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基于16S核糖体RNA基因测序的苯丙酮尿症患儿肠道菌群分析
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作者 张春华 杨静 +2 位作者 苏莹 陈谦 邹团标 《中国妇幼卫生杂志》 2023年第3期12-17,共6页
目的 基于16S核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid,16S rRNA)基因高通量测序,探讨苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)患儿与正常儿童肠道菌群的差异。方法 于2020年选取云南省新生儿疾病筛查中心管理的儿童为研究对象,根据儿... 目的 基于16S核糖体核糖核酸(16S ribosomal ribonucleic acid,16S rRNA)基因高通量测序,探讨苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)患儿与正常儿童肠道菌群的差异。方法 于2020年选取云南省新生儿疾病筛查中心管理的儿童为研究对象,根据儿童是否患有PKU进行分组,每入组1例PKU患儿(该组患儿均接受特殊饮食治疗),招募1~2例与PKU患儿具有相近年龄、相同居住地和户籍的正常儿童入组对照组。共纳入PKU组儿童11例,对照组儿童16例。采集两组儿童的新鲜粪便,并提取粪便DNA对16S rRNA基因V3~V4区进行高通量测序。利用BGI微生物扩增子分析平台对测序数据进行分析,并对两组儿童的肠道菌群情况进行比较。结果 PKU组和对照组儿童肠道菌群的α多样性的比较差异无统计学意义(P> 0.05),但β多样性的比较差异有统计学意义(R=0.084,P <0.05)。在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门为PKU组和对照组肠道菌群的优势菌门。在属水平上,拟杆菌属、粪杆菌属、毛螺菌属、芽殖菌属等菌属为PKU组和对照组肠道菌群的优势菌属。对照组中拟杆菌属和粪杆菌属的相对丰度均高于PKU组,且差异具有统计学意义(P=0.011,P=0.007)。PKU组中普氏菌属的相对丰度高于对照组(P=0.012)。结论 PKU患儿与正常儿童的肠道菌群的种类和相对丰度存在差异,该差异可能与PKU患儿接受特殊饮食治疗有很大关系,并可能影响PKU患儿的生长发育。 展开更多
关键词 16s核糖体rna 苯丙酮尿症 肠道菌群
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基于16S核糖体RNA测序研究健脾方对绝经后骨质疏松症小鼠肠道菌群的影响 被引量:1
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作者 陈斯亮 石瑛 +2 位作者 汤辰明 马威 詹红生 《中医正骨》 2023年第6期11-17,23,共8页
目的:探讨健脾方对绝经后骨质疏松症(osteoporosis,OP)小鼠肠道菌群的影响。方法:将30只雌性C57BL/6小鼠随机分为假手术组、模型组和健脾方组,每组10只。模型组和健脾方组小鼠通过双侧卵巢摘除术进行OP造模,假手术组小鼠打开腹腔后切除... 目的:探讨健脾方对绝经后骨质疏松症(osteoporosis,OP)小鼠肠道菌群的影响。方法:将30只雌性C57BL/6小鼠随机分为假手术组、模型组和健脾方组,每组10只。模型组和健脾方组小鼠通过双侧卵巢摘除术进行OP造模,假手术组小鼠打开腹腔后切除卵巢附近的一团脂肪组织,保留卵巢。造模后第7天,假手术组和模型组小鼠以生理盐水灌胃,健脾方组以健脾方药液灌胃(中药配方颗粒用量为54mg·kg^(-1)),3组小鼠均每天灌胃1次,每次0.2mL,连续灌胃28d。药物干预结束后,测定小鼠体质量,获取各组小鼠粪便样本、左侧股骨,切取子宫并称重,进行小鼠肠道菌群16S核糖体RNA测序分析及小鼠股骨病理学观察。结果:①一般情况。实验期间各组均无小鼠死亡。药物干预前,3组小鼠体质量的差异无统计学意义[(20.88±0.83)g,(20.65±0.74)g,(20.59±0.47)g,F=0.484,P=0.622]。药物干预结束后,模型组小鼠的体质量高于假手术组和健脾方组[(26.96±1.63)g,(23.42±0.84)g,P=0.000;(26.96±1.63)g,(24.62±1.55)g,P=0.001],假手术组和健脾方组小鼠体质量的差异无统计学意义(P=0.063)。假手术组小鼠的子宫质量高于模型组和健脾方组[(0.66±0.05)g,(0.24±0.05)g,P=0.000;(0.66±0.05)g,(0.28±0.06)g,P=0.000],模型组和健脾方组小鼠子宫质量的差异无统计学意义(P=0.053)。②小鼠肠道菌群丰度分析结果。假手术组与模型组含有499个共同操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)数据;除共同OTUs数据外,假手术组有87个特异性OTUs数据,模型组有74个特异性OTUs数据。模型组与健脾方组含有489个共同OTUs数据;除共同OTUs数据外,模型组有84个特异性OTUs数据,健脾方组有54个特异性OTUs数据。