16S-23S rRNA基因区间细菌鉴定实验研究

目的 :探讨 16 S- 2 3S r RNA基因区间对细菌鉴定的应用。方法 :以 16 S- 2 3S r RNA基因区间为靶序列设计引物 ,采用聚合酶链反应检测标准菌株及临床菌株 DNA。结果 :对 2 7株代表 2 7个菌种的标准菌株进行 PCR扩增 ,分别出现不同的 DNA图谱 ,该图谱能直接或经核酸内切酶处理后用于细菌分类 ,敏感性可达 2 .5 CFU/ml的细菌 ,与人外周血白细胞 DNA和真菌及病毒无交叉。 32株临床细菌标本均扩增出与相应标准菌株一致的图谱。结论 :16 S- 2 3S r RNA基因区间 PCR扩增技术检测细菌 ,具有敏感、特异、快速、准确的优点 。

16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用

测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。

16S～23S rRNA基因序列在细菌鉴定中的应用

近些年围绕16S～23SrRNA基因间隔区发展起来的分子生物学技术为细菌多样性的研究开辟了新的途径,使得人们在细菌多样性的研究中得以摆脱传统分离培养的束缚,进而使分析方法得以长足拓展,并为指导实践提供可靠的理论依据,作者就16S～23SrRNA基因间隔区序列的特点、应用及发展前景作一简述。

16S rRNA、23S rRNA及16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用

在细菌的进化过程中,rRNA结构既具保守性又具高变性。保守性反映生物物种的亲缘关系,高变性则揭示生物物种的特征核酸序列,rRNA是属种鉴定的分子基础。因此,可以利用保守区设计通用引物扩增细菌的相应靶序列,再利用可变区的差异鉴别菌种。文章就16S rRNA、23S rRNA和16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用做以下综述。

内蒙古部分炭疽杆菌16S和23S rRNA基因间段分析

为了解在内蒙古分离的炭疽杆菌与其它地区的菌株之间有无差异 ,采用 PCR加酶切的方法对所选用的被试菌进行了 16 S和 2 3S r RNA基因间段分析。结果发现所有实验菌株间的 PCR及酶切图谱一致 ,说明我区的炭疽杆菌与其它地区的菌株在遗传学上具有同源性 ,无本质差异。

细菌分类与鉴定的新热点:16S-23SrDNA间区

:随着分子生物学的迅速发展 ,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平 ,如(G+ C) mol%、DNA杂交、r DNA指纹图、质粒图谱和 16 S r DNA序列分析等。r RNA存在于所有细菌中 ,r RNA基因由保守区和可变区组成 ,在细菌中高度保守。r RNA基因包含 5’端到 3’端的若干种成分 ,分别是 16 Sr DNA、间区、2 3Sr DNA、间区和 5Sr DNA。16 S- 2 3Sr DNA间区近年来在细菌系统发育学 ,特别是相近种和菌株的区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点 ,本文将就 16 S- 2 3Sr DNA间区的一些特性及其在细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。

54株分枝杆菌国际标准株16S-23S rRNA转录间隔区序列分析

目的分析54株分枝杆菌国际标准株16S-23SrRNA转录间隔区(ITS)序列,为临床分离株的鉴定提供参考。方法用16S-23SrRNA ITS序列分析法对54株分枝杆菌国际标准株进行分析,构建系统发育树,计算相似性百分比。结果除灰尘与微黄分枝杆菌;田野与千田分枝杆菌;抗热与副偶然分枝杆菌,奥布与母牛结核分枝杆菌;杜氏与猪分枝杆菌;金色与东海分枝杆菌,海与溃疡分枝杆菌、科莫斯分枝杆菌;2株结核分枝杆菌与田鼠分枝杆菌、非洲分枝杆菌的16S-23SrRNA ITS序列完全相同无法鉴别外,其他各分枝杆菌菌种间16S-23SrRNAITS序列均不相同,可以得到很好的鉴别。结论 16S-23SrRNA ITS序列分析是一种很好的鉴定分枝杆菌的方法,国际标准株16S-23SrRNA ITS序列的研究弥补了基因数据库的不足。

