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16SrRNA指纹分析技术在瘤胃微生物研究中的应用 被引量:3
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作者 艾丹 郭春华 +3 位作者 尹永志 严锦绣 于婷婷 曹龙凯 《饲料研究》 CAS 北大核心 2011年第2期10-12,共3页
随着试验生物学和生物信息学的快速发展,对瘤胃微生物的多样性开展了系统的研究。利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,基于16SrRNA的指纹分析技术就很好地解决了该问题。该技术具有可靠性强和方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群... 随着试验生物学和生物信息学的快速发展,对瘤胃微生物的多样性开展了系统的研究。利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,基于16SrRNA的指纹分析技术就很好地解决了该问题。该技术具有可靠性强和方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性分析。 展开更多
关键词 瘤胃微生物 多样性 基于16srrna的指纹分析技术
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采用16SrRNA序列分析方法鉴定第四次全国结核病流调的非结核分支杆菌 被引量:1
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作者 李卫民 王苏民 +3 位作者 张旭霞 姜广路 田苗 端木宏谨 《结核病与胸部肿瘤》 2004年第1期33-37,共5页
目的 从核苷酸序列水平建立一种非结核分支杆菌的鉴定方法,以用于其流行病学调查。方法 对第四次全国结核病流行病学抽样调查获得的49株非结核分支杆菌,采用16SrRNA基因片段序列分析的方法进行鉴定,结果 五株标准菌株的测序结果与其... 目的 从核苷酸序列水平建立一种非结核分支杆菌的鉴定方法,以用于其流行病学调查。方法 对第四次全国结核病流行病学抽样调查获得的49株非结核分支杆菌,采用16SrRNA基因片段序列分析的方法进行鉴定,结果 五株标准菌株的测序结果与其命名完全相符。49株流调非结核分支杆菌中.41株可明确鉴定,4株不能明确鉴定到种,4株扩增失败无法鉴定。所占比例较高的菌种为:不产色分支杆菌(7/41),土地分支杆菌(6/41),胞内分支杆菌(5/41),偶然分支杆菌(4/41)。结论 在基因水平上较客观地了解我国目前可引起可疑肺结核症状的非结核分支杆菌的流行状况。16SrRNA基因片段序例分析鉴定非结核分支杆菌的方法快速、简便、准确并可发现一些新的菌种。 展开更多
关键词 16srrna序列分析方法 鉴定 结核病 非结核分支杆菌 流行病学 调查
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绿海龟源溶藻弧菌的分离鉴定及药敏分析 被引量:7
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作者 叶明彬 陈华灵 +4 位作者 冯国清 梁志凌 端金霞 刘振兴 观玉安 《广东农业科学》 CAS 2020年第6期97-105,共9页
【目的】腐皮病是绿海龟(Chelonia mydas)龟苗培育中的常见病,传染性极强,发病率和死亡率高。为确定病因及治疗方法,从病龟鳍状肢的腐皮组织中分离病原菌。【方法】从症状明显的稚龟四肢病灶中分离纯化得到疑似病原菌,编号CMRT91026,开... 【目的】腐皮病是绿海龟(Chelonia mydas)龟苗培育中的常见病,传染性极强,发病率和死亡率高。为确定病因及治疗方法,从病龟鳍状肢的腐皮组织中分离病原菌。【方法】从症状明显的稚龟四肢病灶中分离纯化得到疑似病原菌,编号CMRT91026,开展形态特征、生理生化特性、16SrRNA鉴定和系统发育树构建及相关药物敏感试验。【结果】该菌能在TCBS培养基上生长,菌落呈黄色,为革兰氏阴性短杆菌;在1%NaCl葡萄糖磷酸盐胨水、蔗糖、甘露糖和赖氨酸脱羧酶上的生化特性均显示阳性,并且在3%~10%NaCl胨水均能生长;与NCBI上的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)同源性达100%。药敏结果显示,该菌对恩诺沙星、萘啶酸、左氧氟沙星、米诺环素、头孢吡肟和头孢曲松敏感;对多西环素、氟苯尼考、妥布霉素、大观霉素、诺氟沙星和氨曲南呈中介;对新霉素、复方新诺明、阿莫西林、庆大霉素、丁胺卡那霉素等15种药物有耐药性。【结论】该菌株鉴定为溶藻弧菌,对喹诺酮类药物(如恩诺沙星)、四环素类药物(如米诺环素)及头孢类(如头孢曲松)等药物较为敏感。试验结果为绿海龟稚龟溶藻弧菌病的诊断及病害防控提供了一定参考。 展开更多
关键词 绿海龟 种苗培育 溶藻弧菌 16srrna分析 药敏试验
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网箱养殖卵形鲳鲹“烂身病”病原分离鉴定及药敏分析 被引量:7
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作者 涂志刚 崔婧 +4 位作者 严耿杰 骆丽珍 李丹萍 周永灿 邱名毅 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期634-639,共6页