偏最小二乘法判别分析结果显示,3组小鼠肠道菌群丰度差异明显。③小鼠肠道菌群结构分析结果。物种累计曲线随样本量增加逐渐趋于平缓,说明样品中的物种已经基本被测序覆盖,测序数据量充足。3组小鼠肠道菌群相对丰度在门水平处于前4位的依次为拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门、脱硫菌门,相对丰度在属水平处于前5位的依次为Muri菌属、乳杆菌属、拟普雷沃菌属、梭菌属、粪杆菌属。3组小鼠厚壁菌门、脱硫菌门相对丰度比较,总体差异均无统计学意义。假手术组和健脾方组拟杆菌门相对丰度均高于模型组(23.19±2.09,17.12±3.87,P=0.016;23.58±2.46,17.12±3.87,P=0.012)、放线菌门相对丰度低于模型组(0.32±0.29,0.79±0.31,P=0.027;0.26±0.07,0.79±0.31,P=0.014);其余各组间两两比较,组间差异均无统计学意义。3组小鼠Muri菌属、乳杆菌属、粪杆菌属相对丰度比较,总体差异均无统计学意义。假手术组拟普雷沃菌属相对丰度高于模型组(4.96±1.77,1.33±0.37,P=0.009)、梭菌属相对丰度低于模型组(0.45±0.17,1.41±0.18,P=0.000),健脾方组梭菌属相对丰度低于模型组(0.62±0.30,1.41±0.18,P=0.001);其余各组间两两比较,组间差异均无统计学意义。④健脾方组与模型组差异菌群KEGG分析结果。健脾方组与模型组有明显差异的代谢途径有维生素B6代谢、硫化物代谢、硒化物代谢、硫氨基酸代谢、硫胺素代谢、钙离子通道。⑤小鼠股骨病理学观察结果。模型组小鼠的骨小梁厚度、骨小梁数量均低于假手术组[(50.13±7.72)mm,(71.87±6.20)mm,P=0.000;(1.87±0.92)个·mm^(-1),(4.40±1.24)个·mm^(-1),P=0.000],骨小梁分离度高于假手术组[(344.60±41.32)mm,(205.80±27.21)mm,P=0.000]。健脾方组小鼠的骨小梁厚度、骨小梁数量均低于假手术组[(60.53±6.38)mm,(71.87±6.20)mm,P=0.000;(3.13±0.92)个·mm^(-1),(4.40±1.24)个·mm^(-1),P=0.002],健脾方组与假手术组小鼠骨小梁分离度的差异无统计学意义。健脾方组小鼠的骨小梁厚度、骨小梁数量均高于模型组[(60.53±6.38)mm,(50.13±7.72)mm,P=0.000;(3.13±0.92)个·mm^(-1),(1.87±0.92)个·mm^(-1),P=0.002],骨小梁分离度低于模型组[(221.40±33.16)mm,(344.60±41.32)mm,P=0.000]。结论:健脾方能够调节绝经后OP小鼠肠道菌群结构,改变代谢途径,这可能是其治疗OP的作用机制之一。 展开更多
关键词 骨质疏松 绝经后 胃肠道微生物群 rna 核糖体 16s 健脾方
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胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量:1
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作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页
对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多
关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 rna基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定
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16S核糖体RNA基因和RNA聚合酶β亚基基因及基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱鉴定海洋副溶血性弧菌及其同源性分析的研究
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作者 周月霞 胡成进 +3 位作者 武静 陈英剑 曹源 王明义 《中国医药》 2017年第6期929-933,共5页
