运用454焦磷酸测序技术对病原菌16S-rDNA的分析

目的探讨运用测序技术鉴定临床感染标本中病原菌的应用价值。方法运用聚合酶链反应(PCR)扩增及454焦磷酸测序技术,对标本中病原菌16S-rDNA V3区进行多样性分析;并与细菌培养结果相比较。结果测序能检测出临床不宜培养的菌属,如支原体属、嗜血杆菌属、莫拉菌属等;9种菌属为2种方法共同检测所得,7种菌属的P值均<0.05。结论 2种方法的检测敏感性差异有统计学意义;与细菌培养相结合是临床实践中的一种新的偿试。

上海地区不同植物根际荧光假单胞菌多样性

荧光假单胞菌是一种常见的植物根际促生细菌,有开发作为生物农药的潜质.以分离自上海周边地区12种植物根际的104株荧光假单胞菌为研究对象,进行了表型分类,并采用16S-rDNA RFLP和REP-PCR技术,系统地研究了荧光假单胞菌的遗传多样性.结果表明:16S-rDNA RFLP酶切图谱聚类分析在85%相似性水平上,可将供试菌株划分为9群;REP-PCR指纹图谱聚类分析在76%相似性水平上,可将供试菌株划分为26群,说明上海地区的荧光假单胞菌具有丰富的遗传多样性;聚类分析结果还显示出菌株间亲缘关系与其分离地和所在植物具有相关性,表明环境条件对荧光假单胞菌的发育和遗传分化有重要影响.