从12SrRNA基因片段序列研究20种蛇的系统发生关系

本文测定了中国产蛇亚目 2 0种蛇约 80 0bp的mtDNA 12SrRNA基因片段序列。所测序列与楔齿蜥的同源序列一起经ClustalX 1 8软件比对 ,共有 881个位点 ,其中变异位点有 4 94个。以楔齿蜥为外群 ,用NJ法构建了 4科 2 0种蛇的进化关系树 ,对这 2 0种蛇的系统发生关系作了初步探讨。研究结果表明 :所研究的 4个科2 0种蛇分成 4个支系。第一个支系包括蟒科的东方沙蟒和蟒 2种蛇 ;第二个支系为蝰科 3种蛇 ,即草原蝰、尖吻蝮、竹叶青组成一个单系群 ;眼镜蛇科的眼镜蛇和银环蛇构成第三个支系 ;游蛇科的 13种蛇构成了第四个支系 ,其中灰鼠蛇、乌梢蛇和赤链蛇组成一个支系 ,锦蛇属的 7种蛇组成一个单系群 ,然后它们与前一支系相聚。剩下的颈槽蛇属两种聚类后与赤链华游蛇构成一个支系 ,并与游蛇科其它蛇组成姐妹群。第四支系首先与第三支系眼镜蛇科聚类 ,第二支系蝰科构成了三、四支系眼镜蛇科和游蛇科的姐妹群 ,第一支系蟒科在系统树的最基部 。

大腹园蛛(Araneus ventricosus)12SrRNA基因片段序列分析

对大腹园蛛(Araneus ventricosus)的12SrRNA基因部分序列进行测定,得到276bp的碱基序列,其中A、T、G、C的含量分别为104bp(37.68％)、96bp(34.78％)、33bp(11.95％)、43bp(15.57％)。并尝试为我国蜘蛛目的分子系统学研究提供一些资料。

新生儿聋病基因GJB2、SLC26A4、线粒体12SrRNA的分子流行病学研究

目的通过对新生儿进行聋病易感基因筛查,探讨新生儿中聋病易感基因的分子流行病学特点,为制定防聋治聋策略提供依据。方法以659例新生儿作为研究对象,在新生儿生后3d,采集点滴微量足跟血进行线粒体12SrRNA基因、GJB2基因、SLC26A4基因的聚合酶链扩增反应(PCR),通过酶切反应或直接测序方法对3种基因突变进行筛查。对耳聋基因突变的新生儿进行流行病学特点分析。结果 659例新生儿中GJB2基因235delC杂合突变7例,致病突变的携带率为1.06%;SLC26A4基因IVS7-2A>G杂合突变3例,致病突变的携带率为0.46%,3项基因总突变率1.52%;携带突变基因的新生儿男性占2.01%,女性占0.96%;满族新生儿携带率最高,为1.82%,汉族为1.57%。结论 659例新生儿中耳聋易感基因突变率为1.52%,有男性多于女性、满族多于汉族的趋势。在新生儿中开展聋病易感基因筛查,早期发现遗传性耳聋高危人群,是降低耳聋发病率。

从12SrRNA基因序列探讨8种鳄类的系统学关系

测得扬子鳄 (Alligatorsinensis)和暹罗鳄 (Crocodylussiamensis)的mtDNA 12SrRNA基因片段的部分序列 ,与GenBank中的 2种鳄及文献中 4种鳄的 12SrRNA基因相应片段 ,经比对后构建系统树。其结果显示 ,现存鳄类为单系起源 ,可划分为 3个科 ,即 :鳄科、食鱼鳄科和假食鱼鳄科。食鱼鳄与假食鱼鳄亲缘关系较近 ,支持将假食鱼鳄作为食鱼鳄科的一个属 ,与以形态学为基础的研究结果不同。在钝吻鳄科中 ,扬子鳄与凯门鳄亲缘关系较远 ,而与密西西比鳄的亲缘关系虽较近 ,但它们的确存在很多差异 ,两者 12SrRNA基因序列差异达12 12 % ,碱基的颠换数为 9。在基于碱基转换和颠换的NJ系统树及仅基于碱基颠换的NJ系统树中 ,前者支持扬子鳄与密河鳄间的亲缘关系较近 ,而后者支持扬子鳄与凯门鳄间的亲缘关系较近 ,说明扬子鳄与密河鳄间亲缘关系是值得研究的问题。因本文仅根据 12SrRNA基因部分序列来进行分析的 。

