16SrDNA同源性所揭示的双歧杆菌与有关细菌的亲缘关系

本研究测定了低GC含量的双歧杆菌 (Bifidobacteriuminopinatum )和新种B .thermaci dophilum的 16SrDNA全序列 ,在同另外 19个双歧杆菌及 8个相关细菌的 16SrDNA同源性分析的基础上构建了系统发育树。结果表明 :除低GC含量的B .inopinatum外 ,所有双歧杆菌的种在 16SrDNA序列相似性≥ 92 %的水平上聚类为一个簇群。尽管B .inopinatum与其它种的双歧杆菌的相似性只有87%～ 89% ,但它仍与双歧杆菌的关系最密切 ,而并未显示出与GC含量相近属的特殊亲缘关系。本研究结果未显示出在革兰氏阳性细菌分支中 ,由低GC到高GC含量的细菌种群的系统演化模式。此外 ,研究结果提示在细菌系统发育研究中 ,由 16SrDNA序列和基因组DNA同源性产生的矛盾需借助于其它保守的生物大分子来澄清。

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明，分离自宁夏沙坡头地区的１２株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了ＤＮＡ同源性和群内中心菌株１６ＳｒＤＮＡ全序列分析。１２个菌株的Ｇ＋Ｃｍｏｌ％在５６４～６２２范围内；群内ＤＮＡ同源性为７２３％～９３５％，大于７０％，属种内水平；中心株Ｎ２２０的１６ＳｒＤＮＡ全序列与参比菌株的序列比较，从模拟系统发育树看出，它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的１６ＳｒＤＮＡ序列同源性在９４８％～９９２％的相似性水平上构成一个分支，看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。

不同病例动物源大肠杆菌的分离鉴定及16S rDNA同源性分析

为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌16S rDNA全序列及DNA同源性分析

通过数值分类和 1 6SrDNAPCR RFLP分析 ,对分离自新疆地区的中度嗜盐革兰氏阴性菌进行研究 ,发现了一个新类群。在此基础上 ,进行了中心株AI 3的 1 6SrDNA全序列分析 ,并与中度嗜盐菌已知种和相关种进行比较 ,得到系统发育树状图。在此树状图中 ,大多数参比菌株聚在一起 ,其 1 6SrDNA全序列的同源性在 96 %以上 ,而AI 3与参比菌株的 1 6SrDNA全序列相比 ,其相似性低于 75 %。但是 ,AI 3与Alcanivoraxborkumensis[1] 的 1 6SrDNA全序列的相似性为 96 % ,与Halobacilluslitoralis的 1 6SrDNA全序列的相似性为 99% ,三者构成一个独立的发育分支。这说明在系统发育上 ,AI 3与参比菌株属于不同的分支 ,是一个新的类群。在新类群内 ,菌株之间的DNA同源性大于 70 % ,而中心株AI 3与标准菌株伸长盐单胞菌(Halomonaselongata)的DNA同源性为 44% 。

猪源绿脓杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因同源性分析

从解剖病变为心包炎、纤维素性肺炎、肺脓肿的病死仔猪体内分离到1株细菌,通过形态特征观察、生化试验,将分离菌株初步鉴定为绿脓杆菌。动物致病性试验结果显示,分离菌株对小鼠具有很强的致病性。药敏试验结果显示,分离菌株对氧氟沙星、恩诺沙星高度敏感,对头孢噻肟、庆大霉素中度敏感,对青霉素、氟苯尼考、氨苄西林、阿莫西林、强力霉素、卡那霉素等耐药。将分离菌株的16S rRNA基因序列与Gen Bank中发表的绿脓杆菌序列进行Blast比对,结果表明,分离菌株与绿脓杆菌不同菌株的同源性高达99%以上,进一步确定分离菌株为绿脓杆菌。基于16S rRNA基因序列,使用MEGA 5.05软件,构建系统进化树,结果表明,分离菌株与病人痰液和腹泻婴儿分离菌株的同源性最高,与未加工水果分离菌株同源性最低。