2016年5月,在海南临高和澄迈等深水网箱养殖区,养殖的卵形鲳鲹出现"烂身病",两周内鱼类大量死亡,对该产业带来较大冲击。针对海南省深水网箱养殖卵形鲳鲹"烂身病"进行调查分析,自患病鱼类肝脏中分离到1株优势菌株QT... 2016年5月,在海南临高和澄迈等深水网箱养殖区,养殖的卵形鲳鲹出现"烂身病",两周内鱼类大量死亡,对该产业带来较大冲击。针对海南省深水网箱养殖卵形鲳鲹"烂身病"进行调查分析,自患病鱼类肝脏中分离到1株优势菌株QT520,经回归感染试验确定其为病原菌。通过形态学、生理生化特征以及16SrRNA基因序列分析等综合鉴定,菌株QT520为弧菌属哈维弧菌,其单位质量半致死密度为2.5×105 cfu/(mL·g),属强毒菌株。药敏分析结果显示,哈维弧菌QT520对利福平、庆大霉素和多西环素等9种药物敏感,而对四环素、链霉素和卡那霉素等6种药物耐药。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 烂身病 16srrna基因序列分析 病原 哈维弧菌QT520
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海南黎族鱼茶中微生物多样性分析 被引量:5
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作者 王小茹 徐传标 +1 位作者 彭湘文 张家超 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第6期136-141,共6页
以采集自海南保亭与白沙两地区的黎族家庭的28份样本为研究对象,采用传统分离培养方法,16S r RNA基因序列分析和实时定量聚合酶链式反应分析对样品中的微生物进行分离鉴定和多样性研究。结果表明,共鉴定出6个属,22个种,其中Lactobacillu... 以采集自海南保亭与白沙两地区的黎族家庭的28份样本为研究对象,采用传统分离培养方法,16S r RNA基因序列分析和实时定量聚合酶链式反应分析对样品中的微生物进行分离鉴定和多样性研究。结果表明,共鉴定出6个属,22个种,其中Lactobacillus属占总数的68.56%,Bacillus属和Enterococcus属则分别占18.04%和10.82%,又测得Lactobacillus属基因拷贝数为2.24×10~7,Bacillus属为1.72×10~5以及Enterococcus属为1.07×10~6。可知,Lactobacillus属是鱼茶中的主要优势菌属,Lactobacillus plantarum和Lactobacillus pentosus是鱼茶中的优势菌种。而不同地区鱼茶中微生物多样性也存在差异,以Lactobacillus属为例,保亭地区独有Lactobacillus rossiae,而白沙地区独有Lactobacillus coryniformis、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus namurensis、Lactobacillus senioris。研究结果揭示了海南黎族鱼茶中微生物的丰富多样性,反映了微生物群落结构特点,为有益微生物资源的开发利用提供参考依据。 展开更多
关键词 海南 黎族 鱼茶 微生物多样性 16srrna基因序列分析 实时定量聚合酶链式反应 分类进化
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糟坊头酒坊遗址古窖池中几株细菌鉴定及其代谢产物分析 被引量:3
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作者 李晓英 文万彬 +5 位作者 吴林蔚 刘世鑫 杨涛 徐茂林 彭佑信 庄名扬 《酿酒》 CAS 2012年第1期59-62,共4页
采用形态理化特征分析和16SrRNA基因序列分析方法研究了糟坊头酒坊古窖池中分离到的三株细菌在分类学上的地位;采用气相色谱检测了三株菌液体发酵的代谢产物;采用顶空固相微萃取气相色谱-质谱法检测了三株菌固体发酵的代谢产物。
关键词 形态理化特征 16srrna基因序列分析 气相色谱 顶空固相微萃取气相色谱-质谱
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Genetic Diversity in Populations of Sepiella maindroni Using 16S rRNA Gene Sequence Analysis 被引量:10
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作者 郑小东 WANG +6 位作者 Rucai Xiao Shu Yu Ruihai Yang Jianmin 《High Technology Letters》 EI CAS 2003年第1期1-5,共5页