亚洲淡水和陆生龟鳖类12S rRNA基因片段的序列分析和系统发生研究

对亚洲产淡水和陆生龟鳖类4科23个种进行了DNA序列水平的分子系统学研究，用PCR技术扩增约400bp的线粒体12SrRNA基因片段并进行了序列分析，合并从GenBank中检索到的其它龟鳖类的序列数据，在基于二级结构的对位排列基础上用邻结法进行了系统发生研究。结果表明，潮龟科与陆龟科的亲缘关系比龟科与陆龟科的近；支持将平胸龟属归为鳄龟科的1个属；潮龟科是并系起源的，从12SrRNA基因序列得到的系统发生关系不支持根据形态学和染色体性状对潮龟科的分亚科和分组。根据12SrRNA基因片段的序列差异和化石记录的分歧时间计算得到的颠换积累速率，支持龟鳖类mtDNA慢速率进化理论。

从12SrRNA基因序列研究中国蛙科24种的进化关系

测定了中国蛙科动物 2 4种和蟾蜍科的中华大蟾蜍线粒体 12SrRNA基因长约 40 0bp片段的序列。采用邻接法 ,对其数据的系统发生分析表明 2 4种可分成 3个支系 :第一个支系包括棘腹蛙、合江棘蛙、棘胸蛙、大头蛙、虎纹蛙、倭蛙、泽陆蛙共 7种 ,其中 3种棘蛙组成一个单系 ;第二个支系由 3种湍蛙 ,即戴云湍蛙、华南湍蛙和武夷湍蛙组成 ,应属于湍蛙亚科 ;第三支系包含余下的 14种蛙 ,其中 5种林蛙和 4种臭蛙分别组成一个单系 ;2种侧褶蛙先聚合后 ,再与弹琴水蛙聚合 ,2种粗皮蛙首先聚合在一起 ,再与由林蛙组成的单系群聚合。第三支系首先与第二支系相聚 ,然后它们与第一支系形成姐妹群 ,即由蛙亚科的 7个物种组成的第一支系 ,不与蛙亚科另 14个物种组成的第三支系直接聚合 ,表明第一支系的物种可能不属于蛙亚科。此外 ,分子证据提示把陆蛙属、大头蛙属、虎纹蛙属、棘蛙属、臭蛙属、粗皮蛙属和侧褶蛙属从原来的蛙属分出有其合理性。

从c-mos和12SrRNA基因序列探讨现生鸟类早期历史和三趾鹑类的系统地位

通常认为古腭型鸟类处在现生鸟类系统进化树的基部 ,最近的分子水平研究则认为今腭型鸟类中雀形目种类构成了现生鸟类中一个最古老的支系。本研究通过对现生鸟类中 2 1目 39种核c mos基因和线粒体 12SrRNA基因部分序列的分析 ,从分子角度对现生鸟类的早期进化及三趾鹑鸟类的系统发生进行了探讨。研究结果表明 ,鸡雁类是现生鸟类最古老的一个支系 ,现生鸟类的祖先并不是经白垩纪到第三纪大灭绝后残留下来的一些过渡性水鸟(transitionalshorebirds)。在现生鸟类中 ,今腭型鸟类为并系发生 ,古腭型鸟类为单系发生。三趾鹑类在系统发生中晚于鸡雁类和古腭型鸟类 ,早于今腭型鸟类中非鸡雁类鸟类与鹤形目鸟类的亲缘关系较远。建议将现生鸟类分为初鸟下纲和新鸟下纲 2个下纲 ,三趾鹑类属新鸟下纲的三趾鹑目 (Turniciformes)。