目的评价16S核糖体RNA基因(16SrRNA)、RNA聚合酶β亚基基因(rpoB)及基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)技术对海洋副溶血性弧菌的鉴定及同源性分析的性能。方法将50株海洋副溶血性弧菌以及与其亲缘关系相近的30株... 目的评价16S核糖体RNA基因(16SrRNA)、RNA聚合酶β亚基基因(rpoB)及基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOFMS)技术对海洋副溶血性弧菌的鉴定及同源性分析的性能。方法将50株海洋副溶血性弧菌以及与其亲缘关系相近的30株海洋溶藻弧菌、8株海洋坎贝式弧菌、11株海洋哈维氏弧菌、3株海洋需钠弧菌、2株海洋创伤弧菌分别用16SrRNA、rpoB和MALDI-TOFMS技术3种方法进行鉴定并做系统进化树、聚类分析,比较分析结果。结果50株海洋副溶血性弧菌用16SrRNA鉴定出5株,rpoB鉴定出41株,MALDI-TOFMS技术鉴定出41株。16SrRNA系统进化树的结果不能将海洋副溶血性弧菌和海洋溶藻弧菌、海洋坎贝式弧菌、海洋需钠弧菌、海洋创伤弧菌分开。rpoB和MALDI.TOFMS可以准确地做出同源性分析。rpoB鉴别来自不同地域的海洋副溶血性弧菌的能力优于MALDI-TOFMS。而MALDI-TOFMS在海洋副溶血性弧菌的环境株和临床株的鉴别上优于rpoB。结论rpoB和MALDI.TOFMS技术鉴定海洋副溶血性弧菌准确,二者相结合是进行海洋副溶血性弧菌鉴定和同源性分析的适宜技术。 展开更多
关键词 弧菌 副溶血性 海洋 16s核糖体rna rna聚合酶β亚基基因 基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱 同源性分析
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脑脊液细菌16S核糖体RNA基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值 被引量:2
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作者 郑可鲁 杨思达 +3 位作者 高媛媛 陈文雄 黄怡玲 张雅妮 《广西医学》 CAS 2016年第10期1367-1369,共3页
目的探讨脑脊液细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值。方法选择化脓性脑膜炎患儿60例,在抗生素使用早期及后期采集脑脊液标本,同时进行16S rRNA基因检测及细菌培养,比较两种方法的检测阳性率... 目的探讨脑脊液细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因检测在抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿中的应用价值。方法选择化脓性脑膜炎患儿60例,在抗生素使用早期及后期采集脑脊液标本,同时进行16S rRNA基因检测及细菌培养,比较两种方法的检测阳性率,分析抗生素应用时间对两种检测方法结果的影响。结果脑脊液16S rRNA基因检测阳性21例(35.0%),脑脊液细菌培养阳性9例(15.0%),16S rRNA基因检测阳性率高于细菌培养(P<0.05)。抗生素应用早期16S rRNA基因检测阳性率略高于抗生素应用后期,但差异无统计学意义(P>0.05);抗生素应用早期脑脊液细菌培养检测阳性率高于抗生素应用后期(P<0.05)。结论对于抗生素治疗后化脓性脑膜炎患儿,脑脊液16S rRNA基因检出阳性率高于脑脊液细菌培养,且可能更少受抗生素应用时间的影响。 展开更多
关键词 化脓性脑膜炎 抗生素 脑脊液 16s核糖体rna 细菌培养 基因检测
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16S rRNA基因高通量测序分析牛粪发酵细菌多样性 被引量:12
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作者 滑留帅 王璟 +5 位作者 徐照学 张子敬 娄治国 赵洪昌 李文军 王二耀 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第S2期311-315,共5页
将养殖粪便进行资源化处理,尤其是将粪便堆肥发酵后变为生物肥料还田,具有重要的经济、社会和生态效益。之前关于细菌在堆肥过程中的研究,大部分采用实验室培养、分离、鉴定的方法,由于受培养方式的限制,仅能分析粪肥中有限的细菌类别。... 将养殖粪便进行资源化处理,尤其是将粪便堆肥发酵后变为生物肥料还田,具有重要的经济、社会和生态效益。之前关于细菌在堆肥过程中的研究,大部分采用实验室培养、分离、鉴定的方法,由于受培养方式的限制,仅能分析粪肥中有限的细菌类别。16S r RNA基因作为生物物种的特征核酸序列,被认为是最适于细菌系统发育和分类鉴定研究的指标。本研究使用16S r RNA基因高通量测序技术,分析了牛粪自然发酵与添加益生菌剂发酵过程中细菌种群的多样性变化。结果表明,1)新鲜牛粪、自然发酵1个月、自然发酵6个月的牛粪中细菌种群并没有明显的变化规律,说明自然发酵过程主要依赖于新鲜牛粪中携带的细菌种群;2)添加益生菌发酵后,细菌种群明显不同于不自然发酵过程中的细菌种群,其中变形菌门(Proteobacteria)细菌显著增加,而厚壁菌门(Firmicutes)细菌显著减少,说明益生菌剂能够显著改变堆肥过程中的细菌种群。本研究对于理解牛粪堆肥过程、提高堆肥效果,以及新型堆肥益生菌剂的开发都具有重要意义。 展开更多
关键词 发酵 细菌 16s r rna基因 多样性
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细菌16S rRNA基因芯片的构建及其在细菌鉴定中的应用 被引量:9
