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对虾病原菌2-5B菌株16SrRNA基因片段的克隆和序列测定 被引量:4
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作者 叶军 孔杰 +3 位作者 刘萍 张岩 杨丛海 徐怀恕 《海洋水产研究》 CSCD 1997年第1期9-15,共7页
用引物PL1-PL2PCR扩增对虾病原菌——坎普氏弧菌(V.campbellii)2-5B菌株16SrRNA基因-1223bP的片段,采用pUC19质粒构建dT载体法完成该片段的克隆。部分序列测定及分析结果表明,该菌株与GenBank中坎普氏弧菌标准株序列之间同源性为... 用引物PL1-PL2PCR扩增对虾病原菌——坎普氏弧菌(V.campbellii)2-5B菌株16SrRNA基因-1223bP的片段,采用pUC19质粒构建dT载体法完成该片段的克隆。部分序列测定及分析结果表明,该菌株与GenBank中坎普氏弧菌标准株序列之间同源性为96.94%。所测序列可为PCR特异性引物及寡核苷酸探针设计提供依据,进而应用于病原菌的检测和快速鉴定。 展开更多
关键词 对虾 病原菌 16srrna基因 克隆 序列
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仙人掌丛枝病植原体CWB1株系16SrRNA基因克隆及序列分析
2
作者 蔡红 李凡 +1 位作者 孔宝华 陈海如 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期693-698,共6页
对表现丛枝症状的仙人掌植株总DNA进行植原体 1 6SrRNA基因PCR扩增 ,得到一条约 1 5kb的特异片段 ,表明植株中有植原体存在 ,将此植原体株系命名为CWB1。把此特异片段与pGEM TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM1 0 9感受态细胞中 ,通过PC... 对表现丛枝症状的仙人掌植株总DNA进行植原体 1 6SrRNA基因PCR扩增 ,得到一条约 1 5kb的特异片段 ,表明植株中有植原体存在 ,将此植原体株系命名为CWB1。把此特异片段与pGEM TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM1 0 9感受态细胞中 ,通过PCR鉴定、限制性内切酶 (EcoRI)酶切分析及核苷酸序列分析 ,均表明克隆成功。序列分析结果显示 ,此株系的 1 6SrRNA基因全长 1 489个碱基 ,与属于植原体 1 6SrⅡ C亚组的Fababeanphyllody植原体同源率最高 ,为 99 7%。通过 1 6SrRNA基因核酸序列同源性比较 ,认为该株系属于 1 6SrⅡ C亚组 ,基本确定了其分类地位。 展开更多
关键词 仙人掌 丛枝病植原体 16srrna基因 序列分析 基因克隆
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利用16S rRNA基因克隆文库分析东北自然发酵酸菜中细菌多样性 被引量:9
3
作者 曹碧璇 胡滨 刘爱平 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期76-80,共5页
为了解传统酸菜自然发酵液中细菌多样性和群落的组成结构,采用构建16S rRNA基因文库的方法对酸菜成熟发酵液样品进行了研究.共获得98个克隆子,经过16S rRNA基因全长序列分析,鉴定为7个属,9个种,分别为Lactobacillu scoryniformis、Pedio... 为了解传统酸菜自然发酵液中细菌多样性和群落的组成结构,采用构建16S rRNA基因文库的方法对酸菜成熟发酵液样品进行了研究.共获得98个克隆子,经过16S rRNA基因全长序列分析,鉴定为7个属,9个种,分别为Lactobacillu scoryniformis、Pediococcus parvulus、Citrobacter murliniae、Clostridium intestinale、Lactobacillu smalefermentans、LactobaciUu splantarum、Leuconostoc citreum、Achromobacter spanius和Enterobacter cloacae.其中,乳酸杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcass)和构橼酸杆菌属(Citrobacter)为优势菌,分别占64.29%,22.45%和8.16%,其他种类分别占1.02% ~2.04%.这些研究结果丰富和完善了酸菜发酵液微生物多样性信息,反映了微生物群落结构特点,为筛选有效的酸菜发酵菌剂提供了技术参考. 展开更多