Part of the 16S rRNA gene is amplified with PCR and sequenced for 5 populations of com-mon Chinese cuttlefish Sepiella maindroni: three from the South China Sea, one from East China Sea and one from Japan. The result ... Part of the 16S rRNA gene is amplified with PCR and sequenced for 5 populations of com-mon Chinese cuttlefish Sepiella maindroni: three from the South China Sea, one from East China Sea and one from Japan. The result shows that a total of 5 nucleotide positions are found to have gaps or insertions of base pairs among these individuals, and 13 positions are examined to be variable in all the sequences, which range from 494 to 509 base pairs. All of the individuals are grouped into 7 haplotypes (h1-h7). No marked genetic difference is observed among those populations. All of the individuals from Nagasaki belong to hl and the h3 haplotype is found only in the coastal waters of China. A(?)G transition in Nucleotide 255 is suggested to be taken as a kind of genetic marker to identify the populations distributed in East-South China Sea and the Nagasaki waters of Japan. 展开更多
关键词 genetic diversity Sepiella maindroni 16S rRNA gene DNA sequencing
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黄颡鱼红头病病原研究 被引量:8
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作者 郑善坚 《浙江海洋学院学报(自然科学版)》 CAS 2009年第4期406-409,共4页
从患红头病的黄颡鱼的肝脏中分离获得HS807菌株,经人工感染试验为该病的致病菌,结合形态观察、培养特性及16S rRNA基因序列分析,HS807菌为鲇鱼爱德华氏菌。药敏试验表明,对复方新诺明、环丙沙星、先锋Ⅳ、强力霉素、青霉素、依诺沙星、... 从患红头病的黄颡鱼的肝脏中分离获得HS807菌株,经人工感染试验为该病的致病菌,结合形态观察、培养特性及16S rRNA基因序列分析,HS807菌为鲇鱼爱德华氏菌。药敏试验表明,对复方新诺明、环丙沙星、先锋Ⅳ、强力霉素、青霉素、依诺沙星、环丙沙星、菌必治、新霉素、呋喃唑酮等药物敏感。 展开更多
关键词 黄颡鱼 红头病 爱德华氏菌 16srrna基因序列分析
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Biodissolution of pyrite and bornite by moderate thermophiles 被引量:1
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作者 WU Xue-ling LIAO Wan-qing +4 位作者 PENG Tang-jian SHEN Li QIU Guan-zhou ERDENECHIMEG Dolgor ZENG Wei-min 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS CSCD 2022年第11期3630-3644,共15页
Acid mine drainage(AMD)has become a widespread environmental issue and its toxicity can cause permanent damage to the ecosystem.However,there are few studies focusing on the formation of AMD under moderately thermophi... Acid mine drainage(AMD)has become a widespread environmental issue and its toxicity can cause permanent damage to the ecosystem.However,there are few studies focusing on the formation of AMD under moderately thermophilic conditions,hence we employed X-ray diffraction(XRD),scanning electron microscopy(SEM),X-ray photoelectron spectroscopy(XPS)and 16S rRNA sequencing to study the dissolution of pyrite and bornite by a moderate thermophilic consortium,and explored the role of free and attached microorganisms in the formation