梢蛇和赤链蛇组成一个支系 ,锦蛇属的 7种蛇组成一个单系群 ,然后它们与前一支系相聚。剩下的颈槽蛇属两种聚类后与赤链华游蛇构成一个支系 ,并与游蛇科其它蛇组成姐妹群。第四支系首先与第三支系眼镜蛇科聚类 ,第二支系蝰科构成了三、四支系眼镜蛇科和游蛇科的姐妹群 ,第一支系蟒科在系统树的最基部 。

从c-mos和12SrRNA基因序列探讨现生鸟类早期历史和三趾鹑类的系统地位

通常认为古腭型鸟类处在现生鸟类系统进化树的基部 ,最近的分子水平研究则认为今腭型鸟类中雀形目种类构成了现生鸟类中一个最古老的支系。本研究通过对现生鸟类中 2 1目 39种核c mos基因和线粒体 12SrRNA基因部分序列的分析 ,从分子角度对现生鸟类的早期进化及三趾鹑鸟类的系统发生进行了探讨。研究结果表明 ,鸡雁类是现生鸟类最古老的一个支系 ,现生鸟类的祖先并不是经白垩纪到第三纪大灭绝后残留下来的一些过渡性水鸟(transitionalshorebirds)。在现生鸟类中 ,今腭型鸟类为并系发生 ,古腭型鸟类为单系发生。三趾鹑类在系统发生中晚于鸡雁类和古腭型鸟类 ,早于今腭型鸟类中非鸡雁类鸟类与鹤形目鸟类的亲缘关系较远。建议将现生鸟类分为初鸟下纲和新鸟下纲 2个下纲 ,三趾鹑类属新鸟下纲的三趾鹑目 (Turniciformes)。

西北地区与东北地区耳聋先证者线粒体DNA 12SrRNA A1555G突变特点分析

目的分析西北地区耳聋先证者与东北地区线粒体DNA 12SrRNA 1555位点的突变特点。方法对西北地区245例、东北地区188例耳聋先证者抽取静脉血5～10ml,提取白细胞DNA,针对线粒体DNA 12SrRNA1555位点突变设计的一对引物序列进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction PCR),然后将扩增产物用Alw26l限制性内切酶进行酶切反应,不能切开的送测序验证。结果西北地区245例患者中,86例有氨基糖苷类药物应用史,检测到21例线粒体DNA 12SrRNA A1555G同质型突变,突变检出率为24.4%(21/86);东北地区188例患者中,66例有氨基糖苷类药物应用史,检测到2例同质型突变,1例异质性突变,突变检出率为4.5%(3/66),两地区比较差异有显著统计学意义(P=0.00)。结论西北地区线粒体DNA 12SrRNA A1555G突变检出率显著高于东北地区,提示在该地区应加强药物性聋的预防工作。

12SrRNA基因及其二级结构在系统学研究中的应用

论述了分子系统学的研究方法、12SrRNA基因的特点及其在分子系统学中的应用 ,并对 12SrRNA的二级结构及在系统发育中的应用进行了阐述。

基于12SrRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目 5个科之间的系统发生关系。文中测出鹳形目鸟类 7种mtDNA 1 2SrRNA基因全序列 ,并结合来自Genbank的鹳形目另外 7个物种及原鸡的同源区序列 ,经ClustalW软件对位排列后共 1 0 0 9位点 ,包含 4 0 5个变异位点 ,其中多态性位点 381个 ,2 6 0个简约信息位点。基于上述序列数据 ,以原鸡为外群 ,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目 5科 1 4种的系统发生树。重建的系统发生树显示 ,内群中的 1 4个种聚合为 4支 :科构成第一支 ,聚在系统树的基部 ;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支 ;鹭科和鹳科各自聚成一支。在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为 :在鹳形目的系统发生中 ,科可能是最早分化出的一支 ;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近 ,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近。鹳形目 5个科之间的系统关系可以表示为 :(科 ,(鹭科 ,鹳科 ,(锤头鹳科 ,鲸头鹳科 ) ) )。