关键词 东北酸菜 细菌多样性 16S RRNA基因 克隆文库 系统发育分析
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卵形鲳鲹线粒体16S rRNA基因全长序列的克隆与分析 被引量:2
4
作者 彭金霞 彭敏 +3 位作者 陈秀荔 蒋伟明 杨春玲 李咏梅 《水生态学杂志》 北大核心 2010年第4期81-85,共5页
根据近源物种线粒体序列的同源比对,在16S rRNA基因上、下游保守区域各设计1对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实,该片段包含了卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus Linnaeus)线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个... 根据近源物种线粒体序列的同源比对,在16S rRNA基因上、下游保守区域各设计1对通用引物。PCR扩增获得特异的DNA片段,经克隆、测序和比对证实,该片段包含了卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus Linnaeus)线粒体16S rRNA全长序列1725bp。对5个个体分别测序比对,发现卵形鲳鲹16S rRNA基因在钦州湾种群个体间存在至少7个变异位点,使5个个体分别具有5种不同的单倍型。将卵形鲳鲹与鲹科其它种的16S rRNA序列进行比对,构建鲳鲹科的系统进化树,支持鲹科下设4个亚科(鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科、鰆鲹亚科)的分类系统。研究表明,16S rRNA基因既可用于卵形鲳鲹种群遗传多样性分析,又适用于鲹科鱼类的系统进化分析。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 线粒体 16srrna基因 克隆
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萘降解菌NAP2-2的16S rRNA基因克隆和系统发育分析 被引量:1
5
作者 张春杨 崔艳梅 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第30期9472-9473,9533,共3页
筛选到1株萘降解菌NAP2-2,对其进行了表观及16S rRNA基因的系统发育研究。结果表明,NAP2-2能以萘作为唯一碳源和能源生长。16S rRNA基因同源性分析显示,该菌株为短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的一个成员。对萘降解菌16S rRNA基因序列的... 筛选到1株萘降解菌NAP2-2,对其进行了表观及16S rRNA基因的系统发育研究。结果表明,NAP2-2能以萘作为唯一碳源和能源生长。16S rRNA基因同源性分析显示,该菌株为短芽孢杆菌属(Brevibacillus)的一个成员。对萘降解菌16S rRNA基因序列的系统发育学分析表明,降解菌主要分布在变形菌门和厚壁菌门。因此对NAP2-2菌株的分析揭示了短芽孢杆菌属新的生物学特性,为以后利用此类细菌处理多环芳烃污染提供了重要依据。 展开更多
关键词 萘降解菌 16srrna基因 克隆 系统发育分析
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栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究 被引量:40
6
作者 刘亚军 喻子牛 +3 位作者 姜艳艳 张留所 孔晓瑜 宋林生 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期477-483,共7页
采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共... 采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共检测到 2 6个多态性核苷酸位点、1 8种单倍型。结果表明 ,4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高 ,其次为烟台、青岛群体 ,大连群体最低 ; 展开更多
关键词 栉孔扇贝 线粒体DNA 16srrna基因 DNA序列测定 PCR技术 克隆 核苷酸序列 多态性
