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中华虎头蟹线粒体16S rRNA和 COⅠ基因的序列比较及其系统进化分析 被引量:8
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作者 刘萍 段亚飞 +3 位作者 毛智超 李吉涛 高保全 李健 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1441-1451,共11页
为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+... 为研究中华虎头蟹野生群体的种质资源及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得中华虎头蟹线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。16S rRNA和COⅠ基因片段的A+T平均含量分别为67.7%和61.4%,A+T含量显著高于G+C含量。长度为515 bp的16S rRNA基因片段共检测出单倍型4种,多态性位点4个,均为单一变异位点;长度为653 bp的COⅠ基因片段共检测出单倍型11种,多态性位点23个,其中简约信息位点5个和单一变异位点18个。COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段具有较大的变异,更适于中华虎头蟹种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的遗传距离与系统进化分析结果一致,表明中华虎头蟹与梭子蟹科的蟹类亲缘关系最近,方蟹科与沙蟹科的蟹类聚为一支,与传统分类结果基本一致;而脊椎动物2个基因片段的系统进化分析结果不一致。根据16S rRNA基因片段的遗传距离推测出4科7种蟹的大致分化时间发生在古新世至始新世。 展开更多
关键词 中华虎头蟹 线粒体DNA 16S RRNA基因 CO基因 序列分析
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钦州湾牡蛎线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列变异分析 被引量:14
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作者 李咏梅 陈秀荔 +1 位作者 赵永贞 陈晓汉 《广东海洋大学学报》 CAS 2009年第3期11-18,共8页
利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因... 利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。 展开更多
关键词 牡蛎 线粒体 16SRRNA基因 CO基因 序列分析 钦州湾
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三疣梭子蟹4个野生群体线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析 被引量:17
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作者 戴艳菊 刘萍 +2 位作者 高保全 李健 王清印 《中国海洋大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期54-60,共7页
对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16SrRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段。2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基... 对分别采自辽东湾、莱州湾、海州湾和舟山的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)4个野生群体的线粒体16SrRNA和COⅠ基因片段进行了扩增和测序,分别得到长度为524 bp和658 bp的片段。2段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16S rRNA基因70.8%,COⅠ基因63%),这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相似。通过对三疣梭子蟹16S rRNA和COⅠ基因片段遗传特征的研究,发现种内变异较低,在16个样本中,16S rRNA基因序列中共检测到1个变异位点,2种单倍型;COⅠ基因序列中共检测到4个变异位点,5种单倍型。另外,以中华绒螯蟹为外群探讨了梭子蟹科(Portunidea)几个属种的系统进化关系。用MEGA4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,基于16S rRNA和COⅠ2种片段的聚类结果均显示梭子蟹属(Portunus)与美青蟹属(Callinectes)亲缘关系最近,先聚在一起,然后再与蟳属(Charybdis)聚在一起,最后才与外群中华绒螯蟹聚在一起,这一结果与传统分类基本一致。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 线粒体 16SrRNA CO 梭子蟹科 系统进化
