中国对虾线粒体16SrRNA基因序列分析(英文)

中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus,Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群:中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群;美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群,最后与中国对虾等聚到一起。同时可见,小褐美对虾(F.subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。

用16SrRNA基因序列分析从西藏的微小牛蜱中检出的埃立克体

用埃立克体属特异性套式PCR和DNA序列测定从西藏微小牛蜱检出边缘无形体和埃立克体 ;用半套式PCR扩得该埃立克体的 16SrRNA基因 ,并测定了它的序列 ;将该埃立克体的 16SrRNA基因序列与其它埃立克体的 16SrRNA基因序列进行对比分析 ,结果证明它的 16SrRNA基因与埃立克体属的犬埃立克体群 16SrRNA基因相似水平最高 (97%～ 98% ) ;用 16SrRNA基因序列做系统发育分析 。

墨吉对虾Penaeus merguiensis线粒体16SrRNA基因序列分析

比较墨吉对虾 6个群体的线粒体 16SrRNA基因约 4 5 7个碱基对的DNA序列 .结果表明这 6个群体间的遗传距离 (D)在 0 - 0 .0 0 85之间 .未发现广东的

氯酚的生物降解特性及其微生物的16SrRNA基因序列分析

从受氯代有机物污染的土壤中富集分离到对 2 ,4 二氯酚具有高效降解能力的微生物混合菌群 .实验表明 ,降解 1mol二氯酚可以定量释放出 2mol的氯离子 .在生物流化床反应器中 ,以聚胺酯泡沫块为固定化载体吸附固定化微生物 ,进行了连续降解氯酚的实验研究 ,当水力停留时间为 2 4h ,二氯酚的初始浓度为 3 0 μmol L时 ,二氯酚的去除率均在 90 %以上 .利用平板划线法从混合微生物菌群中分离到可以利用二氯酚为唯一碳源和能源的纯种微生物 .16SrRNA基因序列分析结果表明 。

立克次体的16SrRNA基因序列分析

目的 研究立克次体的１６ＳｒＲＮＡ基因序列的差异，为其分类和鉴定提供依据。方法 从基因数据库中选择不同的立克次体属代表种的１６ＳｒＲＮＡ基因序列，在计算机上用多序列排列程序对序列进行同源位排列和对比分析，以及依据序列的相似程度构建进化树。结果 立克次体的１６ＳｒＲＮＡ基因含有４ 个高变区，这些高变区的序列具有种或属的特异性，依据序列的相似程度构成的进化树可将立克次体目内成员分为柯克斯体、巴通体、立克次体、埃立克体等４ 个大基因群，每个大基因群含有若干个小基因群。结论 １６ＳｒＲＮＡ基因高变区的序列可用于设计立克次体种、属特异性ＰＣＲ引物和杂交探针；１６ＳｒＲＮＡ

宁夏布鲁氏菌系统鉴定及16SrRNA基因序列分析

目的鉴定宁夏地区布鲁氏菌历史菌株、近期分离菌株,检测分析16SrRNA基因序列,构建遗传进化树,为宁夏地区布鲁氏菌鉴定、传染源追溯和分子流行病学监测体系提供基础数据。方法利用传统生物学方法和分子生物学方法鉴定具有代表性的20株布鲁氏菌和参考菌株的种和生物型,从GeneBank下载与布鲁氏菌有共同抗原细菌的16SrRNA基因序列,并采用PCR扩增产物直接测序法对布鲁氏菌的16SrRNA扩增、测序,用DNAMAN软件进行序列拼接比对,构建遗传进化树。结果经传统生物学方法和分子生物学方法鉴定20株布鲁氏菌分别为羊种13株,牛种2株,猪种4株,犬种1株。布鲁氏菌历史菌株、近期分离菌株和部分参考菌株16SrRNA经PCR扩增均得到1 412 bp条带,所有菌株和布鲁氏菌有共同抗原细菌的16SrRNA经一致性分析,达到98.54%,进化树显示,选取的具有代表性的分离菌株与参考菌株在同一末端的分支上,遗传距离十分接近。布鲁氏菌与人苍白杆菌在进化树的同一次分支上,遗传距离为0.019,而与霍乱弧菌、大肠杆菌O∶157、耶尔森菌属O∶9的遗传距离较远,遗传距离均大于0.02。结论从遗传进化角度对布鲁氏菌分离株与标准菌株的亲缘关系进行分析,所有种型遗传距离接近,提示16SrRNA为高度保守序列,不宜做遗传进化分析的靶基因,可作为布鲁氏菌属的一个鉴定方法,布鲁氏菌与人苍白杆菌有较近的亲缘关系。

