细菌16SrDNA基因检测在儿童感染性疾病诊断及治疗中的研究进展

儿童免疫系统发育不成熟,免疫功能尚不完善,极易患感染性疾病且病情变化迅速。致病菌的快速准确鉴定对疾病诊断及治疗尤为重要,尤其对婴幼儿。目前儿童细菌感染仍占首位,而传统血培养检测病原菌耗时长,阳性率低。

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

Mitochondrial gene(16S rRNA and COI) fragments of Bloody clam Scapharca broughtonii were amplified via PCR, the PCR products were ligated into T vectors, cloned and sequenced. 823 bp and 703 bp nucleotide sequences of partial 16S rRNA gene and partial COI gene were obtained respectively. The contents of A, T, G and C were 24.79%,23.57%,29.16% and 22.48% in 16S rDNA; 22.05%,33.85%,23.33% and 20.77% in COI. The potential uses of these two sequences were discussed for genetic variation, differentiation and relevant research of different geographic populations in the species.

一株芽孢杆菌16SrRNA的基因序列测定和系统进化分析

从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌。为进一步确定其分类学地位,扩增了BS501基因组的16S rDNA,并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787)。利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细菌及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对。系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌在进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远。同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌。

细菌分类与鉴定的新热点:16S-23SrDNA间区

:随着分子生物学的迅速发展 ,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平 ,如(G+ C) mol%、DNA杂交、r DNA指纹图、质粒图谱和 16 S r DNA序列分析等。r RNA存在于所有细菌中 ,r RNA基因由保守区和可变区组成 ,在细菌中高度保守。r RNA基因包含 5’端到 3’端的若干种成分 ,分别是 16 Sr DNA、间区、2 3Sr DNA、间区和 5Sr DNA。16 S- 2 3Sr DNA间区近年来在细菌系统发育学 ,特别是相近种和菌株的区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点 ,本文将就 16 S- 2 3Sr DNA间区的一些特性及其在细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。

猪“高热病”源嗜麦芽窄食单胞菌16S rDNA基因的克隆和系统发育分析

根据NCBI中已报道的嗜麦芽窄食单胞菌16S rDNA基因序列设计引物,对两株来源于猪"高热病"病料中的疑似嗜麦芽窄食单胞菌PSM-5、PSM-6进行PCR扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体上,并转化到DH5α中。抽取质粒模板,进行PCR和双酶切鉴定并测序,从分子水平上予以鉴定。两株菌的16S rDNA基因扩增片段的核苷酸序列(GenBank登录号为GQ267816和GQ267817)与已经报道的嗜麦芽窄食单胞菌分离株的16S rDNA序列的相似性均在96.78%以上,最高达99.93%。本试验对通过16S rDNA鉴定嗜麦芽窄食单胞菌提供一定参考,同时对猪"高热病"的诊断治疗奠定细菌学方面的基础,对其发病机制的探讨提供依据。

利用16SrDNA快速鉴定自制酸奶中5种双歧杆菌的研究

文章建立了自制酸奶中5种双歧杆菌的鉴定方法,评价该方法鉴定双歧杆菌的实用性和准确性。将酸奶中5种双歧杆菌分离纯化培养后,用PCR扩增双歧杆菌的16SrDNA片段,将扩增产物纯化后,使用ABI PRISM 310型基因测序仪进行测序,随后使用ABI自带菌库和互联网菌库等进行序列比对,做出相似性分析,鉴定出5株菌分别为长双歧杆菌、短双歧杆菌、两歧双歧杆菌、婴儿双歧杆菌和青春双歧杆菌。该方法可以快速准确地鉴定出酸奶中的双歧杆菌类型。

四株鳖源致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)的表型、分子鉴定及其毒力基因检测

采用生态毒理学、表观分类学及分子生物学方法,对具白底板病典型症状濒死中华鳖内脏中分离获得的4株病原菌开展了以致病性、表型分析、分子鉴定及毒力基因检测为内容的实验研究,结果表明:(1)4株病原菌均具致病性,致死力由大到小依次为ZHYYZ-2、ZHYYZ-4、ZHYYZ-1、ZHYYZ-3;(2)4株病原菌均为呈短杆状、具溶血活性的革兰氏阴性细菌,VITEK2型全自动细菌鉴定与药敏系统和ATBExpression型细菌鉴定与药敏智能系统均显示为嗜水气单胞菌;(3)ZHYYZ-1、ZHYYZ-2、ZHYYZ-3、ZHYYZ-4的16SrDNA序列长度分别为1460、1464、1466、1461,经Blast同源性检索表明它们所扩增的16SrDNA序列与GenBank数据库中登记的71株嗜水气单胞菌的相似性均为99%;(4)经PCR特异性检测,各实验菌均含有Aha、AHH、AerA和OMP。根据4株实验菌的表型和分子生物学特征,判定它们均为气单胞菌属的致病性嗜水气单胞菌。