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结合宏基因组末端随机测序和16S rDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性 被引量:11
7
作者 赵志祥 罗坤 +4 位作者 陈国华 杨宇红 茆振川 刘二明 谢丙炎 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第14期3849-3857,共9页
土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围... 土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系。研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系。结合16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围土壤细菌的多样性进行了分析。在16S文库中,根据97%的序列相似性水平划分OTU,共有35个OTU,其中优势菌群是γ-Proteobacteria,其次为Firmicutes,Bacillus为优势细菌。在纲分类水平上,16S文库和宏基因组末端测序结果均包含γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、β-Proteobacteria、Actinomycetales和Firmicutes,各纲比例有差别;在优势种群属水平上,末端测序的结果包含的属多于16S文库(40>35);在优势细菌种类上,两者反映的结果一致,均为Bacillus。但是,宏基因组末端测序包含了大多数的弱势种群,更能反映细菌多样性的真实水平。与露地土壤细菌16S文库相比较,土壤细菌多样性降低,这可能与温室多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。 展开更多
关键词 土壤细菌多样性 末端测序 16S rRNA基因克隆文库 基因文库
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东北虎粪细菌区系的16S rRNA基因序列分析 被引量:15
8
作者 图雅 朱伟云 陆承平 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期671-674,共4页
为研究东北虎粪微生物区系建立了东北虎粪细菌的16S rDNA文库.通过EcoRⅠ和HindⅢ分别对阳性克隆进行酶切分析,从东北虎的16S rDNA文库中分别获得了15个具有酶切差异的克隆.BLAST分析结果显示,在15个克隆中,10个克隆与梭菌属成员有97%... 为研究东北虎粪微生物区系建立了东北虎粪细菌的16S rDNA文库.通过EcoRⅠ和HindⅢ分别对阳性克隆进行酶切分析,从东北虎的16S rDNA文库中分别获得了15个具有酶切差异的克隆.BLAST分析结果显示,在15个克隆中,10个克隆与梭菌属成员有97%以上的同源性,其中有6个序列与诺维梭菌A型(Clostridium novyi type A)有99%的同源性,为诺维梭菌A型;4个序列与猪粪细菌RT-18B(Swine manure bacterium RT-18B)有97%的同源性,为消化链球菌属(Peptostreptococcus)成员.其它序列与GenBank中登录的序列同源性低于97%,为5种未培养细菌,其中4种16S rRNA基因序列分别与Clostridium pascui 、破伤风梭菌E88(Clostridium tetani E88)、梭菌(Clostridium sp.)14505及产气荚膜梭菌(Clostridiumperfringens)有94%~95%的相似性.第5种与肉杆菌(Carnobacterium sp.)R-7279株有94%的同源性. 展开更多
关键词 虎粪微生物区系 16S rDNA基因序列 克隆文库 系统进化树
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应用克隆文库构建法分析马铃薯块茎形成期根系AMF菌群组成 被引量:3
9
作者 任禛 韩丽 +3 位作者 夏体渊 陈丽娟 杨瑞萍 王定康 《贵州农业科学》 CAS 2015年第5期28-32,共5页
