基于16S rRNA基因测序分析烟叶发酵过程中表面微生物的多样性

雪茄烟叶经过发酵处理才能制成风味独特的雪茄产品,研究烟叶发酵过程中微生物的多样性对提高国产雪茄烟叶品质有重要意义。作者采集了来自云南省8个地区初步晾晒的雪茄烟叶和7种来自多米尼加共和国各地的优质雪茄烟叶,基于16S rRNA基因测序技术鉴定各个样品表面微生物种类,通过OTU聚类分析、Alpha多样性分析、物种组成分析等方法进行微生物多样性分析,获得晾晒烟叶表面的优势菌。结果显示,云南省雪茄烟叶的优势菌属为葡萄球菌属,其他常见菌属有假单胞菌属、无色杆菌属、棒状杆菌属、泛菌属等;多米尼加共和国雪茄样品中微生物物种分布较中国雪茄样品更均匀,微生物的多样性整体高于中国雪茄样品,其优势菌属多为葡萄球菌属、棒状杆菌属、四联球菌属;云南省临沧市雪茄烟叶优势菌属与多米尼加雪茄相似,而且它的物种多样性和均匀度高于中国其他地区,具有较大的发展潜力。

抹茶菌群多样性分析

为了解抹茶菌群多样性,以不同企业不同等级的抹茶为试验材料,采用CTAB法提取样品总DNA,分别测定样品中微生物的16SrDNA基因V3、V4区序列。测序数据经质量控制、嵌合体过滤、高质量数据统计后,利用QIIME2软件获得扩增子序列变体ASVs特征表和特征序列,进行ASVs分布、α多样性、β多样性、物种和物种关系分析。结果表明,45个抹茶样本中有9个样本的菌群丰度极低,集中在高等级产品中。Z企业和Y企业的抹茶菌群ASVs数目、Chao1和Observed-species指数均与抹茶等级呈负相关性,而J企业抹茶的上述指标与抹茶等级不成相关性。Shannon指数表明影响各抹茶中菌群多样性的因素基本一致。抹茶组内样本间群落结构相近,企业内部样本间群落结构相近,同一企业不同批次但等级相同的样本菌群结构相近,产品微生态稳定性较好。36个抹茶样中共检测到物种29门、71纲、176目、345科、902属、1577种,其中变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)为各组样本的绝对优势菌门,二者在ZA、ZB、ZC、YA、YB、JA、JB和JC中的丰度之和分别为96.34%、95.85%、96.06%、95.53%、95.31%、95.91%、96.06%和95.27%。鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)和假单胞杆菌属(Pseudomonas)为各组的共有优势菌属(丰度≥2.00%),优势菌属在上述各组中的丰度之和分别为64.71%、65.61%、60.04%、70.65%、69.20%、72.98%、75.92%和76.57%。各组的共有优势菌属均属于变形菌门(Proteobacteria),ZB的第一优势菌属链球菌属(Streptococcus)属于厚壁菌门(Firmicutes)。本试验结果为阐明抹茶菌群多样性提供理论参考。

急性颅脑外伤患者肠道菌群多样性差异对继发性全身炎症反应综合征的临床预测价值

目的探讨急性颅脑外伤患者肠道菌群多样性差异对继发性全身炎症反应综合征(SIRS)的临床预测价值。方法回顾性分析2022年1月—2023年12月固原市人民医院急诊重症监护病房和神经外科重症监护病房收治的急性颅脑外伤患者60例。按SIRS诊断标准分为单纯急性颅脑外伤组(非SIRS组)与急性颅脑外伤后继发性SIRS组(SIRS组);收集患者一般资料并进行临床指标检测,通过16S rRNA基因测序比较两组肠道菌群多样性与菌属相对丰度,采用Pearson相关性分析肠道菌群与临床指标的关系,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析肠道菌群对SIRS的预测价值。结果两组患者性别构成、年龄、红细胞计数、血小板计数比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。SIRS组体温较非SIRS组高、心率较非SIRS组快、白细胞计数较非SIRS组多、C反应蛋白水平较非SIRS组高(P<0.05)。两组患者Chao1和Shannon指数比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。两组患者拟杆菌属、瘤胃球菌属、阿克曼菌属、粪肠球菌属相对丰度比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。SIRS组普雷沃菌属相对丰度低于非SIRS组(P<0.05),埃希菌-志贺菌属、棒状杆菌属相对丰度均高于非SIRS组(P<0.05)。Pearson相关性分析结果表明,体温、心率、白细胞计数及C反应蛋白与普雷沃菌属相对丰度均呈负相关(r=-0.574、-0.539、-0.554和-0.572,均P<0.05);体温、心率、白细胞计数及C反应蛋白与埃希菌-志贺菌属相对丰度呈正相关(r=0.751、0.743、0.657和0.770,均P<0.05),与棒状杆菌属相对丰度均呈正相关(r=0.782、0.762、0.707和0.799,均P<0.05)。ROC曲线分析结果表明,联合诊断的预测效能最高,曲线下面积为0.946(95%CI:0.871,1.000),敏感性为96.7%(95%CI:0.902,0.100),特异性为93.3%(95%CI:0.844,0.100)。结论肠道菌群组成的变化与颅脑损伤后SIRS的发展密切相关,特定菌属的丰度变化可作为SIRS发展的早期生物预警信号。

