基于16S-rDNA序列的核桃细菌性疫病病原菌遗传多态性分析

核桃细菌性疫病(Xanthomonas arboricola pv.juglandis)是世界范围内核桃产区最主要的细菌病害,对其病原菌16S-rDNA的序列进行分析,为阐明其遗传多样性提供参考。本研究从湖北省保康县和丹江口市多个核桃园采集病样,对不同核桃病组织样进行分离纯化,得到77个病原菌类似菌株,对部分菌株进行了接种和分子鉴定。用通用引物27F和1492R对其中有代表性的22株进行16S-rDNA的PCR扩增和测序。用软件MEGA7.0对所有测序结果进行遗传发育树分析,菌株之间平均遗传距离为0.244。用3种限制性内切酶MspI、AfeI和HinfI对16S-rDNA的PCR产物进行酶切,酶切结果用软件NTSYSpc2.1进行聚类分析。所有菌株之间相似系数大于52%,在76%的相似水平,可以将22个菌株划分为6个类群。用软件ApE对所有序列进行同样的3个酶切,RFLP分析结果与试验酶切结果相似。不同方法构建的聚类和发育树分析结果表明,湖北省不同地理来源和病组织的菌株存在一定的遗传多态性。

16S-23SrDNA间隔区序列寡核苷酸探针对龟分枝杆菌暴发感染的鉴定

目的 :该研究旨在采用分子生物学技术 ,从基因水平上对深圳市某医院及河北辛集地区发生术后及注射后龟分枝杆菌暴发感染的临床分离株进行鉴定 ,并建立一套快速的的鉴定龟分枝杆菌脓肿亚种的探针杂交方法。方法 :根据龟分枝杆菌脓肿亚种标准株 16S - 2 3SrDNA间隔区序列测序结果 ,设计一对寡核苷酸探针 ,对其敏感性、特异性及其对临床标本和临床分离株的检测进行了研究。结果 :探针检测PCR扩增产物敏感性为 1ng ,只与龟分枝杆菌脓肿亚种杂交 ,与 5 6株龟分枝杆菌脓肿亚种临床分离株全部杂交 ;检测 5 7株临床标本阳性率为 6 6 .6 %。结论 :探针检测从基因水平上再次确认引起这两次暴发感染的致病菌为龟分枝杆菌脓肿亚种 ,结果快速可靠。

两株产抑菌物质乳酸菌的鉴定及系统发育分析

对分离自酸马奶酒中的两株产抑菌物质的乳酸菌BY-3-2、SQ-3-2进行分离鉴定及系统发育分析,以更准确地判定其属种。对菌株进行生理、生化特性鉴定及其16SrDNA序列分析。结果表明:菌株BY-3-2、SQ-3-2的生理、生化特性符合肠球菌属特征,其中BY-3-2菌株符合E.faecium的特征;SQ-3-2菌株符合E.durans的特征。通过16SrDNA序列进行系统发育分析,结果与生理生化鉴定相一致。

慢性根尖周炎瘘管发生与根管内特殊细菌定植相关性的初步研究

目的:检测和比较有瘘型与无瘘型根尖周病感染根管内优势菌丛的分布特点。方法:选择60位慢性根尖周炎患者共64颗患牙,在对每个患牙进行根管治疗的过程中,髓腔预备及根管初预备后,用无菌纸尖吸取根管内容物进行采样,置入无菌EP管,于10min内送至-20℃冰箱保存。对根管内样本进行genomic DNA提取,使用27种选取的由基因公司提供的感染根管内优势菌的引物对上述64例样本进行多重模板扩增,根据扩增产物的有无判断各样本中含有的菌种类型。结果:瘘管的发生与Prevotella nigrescens(变黑普氏菌)、Porphyromonas spp.(卟啉单胞菌)、Peptostreptococcus stomatis(口炎消化链球菌)、革兰氏阴性球菌、Capnocytophaga ochracea(黄褐二氧化碳嗜纤维菌)、Corynebacterium matruchotii(马氏棒杆菌)、Hafnia spp.(哈夫尼菌属)及Eubacterium spp.(真杆菌属)的感染有关。结论:慢性根尖周炎瘘管发生与根管内分离到的Prevotella nigrescens、Porphyromonas spp.、Peptostreptococcus stomatis、革兰氏阴性球菌、Capnocytophaga ochracea、Corynebacterium matruchotii、Hafnia spp.及Eubacterium spp.的特异性定植有关。