基于宏基因组学的茅台酒酒曲细菌的多样性分析

为了解茅台酒酒曲微生物的菌群组成结构,为其制曲工艺的稳定及质量评估提供理论依据,利用宏基因组学方法分别提取2011—2013年的茅台酒酒曲微生物总基因组DNA,经PCR扩增16SrDNA V4区构建文库并测序,进行茅台酒酒曲细菌群落多样性的研究。结果表明:茅台酒酒曲微生物群落构成较稳定,主要分布于γ-变形菌纲(50%以上)和芽孢杆菌纲(30%以上),分属于魏斯氏菌属、片球菌属、明串球菌属、糖多孢菌属、欧文氏菌属、真丝菌属、短状杆菌属、鞘氨醇杆菌属、醋酸杆菌属、糖单孢菌属、盐单胞菌属和德库菌属;各年茅台酒酒曲细菌群落结构差异不大。

纤溶酶产生菌—藤黄微球菌的筛选、鉴定及纤溶酶基因的克隆

通过血粉培养基富集、纤维蛋白培养基筛选,从自然环境中分离到一株纤溶酶产生菌,命名为ML909。利用传统细菌分类鉴定方法对其形态和生理生化特征进行了研究,发现其与藤黄微球菌的特征相符,16SrDNA序列分析的结果也表明它与藤黄微球菌的16SrDNA序列的同源性高达99%,因此该菌在系统分类学上属于微球菌属(Micrococcus Cohn)藤黄微球菌(Micrococcus luteus)。通过PCR方法对其纤溶酶的编码区序列进行了克隆和序列分析,基因登录GenBank,登录号为EU232121。

奶牛源化脓隐秘杆菌的分离鉴定及其毒力基因的检测

本研究旨在分离鉴定来自北京某奶牛场死亡奶牛肺脏的1株疑似病原菌CVCC 3982,并测定其致病性。通过分离培养获得疑似病原菌,采用Biolog鉴定系统和16SrDNA序列分析对其进行了鉴定,人工接种CD-1小鼠测定了其致病性,合成引物对其主要毒力基因进行了检测。结果显示,该疑似病原菌为革兰氏阳性杆菌,β溶血,Biolog鉴定结果显示其为化脓隐秘杆菌,其16SrDNA序列与化脓隐秘杆菌模式菌株NCTC 5224的同源性达100%,系统发育分析显示其与化脓隐秘杆菌处于同一分支。腹腔注射该菌可致小鼠死亡。分离菌株基因组中含有溶血素(PLO)基因,神经氨酸酶H(NanH)基因,神经氨酸酶P(NanP)基因,菌毛基因(fimA、fimC和fimE),但缺失胶原结合蛋白(CbpA)基因和菌毛fimG基因。结果表明该分离菌株为化脓隐秘杆菌且具有致病性。

一株耐热脂肪酶产生菌的鉴定及其脂肪酶基因的克隆

目的:从北方堆肥土样中分离、筛选获得产耐热脂肪酶的嗜热菌株FS32b,确定该菌株的分类学地位及其所产耐热脂肪酶基因。方法:通过研究该菌株16SrDNA基因序列的系统进化树,进行菌种分类鉴定并利用PCR技术获得其脂肪酶基因。结果:FS32b与报道过的Bacillus subtilisX60646有紧密的亲缘关系,二者的16S rDNA序列相似性为99%,其脂肪酶基因经序列测定分析表明,该菌株含长度为639bp的耐热脂肪酶基因的完整开放阅读框架(ORF)。此片断编码有213个氨基酸的酶。结论:FS32b初步鉴定为Bacillus subtilis,其脂肪酶基因的克隆为以后高效基因工程菌的构建奠定了基础。

交替假单胞菌(Pseudoalteromonas sp.)DY3菌株产内切葡聚糖酶的性质研究及基因克隆

从深海样品ES0 10 9中分离到一株具有高内切葡聚糖酶活力的细菌DY3 ,16SrDNA序列分析表明该菌与交替假单胞菌属 (Pseudoalteromonassp .)的Pseudoalteromonascitrea和Pseudoalteromonaselyakovii的同源性为 99%。PCR扩增DY3的内切葡聚糖酶基因celX全长 14 79bp ,编码一个 492AA的蛋白质。酶的氨基酸序列分析表明CelX与Pseudoalteromonashaloplanktis的内切葡聚糖酶CelG有 95%的相似性 ,包括一个糖基水解酶家族 5的催化结构域 ,一个连接序列和位于C端的的CBM5结构域。对酶性质的初步研究发现 ,CelX的最适温度为 40℃ ,酶的最适pH在 6～

鼻疽假单胞菌与类鼻疽假单胞菌的基因分类

目的 :对鼻疽假单胞菌和类鼻疽假单胞菌进行基因分类研究。方法 :应用 16SrDNA扩增、基因测序及微孔板定量杂交技术 ,从基因水平对具有不同生物学特性的鼻疽假单胞菌和类鼻疽假单胞菌两个标准菌株进行同源性分析。结果 :尽管两种细菌在生物学特性上有着明显的差异 ,但其 16SrDNA序列相似度达 99%以上 ,且染色体DNA定量杂交也显示大于 70 %的同源性。结论 :鼻疽假单胞菌和类鼻疽假单胞菌的系统发育关系十分密切 ,应归属于同一种 ,是否妥当仍待进一步考证。