柽柳丛枝植原体鉴定及16S rRNA基因多样性分析

【目的】研究柽柳丛枝病在新疆南疆地区的分布危害、分类、形态特征及病原物16S rRNA基因的遗传多样性,为该病害的检测和鉴定提供理论依据。【方法】调查新疆南疆地区柽柳丛枝病的分布及危害,采用形态学与分子生物学相结合的方法,对柽柳丛枝病病原物进行透射电镜观察、16S rRNA基因和rp基因扩增,研究其形态特征及分类地位,并对新疆南疆不同地区柽柳丛枝病病原物16S rRNA基因遗传多样性。【结果】柽柳丛枝病在新疆南疆地区的平均发病率为9.06%,平均病情指数为5.66;在柽柳丛枝韧皮部组织中观察到有植原体颗粒的存在;16S rRNA基因和rp基因巢式PCR分别获得1219 bp和1174 bp大小的条带,柽柳丛枝病属于植原体病害,在分类地位上属于植原体16SrXXX-A亚组;新疆南疆柽柳丛枝植原体主要可分为4个株系,16S rRNA基因核苷酸相似度在96.5%~99.8%。【结论】柽柳丛枝病在新疆南疆地区主要分布在阿克苏市、温宿县、巴楚县、图木舒克市、阿拉尔市、伽师县,阿拉尔市12团等地,且发生情况和危害程度均较轻,不同地区之间的发病率及病情指数存在显著差异性;柽柳丛枝病存在植原体颗粒并主要在韧皮部组织中,有球形、椭圆形和不规则形态,大小300~600 nm不等。

南方鲇16SrRNA基因片段序列差异及遗传多样性分析

从5个种群南方鲇（Silurus merdionalis）线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）扩增出约600bp的16SrRNA基因片段，经ClustalX同源排序后得540bp序列。用PopGen32软件计算遗传距离和遗传一致度，且对5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系进行聚类分析。结果表明：18个个体间的遗传距离变化为0～0．0009，遗传一致度变化为0．9991～1；在长江上游支流中，南方鲇不同种群间在该基因片段上基本没有差异，只有乌江种群与其他种群有2个碱基差异；长江中游支流的洞庭湖种群与长江上游支流的各种群间在该基因片段存在一定差异；5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系聚为3支，其中，雅砻江、岷江、宜宾3个种群聚为1支，乌江种群聚为1支，洞庭湖种群聚为1支。

抹茶加工过程中菌群多样性分析

为了解抹茶加工过程中的微生物多样性变化情况,以茶树鲜叶(X组)、碾茶(N组)和抹茶(F组)为研究对象,采用CTAB法提取样品微生物总DNA,测定样品中微生物的16SrDNA基因V3、V4区序列。测序数据经质量控制、嵌合体过滤、高质量数据统计后,用QIIME2软件获得扩增子序列变体ASVs特征表和特征序列,进行ASVs分布分析、α多样性分析、β多样性分析和物种分析。结果表明:X组、N组和F组中共检测出微生物ASVs分别为197个、1018个和1402个,特有ASVs分别为56个、435个和807个,共有ASVs为121个。α多样性分析显示,各组样品的Chao1、Observed-species、Shannon和Simpson指数存在显著性差异(P<0.05),稀释曲线均渐趋平缓,呈现F组高于N组高于X组的规律。β多样性分析显示:N组与F组的菌群结构相似,与X组的菌群结构不同。X组、N组和F组中分别含有5个、8个和10个菌门,共有优势菌门有厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidota),共有优势菌门累计在各组中占比分别为100.00%、99.93%和99.83%,各组间的变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidota)存在显著性差异(P<0.05);组分别含有23个、31个和31个菌属,共有优势菌属(相对丰度≥1%)为明串珠菌属(Leuconostoc)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)和乳球菌属(Lactococcus),共有优势菌属累计在各组中占比分别为86.58%、75.03%和67.80%。本研究可为抹茶产业的高质量安全发展提供一定的理论数据参考。