为弄清马铃薯生产中丛枝菌根真菌的作用,随机采取马铃薯块茎形成期的根系样品,以DNA提取产物为基础,Nested-PCR扩增目的片段,利用该产物构建AMF部分18S rRNA基因克隆文库,运用ARDRA筛选、DNA测序和系统发育树等方法分析丛枝菌根真菌的... 为弄清马铃薯生产中丛枝菌根真菌的作用,随机采取马铃薯块茎形成期的根系样品,以DNA提取产物为基础,Nested-PCR扩增目的片段,利用该产物构建AMF部分18S rRNA基因克隆文库,运用ARDRA筛选、DNA测序和系统发育树等方法分析丛枝菌根真菌的结构组成。结果表明:文库Coverage C值为89.7%,但Rarefaction曲线不够饱和;获得的8个AMF类型均与免培养的球囊霉属克隆序列相似度较高,其中Seq2、Seq3、Seq5和Seq8代表的摩西球囊霉(Glomus mosseae)、幼套球囊霉(Glomus etunicatum)、近明球囊霉(Glomus claroideum)和地表球囊霉(Glomus versifome)分类地位较为清晰,其余序列可能代表的球囊霉属较新种类。 展开更多
关键词 丛枝菌根真菌 马铃薯 18srrna基因 克隆文库 系统发育树
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地衣芽孢杆菌α-淀粉酶基因的克隆与表达 被引量:2
10
作者 刘永生 张杰 马庆生 《沈阳农业大学学报》 CAS CSCD 2003年第4期284-287,共4页
产淀粉酶高温菌在淀粉酶的生产中具有重要意义。从温泉中分离到1株可在60℃快速生长的淀粉酶产生菌A12 ,经16SrDNA序列比较和丙酸盐利用等实验将其鉴定为地衣芽孢杆菌。构建了地衣芽孢杆菌A12基因文库,并从中克隆到一个α -淀粉酶基因am... 产淀粉酶高温菌在淀粉酶的生产中具有重要意义。从温泉中分离到1株可在60℃快速生长的淀粉酶产生菌A12 ,经16SrDNA序列比较和丙酸盐利用等实验将其鉴定为地衣芽孢杆菌。构建了地衣芽孢杆菌A12基因文库,并从中克隆到一个α -淀粉酶基因amyA1,对其进行了测序分析,并在大肠杆菌中实现了表达。本研究为构建一个耐高温淀粉酶生产用工程菌奠定了基础。 展开更多
关键词 地衣芽孢杆菌 Α-淀粉酶 基因 克隆 表达 16S RDNA 基因文库 大肠杆菌
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纤维素降解混合培养物的16S rRNA基因序列分析 被引量:1
11
作者 张科贵 於蝶 +1 位作者 杨景艳 王顺昌 《安徽大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2013年第4期93-98,共6页
以牦牛瘤胃内容物为接种物,以滤纸为唯一碳源富集到一个降解纤维素的混合培养物.构建混合培养物的16S rRNA基因文库,共获得49个序列,分为7个OTU.其中19个序列与已培养细菌的16S rRNA基因相似性>97%,占总序列的38.8%;2个古菌的序列与... 以牦牛瘤胃内容物为接种物,以滤纸为唯一碳源富集到一个降解纤维素的混合培养物.构建混合培养物的16S rRNA基因文库,共获得49个序列,分为7个OTU.其中19个序列与已培养细菌的16S rRNA基因相似性>97%,占总序列的38.8%;2个古菌的序列与甲烷菌的16S rRNA基因相似性分别为99%和98%,占总序列的4.1%;28个序列属于未培养细菌,占总序列的57.1%.未培养的序列形成4个独立的系统发育分支,其中3个未培养分支与在其他环境中的黏附在纤维素上的瘤胃细菌的16S rRNA基因序列相似性>97%,推测这3类微生物可能与纤维素降解相关. 展开更多
关键词 牦牛瘤胃 纤维素降解 16srrna基因文库 未培养微生物
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油藏水样细菌群落16S rRNA基因的RFLP分析 被引量:6
12
作者 陈平 李辉 牟伯中 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2005年第6期1-5,共5页
通过16S rRNA基因的限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)方法,考察了油藏水样中细菌群落及多样性。从水样中分离纯化微生物总DNA,选择性扩增细菌16S rRNA基因,并构建16S rDNA克隆文库。337个16S rDNA克隆片段分别用限制性内切酶HinfⅠ和... 通过16S rRNA基因的限制性酶切片段长度多态性分析(RFLP)方法,考察了油藏水样中细菌群落及多样性。从水样中分离纯化微生物总DNA,选择性扩增细菌16S rRNA基因,并构建16S rDNA克隆文库。337个16S rDNA克隆片段分别用限制性内切酶HinfⅠ和HaeⅢ酶切分析,得到74个操作分类单元(OTUs),其中数量最多的4个OTUs共占克隆子总数的73.6%,另外70个OTUs的丰度均处于较低水平,有57个OTUs仅含有1个克隆子。结果表明,运用RFLP方法分析16S rDNA克隆片段能够有效评估油藏水样中的细菌群落和多样性。 展开更多