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线粒体COⅠ和16S rRNA片段确定近江蛏和缢蛏属的分类地位 被引量:13
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作者 翁朝红 谢仰杰 +3 位作者 肖志群 任鹏 王志勇 桂建芳 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期684-690,共7页
对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellusattenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析,并结合GenBank中... 对5种双壳类软体动物(近江蛏Sinonovacula rivularis、缢蛏Sinonovacula constricta、小刀蛏Cultellusattenuatus、尖刀蛏Cultellus scalprum和大竹蛏Solen grandis)的线粒体基因COⅠ和16S rRNA部分序列进行测序和分析,并结合GenBank中其他竹蛏超科和樱蛤超科物种COⅠ和16S rRNA片段,计算种间遗传距离,构建系统发育树,探讨近江蛏及缢蛏属的分类地位。结果表明,5个物种COⅠ和16S rRNA片段A+T含量均远高于G+C含量,近江蛏与缢蛏之间的碱基序列差异和遗传距离均已达到种间差异水平,确定近江蛏为缢蛏属的一个种。分别构建COⅠ(砂海螂为外群)和16S rRNA片段(密鳞牡蛎为外群)的Neighbor-Joining系统树,两者的拓扑结构都明确显示,缢蛏属为灯塔蛤科一个属,灯塔蛤科录属于竹蛏超科,而不录属于樱蛤超科。 展开更多
关键词 近江蛏 缢蛏属 CO 16S RRNA 系统发育
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COⅠ和16S rRNA基因序列在鳎科(Soleidae)鱼类种类鉴定中的适用性研究 被引量:12
5
作者 王淑英 时伟 +3 位作者 江金霞 苗宪广 王忠明 孔晓瑜 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期57-65,共9页
文中探讨了线粒体COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ)和16S rRNA基因片段的遗传特性及其在鳎科鱼类种类鉴定和系统演化中的适用性。通过测序和下载GenBank中的相关数据,分别获得了鳎科14属24种鱼类的65个个体的COⅠ基因片段以及14属23种鱼类... 文中探讨了线粒体COⅠ(线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ)和16S rRNA基因片段的遗传特性及其在鳎科鱼类种类鉴定和系统演化中的适用性。通过测序和下载GenBank中的相关数据,分别获得了鳎科14属24种鱼类的65个个体的COⅠ基因片段以及14属23种鱼类的62个个体的16S rRNA基因片段。从碱基组成来看,除北海牛舌鳎(Buglossidium luteum)的16S rRNA序列中A+T含量为49.8%以外,其余种类的A+T含量均高于50%。COⅠ片段的碱基变异比例(约占45.5%)略高于16S rRNA片段(约占44.3%)。序列变异程度分析表明,COⅠ基因在种内和属内种间的平均K2P遗传距离分别为0.33%和19.91%,而16S rRNA的相应值分别为0.26%和7.19%。前者种内和种间的遗传差异约为60倍(个别最小相差19倍),符合Hebert的相差10倍的物种鉴定标准;后者种内和种间的差异也有28倍(个别最小差值为5倍)。因此,COⅠ和16S rRNA序列均适用于鳎科鱼类的种类鉴定。另外,2种基因片段的遗传距离在不同分类阶元的分布上存在重叠,由于COⅠ序列的遗传距离重叠区域存在于较高的阶元之间(种间、属、科),而16S rRNA序列的重叠区域存在于较低的阶元之间(种内、种间、属)。因此,在应用这2个片段做系统演化研究时,应根据研究的不同系统水平需要选择适当的分子标记。 展开更多
关键词 鳎科 CO 16S RRNA K2P遗传距离 物种鉴定
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三种壳口颜色脉红螺(Rapana venosa)形态学和线粒体16S rRNA与COⅠ基因片段差异比较分析 被引量:8