广西北部湾海洋弧菌多样性研究进展

海洋弧菌在生物地球化学循环中发挥重要作用,但部分致病性海洋弧菌可危害人类健康和造成水产养殖业重大经济损失。近年来,广西北部湾海洋弧菌多样性研究取得了众多科研成果。然而,关于广西北部湾海洋弧菌多样性系统总结的报道仍较为缺乏。为了更好地了解广西北部湾海洋弧菌物种组成、群落分布特点及其驱动机制,该文从广西北部湾海洋弧菌群落结构特征、环境驱动因子、群落构建机制等方面对广西北部湾海洋弧菌多样性研究进行综述。结果表明,广西北部湾海洋弧菌多样性在不同海域和季节存在显著差异,其主要驱动因子为总溶解氮、溶解性无机氮、总溶解磷等营养盐。广西北部湾海洋弧菌群落构建过程由随机过程主导。此外,该研究对广西北部湾海洋弧菌多样性研究前景进行了展望,以期为致病性海洋弧菌防控提供新思路,并为海洋弧菌生态功能多样性研究及生物资源高值化利用提供理论参考。

基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境特征分析研究

目的探讨基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境的特征分析。方法选取2019年2—9月赣州市人民医院收治的60例接受规律性腹膜透析的患者作为观察组,另选取2019年5月于本院进行常规体检的60名受试者作为对照组。对所有受试者进行粪便提取和检测。比较两组炎症指标水平[C反应蛋白CRP)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)],分析观察组16SrRNA基因测序结果和肠道微生态检测结果。结果观察组CRP、hs-CRP、IL-6水平均高于对照组,TNF-α水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。60例患者中,腹膜透析透出液培养检出革兰阳性菌41例,阳性率为68.3%;观察组革兰阴性菌22例(其中大肠埃希菌14例),革兰阳性菌38例(其中表皮葡萄球菌13例,头状葡萄球菌、唾液链球菌均5例)。结论16SrRNA基因测序可准确评估腹膜透析患者的肠道情况,健康人群肠道微生物的群落较复杂,但基本稳定,为肠道菌群结构和功能研究提供了参考依据。

基于16SrRNA基因序列分析梅花鹿瘤胃细菌多样性

本试验旨在对以柞树叶为主要粗饲料来源的梅花鹿瘤胃细菌多样性进行分析。提取瘤胃微生物基因组DNA，扩增细菌16SrRNA基因，构建16SrRNA基因克隆文库，分析梅花鹿瘤胃细菌区系组成。结果表明：1）试验共得到107个非嵌合体16SrRNA基因序列。按照97％序列相似性，划分为22个分类操作单元（OTUs）。

新疆7地区馕用酸面团微生物多样性分析

新疆少数民族主食以馕为主,主要以传统酸面团(酵头)制作而成,然而酸面团中微生物组成直接影响到馕的品质及营养价值。为明确馕用酸面团中微生物组成,筛选出其中所含微生物,该文从新疆哈密、库尔勒、昌吉、伊犁、阿克苏、喀什、阿拉尔7个地区采集12个样品。应用传统分离培养方法对不同地区发酵酸面团中细菌及真菌进行分离、纯化得到真菌229株,共鉴定出7个属9个种,其中酿酒酵母129株,克鲁维毕赤酵母19株,异常威克汉姆酵母18株,奥默柯达菌17株,假丝酵母12株,扣囊复膜酵母11株,库德里阿兹威毕赤酵母10株,近平滑假丝酵母7株及胶红酵母6株;乳酸菌80株,共鉴定出4个属7个种,分别为戊糖乳杆菌46株,副干酪乳杆菌10株,干酪乳杆菌9株,类食品乳杆菌7株,戊糖片球菌5株,食窦魏斯氏菌2株及嗜柠檬酸明串珠菌1株;其他细菌17株,分别为马洛姆西杆菌11株,表皮葡萄球菌3株及暹罗芽孢杆菌3株。地区优势菌为酿酒酵母和戊糖乳杆菌,分别占真菌的56.3%和细菌的57.5%。