基于16SrRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性

本试验旨在对以柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿瘤胃细菌多样性进行分析。提取瘤胃微生物基因组DNA，扩增细菌16SrRNA基因，构建16SrRNA基因克隆文库，分析梅花鹿瘤胃细菌区系组成。结果表明：1）试验共得到107个非嵌合体16SrRNA基因序列。按照97％序列相似性，划分为22个分类操作单元（OTUs）。

16SrRNA基因序列分析在临床血流感染和腹腔感染疑难菌株鉴定中的应用

血流感染是指各种病原微生物侵入血循环引起的一种严重全身感染性疾病，可以通过释放毒素和代谢产物等引起全身感染、中毒和全身炎性反应，甚至引起全身多器官功能障碍综合征。腹腔感染也是临床常见的一种感染，多由外伤、手术等原因造成病原体人腹腔而引起的感染性疾病，包括发生于腹膜腔和腹腔脏器的感染性疾病。

罗氏沼虾不同群体线粒体16SrRNA基因的序列变异及其保守性分析

利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾广西养殖群体、江苏养殖群体和缅甸原种F13个不同群体共15个个体的线粒体16SrRNA基因片段,测定序列并进行序列同源性比较。结果显示,在得到的401bp长度的基因片段中,3个群体所有个体的核苷酸序列完全一致,序列同源性为100%,该基因在群体内或不同群体间均不存在遗传差异。表明罗氏沼虾的16SrRNA基因是比较保守的序列,在不同群体间的分化程度很低。

16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用

测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。

猪胞内劳森菌16SrRNA基因的克隆及序列分析

胞内劳森菌（Lawsonia intracellularis,LI）是猪增生性肠炎的病原,本试验设计3条引物,采用半巢式PCR,从猪的回肠粘膜中扩增出长为1 457 bp的胞内劳森氏菌16SrRNA基因,并进行序列比较分析。结果表明,与不同动物源性（鼠、仓鼠、鹿、马、鸵鸟等）的增生性肠炎胞内菌核苷酸同源性在98.4%-100%之间,与脱硫弧菌同源性达到88.6%,与一般弯曲杆菌和螺旋体同源性较低（71.8%-73.9%）。

16SrRNA基因序列分析技术在肠道菌群检测中的应用进展

应用16SrRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具，文章就该基因的结构与特点、作用及意义等对16SrRNA基因序列分析技术在肠道菌群检测中的应用作一简要综述，同时提出存在的问题与展望。

桑黄化型萎缩病病原体16SrRNA基因的序列分析

用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。

仙人掌丛枝病植原体CWB1株系16SrRNA基因克隆及序列分析

对表现丛枝症状的仙人掌植株总DNA进行植原体 1 6SrRNA基因PCR扩增 ,得到一条约 1 5kb的特异片段 ,表明植株中有植原体存在 ,将此植原体株系命名为CWB1。把此特异片段与pGEM TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM1 0 9感受态细胞中 ,通过PCR鉴定、限制性内切酶 (EcoRI)酶切分析及核苷酸序列分析 ,均表明克隆成功。序列分析结果显示 ,此株系的 1 6SrRNA基因全长 1 489个碱基 ,与属于植原体 1 6SrⅡ C亚组的Fababeanphyllody植原体同源率最高 ,为 99 7%。通过 1 6SrRNA基因核酸序列同源性比较 ,认为该株系属于 1 6SrⅡ C亚组 ,基本确定了其分类地位。