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作者 班绍君 薛东秀 +2 位作者 张涛 潘洋 王海艳 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1209-1217,共9页
脉红螺壳口通常有3种颜色:"黑白条纹螺"、"中间螺"和"橙色螺"。本论文对3种壳口颜色的脉红螺分别进行了形态学和mt16S rRNA、COⅠ基因片段序列比较分析。形态学分析结果表明,除厣宽/壳高、厣高/壳高、厣... 脉红螺壳口通常有3种颜色:"黑白条纹螺"、"中间螺"和"橙色螺"。本论文对3种壳口颜色的脉红螺分别进行了形态学和mt16S rRNA、COⅠ基因片段序列比较分析。形态学分析结果表明,除厣宽/壳高、厣高/壳高、厣高/体螺层、厣高/壳口长、厣高/壳口宽、厣高/厣宽的形态学特征指数和出肉率不具有显著性差异外,其它形态特征和生物学相关变量具有显著差异,且对湿重的影响效果不同。"黑白条纹螺"壳口长和壳口宽对湿重影响最大,而"中间螺"和"橙色螺"各形态特征对湿重均无显著的直接影响。根据各形态特征均值建立的居群形态聚类图显示,"中间螺"和"橙色螺"形态差异较小,二者与"黑白条纹螺"的形态差异较大。然而基于mt16S rRNA和COⅠ基因片段序列分析结果显示,三种壳口颜色的脉红螺无遗传分化,为同一种。 展开更多
关键词 脉红螺 形态性状 相关分析 回归分析 mt16SrRNA CO
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梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析 被引量:7
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作者 程国宝 李三磊 +3 位作者 徐冬冬 薛宝贵 耿智 楼宝 《浙江海洋学院学报(自然科学版)》 CAS 2012年第2期103-106,共4页
运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540~560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602~604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA... 运用PCR技术,扩增了梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段,并比较分析了其种间的序列差异。获得16S rRNA基因的540~560 bp碱基序列,出现26个碱基的插入与缺失位点;获得COⅠ基因的602~604 bp碱基序列,出现2个插入缺失位点;16S rRNA和COⅠ基因的序列中G平均含量最低,且(A+T)含量高于(G+C)含量,与其他鱼类中的16S rRNA和COⅠ基因片段研究结果相一致。在16S rRNA基因片段中,梭鱼出现1种单倍型,鲻鱼为2种单倍型;在COⅠ基因片段中,梭鱼样品中检测到3个单倍型,鲻鱼样品中检测到5个单倍型。以Takifugu poecilonotus为外群,构建的NJ系统发育树,基于16S rRNA和COⅠ基因序列获得的NJ系统树基本一致,鲻鱼和梭鱼种内个体分别聚为一支,显示16S rRNA和COⅠ基因适合于梭鱼和鲻鱼的物种鉴定。 展开更多
关键词 梭鱼 鲻鱼 16SrRNA CO
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哈氏仿对虾线粒体16S rRNA和COⅠ基因的序列比较及其与仿对虾属之间的系统进化分析 被引量:6
8
作者 毛智超 段亚飞 +2 位作者 刘萍 李健 陈萍 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期1006-1017,共12页
为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得哈氏仿对虾线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较和系统进化分析。16S r RNA基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.... 为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得哈氏仿对虾线粒体DNA的16S rRNA和COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较和系统进化分析。16S r RNA基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.76%、19.48%、26.74%和17.88%;COⅠ基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.36%、12.68%、30.54%和21.43%;A+T含量显著高于G+C含量。16S rRNA基因片段长度为558 bp,共检测出1种单倍型,没有多态性位点;COⅠ基因片段长度为688 bp,共检测出7种单倍型,6个多态性位点。COⅠ基因片段比16S r RNA基因片段变异丰富,更适于哈氏仿对虾种群的遗传多样性分析。基于16S rRNA和COⅠ基因片段的系统进化分析结果不太一致,结合形态学分析表明,哈氏仿对虾是仿对虾属独立的分支,与细巧仿对虾和亨氏仿对虾种类亲缘关系较近。根据COⅠ基因片段的遗传距离推测出仿对虾属的大致分化时间发生在中新世末期至上新世早期。 展开更多
