通过采集东营和蓬莱地区采用生物絮团技术的仿刺参(Apostichopus japonicus)苗种培育池(DYt和PLt)及其对照池(DYc和PLc)海水样品,构建细菌16S r DNA克隆文库,对其中细菌群落的多样性和群落组成结构进行了分析。结果表明,四个文库Coverag...通过采集东营和蓬莱地区采用生物絮团技术的仿刺参(Apostichopus japonicus)苗种培育池(DYt和PLt)及其对照池(DYc和PLc)海水样品,构建细菌16S r DNA克隆文库,对其中细菌群落的多样性和群落组成结构进行了分析。结果表明,四个文库Coverage值在34.7%—54.8%之间,文库丰富度指数(Chao)66.2—314.1,Shannon多样性指数从3.01—4.07变动,Pielou均匀度指数0.68—0.85,样品的细菌群落均具有很高的多样性,蓬莱仿刺参苗种培育池细菌多样性均高于东营;生物絮团文库中细菌包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形细菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等八个菌门和未知类群,黄杆菌群(Flavobacteria)、α-变形菌群(Alphaproteobacteria)和芽孢杆菌群(Bacilli)为主要优势菌群;DYt和PLt处理组文库细菌多样性减少并出现特征菌群,生物絮团调控技术改变了仿刺参苗种培育环境的微生物群落结构。生物絮团的细菌群落结构研究,为揭示生物絮团的作用机制并进一步有效利用提供研究基础和依据。展开更多
采用分子生物学手段16S r DNA克隆文库方法对缺氧/好氧膜生物反应器(AO-MBR)的好氧池与缺氧池中细菌进行了多样性研究。实验结果表明,好氧池污泥样品的克隆文库包括9个类群,其中变形菌(Proteobacteria)和拟杆菌(Bacteroidetes)在文库中...采用分子生物学手段16S r DNA克隆文库方法对缺氧/好氧膜生物反应器(AO-MBR)的好氧池与缺氧池中细菌进行了多样性研究。实验结果表明,好氧池污泥样品的克隆文库包括9个类群,其中变形菌(Proteobacteria)和拟杆菌(Bacteroidetes)在文库中所占比例最大,分别为37.04%和14.81%;其次是酸杆菌(Acidobacteria)、未培养菌(uncultured bacterium)、绿菌(Chlorobi)和未培养的绿弯菌(uncultured Chloroflexi bacterium)、浮霉状菌(Planctomycetes),分别为11.11%、11.11%、7.41%、7.41%和5.56%;硝化螺旋菌(Nitrospirae)和裸藻门(Euglenozoa)所占比例相对较小,均为1.85%。缺氧池样品克隆文库包括10个类群,其中变形菌(Proteobacteria)、拟杆菌(Bacteroidetes)和未培养菌(uncultured bacterium)在文库中所占比例最大,分别为27.91%、13.95%和12.79%;其次是浮霉状菌(Planctomycetes)、酸杆菌(Acidobacteria)和绿弯菌(Chloroflexi),在文库中所占比例分别为9.3%、9.3%和9.3%;硝化螺旋菌(Nitrospirae)、裸藻门(Euglenozoa)、芽单胞菌(Gemmatimonadetes)和放线菌(Actinobacteria)所占比例相对较少,分别为6.98%、8.14%、1.16%和1.16%。两池细菌的主要类群相似,但菌属及比例有所差异,变形菌是系统中的主要脱氮菌属。展开更多
为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年...为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌。本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息。展开更多
针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、...针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。展开更多
文摘通过采集东营和蓬莱地区采用生物絮团技术的仿刺参(Apostichopus japonicus)苗种培育池(DYt和PLt)及其对照池(DYc和PLc)海水样品,构建细菌16S r DNA克隆文库,对其中细菌群落的多样性和群落组成结构进行了分析。结果表明,四个文库Coverage值在34.7%—54.8%之间,文库丰富度指数(Chao)66.2—314.1,Shannon多样性指数从3.01—4.07变动,Pielou均匀度指数0.68—0.85,样品的细菌群落均具有很高的多样性,蓬莱仿刺参苗种培育池细菌多样性均高于东营;生物絮团文库中细菌包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形细菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等八个菌门和未知类群,黄杆菌群(Flavobacteria)、α-变形菌群(Alphaproteobacteria)和芽孢杆菌群(Bacilli)为主要优势菌群;DYt和PLt处理组文库细菌多样性减少并出现特征菌群,生物絮团调控技术改变了仿刺参苗种培育环境的微生物群落结构。生物絮团的细菌群落结构研究,为揭示生物絮团的作用机制并进一步有效利用提供研究基础和依据。
文摘为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16SrDNA克隆文库,采用限制性内切酶HinfⅠ、MspⅠ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析。结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌。本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息。
文摘采用分子生物学手段16S rDNA克隆文库方法,对厌氧折流板反应器(处理黄连素制药废水)出水培养的好氧颗粒污泥进行了细菌多样性研究。从16S rDNA克隆文库中随机挑选了95个克隆子进行序列测定,对测序结果进行了Blast对比。结果表明,好氧颗粒污泥系统中的细菌群落具有高度多样性,52个克隆子分属6个不同的细菌类群,43个克隆子属于未知类群,优势类群主要为变形菌(Proteobacteria)菌群。好氧颗粒污泥中已知菌群的优势菌群为:β-proteobacteria类群、CFB group bacteria类群、α-proteobacteria类群、γ-proteobacteria类群、Enterobacteria类群和ε-proteobacteria类群。
文摘针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。