16SrRNA基因序列分析对临床分离乳源菌的鉴定和系统进化分析

传统细菌学诊断技术主要是对细菌进行纯化、培养、分离，然后再从形态学、培养特征、生化特性以及免疫学特性等各方面进行鉴定，其主要依据是表型特征。随着分子生物学的发展，某些分子生物学技术开始应用于微生物的疾病诊断。在众多DNA分析方法之中，

一个新的白血病相关基因LRP16全长cDNA的克隆、序列分析及表达特征

克隆一个与白血病复发相关基因 (LRP1 6)的全长 c DNA序列 ,对其进行染色体定位、组织表达谱分析 ,并对该基因编码蛋白质进行原核表达 .首先用获得的一段 3kb DNA片段在 NCBI提供的 h ESTs数据库中进行电子杂交并对重叠克隆片段组装 ,再设计引物进行 c DNA末端快速扩增(RACE技术 ) .采用 Northern印迹方法进行组织表达分析 .以高通量基因组序列 (HTGS)数据库为基础进行染色体定位 .对构建的克隆菌用 IPTG诱导重组蛋白表达后进行 SDS- PAGE,同时对重组体测序确证 .钓取了该基因全长 c DNA、推导所编码的氨基酸序列 ,并将该基因定位于染色体1 1 q1 2 .2 .原核表达筛选获得了该基因重组子的一个缺失体 .对 LRP1 6基因全长 c DNA的序列分析提示 ,该基因可能编码两种 N端不同的蛋白质 ,且该基因的转录本可能存在一种丰度较低的剪接体 .

钦州湾牡蛎线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列变异分析

利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。

枣疯病和酸枣丛枝病植原体16S rDNA和tuf基因的序列同源性分析

【目的】枣疯病是枣树上由植原体引起的一种毁灭性病害,遍布于中国华北、西北、华东、华南等25个省(市)的枣区,造成了巨大的经济损失。【方法】经PCR扩增,分别对中国陕西的彬县、阎良、武功、佳县、杨凌,河北沧州和山东德州7个枣区的枣疯病样品和杨凌4个酸枣丛枝病样品植原体16SrDNA基因保守序列和延伸因子tuf基因进行克隆和测序。【结果】获得枣疯病和酸枣丛枝病植原体的16SrDNA基因片段均为1239bp,tuf基因均为851bp。通过序列同源性比较,结果表明中国陕西、河北、山东的枣疯病的病原一致,归属于植原体16SrⅤ-B组。由于枣疯病和酸枣丛枝病的植原体16SrDNA有5个碱基的差异,tuf基因的同源性为99.6%,推测为同一个种的不同寄主生物学型。【结论】首次报道了中国枣疯病和酸枣丛枝病植原体16SrDNA和延伸因子tuf基因的序列,确定了枣疯病和酸枣丛枝病植原体的分类地位,为研究枣疯病植原体的致病分子机理、遗传本质提供理论依据。

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(CoxsackievirusA16,Cox.A16)病毒SHZH00-1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox.A16SHZH00-1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5′端非编码区(5′UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3′端非编码区长为83bp。Cox.A16SHZH00-1基因组的结构与Cox.A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AF177911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为98.8%;而与Cox.A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79.1%,氨基酸同源性为94.5%。Cox.A16SHZH00-1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80%。

大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列分析

【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩余109个序列为未培养、鉴定菌,所占比例高达74.1%。系统进化分析显示,大额牛瘤胃细菌主要分布于低G+C含量细菌门(57.1%)和噬纤维菌/屈扰杆菌/拟杆菌门(42.2%),仅有一个序列位于螺旋体门。【结论】本试验获得了大额牛瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为进一步研究大额牛瘤胃微生态系统组成及其与饲料消化之间的关系奠定了基础。