16SrDNA序列测定在采血耗材污染细菌鉴定中的应用

目的探讨16SrDNA基因测序方法在鉴定采血耗材中未知细菌污染方面的应用价值。方法对15例采血原辅耗材样本进行采样、分离、纯化培养。可疑阳性标本进一步采用16SrDNA基因测序检测,同时用表皮葡萄球菌标准菌株作为实验阳性对照。结果 15例样本中有3例细菌培养可疑阳性,PCR扩增其16SrDNA片段,测序结果与GenBank比对,分别与Macrococcus caseolyticus strain(巨型球菌)、Klebsiella pneumoniae(肺炎克雷伯菌)与Bacillus thuringiensis(苏云金芽孢杆菌)的同源性为99%。表皮葡萄球菌标准菌株16SrDNA基因测序结果与来源一致。结论 16SrDNA基因测序方法可用于血制品耗材中未知细菌的污染检测,在菌株鉴定方面有快速、特异的优势。

魁蚶线粒体16S rRNA和COI基因片段序列测定及其应用前景

Mitochondrial gene(16S rRNA and COI) fragments of Bloody clam Scapharca broughtonii were amplified via PCR, the PCR products were ligated into T vectors, cloned and sequenced. 823 bp and 703 bp nucleotide sequences of partial 16S rRNA gene and partial COI gene were obtained respectively. The contents of A, T, G and C were 24.79%,23.57%,29.16% and 22.48% in 16S rDNA; 22.05%,33.85%,23.33% and 20.77% in COI. The potential uses of these two sequences were discussed for genetic variation, differentiation and relevant research of different geographic populations in the species.

椰毒假单胞菌酵米面亚种16S rDNA序列测定与分析

本文对３种不同来源样品的４株椰酵假单胞菌的１６ＳｒＤＮＡ的序列进行了测定，以确定其系统发育位置及与其它菌种的遗传进化关系。实验中设计了７条引物，利用聚合酶链式反应（ＰｏｌｙｍａｓｅＣｈａｉｎＲｅ－ａｃｔｉｏｎ，ＰＣＲ）扩增４株细菌的１６ＳｒＤＮＡ，通过扩增产物的克隆测序或直接测序，获得了它们的１６ＳｒＤＮＡ序列，将测得的序列与伯克霍尔德氏菌属中其它菌种的１６ＳｒＤＮＡ序列进行了聚类分析，得到了系统发育进化树状图。树状图及不同菌种之间的同源性比值：椰酵假单胞菌（Ｐ．ｃｏｃｏｖｅｎｅｎａｎｓｓｕｂｓｐ．ｆａｒｉｎｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）与唐菖蒲伯克霍尔德氏菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｇｌａｄｉｏｌｉ）、椰毒伯克霍尔德氏菌（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｏｃｏｖｅｎｅｎａｎｓ）的亲缘关系非常近，与其它菌种的亲缘关系相对较远，椰酵假单胞菌、唐菖蒲伯克霍尔德氏菌和椰毒伯克霍尔德氏菌可归属于一个独立的系统发育系。

应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。

一株高产脂肪酶产生菌16SrDNA的序列分析

【目的】对分离获得的高产脂肪酶菌株进行鉴定,为其改造和更好利用奠定基础。【方法】对从食堂下水道中分离获得的一株高效产脂肪酶细菌(JLП-4)进行培养,提取其基因组DNA。设计16SrDNA通用引物,扩增16SrDNA基因片段,并连接到pUC19-T载体上,转化大肠杆菌DH5X,经PCR鉴定的阳性克隆摇菌培养后测序。【结果】提取获得较高质量的基因组DNA,扩增获得新分离菌株16SrDNA基因片段,长度为1528bp,BLAST相似性比对分析结果表明,其与伯克霍尔德氏菌16SrDNA序列相似性达97%,是一株与伯克霍尔德氏菌最近的革兰氏阴性菌。【结论】初步将高产脂肪酶细菌JLП-4鉴定为唐菖蒲伯克霍尔德菌。