关键词 油藏 16S RRNA基因 RFLP 细菌群落 克隆文库
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墨西哥湾气体水合物微生物群落结构特征:DNA与RNA源的克隆文库比较分析
13
作者 Heath J. Mills Robert J. Martinez +3 位作者 Sandra Story Patricia A. Sobecky 周洋(译) 陈芳(校) 《海洋地质》 2007年第2期10-27,共18页
为了更好的了解微生物活动在墨西哥湾水合物生态系统中的作用和贡献,我们对固态气水合物中的微生物,尤其在原位水合物环境下生理上比较活跃的微生物组合特征进行了研究。本次研究首先从含沉积物水合物层(SEH)和水合物层内部(IH)提... 为了更好的了解微生物活动在墨西哥湾水合物生态系统中的作用和贡献,我们对固态气水合物中的微生物,尤其在原位水合物环境下生理上比较活跃的微生物组合特征进行了研究。本次研究首先从含沉积物水合物层(SEH)和水合物层内部(IH)提取RNA和DNA,然后对RNA和DNA源的16SrRNA克隆文库进行系统发育学分析,从而确定细菌和古菌的群落组成。克隆分析所用的水合物样品是由水下载入深潜器上的Johnson Sea Link水合物取样器在墨西哥湾北部大陆坡一个有明显水合物活动特征的裸露的隆丘上获得的(水深:550m)。较早时的地球化学分析表明,微生物群落在SHE层中的新陈代谢能力要比在珊层中的新陈代谢能力强(B.N.Orcutt,A.Boetius,S.K.Lugo,I.R.Macdonald,V.A.Samarkin,and S.Joye,Chem.Geol.205:239—251)。RNA和DNA源的克隆文库系统发育学分析表明,SHE层的克隆文库的多样性要比在珊层中的大。从微生物群落新陈代谢活动部分所获得的克隆大多数与推测的硫酸盐还原细菌和厌氧氧化甲烷古菌密切相关。在RNA和DNA源的克隆文库中也发现一些先前未经人工隔离培养的新的细菌和古菌种群。本次研究是首次对赋存在墨西哥湾水合物丘的SHE层和珊层微生物群落新陈代谢活动进行分子系统发育学分析。 展开更多
关键词 16srrna 气体水合物 微生物活动 克隆文库 墨西哥湾 DNA 群落结构特征 硫酸盐还原细菌
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利用16S rRNA分析传统四川发酵泡菜中的细菌多样性 被引量:29
14
作者 田伟 张琦 +5 位作者 邓珍珍 刘森 李明元 车振明 马力 向文良 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第17期215-218,共4页
为了解传统四川发酵泡菜中的细菌多样性,采用构建16S rRNA基因文库的方法,对样品进行研究。结果表明:通过16S rRNA基因序列分析,所得到129个克隆子均鉴定为乳酸菌,分布于Lactobacillus和Pediococcus两个属,所占比例分别为88.4%和10.1%。... 为了解传统四川发酵泡菜中的细菌多样性,采用构建16S rRNA基因文库的方法,对样品进行研究。结果表明:通过16S rRNA基因序列分析,所得到129个克隆子均鉴定为乳酸菌,分布于Lactobacillus和Pediococcus两个属,所占比例分别为88.4%和10.1%。L.pentosus、L.plantarum和P.damnosus是其中的优势菌种分别占50.4%、16.3%和10.1%,L.paralimentarius、L.sunkii、L.brevis、L.kisonensis、L.acetotolerans、L.namurensis分别占7.8%、4.7%、3.1%、1.6%、0.8%和0.8%,且P.damnosus、L.paralimentarius、L.sunkii、L.kisonensis和L.acetotolerans均在泡菜中发现。这些结果揭示四川泡菜中的微生物多样性,反映其中的微生物群落结构,展现很多未知的生物信息。 展开更多
关键词 四川泡菜 细菌多样性 16S RRNA基因 克隆文库 系统发育分析
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16S rDNA克隆文库法探索转基因香石竹对土壤细菌群落的影响 被引量:7
15
作者 白蓝 赵明文 +3 位作者 贾军伟 李鹏 王金斌 潘爱虎 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期435-447,共13页
