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植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法
被引量:
1
1
作者
程丹丹
杨嘉麒
+1 位作者
王牧
赵菁
《安全与环境工程》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期212-220,共9页
植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染...
植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增,如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术;③在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因,如Cas-16S-seq方法;④改变PCR扩增流程,如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点,有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法,避免或者减少宿主基因的污染,更准确地进行植物内生细菌群落的研究。
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关键词
植物内生菌
16
S
rRNA基因扩增子高通量测序
宿主基因污染
Cas-
16s-seq
微生物组
PCR钳位技术
特异性引物
下载PDF
职称材料
题名
植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法
被引量:
1
1
作者
程丹丹
杨嘉麒
王牧
赵菁
机构
中国地质大学(武汉)环境学院
出处
《安全与环境工程》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第2期212-220,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31570537)。
文摘
植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增,如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术;③在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因,如Cas-16S-seq方法;④改变PCR扩增流程,如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点,有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法,避免或者减少宿主基因的污染,更准确地进行植物内生细菌群落的研究。
关键词
植物内生菌
16
S
rRNA基因扩增子高通量测序
宿主基因污染
Cas-
16s-seq
微生物组
PCR钳位技术
特异性引物
Keywords
plant endophytic bacteria
16s-seq
host gene pollution
Cas-
16s-seq
microbiome
PCR clamping technique
specific primer
分类号
X173 [环境科学与工程—环境科学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序中降低宿主污染的方法
程丹丹
杨嘉麒
王牧
赵菁
《安全与环境工程》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
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职称材料
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