关键词 哈氏仿对虾 16S RRNA基因 CO基因 序列分析 系统进化
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基于线粒体COⅠ和16S rRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性 被引量:5
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作者 卞光明 王娜泠 +3 位作者 胡则辉 王跃斌 胡成硕 柴学军 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期282-290,共9页
测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A:122°32′E 29°55′N、B:123°30′E26°75N;C:124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列... 测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A:122°32′E 29°55′N、B:123°30′E26°75N;C:124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析,研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段,其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%;16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析,72个个体中分别确定43个,8个和49个单倍型,存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992,显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076,核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084,显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明,群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富,群体内部个体差异大于群体间差异,群体间基因交流频率较高,遗传分化不明显,初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。 展开更多
关键词 东海带鱼 CO 16SrRNA 遗传多样性
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6种水蛭的COⅠ、12S rRNA和16S rRNA基因及分子进化分析 被引量:10
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作者 徐云玲 聂晶 肖凌 《生物学杂志》 CAS CSCD 2013年第6期10-13,共4页
水蛭是一种常见的传统中药,为了解常见蛭类细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)、12S rRNA和16S rRNA基因特征和水蛭分子系统进化关系。对常用的入药品种日本医蛭(Hirudo nipponia)、宽体金线蛭(Whitmania pigra)、尖细金线蛭(Whitmania acranul... 水蛭是一种常见的传统中药,为了解常见蛭类细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)、12S rRNA和16S rRNA基因特征和水蛭分子系统进化关系。对常用的入药品种日本医蛭(Hirudo nipponia)、宽体金线蛭(Whitmania pigra)、尖细金线蛭(Whitmania acranulate)和相近物种菲牛蛭(Poecilobdella manillensis)、光润金线蛭(Whitmania laevis)及八目石蛭(Erpobdella octoculata)的COⅠ、12S rRNA和16S rRNA基因进行扩增、测序,利用Mega 5.0分析基因特征、颠换率、分化年代,利用PAUP*4.10b和MrBayes 3.1.2构建分子系统树。