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作者 薛建亚 翁心华 +1 位作者 朱利平 万谟彬 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期919-921,共3页
目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建... 目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建的芯片检测相应细菌,并观察其特异性及敏感性。结果:成功构建了相应的基因芯片;所构建的基因芯片能准确检出相应细菌,无交叉阳性现象,检测时间约需6 h;所构建的基因芯片能检测出DNA含量为15 fg的大肠埃希菌基因组DNA。结论:细菌16S rRNA基因芯片可用于细菌的检测,具有良好的特异性及敏感性,且耗时少。 展开更多
关键词 rna 核糖体 16s 基因芯片 细菌
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小鲵科线粒体16S rRNA基因序列分析及其系统发育 被引量:11
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作者 李悦 吴敏 王秀玲 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第3期464-469,共6页
To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T v... To study the phylogeny of Hynobiidae, we amplified DNA fragments of 470 bp 16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene on mitochondrial DNA from Ranodon sibiricus and Ranodon tsinpaensis. PCR products were cloned into PMD18 T vector after purification. These sequences were determined and deposited in the GenBank (accession numbers: AY373459 for Ranodon sibiricus, AY372534 for Ranodon tsinpaensis). By comparing the nucleotide differences of 16S ribosomal RNA sequences among Liua shihi,Pseudohynobius flavomaculatus and Batrachuperus genus from GenBank database,we analyzed the divergences and base substitution among these sequences with the MEGA software. The molecular results support that B tibetanus, B pinchonii and B karlschmidti are classified into three valid species. Liua shihi has closer phylogenetic relationships to Ranodon tsinpaensis than to other species. More our results reveal that Pseudohynobius flavomaculatus is not a synonym of Ranodon tsinpaensis. . 展开更多
关键词 小鲵科 16 s核糖体rna 分子系统学 基因 系统进化
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败血支原体16S rRNA基因的克隆与核酸序列分析 被引量:9
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作者 丁铲 于圣青 +1 位作者 刘晓文 王永山 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 1999年第2期134-136,共3页
从败血支原体D9604株培养物中直接快速提取染色体DNA;构建了MG基因文库,以PCR扩增16SrRNA基因全长片段,并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明,D9604株与A5969株只有5个核苷酸的差异,同源性为99... 从败血支原体D9604株培养物中直接快速提取染色体DNA;构建了MG基因文库,以PCR扩增16SrRNA基因全长片段,并对其进行了核苷酸序列分析。结果表明,D9604株与A5969株只有5个核苷酸的差异,同源性为99.67%。 展开更多
关键词 败血支原体 16s核糖体rna 序列分析