应用16S rRNA基因文库技术分析土壤细菌群落的多样性

【目的】土壤微生物在菜田生态系统中具有重要的生态功能,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析典型菜田土壤细菌群落结构的组成情况,为揭示典型的菜田土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应之间的关系奠定基础。【方法】采用未培养技术直接从北京和山东两地典型菜田土壤样品中提取微生物总的DNA,分别构建基于通用引物PCR扩增的土壤细菌16S rRNA基因克隆文库,通过HinfⅠ和HaeⅢ限制性内切酶对两地土壤细菌16S rRNA基因文库中的克隆进行ARDRA(Amplified Ribosomal DNA Rstriction Analysis)分析,将所有阳性克隆分为若干个可操作分类单元(OTU)。【目的】通过构建两地细菌克隆文库的系统发育树,并分析主要种群的组成表明:北京和山东菜田土壤细菌克隆文库的优势种群均为γ、β、α变形细菌亚群。两地的细菌种类组成分别包括124个OTUs和92个OTUs。【结论】北京地区和山东地区典型蔬菜地土壤细菌种群中优势种群均为变形细菌,但是土壤细菌多样性降低,这可能与典型菜田的多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。同时,也可能是造成菜田土壤病害普遍发生,土壤退化的一个重要原因。

n-damo细菌在不同生态环境中的遗传多样性和潜在功能研究

反硝化厌氧甲烷氧化(DAMO)是自然环境中减少甲烷排放的关键过程。近年来研究发现,亚硝酸盐依赖型厌氧甲烷氧化(n-damo)细菌在湖泊、河流、稻田和生物反应器等环境中表现出不同的分布特征和群落格局。然而,以往的环境调研主要集中在单一生态环境或样本类型,使得n-damo细菌在全球生态格局中的总体作用和分布特征仍然存在一定的未知。此外,在描述不同生态环境中n-damo细菌多样性时,16S rRNA和pmoA基因之间的具体区别或偏好性尚不清楚。因此,为了填补这一研究空白,基于n-damo细菌的两个关键基因,即16S rRNA和pmo A,通过生物信息学分析来评估不同生态系统中n-damo细菌的多样性特征。研究发现,16Sr RNA和pmoA基因所揭示的n-damo细菌遗传多样性和潜在功能存在差异。保守性更高的16S r RNA基因在湿地环境中多样性最高,而在人工富集环境中多样性最低。pmo A基因则在淡水环境中表现出最高的多样性,但也同样在人工富集环境中表现出最低的多样性。热图和韦恩图显示,淡水环境和湿地环境中n-damo细菌的相似性最高,但人工富集和咸水环境下的n-damo细菌与其他环境差异显著。此外,系统发育分析显示,16S rRNA与pmoA基因具有不同的同源模式,16S r RNA因其保守性而具有较高的同源性,而pmo A基因则表现出更多的簇族分化。这些结果为了解DAMO微生物对不同生态系统中甲烷减排和碳氮生物地球化学循环的贡献提供了重要见解。此外,未来n-damo细菌的环境调研工作应同时分析16S rRNA和pmo A基因,从而对n-damo细菌的分布和功能进行更加科学地综合评价。

利用16S rRNA分析传统四川发酵泡菜中的细菌多样性

为了解传统四川发酵泡菜中的细菌多样性,采用构建16S rRNA基因文库的方法,对样品进行研究。结果表明:通过16S rRNA基因序列分析,所得到129个克隆子均鉴定为乳酸菌,分布于Lactobacillus和Pediococcus两个属,所占比例分别为88.4%和10.1%。L.pentosus、L.plantarum和P.damnosus是其中的优势菌种分别占50.4%、16.3%和10.1%,L.paralimentarius、L.sunkii、L.brevis、L.kisonensis、L.acetotolerans、L.namurensis分别占7.8%、4.7%、3.1%、1.6%、0.8%和0.8%,且P.damnosus、L.paralimentarius、L.sunkii、L.kisonensis和L.acetotolerans均在泡菜中发现。这些结果揭示四川泡菜中的微生物多样性,反映其中的微生物群落结构,展现很多未知的生物信息。

应用16S rDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性

水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA,构建其16S rDNA克隆文库,用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田土样中分离获得了大于23kb的DNA片段。PCR-RFLP共得到74种酶切带型,序列分析发现77.3%的克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性,仅有22.7%的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性,表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群,其中变形细菌所占比例最大(37.8%),依次为酸杆菌(16.2%)、放线菌(12.2%)、拟杆菌(10.8%)、绿屈挠菌(10.8%)、浮游霉菌(8.1%),另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括α、β、γ和δ4个类型,比例分别为13.5%、5.4%、12.2%和6.8%。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌,且土壤细菌类群具有丰富的多样性。

