高通量测序分析结肠腺瘤患者肠道黏膜菌群的构成变化

目的探讨结直肠癌发展早期肠道菌群的变化规律。方法通过结肠镜活检收集31例结肠腺瘤患者的腺瘤组织以及20例健康志愿者的肠道黏膜,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因序列V_3~V_4高变区进行PCR扩增,lluminaMiSeq平台上高通量测序分析。结果结肠腺瘤患者的肠道黏膜菌群多样性比健康对照人群显著增高(P<0.01),腺瘤组黏膜菌群结构和健康对照者相比差异显著。门水平上:结肠腺瘤组变形菌门明显增多(P<0.01),厚壁菌门/拟杆菌门比值下降。属水平上:结肠腺瘤组乳球菌属、链球菌属和假单胞菌属增多(P<0.01),而肠球菌属,杆菌属丰度明显下降(P<0.01)。不同病理类型腺瘤比较发现:结肠高级别和低级别上皮内瘤变组肠道黏膜菌群整体结构相似,埃希菌-志贺菌属在高级别上皮内瘤变组呈现上升趋势,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论结肠腺瘤患者肠道菌群多样性和构成与正常健康人存在明显差异,腺瘤患者黏膜菌群结构发生明显失衡,形成了易于肿瘤生长的肠道微生态环境。

基于高通量测序技术的2型糖尿病湿热困脾证患者肠道菌群结构特点与功能差异的研究

目的探讨2型糖尿病湿热困脾证与健康人群肠道菌群结构差异及功能变化。方法选择2019年1月—2020年1月就诊于南京市中医院2型糖尿病湿热困脾证患者30例,另选择同期健康体检者30例作为对照组,通过16Sr DNA高通量测序技术,获得样本的生物学信息,并进行两组间物种及功能注释的分析比较。结果两组共有OTUs为433个,组间比较对照组有83个,湿热困脾证有96个;门水平下,湿热困脾证患者拟杆菌门、变形门的相对丰度显著上升;纲水平下,湿热困脾证患者拟杆菌纲、β-变形菌纲的相对丰度显著上升;目水平下,湿热困脾证患者拟杆菌目、伯克氏菌目、脱硫弧菌目、食物谷菌目的相对丰度较对照组显著上升;科水平下,普氏菌科、产碱菌科、脱硫弧菌科在湿热困脾证患者中的相对丰度上升;属水平下湿热困脾证患者普氏菌属、梭杆菌属、萨特菌属相对丰度较对照组显著上升。基于NMDS、ANOSIM的β多样性分析和以shannon、simpson指数代表的α多样性分析,提示与正常人群相比,湿热困脾证患者肠道菌群多样性存在显著差异(P<0.01,或P<0.05);LEfSe分析可用以筛选湿热困脾证显著高丰度关键标志物为变形菌门、梭杆菌属、拟杆菌门、普雷沃氏菌科、普雷沃菌属等7种菌群;在KEGG数据库富集到湿热困脾证患者涉及的主要代谢通路有9个(P<0.05,或P<0.01),包括丙氨酸、天冬氨酸、谷氨酸代谢、丁酸代谢、三羧酸循环通路、脂肪酸生物合成、叶酸合成、嘌呤代谢、脂多糖生物合成等通路。结论与健康人群相比,2型糖尿病湿热困脾患者在肠道菌群多样性、菌群组成结构上及功能变异等方面存在显著差异,可为2型糖尿病中医辨证提供参考。