结果表明6种水蛭的COⅠ、12S rRNA和16S rRNA基因全长分别为1534~1536 bp、709~744 bp、1129~1173 bp,GC含量分别为32.35%~34.79%、24.42%~28.49%、24.82%~27.02%,总体颠换率为0.002%~0.760%,分化年代为3.55×106a^9.85×106a;每种水蛭为单系群的支持值均≥82。说明COⅠ、12S rRNA和16S rRNA基因具有种间特异性,可用于6种水蛭的分类鉴别。 展开更多
关键词 水蛭 CO 12S RRNA 16S RRNA 分子进化
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自组装纳米短肽RADA16-Ⅰ水凝胶在肿瘤细胞三维培养中的应用 被引量:3
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作者 刘子佳 米坤 +2 位作者 王贵侠 黄奔 赵晓军 《中国组织工程研究与临床康复》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1468-1471,共4页
背景:已有研究表明培养在三维环境中的细胞,其基因表达模式和生物学活动更接近生命有机体。目的:拟采用自组装纳米短肽RADA16-Ⅰ水凝胶建立乳腺癌细胞MDA-MB-231的三维培养体系以揭示自组装纳米短肽在肿瘤细胞三维培养中的作用。设计... 背景:已有研究表明培养在三维环境中的细胞,其基因表达模式和生物学活动更接近生命有机体。目的:拟采用自组装纳米短肽RADA16-Ⅰ水凝胶建立乳腺癌细胞MDA-MB-231的三维培养体系以揭示自组装纳米短肽在肿瘤细胞三维培养中的作用。设计、时间及地点:体外观察实验,于2006-09/2007-12在四川大学华西医院纳米生物医学技术与膜生物学研究所细胞学实验室完成。材料:RADA16-Ⅰ由美国BD公司提供;人乳腺癌细胞株MDA-MB-231由中国科学院上海细胞生物学研究所提供。方法:利用圆二色谱仪、原子力显微镜、流变仪对三维培养基质RADA16-Ⅰ水凝胶进行材料表征。通过F-肌动蛋白及细胞核的荧光复染来揭示细胞在三维环境中的细胞形貌。利用钙黄绿素AM对活细胞进行荧光染色,观察细胞在三维基质中的存活力。主要观察指标:①RADA16-Ⅰ的二级结构,纳米纤维网络,凝胶流变性质。②MDA-MB-231在三维培养中的细胞表型,细胞活性。结果:①自组装短肽RADA16-Ⅰ形成了纳米纤维网络结构,纤维直径20-50nm,具有类似体内细胞外基质的结构,形成基质凝胶后可模拟体内的细胞微环境,用于细胞的三维培养。②MDA-MB-231细胞在三维基质中生长呈现出纺锤状的细胞形貌,在基质中的生存状态均较好,细胞与材料具有较好的生物相容性。结论:自组装纳米短肽RADA16-Ⅰ有良好的结构与性能,能充分支持MDA-MB-231细胞的三维培养。 展开更多
关键词 自组装纳米短肽 RADA16- 三维培养 乳腺癌细胞
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自组装短肽RAD16-Ⅰ构建抗肿瘤药物原位水凝胶的初步研究 被引量:2
12
作者 唐富山 原凌燕 +1 位作者 孟翠 王玉和 《中国药房》 CAS 北大核心 2016年第19期2605-2607,共3页
目的:探索自组装短肽RAD16-Ⅰ构建抗肿瘤药物原位水凝胶的可能性。方法:采用流变仪测量含与不含抗肿瘤药物紫杉醇的0.1%、0.2%、0.5%RAD16-Ⅰ水溶液与等体积的磷酸盐缓冲液(PBS)混合前后的储存模量(G′)、损耗模量(G″)、相位角(Δ)等... 目的:探索自组装短肽RAD16-Ⅰ构建抗肿瘤药物原位水凝胶的可能性。方法:采用流变仪测量含与不含抗肿瘤药物紫杉醇的0.1%、0.2%、0.5%RAD16-Ⅰ水溶液与等体积的磷酸盐缓冲液(PBS)混合前后的储存模量(G′)、损耗模量(G″)、相位角(Δ)等流变学参数;通过倒置显微镜观察含与不含紫杉醇的RAD16-Ⅰ水溶液加入乳腺癌MDA-MB-435S细胞的培养基后形成的水凝胶状态及对细胞形态的影响(与紫杉醇水溶液比较)。结果:在含与不含紫杉醇的RAD16-Ⅰ水溶液中,G′近似或略大于G″,随RAD16-Ⅰ浓度增加G′和G″变化很小;与不加PBS比较,加入PBS后G′显著增加且呈浓度依赖性,G″也有增加但增加幅度比G′要小很多,Δ显著变小。含紫杉醇的RAD16-Ⅰ溶液在细胞培养基中能形成并保持水凝胶状态,水凝胶与同浓度紫杉醇水溶液作用于细胞相同时间后的细胞形态基本相同。结论:含紫杉醇的RAD16-Ⅰ水溶液可在模拟生理条件下形成水凝胶,并保持凝胶状态和紫杉醇固有的抗肿瘤作用。 展开更多
关键词 自组装短肽RAD16- 紫杉醇 原位水凝胶 流变学参数 细胞形态