深海沉积物样品中古菌的16S rDNA分析

利用多管采样器,在太平洋西经177°42′20″,北纬10°35′06″的位置上,从水深5774m的海底获得深海沉积物样本,现场提取DNA进行保存,以此DNA为模板,利用古菌16S rDNA特异引物扩增出样品中古菌的16S rDNA,将扩增所得的16S rDNA进行克隆,建立了该样品中古菌的16S rDNA文库。对16S rDNA扩增片段进行了RFLP分析和序列分析,结果表明这些古菌在系统进化树上的位置靠近,属于Crenarchaeota中的Ⅰ类海洋古菌类群。

基于宏基因组学的剑南春酒曲细菌多样性分析

以剑南春酒曲为研究对象,采用宏基因组学方法提取总基因组DNA,经PCR扩增16SrDNA V4区构建文库并测序,进行剑南春酒曲中细菌群落多样性的研究。结果表明:剑南春酒曲微生物群落构成较稳定,主要分布在Proteobacteria、Firmicutes、Actinobacteria三大门中,占总量的95%以上。分属于Pantoea、Weissella、Staphylococcus、Lactobacillus、Pediococcus、Sebaldella、Lactococcus、Thermoactinomyces、Leuconostoc、Kroppenstedtia。

坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)16S—23S rDNA间区的克隆及多态性分析

采用16S和23SrDNA保守区设计的引物对两株坚强芽孢杆菌(Bacillus firmus)16S—23SrDNA间区(Intergenic spacer region,ISR)进行了PCR扩增,并克隆到pMD18-T载体上进行测序;利用生物信息学进行了16S—23SrDNA间区序列及其内所含tRNA基因的分析。2株坚强芽孢杆菌共得到11条16S—23SrDNA间区特征区带(包括300、400、500和600bp等)序列,ISR类型包括ISR0、ISRG、ISRIA和ISRGLV四种,其中ISR0、ISRG和ISRIA可能在坚强芽孢杆菌中普遍存在。相同类型的ISR序列具有较高的相似性(达52.2%—100.0%),而不同类型的ISR序列间差异较大。此外,ISR序列在靠近16S和23S区域存在不同长度的保守区域,可能成为针对坚强芽孢杆菌特异性检测的引物和探针的靶区,这也为坚强芽孢杆菌新的检测方法的建立奠定了基础。坚强芽孢杆菌的16S—23SrDNA间区序列及其多态性分析均为首次报道。

一种快速高效提取革兰氏阳性菌微杆菌基因组DNA的新方法

[目的]探索可以快速从革兰氏阳性菌微杆菌中提取高质量基因组总DNA的新方法。[方法]采用3种不同方法提取微杆菌基因组DNA,并进行DNA纯度、完整度鉴定及16SrDNA扩增检测。[结果]紫外吸收结果表明,采用改良方法所获DNAA260/A280大于1.80,A260/A230为2.0,5ml过夜菌液可得6.5μg基因组总DNA。DNA凝胶电泳结果表明,DNA完整度高且无RNA污染。以此方法提取的基因组总DNA样品为模板,可灵敏有效地扩增16SrDNA基因。[结论]该方法用时短,操作简易,纯度好、产率高、成本低,适用于革兰氏阳性菌各相关的分子生物学研究。

三株霍乱弧菌16s rDNA指纹图谱分析

目的 探讨我国新疆分离O13 9群霍乱弧菌的基因组特征。方法 自行设计引物 ,利用PCR掺入法用地高辛标记的16srDNA基因探针 ,分别对二株VCO13 9霍乱弧菌 (新疆分离株XJ93 0 0 6、国际标准株MO45 )及一株ElTor菌株 (新疆分离株 890 79)的基因组DNA的BglⅠ、PvuⅠ酶切产物进行southern杂交。结果 杂交结果显示此三株霍乱的杂交图谱均不同。结论 我国新疆的O13 9霍乱既不同于本地的ElTor霍乱 。

Geobacillus sp.POT5 α-淀粉酶基因的克隆及表达

从高温环境土壤中分离到1株能在75℃生长并产生α-淀粉酶的菌株(POT5),扩增了其16Sr DNA核苷酸序列,序列分析表明该菌属于Geobacillus属.根据该属全基因序列测定数据中推定的α-淀粉酶基因,利用PCR方法从G.sp.POT5基因组中扩增得到该菌α-淀粉酶基因(amyP).序列分析表明该基因全长1.545 kb、G+C含量51.33%,编码514个氨基酸.构建重组表达质粒pET22b(+)-amyP,转化Escherichia coliBL21系统,表达产物经SDS-PAGE分析、活性染色及淀粉酶活力分析,表明amyP基因得到了表达,且产物具有生物学活性.