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土壤细菌16SrRNA基因变异型及其与植被的相关研究 被引量:7
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作者 杨官品 朱艳红 +1 位作者 陈亮 薛小乔 《应用生态学报》 CAS CSCD 2001年第5期757-760,共4页
绕过细菌的分离培养 ,直接提取土壤DNA ,扩增、克隆土壤细菌群体的 16S核糖体RNA基因 (16SrD NA) .根据该基因各种变异类型的限制性片段长度多型性 ,分析土壤细菌分子遗传多样性及其与植被的相互关系 .植被的改变影响土壤养分 ,进而改... 绕过细菌的分离培养 ,直接提取土壤DNA ,扩增、克隆土壤细菌群体的 16S核糖体RNA基因 (16SrD NA) .根据该基因各种变异类型的限制性片段长度多型性 ,分析土壤细菌分子遗传多样性及其与植被的相互关系 .植被的改变影响土壤养分 ,进而改变土壤细菌群落结构 .土壤细菌遗传多样性和分化能反映植被的变化 . 展开更多
关键词 细菌 16s核糖体rna基因 限制性片段长度多型性 植被 变异类型 土壤养分
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基于COI和16SrRNA基因的地龙药材及其混淆品的DNA条形码鉴定 被引量:16
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作者 马梅 李薇 +1 位作者 龚玲 卢瑞珊 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期595-598,共4页
目的利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)和16S核糖体RNA(16SrRNA)对地龙药材及常见混伪品进行分子鉴定,探讨快速、准确鉴定地龙药材及其混伪品基原物种的方法。方法收集地龙药材的药典收载品种及其易混品种10种,提取DNA,得到其COI和16... 目的利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(COI)和16S核糖体RNA(16SrRNA)对地龙药材及常见混伪品进行分子鉴定,探讨快速、准确鉴定地龙药材及其混伪品基原物种的方法。方法收集地龙药材的药典收载品种及其易混品种10种,提取DNA,得到其COI和16SrRNA序列。所得序列经DNAStar校正后,用MEGA6.0自带的Clustal W多重比对,除去冗余位点,比对结果经MEGA6.0分析,构建地龙药材及其混淆品的邻接(N-J)树。结果地龙药材的正品来源参环毛蚓(Pheretima aspergillum)、通俗环毛蚓(P.vulgaris)、威廉环毛蚓(P.guillelmi)及栉盲环毛蚓(P.pectinifera)与其混淆品种间COI和16SrRNA基因序列均存在较多变异位点。由所构建的N-J系统聚类树图显示所测物种的单系性,即16SrRNA、COI可以很好的将地龙药材区别于其他混伪品。结论所获得的COI和16SrRNA序列可作为不同状态的地龙类药材物种鉴定的分子依据,并为进一步建立地龙等动物类中药物种真实性鉴定体系奠定了重要的实验基础。 展开更多
关键词 地龙 线粒体细胞色素C氧化酶亚基1 16s核糖体rna DNA条形码
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PCR法检测16S rRNA基因在败血症诊断中的价值 被引量:4
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作者 刘宁 刘金辉 姚全良 《山东医药》 CAS 北大核心 2010年第3期97-98,共2页
目的评价外周血细菌16S rRNA基因检测诊断败血症的敏感性及特异性。方法利用通用引物对6种常见细菌16S rRNA基因进行扩增,通过阳性菌株及阴性对照检测引物的特异性;观察不同退火温度及不同细菌浓度下PCR检测效果;检测败血症患者及正常... 目的评价外周血细菌16S rRNA基因检测诊断败血症的敏感性及特异性。方法利用通用引物对6种常见细菌16S rRNA基因进行扩增,通过阳性菌株及阴性对照检测引物的特异性;观察不同退火温度及不同细菌浓度下PCR检测效果;检测败血症患者及正常人血液标本中的16S rRNA基因表达,并与血培养结果进行比较,评价其诊断意义。结果6种阳性菌株均出现特异阳性条带,阴性质控未出现阳性条带;不同退火温度对PCR结果无明显影响,以55、58℃最佳;PCR方法的最低细菌检测浓度为1.5×103cfu/ml;观察组血培养阳性率为38.3%(23/60),血液16S rRNA基因阳性表达率为86.6%(52/60),P<0.01。结论PCR法检测16S rRNA基因用于败血症诊断特异性及敏感性强,但应注意规范操作、避免污染。 展开更多
关键词 败血症 rna 核糖体 16s 聚合酶链反应
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16S rRNA基因及16S~23S rRNA基因间区在微生物鉴定中的应用 被引量:10
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作者 王艳萍 夏云 《国际检验医学杂志》 CAS 2013年第8期994-996,共3页