应用变性梯度凝胶电泳和16SrDNA序列分析对山羊瘤胃细菌多样性的研究

以取自3头安装有永久性瘤胃瘘管的土种山羊的瘤胃内容物为材料,经过DNA抽提和PCR扩增,扩增产物利用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE,一种DNA指纹技术)分析瘤胃细菌在两种日粮条件下的多样性.同时利用基因序列分析技术,分析了16个在DGGE胶上有匹配带的克隆的16S rDNA序列,并与现有的数据库进行了比较.结果表明,饲喂基础日粮时3头山羊瘤胃内容物的DGGE图谱有一定的相似性(43%～55%);饲料中添加大豆黄酮一定程度上影响了瘤胃细菌的组成,DGGE 谱带变化程度分别为 1 号 36% 、2 号 46% 、3 号 30%。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有5个基因序列与基因数据库登录的相关序列的相似性大于97%,8个基因序列的相似性在90%～96%,余下的低于90%。相似性大于97%的5个克隆中,只有1个被鉴定为Prevotella sp .,其余 4 个都属于未被鉴定的瘤胃细菌。

基于线粒体COⅠ和16S rRNA基因序列比较分析东海带鱼群体遗传多样性

测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A:122°32′E 29°55′N、B:123°30′E26°75N;C:124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析,研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段,其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%;16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析,72个个体中分别确定43个,8个和49个单倍型,存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992,显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076,核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084,显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明,群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富,群体内部个体差异大于群体间差异,群体间基因交流频率较高,遗传分化不明显,初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。

豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16SrRNA和12SrRNA基因的部分序列,利用Clustalw 2.0和DNAsp 4.10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明:16SrRNA和12SrRNA基因种内个体间的差异分别为0.25%和0.97%,二者的分化程度较低;16SrRNA的进化速度约为12SrRNA基因的4倍。16SrRNA和12SrRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.002 7、0.001 6,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.002 65和0.000 81,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。

AVMCD:基于16S rRNA测序的微生物群落多样性分析与可视化平台

传统的技术手段已逐渐难以适应现代生物技术的发展,随着以16S rRNA为代表的第二代高通量测序技术飞速发展,微生物群落多样性研究已进入分子时代,但要分析庞大的测序数据并从中找寻存在的关联还是给生物学家带来诸多现实困难.为帮助研究者更快更好地掌握微生物群落多样性的信息,开发了AVMCD(analysis and visualization of microbial community datasets)生物信息平台,提供基于16S rRNA测序的专业在线分析及可视化服务.AVMCD坚持友好快捷的交互方式,注册用户只需上传待分析的数据,根据提示简单设置参数,即可由平台自动展开专业的序列分析,并将结果以丰富的可视化形式呈现给用户.

采用16S rRNA高通量测序技术分析鲜奶中微生物的多样性

[目的]本研究以16S rRNA为分子标记,采用高通量测序技术分析探讨3种水平体细胞鲜奶样品中细菌种类、菌群多样性和菌群结构。[方法]选取江苏某牧场45头奶牛鲜奶样品,分为健康、亚临床乳腺炎型和临床乳腺炎型3组,并对临床型奶样进行细菌培养鉴定,同时分别提取各组鲜奶样品中细菌总DNA,根据16S rRNA V4—V5区设计引物进行扩增测序,利用生物信息学软件对测序结果进行分析。[结果]对体细胞数>1×106 mL-1的奶样进行细菌培养,鉴定出奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌。对序列进行相似性聚类分析,得到394个可操作分类单位(OTU)。通过对OTU的聚类分析发现3组样品之间部分OUT水平存在明显差异。物种及丰度分析显示,门水平上的优势门为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobactice);属分类水平上的优势属为芽胞杆菌属(Bacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、海洋杆菌属(Oceanobacillus)、沙雷菌属(Serratia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和vadinBC27 wastewater-sludge group。其中临床组沙雷菌属和鞘氨醇单胞菌属显著高于其他2组,而海洋杆菌属的相对丰度降低。[结论]该牧场奶牛乳腺炎致病菌为无乳链球菌,为乳腺炎临床的抗生素选择和治疗提供了依据和借鉴。

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3~V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteriota)为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属(Acinetobacter)、棒杆菌属(Corynebacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)分别是分娩猪舍、妊娠猪舍以及保育猪舍中相对丰度最高的菌属。猪舍环境空气中存在创伤球菌属(Helcococcus)、链球菌属(Streptococcus)、军团菌属(Legionella)、沙雷菌属(Serratia)等多个对动物具有潜在致病力的菌属。[结论]猪舍环境微生物群落多样性丰富,分娩猪舍以及保育猪舍在细菌种类、系统进化多样性以及丰富程度上高于妊娠猪舍。研究发现的猪舍环境中潜在动物致病菌属为猪舍环境消毒的药物选择提供了依据。