【目的】通过研究转基因香石竹对土壤细菌群落的影响,为转基因香石竹的环境安全性评价提供依据。【方法】通过构建16S rDNA克隆文库,分析种植转基因和非转基因香石竹的土壤中细菌的群落结构组成。【结果】转基因和非转基因香石竹土壤中... 【目的】通过研究转基因香石竹对土壤细菌群落的影响,为转基因香石竹的环境安全性评价提供依据。【方法】通过构建16S rDNA克隆文库,分析种植转基因和非转基因香石竹的土壤中细菌的群落结构组成。【结果】转基因和非转基因香石竹土壤中,共有的菌群有变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria),其中α-变形菌门、β-变形菌门、浮霉菌门为优势菌群;而在放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)及未培养菌(Uncultured bacterium clone)等菌群存在部分差异。【结论】通过16S rDNA克隆文库方法揭示了转基因香石竹的土壤中细菌多样性十分丰富,其栽培对土壤细菌群落结构影响有限。 展开更多
关键词 16S rDNA克隆文库 基因香石竹 土壤细菌群落
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转几丁质酶和葡聚糖酶双价基因棉花对土壤细菌种群多样性的影响 被引量:2
16
作者 李志芳 冯自力 +3 位作者 赵丽红 师勇强 冯鸿杰 朱荷琴 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期821-827,共7页
以转几丁质酶和葡聚糖酶双价基因棉花为研究对象,非转基因受体棉花为对照,通过比较可培养细菌数量和基于16S rRNA克隆文库细菌种群分析,评价外源双价基因的导入在苗期、蕾期、花铃期和吐絮期对棉花根际细菌群落多样性的影响。结果表明,... 以转几丁质酶和葡聚糖酶双价基因棉花为研究对象,非转基因受体棉花为对照,通过比较可培养细菌数量和基于16S rRNA克隆文库细菌种群分析,评价外源双价基因的导入在苗期、蕾期、花铃期和吐絮期对棉花根际细菌群落多样性的影响。结果表明,可培养细菌的数量不受外源双价基因的影响,随着棉花生育期的交替而变化,以代谢旺盛的花铃期最多。构建的转基因和非转基因不同生育期根际土壤细菌16S rRNA文库容量为2400个克隆,涵盖了细菌的283个属。其中,Acidobacterium是最大优势类群,共包括624个克隆,其次为未知细菌种群和Flavisolibacter。比较转基因和非转基因棉花根际土壤细菌的种群结构,结果显示,同一生育期内前者种群的多样性显著低于后者,二者的共有类群随着生长发育的进行而增多。研究结果说明几丁质酶基因和葡聚糖酶基因对棉花根际细菌种群多样性有着不同程度的削减作用,但是随着种植时间的延长,该差异呈现逐渐缩小的趋势。 展开更多
关键词 基因棉花 可培养细菌 16S rRNA克隆文库 土壤细菌群落
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深海沉积物样品中古菌的16S rDNA分析 被引量:8
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作者 徐美香 王风平 肖湘 《自然科学进展》 北大核心 2003年第6期598-603,共6页
利用多管采样器,在太平洋西经177°42′20″,北纬10°35′06″的位置上,从水深5774m的海底获得深海沉积物样本,现场提取DNA进行保存,以此DNA为模板,利用古菌16S rDNA特异引物扩增出样品中古菌的16S rDNA,将扩增所得的16S rDNA... 利用多管采样器,在太平洋西经177°42′20″,北纬10°35′06″的位置上,从水深5774m的海底获得深海沉积物样本,现场提取DNA进行保存,以此DNA为模板,利用古菌16S rDNA特异引物扩增出样品中古菌的16S rDNA,将扩增所得的16S rDNA进行克隆,建立了该样品中古菌的16S rDNA文库。对16S rDNA扩增片段进行了RFLP分析和序列分析,结果表明这些古菌在系统进化树上的位置靠近,属于Crenarchaeota中的Ⅰ类海洋古菌类群。 展开更多
关键词 深海沉积物 古菌 16SrDNA分析 海洋微生物 基因克隆 DNA文库
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微生物法净化烟气中NO的机理 被引量:8
18
作者 邹平 陈金全 +5 位作者 孙珮石 周文博 毕晓伊 张婧 王洁 王海玉 《煤炭学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第A02期460-465,共6页