耐热脂肪酶产生菌FS1403的分离筛选和16SrDNA基因序列的分析

从菲律宾火山口土样中分离、筛选获得一株产脂肪酶的耐热菌FS1403，对该菌脂肪酶的酶学性质初步研究表明：酶的最适作用温度为55℃，60℃处理1h保持70％酶活性，为中度耐热脂肪酶。酶的最适pH值为8．0，在pH7～pH10的条件下酶活都比较稳定。采用细菌16SrDNA通用引物，PCR扩增、克隆并分析了该菌的16SrDNA基因序列，同源性和系统发育学分析表明菌株FS1403与Bacillus subtilis具有最紧密亲缘关系。

广东茄科雷尔氏菌16SrDNA序列分析

应用PCR方法,获得了分离自广东番茄、茄子、辣椒、烟草、空心菜、沙姜、姜、马铃薯、花生、菊花、桑树和藿香共12种作物21个茄科雷尔氏菌菌株的16S rDNA.序列测定及比较结果表明,21个广东茄科雷尔氏菌菌株16SrDNA近全长序列均为1 528 bp,序列间同源率99.2%-100%;各菌株的16S rDNA序列间只有1-12个不等的碱基差异,其中20个菌株的458-460位及474位的碱基是ACT和T,而菌株HZ-1则是TTC和A,说明广东茄科雷尔氏菌的16S rDNA序列十分保守.系统进化分析结果显示,仅菌株HZ-1聚类于茄科雷尔氏菌2 a亚组中,其余20个菌株均聚类于茄科雷尔氏菌区组1中.

油茶根际联合固氮菌的16SrDNA全序列分析

利用16SrDNA序列系统发育学分析方法对从湖南省野生油茶根系分离筛选出的一株高效联合固氮菌株B7-7进行了系统分类研究。结果表明:该菌株与鞘脂菌属Sphingobium yanoikuyae的同源性和相似性均达到99%,结合B7-7的形态特征和生理生化特性,初步将其确定为鞘脂菌Sphingobium sp.。

中国柯萨奇病毒A组16型部分VP1区序列测定及系统进化分析

利用1999～2004年连续6年从中国深圳及北京地区分离的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox.A16)毒株的部分VP1区基因序列进行分析和研究,试图找出中国Cox.A16的种系进化规律和分型依据.6株Cox.A16病毒部分VP1区核苷酸和氨基酸同源性均较高,相互间核苷酸同源性为94.5%～98.0%,氨基酸同源性为97.8%～100%.6株中国分离株与Cox.A16国际参考株相比,部分VP1区核苷酸同源性高于78.2%,氨基酸同源性高于为93.3%.基因系统进化分析表明,中国大陆分离的6株Cox.A16与中国台湾流行株Tainan-5079-98(AF177911),与4株日本分离株、瑞典株及美国株GA95-2095(AF081613)、PA94-5753(AF081628)的关系均较近,核苷酸同源性大于93.3%.了解我国Cox.A16流行株的遗传学背景和种系进化关系,对有效地预防和控制Cox.A16流行有重要意义.

不同症状矮牵牛植株植原体16SrDNA片段的克隆及序列分析*

应用植原体 16SrRNA基因通用引物,分别对表现矮化和扁茎症状的矮牵牛植株进行巢式PCR检测,均得到约 1. 2kb的特异片段。将此特异片段与pGEM -TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定,序列测定及同源性比较分析,结果表明:这 2个植原体株系 16SrDNA片段G+C含量分别为47. 1%和 47. 0%,具有其他柔膜菌纲原核生物 16SrRNA基因碱基组成特征;与 16Sr组中的代表株系 (西方翠菊黄化,SAY)同源率达到最高,分别为 99. 1和 98. 6%,故认为这 2个株系为该组成员之一。

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明，分离自宁夏沙坡头地区的１２株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了ＤＮＡ同源性和群内中心菌株１６ＳｒＤＮＡ全序列分析。１２个菌株的Ｇ＋Ｃｍｏｌ％在５６４～６２２范围内；群内ＤＮＡ同源性为７２３％～９３５％，大于７０％，属种内水平；中心株Ｎ２２０的１６ＳｒＤＮＡ全序列与参比菌株的序列比较，从模拟系统发育树看出，它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的１６ＳｒＤＮＡ序列同源性在９４８％～９９２％的相似性水平上构成一个分支，看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。