藻类及陆生高等植物叶绿体16Sr RNA基因进化谱系及同源性分析

目的 :了解杜氏盐藻与其他藻类和高等植物间的亲缘关系。方法 :将杜氏盐藻的叶绿体 1 6SrRNA序列与一些藻类和陆生植物叶绿体的 1 6SrRNA序列资料进行同源性比较与分析 ,并构建进化树。结果 :进化树显示整个植物界明显分为 3个大的类群 :蓝藻门、红藻门、隐藻门、金藻门、褐藻门、硅藻门和甲藻门形成一个类群 ,裸藻门单独形成一个类群 ,而绿藻门和陆生高等植物共同形成一个大的类群。陆生高等植物间的亲缘关系非常近 ,拥有一个共同的绿藻祖先 ,而杜氏盐藻、莱茵衣藻等所归属的团藻目则与其他绿藻及高等植物分离 ,独立形成一个极为分散的类群。结论 :杜氏盐藻所隶属的团藻目属于较为原始的绿藻 ,彼此之间亲缘关系较远 。

鸡源志贺菌16SrRNA基因克隆、测序及同源性分析

目的:建立鸡源志贺菌的16SrDNA序列分析方法从而进一步从基因水平鉴定鸡源鲍氏志贺菌。方法:用PCR扩增出鸡源鲍氏志贺菌16SrRNA的部分基因(16SrDNA)并测序,将所获得的序列与GenBank中人志贺菌序列相比较,计算种间相似性,并构建志贺菌的系统发育树,对分离株进行分类与鉴定。结果:首次研究发现鸡源志贺菌的16SrDNA序列与已知的人鲍氏志贺菌同源关系最近,同源性达99·7%,与人福氏志贺菌的同源性为96·0%。结论:16SrDNA序列分析鉴定志贺菌是一种快速、可靠的方法。

西藏根瘤菌新表观群的DNA同源性及16S rDNA全序列分析

在前期数值分类工作的基础上，对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonella spp．和Astragalus spp．的根瘤菌所形成的独立表观群，通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表明：该独立表观群菌株的（G＋C）mol％为59．5％-63．3％，群内菌株间DNA同源性在74．3％-92．3％之间，中心菌株XZ2．3与相关Rhizobium种之间的DNA同源性在0％-47．4％之间，是不同于Rhizobium内各种的新DNA同源群。另外，16S rDNA全序列分析结果也表明，中心菌株XZ2．3占居Rhizobium系统发育分支中的一个独立亚分支，其与临近R．leguminosarum USDA2370^T和R．atli CFN42^T之间的序列相似性分别为96．55％和96．62％。根据国际系统细菌学委员会提出的细菌种属分类标准，该独立表观群构成了一个不同于Rhizobium内各种的新种群。该研究结果丰富了现有根瘤菌分类系统，将为国际上现有Rhizobium的14个种中再增添一个新的分类单元。

应用16S rDNA序列同源性分析鉴定放射线照射后的口腔链球菌

目的 对受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变的口腔链球菌进行鉴定。方法 生理、生化试验 ;16SrDNA序列同源性分析 :提取待鉴定细菌的基因组DNA ,用多聚酶链式反应 (PCR)扩增 16SrDNA ,对其测序后输入GenBank中与已知序列进行比较。结果 应用 16SrDNA序列同源性分析方法可对因受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论 在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时 。

