16S-23S rDNA间隔区在奶牛乳房炎诊断中的应用

以 16 S- 2 3S r DNA间隔区为扩增靶序列的 PCR技术是近年来发展的细菌分类和鉴定新方法 ,具有快速、敏感和特异性高的优点。作者综述了细菌 16 S- 2 3S r DNA间隔区序列的特性及其在奶牛乳房炎病原诊断中的应用等研究进展。

柑橘黄龙病菌亚洲种16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区的PCR-RFLP及序列分析

为明确柑橘黄龙病菌的遗传多样性,PCR扩增了6个不同地区黄龙病菌的16SrDNA和16S-23S rDNA间隔区(intergenic spacer regions,ISR),分别通过4种内切酶对其进行了限制性片段长度多态性分析,发现不同分离物的16S rDNA和16S-23S rDNA间隔区各酶切产物的电泳谱带完全一致,未表现多态性。对16S-23SrDNA ISR进行了克隆和测序,经DNAman和NCBI Blast比对分析发现,6个分离物16S-23SrDNAISR序列之间不存在碱基差异,与数据库中柑橘黄龙病菌亚洲种(Candidatus Liberibacter asiaticus)同源性高达99.0%～100%。系统发育分析显示所有的Ca.L.asiaticus归为一个类群,而后与Ca.L.africanus、Ca.L.americanus和Ca.L.psyllaurous组成韧皮部杆菌属(Candidatus Liberibacter)一个大的类群。结果表明,同一种柑橘黄龙病菌不同分离物16S rDNA和16S-23S rDNAISR无分子变异或变异较小,不存在遗传多样性。

12种寄主来源的茄科雷尔氏菌16S-23S rDNA间隔区序列比较

应用PCR方法，获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心茱、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香等12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNA间隔区序列（ITS）。序列分析结果表明，除HZ-1菌株外，其余20个茄科雷尔氏菌菌株ITS序列长均为503bp，序列间相似性99．2％～100％，序列间差异仅1～4bp；而HZ-1菌株的ITS序列长为498bp，与其他菌株的ITS序列相似性为95．4％～95．6％。这些结果说明，这21株来源于12种不同寄主的茄科雷尔氏菌菌株的16S-23SrDNAITS序列比较保守。系统进化分析显示，仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌区组2中，其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中。

基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法

拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定.

产氢菌的16S-23S rDNA间隔区的长度变异性分析(英文)

生物制氢细菌Rennanqilyf3的16SrRNAgene(rDNA)-23SrDNA间隔区碱基序列被测定.利用PCR扩增间隔区DNA,间隔区碱基序列存在长度多态现象.用这一长度多态现象进行产氢发酵细菌的辨认和识别.产氢发酵细菌Rennanqilyf3的16SrRNAgene(rDNA)-23SrDNA间隔区的PCR产品从1270到398bp,共有5个序列.碱基数目分别为1270、398、638、437和436bp.

利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种

利用16S-23S rDNA间隔区(ISR)长度和序列的多态性,结合16S rDNA和23S rDNA的保守性,分别在16S rDNA末端和23S rDNA前端保守区设计上下游引物,进行PCR扩增。结果为21株猪链球菌均扩增出长度约为1 200 bp的片段,8株马链球菌兽疫亚种均扩出约1 300 bp的片段,其他属菌株和阴性对照无结果。因此,由PCR产物长度的不同就可快速区分猪链球菌和马链球菌兽疫亚种,这种基于ISR的PCR技术为鉴别病原微生物提供了更加简捷的方式。对2株代表菌(HA9801,ATCC 35246)的16S-23S rDNA ISR进行测序发现,猪链球菌和马链球菌兽疫亚种的ISR差异主要表现为碱基的缺失。

16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究

目的 研究以16S-23S rDNA 内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种。方法 应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株。结果 分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp-450bp范围DNA片段。探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针。MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的。5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平。结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值。