of AMD.The consortium mainly comprised Acidithiobacillus caldus,Leptospirillum ferriphilum and Sulfobacillus thermosulfidooxidans.The results indicated that total iron in pyrite solution system reached 33.45 g/L on the 12th day,and the copper dissolution rate of bornite dissolution reached 91.8%on the 24th day.SEM results indicated that the surfaces of pyrite and bornite were significantly corroded by microorganisms.XRD and XPS results showed that ore residues contained jarosite,and the dissolving residue of bornite contained elemental sulfur.The dominant bacterial genus in pyrite dissolution was A.caldus,and L.ferriphilum in bornite dissolution.To sum up,microbes significantly accelerated the mineral dissolution process and promoted the formation of AMD. 展开更多
关键词 PYRITE BORNITE DISSOLUTION moderate thermophiles 16S rRNA redundancy analysis
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《中国药典》中标准菌种质控新方法的研究 被引量:3
10
作者 徐潇 石继春 +6 位作者 王春娥 梁丽 郑锐 孙文媛 龙新星 陈翠萍 叶强 《微生物学免疫学进展》 2019年第3期1-15,共15页
目的 研究《中华人民共和国药典》(简称《中国药典》)纳入的标准菌种质控新方法,并评价不同批号标准菌种的质量稳定性。方法 对脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行比较研究,同时整合16SrRNA基因序列分析、多位点序列分型和基质辅助激光解吸... 目的 研究《中华人民共和国药典》(简称《中国药典》)纳入的标准菌种质控新方法,并评价不同批号标准菌种的质量稳定性。方法 对脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行比较研究,同时整合16SrRNA基因序列分析、多位点序列分型和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等质控新方法,进行标准菌种质控新方法的建立,并对标准菌种的质量进行评价。结果 形成了适用于《中国药典》中标准菌种的方法,并通过整合的质控新方法对不同批号的标准菌种进行评价,结果显示,菌种质量稳定,遗传信息无改变。同时,建立了标准菌种16SrRNA基因标准序列、PFGE标准指纹图谱和标准基因型。结论 标准菌种质控新方法的研究,为更加全面、深入地评价标准菌种的质量提供了依据;建立的标准菌种质量控制体系及标准菌种质控鉴定信息,为标准菌种持续的质量控制奠定了重要的参比信息基础。 展开更多
关键词 中国药典 标准菌种 质控方法 脉冲场凝胶电泳 16srrna基因序列分析 多位点序列分型 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱
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亚洲韧皮杆菌兼性厌氧型伴生细菌鉴定及优势菌群分析 被引量:7
11
作者 李颜方 殷幼平 +3 位作者 王玉玺 李佳 陈世伟 王中康 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1362-1370,共9页
以定向分离培养和基于16S rDNA的PCR-DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)方法,分析感黄龙病柑橘与健康柑橘植株不同部位的内生细菌多样性,分离柑橘组织共获得19株可培养的兼性厌氧型内生细菌,经形态、生理生化结合16S ... 以定向分离培养和基于16S rDNA的PCR-DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)方法,分析感黄龙病柑橘与健康柑橘植株不同部位的内生细菌多样性,分离柑橘组织共获得19株可培养的兼性厌氧型内生细菌,经形态、生理生化结合16S rDNA分子方法鉴定其隶属于12个属,其中短小杆菌属Curtobacterium sp.(IF:29.07%)、芽孢杆菌属Bacillus sp.(IF:23.12%)和微杆菌属Microbacterium sp.(IF:21.09%)为罹病植株的优势菌群,芽孢杆菌属Bacillus sp.(IF:21.03%)、动性球菌属Planococcus sp.(IF:20.69%)和假单胞菌属Pseudomonas sp.(IF:17.44%)为无症健株的优势菌群。对DGGE方法得到的50条16S rDNA目标条带进行序列比对,共鉴定出9个属的细菌,结果表明沙雷氏菌属Serrations sp.(IF:28%)是优势菌属,泛菌属Pantoea sp.(IF:14%)是次优势菌属;病果桔络中黄龙病菌含量最高(>1%),而罹病植株其他部位的黄龙病菌丰度较低。PCR-DGGE图谱也显示感病和健康柑橘组织的内生细菌存在差异。 展开更多