12SrRNA基因及其二级结构在系统学研究中的应用

论述了分子系统学的研究方法、12SrRNA基因的特点及其在分子系统学中的应用 ,并对 12SrRNA的二级结构及在系统发育中的应用进行了阐述。

基于12SrRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目 5个科之间的系统发生关系。文中测出鹳形目鸟类 7种mtDNA 1 2SrRNA基因全序列 ,并结合来自Genbank的鹳形目另外 7个物种及原鸡的同源区序列 ,经ClustalW软件对位排列后共 1 0 0 9位点 ,包含 4 0 5个变异位点 ,其中多态性位点 381个 ,2 6 0个简约信息位点。基于上述序列数据 ,以原鸡为外群 ,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目 5科 1 4种的系统发生树。重建的系统发生树显示 ,内群中的 1 4个种聚合为 4支 :科构成第一支 ,聚在系统树的基部 ;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支 ;鹭科和鹳科各自聚成一支。在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为 :在鹳形目的系统发生中 ,科可能是最早分化出的一支 ;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近 ,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近。鹳形目 5个科之间的系统关系可以表示为 :(科 ,(鹭科 ,鹳科 ,(锤头鹳科 ,鲸头鹳科 ) ) )。

乌鲁木齐地区线粒体12SrRNA基因突变筛查分析

目的研究乌鲁木齐地区非综合征性聋患者线粒体12S r RNA基因突变情况。方法收集乌鲁木齐非综合征性聋患者标本609例,对其进行临床和分子遗传学评估。结果 12S r RNA基因突变分析共发现11个突变位点,已知的A1555G、961Del T、C1494T突变分别占2.96%,1.15%,0.16%。另外A1047G突变相关报道较少,A1585G突变未见相关报道。其他突变均为多态性位点。结论线粒体12S r RNA突变是引起遗传性聋的重要因素,此次乌鲁木齐地区线粒体12S r RNA A1555G突变在聋病人群中的检出率与前期报道相比有所降低,可能与耳毒性药物使用量降低有关。A1047G与新发现的A1585G突变是否与聋相关,还需进一步研究。对筛查中阳性突变携带者及其母系家庭成员需告知氨基糖苷类抗生素使用风险,使其避免使用,逐步降低药物性聋的发生率。

齿突斜纹蟹线粒体DNA中12SrRNA基因序列的研究

于 1 996年 8月在日本东京水产大学坂田试验场海岸岩礁地带采集齿突斜纹蟹(Plagusiadentipes)样品 ,参考果蝇 (Drosophilayakuba)与蚤状 氵蚤 (Daphniapulex)线粒体DNA中 1 2SrRNA基因片段序列进行了其引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到齿突斜纹蟹线粒体DNA中 1 2SrRNA基因片段的碱基序列为 447bp ,其中腺嘌呤 (A)、胸腺嘧啶 (T)、鸟嘌呤 (G)、胞嘧啶 (C)含量分别为 1 60bp ( 35 8% )、 1 62bp ( 36 2 % )、78bp ( 1 7 5% )、 47bp ( 1 0 5% ) ,与果蝇和蚤状 氵蚤 1 2SrRNA相同基因片段序列含量相似。

麂属 (Muntiacus)动物12SrRNA基因序列分析及其分子进化关系

对麂属 (Muntiacus)中的 3种动物 :赤麂 (M .muntjak) (2n =6♀ ,7♂ ) ,小麂 (M .reevesi) (2n =4 6 ) ,黑麂(M .crinifrons) (2n =8♀ ,9♂ )线粒体DNA 12SrRNA基因 4 5 0bp左右的片段进行序列分析 ,并根据序列信息建立分子类聚图 ,同时探讨了这 3种动物的起源、分类地位及进化关系 .结果表明黑麂起源最早 ,赤麂次之 ,小麂最晚 .