为搞清微生物法净化烟气中NO的机理,采集脱氮塔生物膜高效功能菌群样品,建立16S rRNA基因、nxrA功能基因各自相应的克隆文库,研究脱氮塔脱氮效率最高时微生物的群落结构及功能特征。结果表明:具有反硝化作用的异养菌较具有硝化作用的自... 为搞清微生物法净化烟气中NO的机理,采集脱氮塔生物膜高效功能菌群样品,建立16S rRNA基因、nxrA功能基因各自相应的克隆文库,研究脱氮塔脱氮效率最高时微生物的群落结构及功能特征。结果表明:具有反硝化作用的异养菌较具有硝化作用的自养菌在数量和种类上均占绝对优势,但其在功能上却达到了一定程度的动态平衡,出现循环液中NO-3浓度范围基本稳定的状态。反硝化菌造成了体系中的N素损失,使循环液中NO-3不被大量累积。硝化杆菌属的Nitrobactor winogradskyi与Nitrobacter alkalicus等细菌发生了将NO氧化为NO-2,NO-3的硝化作用;变形菌门β亚群(Betaproteobacteria)、变形菌门γ亚群(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)等微生物发生了将NO-2,NO-3还原为N2或N2O的反硝化作用。 展开更多
关键词 微生物净化NO机理 16srrna基因克隆文库 nxrA功能基因克隆文库 硝化反应 反硝化反应 微生物群落结构
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含油污泥的堆肥处理对微生物群落结构的影响 被引量:9
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作者 王新新 韩祯 +1 位作者 白志辉 庄国强 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1413-1421,共9页
采用堆肥方法处理含油污泥,评价堆肥处理对含油污泥中石油烃的去除效果,并采用Biolog方法和构建16SrRNA基因克隆文库的方法对处理过程中微生物碳源利用特征和微生物群落结构进行了研究。结果表明,含油污泥经过90d的堆肥处理,石油烃降解... 采用堆肥方法处理含油污泥,评价堆肥处理对含油污泥中石油烃的去除效果,并采用Biolog方法和构建16SrRNA基因克隆文库的方法对处理过程中微生物碳源利用特征和微生物群落结构进行了研究。结果表明,含油污泥经过90d的堆肥处理,石油烃降解率达53.3%±9.5%,显著高于对照处理。堆肥处理可以显著促进石油烃降解,是一种处理含油污泥的有效措施。Biolog分析结果表明,堆肥处理的孔的平均颜色变化率(AWCD)显著高于对照处理,堆肥处理提高了土壤微生物代谢活性。主成分分析结果表明,对照处理和堆肥处理的微生物碳源利用特征明显不同,堆肥处理改变了含油污泥中微生物的代谢功能特征。对照处理和堆肥处理的16SrRNA基因克隆文库之间存在显著差异,对照处理的优势类群是γ-Proteobacteria,堆肥处理的优势类群是Bacteroidetes,堆肥处理显著改变了含油污泥中的微生物群落结构。Marinobacter和Alcanivorax是对照处理中的优势菌,可能与石油烃的自然降解过程有关,而Pusillimonas和Agrobacterium可能对堆肥处理中石油烃的降解起一定作用。 展开更多
关键词 含油污泥 堆肥处理 微生物群落结构 BIOLOG 16srrna基因克隆文库
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保护地根结线虫发生地土壤微生物群落多样性的研究 被引量:7
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作者 刘玮琦 茆振川 +1 位作者 杨宇红 谢丙炎 《中国生物防治》 CSCD 北大核心 2008年第4期318-324,共7页
采用未培养技术直接从根结线虫保护地土壤样品中提取微生物总DNA,分别构建土壤细菌和放线菌的16S rRNA基因克隆文库,通过HinfⅠ和HaeⅢ限制性内切酶分别对两个基因文库中的克隆进行ARDRA分析,构建细菌和放线菌克隆文库的系统发育树,分... 采用未培养技术直接从根结线虫保护地土壤样品中提取微生物总DNA,分别构建土壤细菌和放线菌的16S rRNA基因克隆文库,通过HinfⅠ和HaeⅢ限制性内切酶分别对两个基因文库中的克隆进行ARDRA分析,构建细菌和放线菌克隆文库的系统发育树,分析主要种群的组成。结果表明:根结线虫保护地土壤细菌种群主要包括α、γ、β变形细菌亚群,拟杆菌门,放线菌门等类群,其中能引起植物根癌病的根癌农杆菌所占比例较大。放线菌种群大约83.4%的克隆属于放线菌亚纲,放线菌亚目,包括微球菌亚目、小单胞菌亚目、丙酸杆菌亚目、棒状杆菌亚目和链孢囊菌亚目等,其余为未分类放线菌种类。 展开更多
关键词 根结线虫 细菌 放线菌 16srrna基因克隆文库 系统发育分析
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