PCR为基础的反向线点杂交及16S～23S rDNA间区测序分析5种少见类型奴卡菌

目的探讨5种新出现的奴卡菌种16S～23S rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)DNA基因序列的多态性,筛查特异的奴卡菌种逆向线点杂交(reverse line blot,RLB)探针。方法对6例奴卡菌标本进行ITS基因扩增、克隆、测序,设计奴卡菌种特异探针及ITS间区rDNA基因特异的探针,进行以PCR为基础的RLB(PCR/RLB)杂交试验,不同的RLB型进行ITS基因测序分析,以鉴别不同的奴卡菌种及种内分型。结果发现2个Nocardia beijingensis菌株ITS间区有8个基因序列型,4个RLB型;N.thailandica有4个基因序列型及RLB型;N.blacklockiae有5个基因序列型,3个RLB型,其中N-bla RLBⅢ型与所有Nbla-ITS探针杂交没有信号;N.elegans有5个基因序列型,3个RLB型;N.vinacea有5个基因序列型,2个RLB型。结论通过PCR/RLB试验,准确的ITS基因测序认识了新出现的菌种,即N.beijingensis,N.blacklockiae,N.elegans,N.thailandica及N.vinacea。同时建立了可以大量筛查奴卡菌种的PCR/RLB方法,以进行快速临床诊断及流行病学研究。

纳米金基因芯片结合通用引物1次PCR法同时检测多个病原菌的研究

目的基于基因分型技术构建通用引物1次PCR法的样品制备技术,并结合纳米金基因芯片检测系统实现1次对多个病原菌的检测分析。方法针对rDNA保守序列设计通用引物,实现1次PCR完成对各靶细菌ISR序列的扩增;设计针对各靶细菌的特异探针,构建纳米金新型基因芯片,并用芯片进行实际检测。结果设计的通用引物可实现对12种待检靶细菌的正确扩增;选用的各探针特异性强、可靠性好;芯片具有较好的灵敏度、特异性及可靠性;检测敏感性达到50 fmol/L;临床检测显示本方法准确可靠。结论与多重PCR样品制备法芯片比较,本芯片检测的步骤和复杂性大为减低,且有较好的检测性能,可用于各靶病原菌的检测。

应用16S-23S rRNA基因区间对败血症常见菌的鉴定

目的 建立检测不同菌种细菌的 16S 2 3SrRNA基因区间的特异图谱。方法 应用聚合酶链反应 (PCR)、限制性内切酶片段长度多态性分析 (RFLP)、分子克隆及测序技术 ,对临床常见的代表 2 0个属 2 6个种的标准菌株及相应的临床分离菌株共 6 1株进行PCR扩增 ,同时对临床标本进行培养并与PCR -RFLP比较 ,探讨其在临床应用中的价值。结果 2 6株不同的标准菌株行PCR扩增后 ,分别出现 1条带 ,2条带 ,3条带及多条带的不同DNA图谱 ,其敏感性为 2 .5CFU ,与人类基因组DNA、真菌及病毒无交叉反应。其中 14种菌经PCR扩增即可区分 ,另 10种经HinfI或AluI酶切后才能区分。肺炎克雷伯菌与坚韧肠球菌间的差异在第 779位碱基上不同 ,XmaⅢ酶能进行区别。临床 4 2例血培养 15例阳性 ,阳性率 35 .7% ;而PCR阳性 2 7例 ,阳性率达 6 4 .3% ,其阳性率明显高于血培养 (P <0 .0 1)。 6例脑脊液标本中 1例培养为表皮葡萄球菌 ,其PCR也阳性 ,2例培养阴性标本 ,其PCR也阳性 ,经图谱分析为葡萄球菌 ,1例培养为新型隐球菌的脑脊液标本PCR检测为阴性。另2例PCR及培养均阴性。结论 建立了PCR加RFLP技术快速检测细菌 16S 2 3SrRNA基因区间的方法 。