仙人掌丛枝病植原体检测和16SrDNA片段序列分析

对仙人掌丛生幼嫩组织进行超薄切片电镜观察 ,在韧皮部筛管中存在大量植原体 ;根据植原体 16 S r RNA基因保守序列设计的通用引物对 R16 F2 /R2 ,应用 PCR技术对仙人掌丛枝病进行分子检测 ,结果扩增到约 1.2 kb的特异性片段 ,而在健康组织中却没有此特异片段 ;通过 16 S r DNA片段核酸序列同源性比较 ,结果表明仙人掌丛枝病植原体与花生丛枝病植原体亲缘关系最近 ,据此可初步判断仙人掌丛枝病植原体是一种属于 16 Sr II组的植原体 ,基本确定了其分类地位。

根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。

猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

从确诊为猪附红细胞体感染的猪场,无菌采集血样,抽提猪附红细胞体基因组DNA,采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增,对扩增产物进行克隆和测序。从3 个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1 469 bp的核苷酸序列。系统进化分析表明,3个猪场样品所测序列一致性达99 52%以上,具有相同的基因型,但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95%,属于同一基因群,但基因型不同;所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支,这类血营养菌与支原体科,支原体属的病原最靠近(75%),而与立克次氏体目的病原较远(70%)。上述研究证实,广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体,建议命名为猪附红细胞体广东株型;为反映进化关系,猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌(YL081101),经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515 bp的核苷酸序列(GenBank登录号GQ261178)。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高(99.9%)。同时,用与该序列相关性较高的S.sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S.aureus、S.aureus subsp.anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。

枣疯病植原体PCR检测方法的建立及16SrDNA序列分析

以新郑灰枣枣疯病叶片为试验材料,先提取枣疯病病株叶片的DNA,经过巢式PCR扩增后对枣疯病植原体16SrDNA进行测序和分析.获得枣疯病植原体的16SrDNA基因片段为1 125bp,通过序列同源性比较,表明枣疯病样品中检测到的植原体与EY(AY197655)同源性高达99%,应属于16SrV组,确定了枣疯病植原体的分类地位.

南极产低温几丁质酶菌株的16SrDNA序列分析及其发酵条件及酶学性质研究

从南极深海沉积物中筛选到一株产低温几丁质酶的菌株AC444,经细菌形态观察及16S rDNA序列分析,该菌株属于假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas),其最适与最高生长温度分别为15℃和30℃,属于兼性嗜冷菌.AC444菌株能利用多种碳源产酶,在含胶体几丁质和蛋白胨的培养基中产酶最高,达13.47U,最适产酶温度为20℃.酶的最适反应pH为7.0,最适作用温度为35℃,属中性低温酶.

六斑月瓢虫模板DNA的制备及16SrDNA序列扩增

本文对酒精浸泡的六斑月瓢虫Ｍｅｎｏｃｈｉｌｕｓ ｓｅｘｍａｃｕｌａｔａ Ｆａｂｒｉｃｉｕｓ）标本进行基因组ＤＮＡ的提取，用线粒体１６ ＳｒＤＮＡ引物扩增出长度约为５００ｂｐ的ＰＣＲ产物，为进一步开展瓢虫的分子系统学研究打下基础。

胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探

对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。

马源肠道芽孢杆菌的16S rDNA序列测定及系统进化分析

研究旨在对马源肠道芽孢杆菌进行16S rDNA测序和系统进化分析。采集5匹成年马的新鲜粪便,经划线分离、纯化镜检、生化鉴定后获得5株菌,分别命名为QM、BM、Y1M、Y2M、Z2M,采用16S rDNA扩增通用引物,进行序列测定,测序结果与GenBank DNA数据库的序列比对,并构建进化树。结果显示:QM、BM、Y1M均为蜡样芽孢杆菌,Y2M为解淀粉芽孢杆菌,Z2M为赖氨酸芽孢杆菌。研究表明,马肠道内含有丰富的芽孢杆菌,可为马源益生菌提供天然菌种,促进马属动物肠道健康。