线粒体12SrRNA、ND1基因突变与糖尿病

目的 探讨线粒体基因 (mtDNA) 12SrRNA 13 82、14 4 2位点及ND13 3 94、3 4 2 3位点突变与中国上海地区非肥胖 2型糖尿病的关系。方法 采用PCR SSCP及PCR产物直接测序等技术检测mtDNA 12SrRNA、ND1片段的突变情况。结果 2 86例非肥胖 2型糖尿病患者在 12SrRNA 13 82位点有 6例存在A→C的点突变 ,14 4 2位点 8例存在G→A的点突变 ;2 42例非糖尿病对照组中 ,2例存在 13 82位点A→C ,1例存在 14 4 2位点G→A的点突变。 2 86例非肥胖 2型糖尿病和 2 42例非糖尿病对照组中 ,未发现ND13 3 94位点突变 ,而 3 4 2 3位点的突变率为 10 0 %。结论 12SrRNA13 82、14 4 2位点突变可能增加糖尿病的易感性。mtDNAND13 4 2 3位点突变率为 10 0 % ,可能与人种有关 ;3 3

云南2型糖尿病350例患者线粒体DNA 12SrRNA基因C1310T突变的检测

目的研究中国云南2型糖尿病人群中线粒体12SrRNA基因C1310T突变的发生频率及其与2型糖尿病的相关性.方法随机选取350例中国云南2型糖尿病患者和225例无糖尿病家族史的健康对照者作为研究对象,通过聚合酶链反应及限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)检测C1310T突变,并经DNA直接测序确证.结果350例2型糖尿病患者及225例对照者中无1人携带C1310T突变.结论线粒体12SrRNA基因C1310T突变在中国云南2型糖尿病人群中发生频率低,不是该地区人群中2型糖尿病的常见致病因.

携带mtDNA12SrRNA基因突变的新生儿听力筛查及诊断结果分析

目的分析北京地区携带mtDNA 12SrRNA基因突变新生儿的听力筛查和诊断结果,为遗传咨询和用药指导提供参考。方法回顾性分析140例mtDNA 12SrRNA基因突变新生儿的听力筛查和诊断结果,其中108例携带m.1555A>G均质突变,26例携带m.1555A>G异质突变,6例携带m.1494C>T均质突变。结果140例携带mtDNA 12SrRNA基因突变的新生儿中,137例(97.86%,137/140)通过听力筛查,3例3耳听力筛查未通过,其中2例2耳诊断为重度和极重度感音神经性聋(1例携带m.1555A>G均质突变,1例携带m.1494C>T均质突变),1例1耳(携带m.1555A>G均质突变)拒绝听力诊断。结论本组97.86%携带mtDNA 12SrRNA基因突变的新生儿可以通过听力筛查,听力联合基因筛查方可确诊此类患儿,以利指导遗传咨询和用药。

广西棘蛙属3种棘蛙线粒体12SrRNA基因的序列分析

本研究主要以广西棘蛙类为研究对象,应用PCR方法扩增线粒体12SrRNA基因的DNA片段,进行DNA序列测定,并运用ClustalX(1.83)、MEGA3.1、PAUP 4.0 b10等软件对DNA序列数据进行处理分析。结果表明:研究的广西棘蛙类可分为棘胸蛙类群、棘腹蛙类群和棘侧蛙类群3支。

基于12SrRNA序列研究龟鳖类的系统进化特征

为研究龟鳖类的系统进化关系,以期为龟鳖类的保护和合理开发利用提供基础资料,测定了15种龟类线粒体12SrRNA基因片段的序列。比对后获得一致序列长为433 bp,有191个变异位点,总变异率为43.2%,其中简约信息位点108个。A、T、G、C的平均含量分别为21.46%、34.42%、25.85%和18.27%。A＋T含量（55.9%）高于G＋C含量（44.2%）。在433个核苷酸位点中,有插入/缺失35个,转换为34,颠换为21,转换/颠换比率为1.67。与NCBI上其它一些龟鳖的序列进行比对后,得到414 bp的一致序列,其中236个为变异位点,总变异率为57.00%;简约信息位点181个。A、T、G、C的平均含量分别为35.7%、22.2%、18.1%、24.0%。A＋T含量（57.9%）高于G＋C含量（42.1%）。在414个核苷酸位点中,转换为30,颠换为14,转换/颠换比率为2.12。基于Kimura双参数模型分析龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并用邻接法构建分子系统树。结果显示：7种闭壳龟种间差异在0~0.043,平均为0.022;淡水龟科属间遗传距离为0.007~0.140,平均为0.074;曲颈龟亚目9个科间（不包括平胸龟）遗传距离为0.055~0.197,平均为0.139。由此认为,淡水龟科与陆龟科亲缘关系比龟科更近;不支持将闭壳龟属拆分为闭壳龟属和盒龟属;支持将平胸龟属归为鳄龟科的一个属。