双位点保守基因特异性PCR-CE-RFLP快速鉴定病原菌的实验与临床研究

[目的]初步建立一个临床常见病原菌的标准PCR-CE-RFLP数据库,为临床快速鉴定病原菌奠定基础。[方法]选取临床分离的病原菌共167株,筛选16S rRNA基因和16S-23S rRNA间区基因的合适引物,分别用FAM和JOE两种荧光素标记,调整PCR反应条件,让两种引物能同时在同一条件下反应,所得产物先用普通琼脂糖凝胶电泳,再分别用限制性内切酶HaeIII进行不完全酶切,酶切产物50倍稀释后进行毛细管电泳(PCR-CE-RFLP),测定酶切片段长度差异。[结果]针对16S rRNA基因的RFLP谱数据只能将病原菌鉴定到"科"的程度,而单纯应用16S-23S rRNA间区基因的RFLP谱数据虽能区分绝大多数细菌,但个别种属内仍然出现相似的谱型。经过双位点PCR-CE-RFLP分析后,则可将所有细菌鉴定到"种"的程度。[结论]利用16S rRNA基因和16S-23S rRNA间区基因PCR-CE-RFLP进行细菌鉴定简便快捷,能将传统方法需要十几个小时甚至几十小时的鉴定工作缩短到几个小时,是一种极有临床应用价值的快速诊断方法。

瑞士乳酸杆菌HZ521株的分子鉴定及其部分生物学特性研究

根据GenBank中乳酸杆菌16 S^23 S rRNA基因间沉默区序列设计引物,进一步鉴定猪源乳酸杆菌分离株HZ521;并通过体外试验,以嗜酸乳酸杆菌ATCC 4356为参考菌株,探讨HZ521株的益生素作用。部分16 S^23 S rRNA基因序列同源性分析结果表明,该分离株属于瑞士乳酸杆菌。HZ521株具有较强的产酸能力,能耐受强酸,对Hela细胞的黏附率为87.2%,显著高于ATCC4356株(P<0.01)。表明瑞士乳酸杆菌HZ521株具有益生素特性,可作为肠道益生素的候选菌株。

探析细菌快速裂解方法

16S-23S rRNA基因是位于16SrRNA基因与23S rRNA基因之间的区间序列，具有较好的保守性和相对性，被认为是细菌鉴定的合适部位。我们认为能否快速有效地开展扩增该区间，聚合酶链反应（PCR）扩增前的标本处理是关键。故比较了3种裂解细菌的方法。

沙门菌PCR-dHPLC基因分型方法建立

目的建立沙门菌聚合酶链反应-变性高效液相色谱(PCR-dHPLC)基因分型方法。方法采用16S～23S rRNA内转录间隔(ITS)作为沙门菌分型目的基因,确定特异性扩增引物,进行PCR扩增,扩增产物经dHPLC分离,根据dHPLC图谱峰型差异进行分型,并与血清学和生化分型结果比较。结果 89株沙门菌共分为12个dHPLC型(D型);所有沙门菌均有1个相同色谱峰,克隆测序结果表明,其片断大小为600 bp,其他8种食源性致病菌对照株无此色谱峰,应为沙门菌16S～23S rRNA基因序列的特征性条带,分型结果与血清学差异较大,与生化分型结果有一定一致性。结论所建立的沙门菌PCR-dHPLC基因分型方法具快速、操作方便、重复性好、成本低廉、高通量和自动化的特点。

牦牛漫游球菌的分离与生物学特性鉴定

为探究1只牦牛屠宰后肝脏有干酪样结节形成的原因,对肝脏进行细菌的分离培养,对分离到的1株细菌的16S rRNA和16S～23S rRNA基因序列用通用引物扩增和并用NCBI blast和MEGA 7进行序列分析,并用Vitek 2全自动微生物鉴定仪进行生化表型的鉴定,用K-B法进行药敏试验,结果显示:该菌的16S rRNA为1 524 bp,NCBI GenBank登录号为MG753544.1,与水獭漫游球菌的同源性较高,16S～23S rRNA有大小不同的2个片段,分别为522,425 bp,NCBI GenBank登录号分别为MG758122.1和MG758123.1。Vitek 2全自动微生物鉴定仪鉴定为迟缓葡萄球菌。该菌对妥布霉素、头孢哌酮、米诺环素等多种药物高度敏感,对苯唑西林、头孢西丁有抗性。结果表明,分离出的细菌为漫游球菌,该菌是否具有致病性还有待进一步试验验证。