炎症性肠病肠道黏膜细菌谱的研究

目的以16S-rDNA基因序列测定方法研究日本炎症性肠病（inflammatoryboweldisease，1BD）患者与正常对照肠镜标本中细菌构成谱。方法纳入2010年11月-2011年6月在日本名古屋大学附属病院接受肠镜检查患者14例，其中4例活动期溃疡性结肠炎（ulcerativecolitis，UC）患者（8个标本），3例缓解期UC（5个标本），2例活动期克罗恩病（Crohn’Sdisease，CD）（4个标本），和正常对照5例（10个标本），共收集肠镜27个标本。应用16S-rDNA基因序列测定方法检测肠道黏膜细菌谱。比较不同组间、不同部位标本的细菌构成差异。结果共取得796个细菌16S-rDNA基因序列。这些序列分属于5个门（phylum）：厚壁菌（Firmicutes）、拟杆菌（Bacteroidetes）、变形杆菌（Proteobacteria）、梭杆菌（Fusobacteria）和未分类细菌（unclassifiedBacteriao活动期UC组和活动期CD组中厚壁菌门细菌构成比低于缓解期UC组和正常对照组。CD组中细菌种类减少，CD组中变形杆菌门细菌高于UC组和对照组。结论本研究证实了IBD组肠道黏膜细菌构成谱不同于正常对照组，且有细菌种类减少趋势。

薯蓣粥对T2DM大鼠肠道微生物、血糖、胰岛素的影响

目的:探讨薯蓣粥对2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)大鼠肠道微生物、短链脂肪酸(shortchain fatty acids,SCFAs)血糖、胰岛素分泌的影响。方法:将60只SPF级Wister大鼠随机抽取10只为空白组,剩余50只腹部注射链脲佐菌素(STZ)制作T2DM模型,成模后大鼠随机分为模型组、薯蓣粥组、二甲双胍组、联合组;空白组和模型组每日用生理盐水灌胃5 mL,薯蓣粥组每日用薯蓣粥灌胃5 mL,二甲双胍组每日用二甲双胍水溶液灌胃,联合组用薯蓣粥+二甲双胍灌胃,共干预6周;干预期间每周检测大鼠空腹血糖(FBG),干预后检测大鼠肠道菌群构成以及FBG、空腹胰岛素(FINS)水平、粪便内SCFAs的含量。结果:与空白组相比,模型组大鼠空腹血糖、空腹胰岛素含量、胰岛素抵抗指数均升高(P<0.05),粪便中乙酸、丙酸、丁酸含量,以及OTUs(Operational Taxonomic Units)、Chao1指数、Shannon指数明显降低(P<0.05),厚壁菌门、疣微菌门、颤螺菌、阿克曼氏菌、梭菌的相对丰度降低(P<0.05),变形菌门相对丰度增加(P<0.05)。干预4周,薯蓣粥组大鼠空腹血糖出现明显降低(P<0.05)。干预结束后薯蓣粥组大鼠的空腹血糖、空腹胰岛素含量、胰岛素抵抗指数均低于模型组(P<0.01),空腹胰岛素含量、胰岛素抵抗指数与二甲双胍组、联合组相比没有统计学差异(P>0.05)。薯蓣粥组与模型组相比,粪便中乙酸、丙酸、丁酸的含量均升高(P<0.01);OTUs指数升高,厚壁菌门、疣微菌门、阿克曼氏菌、梭菌的相对丰度升高,变形菌门的相对丰度降低(P<0.05)。结论:薯蓣粥可能通过改善T2DM大鼠肠道微生物失调,增加SCFAs含量,从而改善胰岛素抵抗,降低血糖。

丙酸测定与丙酸高产菌的筛选、鉴定

采用表观筛选与丙酸HPLC测定方法,从富含丙酸菌与乳酸菌的奶酪中分离、筛选得到1株高产丙酸的菌株FS1026。对该菌株进行16S rDNA序列分析,构建相关序列进化树,鉴定该菌株为产酸丙酸杆菌(Propionibacterium acidipropionici sp.)

基于高通量测序的急性阑尾炎阑尾切除术后肠道微生态变化研究

基于16S-rDNA高通量测序技术分析急性阑尾炎阑尾切除术后肠道微生态变化情况,探讨阑尾切除对患者肠道菌群物种多样性、肠道微生态结构的影响。方法:选取我院2020年1月~2021年6月收治的因急性阑尾炎行阑尾切除术后≥1年人群32例作为观察组,按术后时间分组为A(术后1~2年)、B(术后2~5年)、C(术后≥5年)三组,另选取同期入我院体检且未行阑尾切除术者30例作为对照组。所有人员均提取粪便标本及其微生物总DNA、检测DAN样品,采用16S-rDNA高通量测序技术对V3-V4区域行扩增测序,并对结果进行生物信息学分析,比较两组不同人群的肠道微生态状况。结果:两组肠道菌群丰富度相关变量(Ace、Chao1与Observed指数)、多样性相关变量(Shannon、Simpson指数)与均匀度相关变量(J指数)差异均有统计学意义(P<0.05),统计肠道菌群操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU) 数目显示对照组OTU数目多于观察组。主坐标分析(Principal Coordinates Analysis,PCoA)、主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)分析均显示两组肠道菌群有明显差异。A、B、C三组Ace、Chao1、Observed、Shannon、Simpson指数、J指数比较均有明显差异(P<0.05),PCA 分析显示三组肠道菌群存在差异。结论:急性阑尾炎阑尾切除术后人群肠道菌群多样性、丰富度和均匀度均显著下降,与健康人群相比其肠道微生态物种多样性降低,肠道菌群有显著差异;随着术后时间延长,阑尾切除术后患者肠道微生态多样性呈升高和恢复趋势。