目前临床上引起感染的病原菌种类繁多,抗菌药物的不正规使用导致细菌培养阳性率进一步降低[1]。因此,传统分类方法的不足随着新型微生物菌株的分离的增多而越来越明显,亟需一种能快速准确鉴定出微生物种类的新技术以便及时指导抗菌药物... 目前临床上引起感染的病原菌种类繁多,抗菌药物的不正规使用导致细菌培养阳性率进一步降低[1]。因此,传统分类方法的不足随着新型微生物菌株的分离的增多而越来越明显,亟需一种能快速准确鉴定出微生物种类的新技术以便及时指导抗菌药物的合理使用从而控制临床感染疾病的进展。文章综述了16SrRNA及16S~23SrRNA基因间区快速鉴定微生物的基本原理、方法、存在的问题及进一步解决方案等。 展开更多
关键词 rna 核糖体 16s 微生物学 综述
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16S rRNA在医学微生物鉴定中的应用 被引量:9
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作者 张志明 孙海英 李建平 《国际检验医学杂志》 CAS 2010年第4期349-350,共2页
随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用,16S rRNA作为微生物分类依据已得到广泛认同,本文就其基因特征、技术步骤、临床应用及注意事项的新进展作一简要综述。
关键词 rna 核糖体 16s 微生物学 实验室技术和方法
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16S rRNA基因在临床上的应用进展 被引量:11
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作者 杨祖卿 尚世强 《国外医学(儿科学分册)》 2005年第4期252-255,共4页
传统的细菌检测主要依靠血清学、生物化学、细菌形态学及细菌培养等方法进行分类鉴定,但前三者敏感性和特异性不高,后者费时且阳性率低。近10余年来分子生物学技术发展迅速,各种基因方法如DNA杂交、质粒图谱和16SrRNA序列分析等在临床... 传统的细菌检测主要依靠血清学、生物化学、细菌形态学及细菌培养等方法进行分类鉴定,但前三者敏感性和特异性不高,后者费时且阳性率低。近10余年来分子生物学技术发展迅速,各种基因方法如DNA杂交、质粒图谱和16SrRNA序列分析等在临床上得到广泛应用。该文就近年来国外16SrRNA在细菌学研究及其应用的一些新进展作一综述。 展开更多
关键词 rna 核糖体 16s 基因
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基于16S rRNA检测分析宫颈癌患者放射治疗前后肠道菌群变化特征
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作者 陈雅云 孙育新 +4 位作者 李凯新 高炳宗 陈晓婷 毛润芝 蔡文杰 《深圳中西医结合杂志》 2021年第17期8-11,F0003,共5页
目的:探究电离辐射对宫颈癌患者肠道菌群的影响特点及菌群变化与放射性肠炎发生的相关性。方法:选取福建医科大学附属泉州第一医院2019年1月至2020年1月收治的30例宫颈癌患者,在其调强放射治疗的不同时间点收集其粪便样本,分析肠道微生... 目的:探究电离辐射对宫颈癌患者肠道菌群的影响特点及菌群变化与放射性肠炎发生的相关性。方法:选取福建医科大学附属泉州第一医院2019年1月至2020年1月收治的30例宫颈癌患者,在其调强放射治疗的不同时间点收集其粪便样本,分析肠道微生态的生物标志物,用MoBio PowerSoil试剂盒提取肠道菌群DNA,用MiniSeq对肠道菌群16S rRNA的V4区进行测序及生物信息学分析。差异度采用Wilcoxon秩和检验等分析。结果:宫颈癌患者放射治疗后肠道微生物群的α多样性比放疗前高,同时放疗前后微生物群落组成(即β多样性)存在一定差异,但差异均无统计学意义(P>0.05);但是在宫颈癌患者放疗后微生物组成中普雷沃氏菌和链球菌较放疗前有显著变化(P<0.05)。结论:宫颈癌患者放疗前后微生物成分存在差异,但有待大规模的前瞻性队列研究证实。 展开更多
关键词 宫颈癌 肠道菌群 放射性直肠炎 16s核糖体rna基因测序
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16S rRNA基因序列分析在人体微生物组学研究中的进展及应用 被引量:5
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作者 田芳云 黄婷婷 +1 位作者 黄光武 张哲 《中国老年学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第15期4396-4398,共3页