16S～23S rDNA间隔区序列寡核苷酸探针不同显色方法对结核患者痰标本的检测

目的 评价 16S～ 2 3SrDNA间隔区序列寡核苷酸探针碱性磷酸酶显色与辣根过氧化物酶化学发光法对结核患者痰标本检测的应用价值。方法 采用生物素标记 5′端 18bp的寡核苷酸探针斑点杂交的碱性磷酸酶显色反应及辣根过氧化物酶化学发光检测 90例结核患者和 30例非结核患者痰标本。结果 痰标本基因组DNA直接与探针杂交 ,碱性磷酸酶显色反应检测阳性率为 2 2 2 % ,辣根过氧化物酶化学发光检测阳性率为 33 3% ;痰标本经引物PL1、PL2扩增 (扩增产物 35 0bp ,)与寡核苷酸探针杂交 ,碱性磷酸酶显色反应检测阳性率为 77 8% ,辣根过氧化物酶化学发光检测阳性率为 83 3% ;痰标本经引物b扩增 (扩增产物 2 5 0bp)与探针杂交 ,碱性磷酸酶显色和化学发光检测阳性率分别为 75 6 %、80 0 % ,检测的敏感性高于痰涂片。寡核苷酸探针与 30例非结核患者痰标本DNA杂交则全为阴性。结论 寡核苷酸探针和 2 5 0bpPCR扩增产物相结合 ,经化学发光显色是分枝杆菌检测的一种有效方法。

16S-23SrDNA间隔区序列寡核苷酸探针对结核患者痰标本的检测

目的 应用结核分枝杆菌特异的寡核苷酸探针杂交检测结核患者痰标本中的结核分枝杆菌 ,以评价其在临床应用中的价值。方法 对生物素标记 5’ -端的一个 2 0bp的寡核苷酸探针的敏感性、特异性的研究 ,并应用该探针对 90例结核患者和 3 0例非结核患者痰标本进行了检测。结果 寡核苷酸探针分别检测基因组DNA、3 5 0bpPCR扩增产物、2 5 0bpPCR扩增产物的敏感性分别为 5 5ng ,0 .5ng ,0 .1ng。探针检测特异性实验表明探针检测基因组DNA、3 5 0bpPCR扩增产物特异性较差 ,检测 2 5 0bpPCR扩增产物则只与结核分枝杆菌杂交。探针检测 90例结核患者痰标本结果表明 :探针杂交检测临床标本基因组DNA、3 5 0bpPCR扩增产物、2 5 0bpPCR扩增产物的阳性率分别为 3 3 %、83 %、80 % ,而扩增产物电泳阳性率为 64 %。寡核苷酸探针与 3 0例非结核患者痰标本基因组DNA及PCR扩增产物杂交则全为阴性。结论 寡核苷酸探针化学发光检测临床标本 2 5 0bpPCR扩增产物 ,能提高结核患者痰标本检测的敏感性与特异性。

3株杂色鲍致病菌——副溶血弧菌的16S-23S rDNA间区序列的分析

以细菌的 1 6SrDNA 3′端和 2 3SrDNA 5′端的高度保守区为引物 ,扩增了 3株杂色鲍致病菌—副溶血弧菌(Vibrioparahaemolyticus)的 1 6S 2 3SrDNA间区 ,克隆到pGEM T载体上 ,测序。用BLAST和DNAstar软件对 1 6S 2 3SrDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析。结果表明副溶血弧菌ZSU0 0 8和ZSU0 0 9测出的 1 6S 2 3SrDNA间区均有 6条 ,间区类型也相同 ,分别为IGSGLAV 、IGSGLV、IGSAG、IGSIA、IGSG 和IGS0 。其中IGSGLAV最大 ,包含tRNAGlu、tR NALys、tRNAAla和tRNAVal基因 ;IGSGLV包含tRNAGlu、tRNALys和tRNAVal基因 ;IGSAG包含tRNAAla和tRNAGlu基因 ;IGSIA,则为tRNAIle和tRNAAla基因 ;IGSG 仅包含tRNAGlu基因 ;而IGS0 最小 ,未包含任何tRNA。菌株ZSU0 1 0测出的 1 6S 2 3SrDNAIGS序列有 5条 ,除缺少IGSAG 外 ,其余的IGS类型均与ZSU0 0 8和ZSU0 0 9相同。与GenBank内的副溶血弧菌IGS序列比较 ,发现副溶血弧菌所有类型的IGS的tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性。 1 6S 2 3SrDNA间区结构的差异为建立一种新的副溶血弧菌检测方法奠定了基础。