关键词 黄龙病 内生细菌 定向分离培养 16srrna多样性分析
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大曲生产期间可培养细菌的分离鉴定及其种群演替规律研究 被引量:2
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作者 窦晓 韩培杰 +4 位作者 张宿义 周健 秦辉 白逢彦 杨建刚 《食品科技》 CAS 北大核心 2017年第4期27-32,共6页
为了揭示泸型酒酿造期间细菌的功能,通过16S rRNA基因序列分析法对大曲发酵过程不同时期可培养细菌进行了分离鉴定,进而分析了可培养细菌的种群演替规律。结果显示,在大曲生产不同时期共分离鉴定了122株细菌,其中有90株鉴定到种分属于1... 为了揭示泸型酒酿造期间细菌的功能,通过16S rRNA基因序列分析法对大曲发酵过程不同时期可培养细菌进行了分离鉴定,进而分析了可培养细菌的种群演替规律。结果显示,在大曲生产不同时期共分离鉴定了122株细菌,其中有90株鉴定到种分属于19个种;另外32株鉴定到属,分属于4个属。大曲生产前期[(0~5)d]细菌大量繁殖、主要细菌种类为Weissella confuse,Enterobacter mori,Lactobacillus pentosus,Kocuria palustris,Lactobacillus plantarum subsp.Plantarum。随着曲温达到最高(第7天),细菌种类及数量开始减少,到成品曲时(第90天)以芽孢杆菌为主(Bacillus anthracis和Bacillus subtilis subsp.inaquosorum)。研究结果对揭示大曲功能微生物及其作用具有一定的意义。 展开更多
关键词 大曲 细菌 16srrna基因序列分析 群落演替
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安徽部分湖泊养殖鱼类暴发性出血病的病原分离与鉴定 被引量:1
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作者 李冠青 王艺 +2 位作者 李槿年 邵士惠 祖国掌 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2011年第6期496-499,共4页
目的确定引起安徽省部分湖泊养殖鱼类暴发性出血病的病原,为防治该病提供理论依据。方法随机取濒死期鲫鱼和白鲢的肌肉组织分别进行细菌和病毒分离培养,联合采用细菌表型鉴定法和16S rRNA基因序列分析法鉴定分离菌株,并使用分离菌株进... 目的确定引起安徽省部分湖泊养殖鱼类暴发性出血病的病原,为防治该病提供理论依据。方法随机取濒死期鲫鱼和白鲢的肌肉组织分别进行细菌和病毒分离培养,联合采用细菌表型鉴定法和16S rRNA基因序列分析法鉴定分离菌株,并使用分离菌株进行人工感染实验。结果从5尾患病鱼的肌肉组织中分离获得5株细菌,综合分离菌株的形态特征、理化特性和16S rRNA基因序列与系统发育学分析的结果,确定L1菌株为温和气单胞菌、L2菌株为维氏气单胞菌、J1、J2和L3菌株为嗜水气单胞菌。人工感染实验表明这5个气单胞菌分离株均具有较强的致病性。结论气单胞菌是该次鱼类暴发性出血病的病原,水温剧变、水质恶化和缺氧是疾病暴发的诱因,应采取改善环境、加强饲养管理、提高鱼体抵抗病力和及时杀灭病原体的综合措施防控该病。 展开更多
关键词 湖泊 鱼类暴发性出血病 病原分离 表型鉴定 16srrna基因序列分析
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耳炎差异球菌分离鉴定及其临床意义 被引量:1
14
作者 李金钟 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第7期465-467,共3页
1989年有关文献报道,耳炎差异球菌被从慢性中耳炎患者的中耳渗出液(media ear effusion,MEE)中分离,并对这些细菌的生物学特性进行了描述,认为这些细菌是在低G+C含量革兰阳性球菌中,但未正式命名.1992年,Aguirre等[1]通过16S rRNA序列分... 1989年有关文献报道,耳炎差异球菌被从慢性中耳炎患者的中耳渗出液(media ear effusion,MEE)中分离,并对这些细菌的生物学特性进行了描述,认为这些细菌是在低G+C含量革兰阳性球菌中,但未正式命名.1992年,Aguirre等[1]通过16S rRNA序列分析,将其正式命名为差异球菌属(Alloiococcus),耳炎差异球菌(A.otitis).1993年,yon Graevenitz[2]将其修正命名为A.otitidis.该菌DNA的G+Cmol%为44~45,模式株NCFB2890.目前,已知的差异球菌属仅有耳炎差异球菌1个菌种,被认为是健康人外耳道的正常菌群之一,与慢性渗出性中耳炎(otitis media with effusion,OME)有关. 展开更多
关键词 耳炎差异球菌 分离鉴定 生物学特性 16srrna序列分析
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