在人体表面以及与外界相通的腔道中,如皮肤、胃肠道、鼻腔等部位,定植着大量以细菌为主的微生物群落。这些微生物的数量可达人体自身细胞数的10倍以上,其基因数量更多达人体基因数的100多倍〔1〕。微生物群落在人体内维持一定的动态平衡... 在人体表面以及与外界相通的腔道中,如皮肤、胃肠道、鼻腔等部位,定植着大量以细菌为主的微生物群落。这些微生物的数量可达人体自身细胞数的10倍以上,其基因数量更多达人体基因数的100多倍〔1〕。微生物群落在人体内维持一定的动态平衡,参与调节人体的一系列生理生化反应,如免疫调节、食物消化、维生素合成等。因此,微生物群落的平衡失调可能导致各种感染性、过敏性疾病甚至肿瘤的发生。人体微生物组的概念最早在2001年提出,是对人体共栖。 展开更多
关键词 16s核糖体rna基因 微生物组学 细菌鉴定
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16S rRNA基因测序在法医学中的研究进展 被引量:3
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作者 宋国庆 曹禹 +4 位作者 李辉 马克 赵雪莹 邹凯南 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期542-548,共7页
法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域,以16S rRNA基因... 法医微生物是目前法医学研究的前沿热点之一。16S rRNA基因由于其保守性与特异性并存的特点,是法医学鉴定的理想标记。伴随着高通量测序技术的快速发展,对微生物的研究已逐步应用于环境、医疗等多个领域。在法医学领域,以16S rRNA基因测序为代表的法医微生物研究成果也逐步应用于法医学实践中的生物检材鉴定、个体识别、死亡时间推断、地域推断等方面,为案件的侦查提供线索,为传统方法作为补充和辅助。本文阐述了16S rRNA基因测序应用于法医学领域的研究方法和相关测序技术,综述了其在法医学领域的研究进展,探讨了16S rRNA在法医学中的应用价值和潜力。 展开更多
关键词 法医遗传学 rna 核糖体 16s 遗传学 微生物 综述
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洛蒙德链霉菌S015中吩嗪类活性产物洛蒙真菌素的分离纯化、结构鉴定及发酵优化 被引量:3
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作者 王华盛 贝晓宇 +3 位作者 胡洪波 彭华松 张雪洪 王威 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2014年第2期48-54,83,共8页
本文对1株从土壤中新发现的链霉菌S015中的吩嗪类活性产物进行了结构鉴定及发酵优化。首先,通过16SrDNA鉴定S015为洛蒙德链霉菌。其次,通过2-丁酮萃取及制备型HPLC,在S015的发酵液中纯化得到1个活性产物,并由LC-MS和H-NMR,鉴定该产物为6... 本文对1株从土壤中新发现的链霉菌S015中的吩嗪类活性产物进行了结构鉴定及发酵优化。首先,通过16SrDNA鉴定S015为洛蒙德链霉菌。其次,通过2-丁酮萃取及制备型HPLC,在S015的发酵液中纯化得到1个活性产物,并由LC-MS和H-NMR,鉴定该产物为6-醛基-4,7,9-三羟基-吩嗪-1-甲酸酯,即洛蒙真菌素。最后,通过发酵优化,在YE培养基中添加0.1mmol/L的FeCl3,使洛蒙真菌素的产量由(20.6±4.6)mg/L提高到(136.2±18.1)mg/L,为其工业化应用奠定了基础。 展开更多
关键词 洛蒙德链霉菌s015 洛蒙真菌素 16s RDNA 发酵优化
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基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析 被引量:3
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作者 宋国庆 李辉 +4 位作者 马克 赵雪莹 沈忆文 谢建辉 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期187-193,共7页
目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息... 目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息学软件量化或可视化后,比较分析草地、树林和沙滩3类土壤样本间细菌群落多样性和丰度的差异。结果草地、树林和沙滩土壤样本细菌群落的alpha多样性指数差异具有统计学意义,三类土壤细菌群落的物种相对丰度和多样性差异明显,草地土壤中酸杆菌门相对丰度较高,树林土壤中变形菌门相对丰度较高,沙滩土壤中放线菌门相对丰度较高。但人工草地、天然草地和工业区草地土壤细菌群落差异无统计学意义。结论基于16S rRNA基因序列测序可以有效区分不同类别土壤,该方法有望为刑事案件第一犯罪现场判读提供线索。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 土壤微生物学 DNA 细菌 rna 核糖体 16s 生物多样性 高通量测序
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