16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用

测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。

细菌分类与鉴定的新热点:16S-23SrDNA间区

:随着分子生物学的迅速发展 ,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平 ,如(G+ C) mol%、DNA杂交、r DNA指纹图、质粒图谱和 16 S r DNA序列分析等。r RNA存在于所有细菌中 ,r RNA基因由保守区和可变区组成 ,在细菌中高度保守。r RNA基因包含 5’端到 3’端的若干种成分 ,分别是 16 Sr DNA、间区、2 3Sr DNA、间区和 5Sr DNA。16 S- 2 3Sr DNA间区近年来在细菌系统发育学 ,特别是相近种和菌株的区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点 ,本文将就 16 S- 2 3Sr DNA间区的一些特性及其在细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。

一株嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila的16S-23S rDNA间区序列分析及应用

根据细菌的16SrDNA3′端和23SrDNA5′端的高度保守区设计引物,扩增了一株中华鳖Trionyxsinensis"红板病"病原菌嗜水气单胞菌的16S-23SrDNA间区,克隆到pGEM＿T载体上,测序。用BLAST和DNAstar软件对16S-23SrDNA间区序列以及其内tRNA基因与已发表的嗜水气单胞菌和近缘种的IGSG序列进行比较分析,设计出对嗜水气单胞菌特异的PCR引物,建立了检测嗜水气单胞菌的PCR方法,进行了特异性、灵敏性检测,并用此方法检测了不同的水样。

基于16SrRNA和16S-23SrRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBayes软件提供的最大似然法和贝叶斯法进行系统发生关系分析.分析结果是:所有淡水甲壳动物螺原体菌株Spiroplasma erio-cheiris(中华绒螯蟹)、Spiroplasmasp.CRAYFISH(克氏原螯虾)、Spiroplasmasp.SHRIMP(南美白对虾)严格聚为一支,并且与陆生兔扁虱螺原体(非凡螺原体)Spiroplasma mirum关系最近,而与中国报道的陆生植物螺原体菌株Spiroplasmasp.CR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-2(油菜)、Spiroplasmasp.CAN-1(杜鹃花)、Spiroplasmasp.CRW-1(红花酢浆草)及昆虫螺原体菌株Spiroplasmasp.CH-1(蜜蜂)、Spiroplas-masp.M10(蜜蜂)关系较远,此外,3个淡水甲壳动物螺原体菌株与现今唯一报道的海水南美白对虾螺原体Spi-roplasma penaei系统发生关系也很远.因此,在螺原体属中,我国发现的淡水甲壳动物螺原体近缘种是非凡螺原体而不是我国陆生昆虫或植物螺原体及美洲的南美白对虾螺原体.

2株创伤弧菌的16S-23SrDNA间区的克隆、测序及分析(英文)

根据细菌的16S rDNA 3′端和23S rDNA 5′端的高度保守区设计引物,PCR扩增了2株创伤弧菌(Vibrio vulnificus)的16S-23S rDNA 间区(Intergenic spacer,IGS),克隆到pGEM-T载体上,测序。用BLAST和 DNAstar软件对16S-23S rDNA 间区序列及其内的 tRNA 基因进行比较分析。结果表明,2 株创伤弧菌共测出 9 条 16S-23S rDNA 间区序列, 其中ZSU006 测出 5 条, 间区类型分别为:IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA 、IGSA和 IGSG。其中 IGSGLAV最大,包含 tRNAGlu、tRNALys、tRNAAla 和 tRNAVal基因;IGSGLV包含 tRNAGlu、tRNALys和 tRNAVal基因; IGSIA,则包含 tRNAIle和 tRNAAla基因;IGSG仅包含tRNAGlu基因;而IGSA仅包含tRNA Ala基因。菌株CG021测出的16S-23S rDNA IGS序列有4条,除缺少IGSA外,其余的IGS类型均与ZSU006的相同。与GenBank内的创伤弧菌ATCC27562 的IGS序列比较,发现创伤弧菌所有类型的IGS的tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性。16S-23S rDNA 间区结构的差异为建立一种新的创伤弧菌检测方法奠定了基础。