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两种蛤仔线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因的序列比较 被引量:2
13
作者 刘相全 包振民 +1 位作者 方建光 王如才 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期27-33,共7页
对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和杂色蛤仔(Ruditapes variegata)的线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了分析。结果表明,16S序列共有117个变异位点,COⅠ序列共有160个变异位点,COⅠ基因编码的219个氨基酸序列中有29个不同... 对菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)和杂色蛤仔(Ruditapes variegata)的线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了分析。结果表明,16S序列共有117个变异位点,COⅠ序列共有160个变异位点,COⅠ基因编码的219个氨基酸序列中有29个不同。根据16S序列和COⅠ基因编码的氨基酸序列进行聚类分析,两种蛤仔与硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)之间的聚类结果并不一致,有必要对缀锦蛤亚科更多的相近种进行序列分析。 展开更多
关键词 菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum) 杂色蛤仔(Ruditapes variegata) mtDNA 16S rRNA基因 CO基因
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网翅蝗科(Arcypteridae)部分种类全基因组提取及16S rRNA基因和COⅠ基因测序 被引量:1
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作者 胡婧 刘艳 黄原 《陕西师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第S2期30-34,共5页
通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的... 通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的网翅蝗科系统发育分析 奠定了实验基础.扩增好的样品用于测序,测序结果可用于分析6种蝗虫的系统发育关系. 展开更多
关键词 PCR技术 16S RRNA基因 CO基因 分子系统学
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福建省常见尸食性蝇类的COⅠ及16S rDNA序列鉴定 被引量:3
15
作者 卓荦 毛佳雄 +4 位作者 陈建山 宋鹏 林澍 夏胜海 陈煌 《法医学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期749-754,共6页
目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方... 目的利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)以及16S核糖体脱氧核糖核酸(ribosomal deoxyribonucleic acid,rDNA)基因片段序列对福建省常见尸食性蝇类种属进行分子鉴定,探讨两种遗传标记的鉴别效力。方法收集福建9个地区案件现场捕获的常见尸食性蝇类样本22只,经形态学鉴定后提取DNA,扩增COⅠ及16S rDNA基因片段,测序后上传GeneBank数据库,使用BLAST、MEGA 10.0软件进行序列比对、同源性分析以及种内和种间遗传距离分析,并采用非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)分别构建福建省常见尸食性蝇类COⅠ及16S rDNA基因片段序列的系统发育树。结果经形态学鉴定,共收集到3科5属6种常见尸食性蝇类。基因序列分析结果显示,16S rDNA基因片段序列的种间遗传距离均数为1.8%~8.9%,种内遗传距离均数为0.0%~2.4%;COⅠ基因片段序列的种间遗传距离均数为7.2%~13.6%,种内遗传距离均数为0.0%~6.3%。结论COⅠ和16S rDNA基因片段序列均能够对不同蝇种的种属进行鉴别,16S rDNA对于福建省常见丽蝇科尸食性蝇类的种属鉴别价值更高。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 法医昆虫学 尸食性蝇类 聚类分析 细胞色素c氧化酶亚基 16S核糖体脱氧核糖核酸 福建