16S核糖体RNA基因和RNA聚合酶β亚基基因及基质辅助激光解析／电离飞行时间质谱鉴定海洋副溶血性弧菌及其同源性分析的研究

目的评价16S核糖体RNA基因（16SrRNA）、RNA聚合酶β亚基基因（rpoB）及基质辅助激光解析／电离飞行时间质谱（MALDI-TOFMS）技术对海洋副溶血性弧菌的鉴定及同源性分析的性能。方法将50株海洋副溶血性弧菌以及与其亲缘关系相近的30株海洋溶藻弧菌、8株海洋坎贝式弧菌、11株海洋哈维氏弧菌、3株海洋需钠弧菌、2株海洋创伤弧菌分别用16SrRNA、rpoB和MALDI-TOFMS技术3种方法进行鉴定并做系统进化树、聚类分析，比较分析结果。结果50株海洋副溶血性弧菌用16SrRNA鉴定出5株，rpoB鉴定出41株，MALDI-TOFMS技术鉴定出41株。16SrRNA系统进化树的结果不能将海洋副溶血性弧菌和海洋溶藻弧菌、海洋坎贝式弧菌、海洋需钠弧菌、海洋创伤弧菌分开。rpoB和MALDI．TOFMS可以准确地做出同源性分析。rpoB鉴别来自不同地域的海洋副溶血性弧菌的能力优于MALDI-TOFMS。而MALDI-TOFMS在海洋副溶血性弧菌的环境株和临床株的鉴别上优于rpoB。结论rpoB和MALDI．TOFMS技术鉴定海洋副溶血性弧菌准确，二者相结合是进行海洋副溶血性弧菌鉴定和同源性分析的适宜技术。

进口鱼粉和肉骨粉病原性沙门菌的分离鉴定及其16SrRNA序列的同源性分析

从进口的 17批饲料用鱼粉、肉骨粉样品中分离得到 4株细菌 ,采用生化和血清学方法鉴定 ,提取其DNA ,用细菌 16SrRNA基因通用引物进行PCR扩增 ,并对PCR扩增产物测序 ,将测定的 16SrRNA序列在NCBI数据库中进行序列同源性比较 ,确证为沙门菌 ,其中样品 2、8与鼠伤寒沙门菌的序列同源性大于 99% ,样品 10、11与伤寒沙门菌的序列同源性大于 99%。由此可以认定样品 2、8为鼠伤寒沙门菌 ,样品 10。

检测藻类16SrDNA特异性片段在溺死诊断中的应用

目的建立藻类16Sr DNA特异性片段扩增方法,探讨其在溺死诊断中的应用价值。方法 35只实验兔随机分组:生前入水组(溺死组)15只,死后入水组(空气栓塞致死后入水)15只,对照组(空气栓塞死后不作处理)5只;微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测过的20例水中尸体肝脏样本20份(硅藻阳性14份,阴性6份)。7种已知藻(直链藻、菱形藻、针杆藻、舟形藻,铜绿微囊藻,小环藻,小球藻)作为对照。提取组织样本及藻类DNA,扩增产物银染显带。结果生前入水组肺、肝、肾检出率分别为100%,86%,86%;死后入水组肺、肝、肾检出率分别为13%,0%,0%。对照组肺、肝、肾藻类未检出。生前入水组与死后入水组各种脏器中藻类检出率差异显著(P<0.05)。20份经微波消解-真空抽滤-电镜扫描法检测的水中尸体肝脏样本中,使用本方法15份样本结果为阳性(包括1份硅藻阴性样本)。7种藻类DNA扩增结果为阳性。结论本文所建立的PCR法检测藻类16Sr DNA灵敏度高,可对多种溺死藻类同时检测,有较好的应用前景。

应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。

基于16SrDNA序列的中国沿海短蛸种群遗传结构

采用线粒体基因测序技术,对中国沿海7个短蛸(Octopus ocellatus)群体的遗传结构和变异进行分析,以探讨种群扩散潜力对遗传结构的影响。共测定了100个短蛸样本的485 bp的16S rDNA序列,经UPGMA聚类分析表明,中国沿海的短蛸群体存在着明显的种群结构。7个群体明显地分化为两大类群:一个类群由北方沿海的大连、烟台、青岛、连云港群体组成,另一个类群由南方沿海的上海、舟山和广东群体组成;两类群间存在14个固定核苷酸碱基的替换。两类群间的遗传分化系数FST和基因流Nm分别达0.878和0.069,并达到显著分化水平(P<0.05)。AMOVA检验表明,两类群间的差异有87.76%存在于群体间,而仅有12.24%存在于群体内。两类群间的净遗传距离为0.019,表明可能为中度的种内群体间分化水平。依据分子钟理论推断,两类群的分化时间约为晚更新世冰期。两类群的分化可能与短蛸缺乏浮游幼体生活史和无长距离迁移习性有关,基因流与地理距离间的相关性符合脚踏石模型,进一步证实了这一点。同时短蛸群体的这种分化格局还可能与晚更新世以来中国沿海海平面的反复升降和长江口淡水的阻隔有关。