中国布鲁氏菌16s-23s rRNA间隔区多态性研究

目的利用16 s-23 s rRNA间隔区(ITS)的多态性,对中国布鲁氏菌种间或种内生物型进行鉴别,评价ITS作为基因标识物的意义,寻找适合布鲁氏菌分型研究的基因标识物。方法应用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析技术,对中国120株布鲁氏菌的ITS进行分析和筛选,测序结果与Genbank中的布鲁氏菌ITS序列进行比较分析。结果对16 s-23 s rRNA间隔区的SSCP结果分析,得到4种不同的带型(ⅠI、I、Ⅲ、Ⅳ),测序序列有3个位点的差异,达到99.87%的一致性。结论中国布鲁氏菌的ITS序列高度保守,具有一定探讨其作为布鲁氏菌属种内分型的基因标识的价值。

以16S-23S rDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌(英文)

多杀巴斯德氏菌是养殖动物（鸡，猪，牛等）的重要致病菌．本研究以16S-23SrDNA间区序列为目的基因设计PCR引物鉴定多杀巴斯德氏菌．通过对多杀巴斯德氏菌ITS—IA（含有tDNA-Ile和tDNA-AIa的16S-23SrDNA间区序列）的测序和与GenBank中序列的BLAST，设计筛选了一对特异引物PS—F／PS—R．对引物的特异性和有效性，用PCR方法进行了验证．结果表明：所有的多杀巴斯德氏菌标准菌株和分离菌株都能被检出，而全部39株非多杀巴斯德氏菌都没有扩增出特异性条带．其检测灵敏度能达到10^2CFU／mL．研究结果表明，发展了的PCR鉴定方法是省时的和可靠的，整个过程只需要20h，而传统的鉴定方法需要至少5d的时间．

16s～23s rDNA间隔区序列RFLP分析在分枝杆菌分类鉴定中的应用

目的：通过对分枝杆菌１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列ＤＮＡＰＣＲ扩增和限制性酶切分析，评价其在分枝杆菌分类鉴定中的价值。方法：对２１种分枝杆菌和９种亲缘关系较远的非分枝杆菌和４种亲缘关系较近的非分枝杆菌的１６ｓ－２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增并对扩增产物进行限制性内切酶ＨａｅⅢ．ＭｓｐＩ消化反应，分析不同菌种扩增片段及其限制性片段长度多态性的差异。结果：ＰＣＲ扩增结果显示：分枝杆菌一般扩增出１～２带，非分支杆菌一般有１～３条带。８０％的缓慢生长分枝杆菌扩增片段集中在３４０～４００ｂｐ，快速生长分枝杆菌扩增片段集中在４７０～５７５ｂｐ。单从扩增产物的琼脂糖凝胶电泳只能鉴定４２％的受试菌种。酶切结果显示：３种分枝杆菌酶切图谱没有区别，大部分分枝杆菌的酶切图谱彼此不同，而大部分非分枝杆菌不能被ＨａｅⅢ．ＭＳＰⅠ消化。结论：说明１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列ＤＮＡＰＣＲ扩增和限制性片段长度多态性分析是分枝杆菌菌种分类鉴定的一种快速、有效的方法。

Q热立克次体中国株的16S-23SrDNA间区序列分析

用PCR扩增了 7株中国分离株 (七医、新桥、雅安、李、YS 8、YS 9和YH 1 1 )和2株国际参考株 (Henzerling和Grita)的 1 6S 2 3SrDNA基因间区 ,对扩增产物进行了序列分析。结果发现它们仅在少数几个碱基位上有不同。在第 6 0位上 3个云南分离株YS 8、YS 9、YH 1 1和Grita株与Stein等报道的序列 (包括九里、其它国际参考株和一些法国临床分离株 )的碱基序列一致 ,为“C” ;其他 5株为“A” ,此位点的不同可能与适应不同的地理环境相关。另外 ,YS 9株在第 8和 2 0 8位、新桥株在第 43 2位也分别出现缺失 ,可能与适应不同的动物宿主或在实验室传代情况不同有关。

34株副溶血弧菌16S-23SrDNA间区多态性DGGE分析

采用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)分析比较了34株分离于环境和水产养殖动物体内的副溶血弧菌及标准株16S-23S rDNA间区(Intergenic Spacer Region,ISR)的多态性和亲缘关系。结果表明,34株副溶血弧菌的ISR经PCR-DGGE电泳后均能分离出4―10条条带,共计产生15个多态性位点。所有菌株聚为H、I、J、K四大簇,株间遗传差异最大为株A18和A25,遗传距离达到0.4。ISR PCR-DGGE方法为副溶血弧菌基因分型提供了一种新的方法。