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柯萨奇病毒A组16型的3C蛋白抑制RIG-Ⅰ介导的IFN-β的诱导 被引量:1
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作者 杨彬 王凤龙 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期760-763,共4页
目的探讨柯萨奇病毒A组16型对RIG-Ⅰ介导的信号通路的影响。方法将带有IFN-β启动子的萤火虫荧光素酶报告质粒pIFN-β-luc及内对照报告载体pRL-CMV转染细胞,之后用CA16感染细胞,24 h后检测报告基因活性。将CA16感染细胞,在感染6 h、12 h... 目的探讨柯萨奇病毒A组16型对RIG-Ⅰ介导的信号通路的影响。方法将带有IFN-β启动子的萤火虫荧光素酶报告质粒pIFN-β-luc及内对照报告载体pRL-CMV转染细胞,之后用CA16感染细胞,24 h后检测报告基因活性。将CA16感染细胞,在感染6 h、12 h、24 h以及48 h后用Real-time PCR方法测定细胞中IFN-β的mRNA的表达水平。将pIFN-β-luc和pRL-CMV以及表达RIG-I的质粒和表达CA16的3C蛋白质粒共转染细胞,24 h后检测报告基因活性。将带有绿色荧光蛋白GFP的IRF3质粒和表达RIG-I基因N端质粒以及表达CA16的3C蛋白共转染细胞,24 h后用荧光显微镜观察。将表达RIG-I的质粒和表达CA16的3C蛋白质粒共转染细胞,24 h后用免疫共沉淀方法验证蛋白质间相互作用。结果 CA16感染细胞不能引起IFN-β表达的上调,CA16的3C蛋白抑制了RIG-I诱导的IFN-β的启动子活性以及IRF3的核迁移,CA16的3C蛋白与RIG-Ⅰ存在相互作用。结论 CA16的3C蛋白通过与RIG-Ⅰ相互作用从而抑制RIG-Ⅰ介导的IFN-β的诱导。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组16 3C蛋白 RIG- IFN-Β IRF3
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米尔顿姬小蜂线粒体16S rRNA与COⅠ基因片段序列测定及分析 被引量:1
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作者 黄蓬英 林玲玲 +1 位作者 洪钦阳 廖富荣 《生物安全学报》 2012年第2期159-162,共4页
【背景】米尔顿姬小蜂是一种入侵我国台湾地区的植食性小蜂,能够严重影响水果的产量和食用价值。目前在我国大陆没有分布,由于其个体微小,与近似种区别较小,通过传统的形态学分类方法难以鉴定,因此有必要研究其基因片段序列,探讨分子鉴... 【背景】米尔顿姬小蜂是一种入侵我国台湾地区的植食性小蜂,能够严重影响水果的产量和食用价值。目前在我国大陆没有分布,由于其个体微小,与近似种区别较小,通过传统的形态学分类方法难以鉴定,因此有必要研究其基因片段序列,探讨分子鉴定方法。【方法】利用PCR方法扩增并测定了米尔顿姬小蜂线粒体16SrRNA和COⅠ基因的部分序列,并对各序列的碱基组成进行了分析。然后根据COⅠ基因部分序列,利用DNAMAN的Maximum Likelihood方法构建了米尔顿姬小蜂与膜翅目其他科的系统发育树。【结果】16SrRNA基因的PCR扩增产物为426bp,COⅠ基因的PCR扩增产物为488bp。通过测序获得米尔顿姬小蜂16SrRNA和COⅠ基因部分序列,序列分析表明,16SrRNA和COⅠ基因的A+T含量均较高,存在较强的A+T偏向性。系统发育树显示,米尔顿姬小蜂与蚜小蜂科的Encarsia berlesei亲缘关系最近,与姬小蜂科的Chrysocharis nautius、C.eurynota亲缘关系较远。【结论与意义】本研究为米尔顿姬小蜂的分子鉴定提供了依据。 展开更多
关键词 米尔顿姬小蜂 16S RRNA基因 CO基因 序列分析 分子鉴定
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非小细胞肺癌中CDK4Ⅰ/P16的表达及与淋巴转移关系的研究 被引量:2
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作者 陈晓峰 苏晋梅 +3 位作者 周清华 张尚福 杨桦 成娘 《长治医学院学报》 1998年第1期7-9,共3页