基于16S rRNA基因分析乐山市旅游区鸟类粪便微生物多样性

为探究旅游背景下鸟类粪便微生物的群落结构,对乐山市3个旅游区4种鸟类粪便内容物进行16S rRNA基因V3-V4高通量(Illumina MiSeq)测序,20份样品的分析结果表明,在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes,33.70%)、变形菌门(Proteobacteria,29.86%)、厚壁菌门(Firmicutes,18.43%)为丰富度最高的3个门;在属水平上,相对丰富的属主要为拟杆菌属(Bacteroides,9.79%)、普氏菌9属(Prevotella_9,6.63%)、梭菌属(Fusobacterium,3.50%)。Alpha多样性分析结果表明,Group_C3丰富度和多样性均最高,揭示了乐山市旅游区鸟类粪便微生物中的优势细菌群落组成,为研究旅游地区鸟类肠道微生物多样性提供了新的视角。

血液透析和腹膜透析对终末期肾脏病患者肠道菌群的影响

目的探讨血液透析和腹膜透析对终末期肾脏病(ESRD)患者肠道菌群的影响。方法选择健康对照者19名(健康对照组)、未透析的ESRD患者38例(未透析组)、持续腹膜透析的ESRD患者25例(PD组)、持续血液透析的ESRD患者27例(HD组),使用16S rDNA测序分析研究对象的粪便样品中肠道微生物群的组成和功能。结果与健康对照组比较,未透析的ESRD患者α多样性中的Simpson指数升高(P<0.05),未透析组、PD组、HD患者肠道菌群的α多样性Observed species指数、Chao1指数和Simpson指数比较差异均无统计学意义(P均>0.05)。β多样性分析显示4组之间物种组成结构比较差异有统计学意义(P均<0.05)。健康对照组及未透析组肠道菌群以拟杆菌门和厚壁菌门为主。与未透析组相比,HD组肠道菌群拟杆菌门减少(P<0.01)。4组研究对象的肠道菌群在科水平分类中比较差异有统计学意义的菌科有8个(P均<0.05),其中PD组和HD组肠道中普雷沃特尔菌科比例均较低。与未透析组比较,HD组肠道中毛螺菌科比例增加、脱硫弧菌科和紫单胞菌科比例降低;HD组肠道中理研菌科减少(P均<0.05)。与健康对照组相比,未透析组肠道中紫单胞菌科比例增加(P<0.05)。丹毒丝菌科比例在未透析组、PD组、HD组肠道中均有所增加,产碱菌科和韦荣氏菌科比例在健康对照组、未透析组、PD组肠道中相近,但在HD组肠道中降低(P均<0.05)。结论血液透析和腹膜透析治疗未明显破坏肠道菌群的多样性,但改变了ESRD患者肠道菌群的种类和数量。

16S rDNA测序探讨藏族和汉族肠易激综合征患者肠道菌群的差异

目的 通过16S核糖体脱氧核糖核酸(16S rDNA)测序方法分析藏、汉族肠易激综合征(IBS)患者的肠道菌群差异。方法 选取2018年4月至2019年1月确诊的藏族(25例)和汉族(20例)IBS患者作为研究对象,采用Illumima Miseq对两组粪便进行16S rDNA测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果 Simpson指数显示,藏族IBS患者肠道菌群的物种多样性显著低于汉族IBS患者(P=0.030 6)。物种差异分析显示,藏族IBS组中拟杆菌门(Bacteroidetes)和普雷沃菌_9属(Prevotella_9)丰度以及肠道菌群定植抗力拟杆菌门/厚壁菌门(B/F)值都显著高于汉族IBS组(P=0.016 99,0.000 934 1和0.006 644),而拟杆菌属(Bacteroides)、布劳特菌属(Blautia)和霍氏真杆菌属(Eubacterium hallii)丰度则显著低于汉族IBS组(P=0.040 91、0.000 108 1和0.036 49)。基于未观测状态重建的群落系统发育研究(PICRUSt)功能预测分析显示,藏族IBS组的蛋白质同源群簇(COG)功能分类和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能预测与汉族IBS组之间基本无差异。结论 与汉族比较,藏族IBS患者肠道菌群失调情况较轻,肠道菌群定植抗力增强,致病菌减少,有益菌增加,该结论可为藏族IBS患者的个性化治疗方案提供依据。