基于16SrDNA序列片段探讨织纹螺的系统发生关系

通过对细肋织纹螺、红带织纹螺、半褶织纹螺、拟半褶织纹螺、纵肋织纹螺和秀丽织纹螺等6种织纹螺属Nassarius动物线粒体16SrDNA的部分序列以及GeneBank中西格织纹螺和秀丽织纹螺2条同源序列的分析,使用MAGE软件构建了系统发生树(NJ树和ME树),探讨了这7种织纹螺种间以及亚属间的系统发生关系。结果表明,本研究所涉及的织纹螺16SrDNA序列能较好的反映织纹螺种间和亚属间的亲缘关系,16SrDNA可用于织纹螺近缘种类的系统学研究;系统树均支持将拟半褶织纹螺作为一独立种的观点;Reticunassa亚属的种和Varicinassa亚属的种亲缘关系相对前者与Zeuxis亚属的种近。

一株高产脂肪酶产生菌16SrDNA的序列分析

【目的】对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础。【方法】对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLП-4)进行培养,提取其基因组DNA。设计16SrDNA通用引物,扩增16SrDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序。【结果】提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16SrDNA基因片段,长度为1528bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16SrDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌。【结论】初步将高产脂肪酶细菌JLП-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌。

竹丛枝植原体16SrDNA片段克隆与序列分析

利用植原体16SrRNA基因序列设计合成的引物,对表现丛枝的竹子植株总DNA进行直接PCR及巢式PCR扩增,得到长1.2kb的目的片段。将此片段与pGEMTEasy载体连接并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中。通过酶切、PCR鉴定,对筛选得到的重组阳性克隆进行核酸序列测定及同源性比较分析,结果表明其与植原体16SrⅠ组中的西方翠菊黄化植原体(SAY)同源率为99%。依据16SrDNA序列建立了竹子丛枝病植原体株系的系统进化树。对云南竹子丛枝病植原体株系分类鉴定与已报道的结果相似。

耐热脂肪酶产生菌FS1403的分离筛选和16SrDNA基因序列的分析

从菲律宾火山口土样中分离、筛选获得一株产脂肪酶的耐热菌FS1403，对该菌脂肪酶的酶学性质初步研究表明：酶的最适作用温度为55℃，60℃处理1h保持70％酶活性，为中度耐热脂肪酶。酶的最适pH值为8．0，在pH7～pH10的条件下酶活都比较稳定。采用细菌16SrDNA通用引物，PCR扩增、克隆并分析了该菌的16SrDNA基因序列，同源性和系统发育学分析表明菌株FS1403与Bacillus subtilis具有最紧密亲缘关系。

广东茄科雷尔氏菌16SrDNA序列分析

应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16SrDNA近全长序列均为1 528 bp,序列间同源率99.2%-100%;各菌株的16S rDNA序列间只有1-12个不等的碱基差异,其中20个菌株的458-460位及474位的碱基是ACT和T,而菌株HZ-1则是TTC和A,说明广东茄科雷尔氏菌的16S rDNA序列十分保守.系统进化分析结果显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌2 a亚组中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中.

细菌分类与鉴定的新热点:16S-23SrDNA间区

:随着分子生物学的迅速发展 ,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平 ,如(G+ C) mol%、DNA杂交、r DNA指纹图、质粒图谱和 16 S r DNA序列分析等。r RNA存在于所有细菌中 ,r RNA基因由保守区和可变区组成 ,在细菌中高度保守。r RNA基因包含 5’端到 3’端的若干种成分 ,分别是 16 Sr DNA、间区、2 3Sr DNA、间区和 5Sr DNA。16 S- 2 3Sr DNA间区近年来在细菌系统发育学 ,特别是相近种和菌株的区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点 ,本文将就 16 S- 2 3Sr DNA间区的一些特性及其在细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。