为研究CDK4Ⅰ/P16与非小细胞肺癌的发生及发展的关系,应用免疫组化LSAB法研究了83例肺癌手术标本中CDK4Ⅰ蛋白的表达。结果显示,CDK4Ⅰ蛋白表达总的平均阳性率为65.93%。P16蛋白表达与肺癌的临床分期... 为研究CDK4Ⅰ/P16与非小细胞肺癌的发生及发展的关系,应用免疫组化LSAB法研究了83例肺癌手术标本中CDK4Ⅰ蛋白的表达。结果显示,CDK4Ⅰ蛋白表达总的平均阳性率为65.93%。P16蛋白表达与肺癌的临床分期,组织学分类、肺癌原发部位、患者的年龄及有淋巴结转移的原发灶与无淋巴结转移的原发灶之间比较无显著差异(P>0.05),中一高分化的肺癌(77.95%)与低分化的肺癌(53.05%)之间有显著差异(P<0.01);肺癌的原发灶(64.16%)与相应转移灶(淋巴灶)(53.66%)之间有显著差异(P<0.01)。肿瘤大小T1+T2(68.90%)与T3+T4(60.83%)之间差异显著(P<0.05)。本研究结果表明CDK4Ⅰ蛋白检测可以作为人非小细胞肺癌的抑制基因,并可能是肺癌术后预后的重要指标之一。 展开更多
关键词 肺癌 CDK4/P16 基因表达 淋巴结转移
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基于16S和COⅠ基因探讨岩扇贝在扇贝科中的分类地位
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作者 曹善茂 朱丽洁 +4 位作者 聂鸿涛 印明昊 刘钢 邹建威 王尧 《江苏农业科学》 2019年第7期28-31,共4页
采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0~634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片... 采用PCR扩增和序列测定等技术,对岩扇贝(Crassadoma gigantea)线粒体DNA 16S rRNA和COⅠ基因片段进行初步研究,得到16S rRNA基因片段的大小在613.0~634.0 bp之间,A、T(U)、G、C的平均含量分别为26.5%、29.7%、24.5%、19.3%;COⅠ基因片段的大小为660 bp,碱基A、T、G、C的平均含量分别为17.2%、40.3%、27.2%、15.3%。16S基因在岩扇贝中偏好使用GUU、UUG、AUU、ACG、UAU、CAA、GAG、UUU、UCU、GAU、GGU、GAG、AGG和GGA等25个密码子。COⅠ系统进化树表明,与岩扇贝亲缘关系最近的是柿孔扇贝(Azumapecten farreri),其次是冰岛扇贝(Chlamys islandica)。16S系统进化树亲缘关系由近到远依次是北美扇贝(Patinopecten caurinus)、虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)、Chlamys islandica。 展开更多
关键词 岩扇贝 CO基因 16SrRNA 密码子偏好性 系统进化树分析
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塔里木盆地富满油田F_(Ⅰ)16断裂发育特征及其对油气分布的影响 被引量:9
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作者 宋兴国 陈石 +5 位作者 杨明慧 谢舟 康鹏飞 李婷 陈九洲 彭梓俊 《岩性油气藏》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期99-109,共11页
利用三维地震、多层相干分析、振幅变化率、储层岩心分析及油气分布特征等资料,对塔里木盆地富满油田F_(Ⅰ)16断裂的空间展布特征、活动强度及期次进行了分析,并探讨了断裂的控储控藏作用。研究结果表明:①富满油田F_(Ⅰ)16断裂具有平... 利用三维地震、多层相干分析、振幅变化率、储层岩心分析及油气分布特征等资料,对塔里木盆地富满油田F_(Ⅰ)16断裂的空间展布特征、活动强度及期次进行了分析,并探讨了断裂的控储控藏作用。研究结果表明:①富满油田F_(Ⅰ)16断裂具有平面分段、垂向分层的特征。平面上由北往南可划分为3段,北段沿NE 10°展布,发育似马尾状构造;中段沿NE 20°展布,处于断裂走向转换部位,主要发育左阶斜列;南段沿NE 30°展布,具有强线性延伸特征,以右阶斜列为主;垂向上可划分为上寒武统底面以下的深部构造变形层和上寒武统底—奥陶系一间房组顶面浅部构造变形层,深层断裂活动较弱,分支发育较少,仅局部发育花状构造,浅层断裂活动强,花状构造普遍发育,且垂向上存在“多花叠置”及破碎带内地层同沉积的现象。②F_(Ⅰ)16断裂在富满油田的活动主要发生于加里东早期和加里东中期,加里东中期为主要活动期,强度较大且具有多幕次特征;活动强度在平面上表现为“北强南弱”,在垂向上表现出“浅层上拱、深层下降”的特征,浅层断裂活动更强烈。③研究区储层以断控缝洞型为主,受断裂破碎作用控制,平面上沿F_(Ⅰ)16断裂带呈条带状分布,垂向上具有深浅分层叠置的特征;受中寒武统膏盐岩的分布影响,F_(Ⅰ)16断裂带的油气分布具有“南油北气”的特征。 展开更多
关键词 F_()16断裂 走滑断裂 断裂控储 断裂控藏 缝洞型碳酸盐岩储层 上寒武统 奥陶系一间房组 富满油田 塔里木盆地
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