非综合征耳聋患者线粒体DNA 12S rRNA及tRNA^(Ser(UCN))基因序列分析

目的 :探讨线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)12S rRNA基因及tRNASer(UCN)基因突变与非综合征耳聋的相关性,以及常见致聋突变携带频率。方法:收集非综合征耳聋患者135例和听力正常对照人群126例的外周血样本,常规方法提取基因组DNA,PCR扩增mtDNA 12S rRNA基因及tRNASer(UCN)基因,扩增产物经直接测序进行耳聋相关突变的鉴定。结果:135例非综合征耳聋患者中共检测到11种mtDNA 12S rRNA碱基变异,其中4种已知致病突变的携带率分别为:A827G,4.4%;T961C,1.5%;T1095C,0.7%;A1555G,1.5%。两组人群均未检测到12S rRNA C1494T突变以及tRNASer(UCN)基因任何形式的致聋突变。结论:mtDNA 12S rRNA是南京地区汉族非综合征耳聋人群的突变热点基因,其常见致聋突变总携带率约为8.1%。

从12S rRNA基因序列探讨中国10种壁虎的系统关系

对肌肉样品采用SDS/蛋白酶K裂解、酚 氯仿抽提和乙醇沉淀提取总DNA ,用线粒体 12SrDNA通用引物扩增 ,用银染测序和ABIPrism 310型遗传分析仪测定了Gekkojaponicus,G .swinhonis,G .hokouensis,G .gecko,Cyrtopodionelongatus,C .russowi,Teratoscincusroborowskii,Hemidactylusbowringii,H .frenatus和Gehyramutilata 10种壁虎的线粒体 12SrRNA基因片段的序列。对位排列后的序列长 42 1bp ,含 2 0 1个变异位点。属间核苷酸变异范围为 0 2 2 8～ 0 2 82 ,属内是 0 0 0 5～ 0 2 6 3。重建的分子系统树将 10种壁虎聚为三支 :第1支是大壁虎和截趾虎 ;第 2支由壁虎属其余的 3个种构成一个单系 ;第三支由其余 3个属的 5个种组成。研究结果表明 :截趾虎与壁虎属 4物种亲缘关系较近 ;吐鲁番沙虎和弯脚虎属 2物种、蜥虎属 2物种之间的亲缘关系较近 ,支持Russell (1976 )关于弯脚虎属与蜥虎属间进化关系的研究结果而不支持Kluge (1987)将沙虎属另立亚科的系统发生假说 ;铅山壁虎与无蹼壁虎最先聚为姐妹群 ,再与多疣壁虎相聚组成一个单系。

浙江省非综合征型耳聋患者12SrRNA突变频谱分析

线粒体DNA(Mitochondrial DNA,mtDNA)突变是引起耳聋的重要原因之一。尤其是12S rRNA基因是药物性耳聋与非综合征型耳聋相关的突变热点区域。文章收集了浙江省各地区非综合征型及药物性耳聋患者标本318例,对其进行临床和分子遗传学评估。12S rRNA基因突变分析发现34个变异位点,已知的1555A>G、1494C>T和1095T>C突变分别占9.1%、0.6%和1.25%。结构和种系发生分析显示,839A>G和1452T>C突变位于12S rRNA基因的高度保守区域且未在449例正常对照组中发现,可能增加了耳毒性药物的敏感性。其他变异位点为多态性位点。文章数据支持了12S rRNA基因是耳毒性药物的作用靶点之一这一理论,为预测个体耳毒性的发生风险,提高氨基糖甙类药物治疗安全性提供了有价值的信息,以期降低耳聋的发生。