线粒体12SrRNA突变与耳聋相关性研究进展

耳聋是影响人类健康和造成人类残疾的常见疾病,它是由遗传和环境因素共同作用引起的。遗传性耳聋包括综合征型耳聋和非综合征型耳聋,其中,线粒体12S r RNA基因突变与其甚是关系密切,位于12S r RNA解码区的A1555G、C1494T、961del T/ins C(n)等突变与氨基糖苷类抗生素耳毒性和非综合征型耳聋密切相关。A1555G和C1494T的致聋机理已得到确定:A1555G或C1494T突变在12S r RNA的A区形成一个新的结合碱基对,使12S r RNA的二级结构与细菌的1 6S r RNA更为相似,促进了氨基糖苷类抗生素与之结合,使得带该类突变的个体在使用氨基糖苷类抗生素后会发生听力缺失。通过对线粒体12S r RNA基因突变的研究,能够明确部分非综合征型耳聋的病因,从而为患者及其家族成员提供准确的遗传咨询和指导,为防聋治聋提供帮助。

大腹园蛛(Araneus ventricosus)12SrRNA基因片段序列分析

对大腹园蛛(Araneus ventricosus)的12SrRNA基因部分序列进行测定,得到276bp的碱基序列,其中A、T、G、C的含量分别为104bp(37.68％)、96bp(34.78％)、33bp(11.95％)、43bp(15.57％)。并尝试为我国蜘蛛目的分子系统学研究提供一些资料。

日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究I.12SrRNA

参考果蝇与蚤状序列进行了日本绒螯蟹线粒体DNA的12SrRNA基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定,得到457bp的碱基序列,其中A、T、G、C含量分别为159bp(34.79%)、178bp(38.95%)、50bp(10.94%)、70bp(15.32%)

日本绒螯蟹太平洋群体和日本海群体12SrRNA序列比较研究

参考果蝇与蚤状■线粒体 ＤＮＡ１２Ｓ ｒＲＮＡ基因片段序列进行了日本绒螯蟹太平洋群体和日本海群体的相同片段的引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定。４群体日本绒螯蟹的碱基序列完全相同，为４５７ ｂｐ，其 Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为１５９ ｈｐ（３４．７９％）、１７８ ｂｐ（３８． ９５％）、５０ ｂｐ（１０． ９４％）、７０ ｂｐ（１５． ３２％）。

麂属 (Muntiacus)动物12SrRNA基因序列分析及其分子进化关系

对麂属 (Muntiacus)中的 3种动物 :赤麂 (M .muntjak) (2n =6♀ ,7♂ ) ,小麂 (M .reevesi) (2n =4 6 ) ,黑麂(M .crinifrons) (2n =8♀ ,9♂ )线粒体DNA 12SrRNA基因 4 5 0bp左右的片段进行序列分析 ,并根据序列信息建立分子类聚图 ,同时探讨了这 3种动物的起源、分类地位及进化关系 .结果表明黑麂起源最早 ,赤麂次之 ,小麂最晚 .

Primer Extension-DHPLC检测线粒体DNA 12SrRNA常见耳聋相关突变方法的建立~△

目的建立针对线粒体DNA 12SrRNA基因常见耳聋相关突变的Primer Extension-DHPLC(PE-DHPLC)基因诊断新方法。方法将包含线粒体DNA 12SrRNA 961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4种不同突变的4例外周血DNA样本和4例正常对照标本经测序验证,PCR扩增靶序列,设计延伸引物,延伸后得到线粒体DNA 12SrRNA基因961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱鉴定被检样本的基因型。结果 4例包含线粒体DNA 12SrRNA基因4种耳聋相关突变的DNA样本均扩增出包含4种突变的975 bp特征性条带,PE-DHPLC检测结果显示突变者有引物峰和突变峰两个峰,完全可以鉴别出4种突变,而4例正常对照标本仅显示单个引物峰。结论本实验建立了Primer Extension-DHPLC的线粒体相关耳聋突变分析新方法,可用于耳聋的基因诊断。

基于12SrRNA和16SrRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究

【目的】研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据。【方法】采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树。【结果】经比对后得到394bp的12S rRNA一致序列和544bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938bp的联合序列。其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个。T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量为57.1%,G+C含量为42.8%。在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54。拟水龟属间的遗传距离为0.021～0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022～0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071～0.123,平均为0.105。分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支。【结论】应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科。