采用16SrRNA序列分析方法鉴定第四次全国结核病流调的非结核分支杆菌

目的 从核苷酸序列水平建立一种非结核分支杆菌的鉴定方法，以用于其流行病学调查。方法 对第四次全国结核病流行病学抽样调查获得的49株非结核分支杆菌，采用16SrRNA基因片段序列分析的方法进行鉴定，结果 五株标准菌株的测序结果与其命名完全相符。49株流调非结核分支杆菌中．41株可明确鉴定，4株不能明确鉴定到种，4株扩增失败无法鉴定。所占比例较高的菌种为：不产色分支杆菌(7/41)，土地分支杆菌(6／41)，胞内分支杆菌(5／41)，偶然分支杆菌(4／41)。结论 在基因水平上较客观地了解我国目前可引起可疑肺结核症状的非结核分支杆菌的流行状况。16SrRNA基因片段序例分析鉴定非结核分支杆菌的方法快速、简便、准确并可发现一些新的菌种。

副鸡嗜血杆菌的分离鉴定及16SrRNA序列分析

从云南省和四川省规模化养鸡场鸡传染性鼻炎疑似病例鸡鼻窦分离到2株革兰氏阴性小杆菌,并对其进行生化鉴定、PCR鉴定和16SrRNA序列比对鉴定。16SrRNA分析表明两分离株与GenBank中的其他副鸡嗜血杆菌（Haemophilus paragallinarum,HPg）参考株核苷酸同源性为94.2%~99.2%。两分离菌株鉴定为副鸡嗜血杆菌,分别命名为YNAN20120110和SCPZH20120120株。16SrRNA遗传进化关系表明：分离株与NAD非依赖型副鸡嗜血杆菌血清A型代表株GU951543（HP105strain）的16SrRNA序列位于一个分支上,遗传进化关系最近,它们之间的核苷酸同源性为99.2%;与副鸡嗜血杆菌血清A型参考株AY498867（0083株）核苷酸同源性为96.9%。致病性实验表明分离菌株对成年产蛋鸡有强致病性。抗生素药物敏感试验表明：分离菌株对头孢吡肟、头孢噻吩、氯霉素、卡那霉素和氧氟沙星高敏,对四环素中敏,对磺胺甲唑耐药。

用16SrRNA序列分析技术检测龈下菌斑中致病菌

目的建立牙周致病菌的16SrRNA序列分析方法,检测龈下菌斑菌群的分布。方法对376例牙周病患者(其中成年组306例、儿童组70例)龈下菌斑,采用Chelex-100法提取细菌DNA,16SrRNA序列分析技术检测牙龈卟啉单胞菌(Pg)、伴放线嗜血杆菌(Aa)、福赛斯坦纳菌(Tf)、具核梭杆菌(Fn)、中间普氏菌(Pi)等5种牙周炎相关致病菌。结果376例牙周病患者龈下菌斑中5种牙周炎相关致病菌PCR法与培养法检出率分别为Pg(40.96%,17.82%)、Aa(19.15%,9.31%)、Tf(88.56%,27.66%)、Fn(81.91%,23.67%)、Pi(57.98%,19.15%);除Aa外前者检出率明显高于后者(P<0.01)。结论16SrRNA序列分析法具有检出率高、稳定性好以及高度的特异性和敏感性,是一种比较适合临床应用的牙周菌斑检测方法。

16SrRNA序列分析法在大气微生物检测中的应用

随着微生物核糖体数据库的日益完善 ,16SrRNA序列分析技术已应用于海洋、湖泊和土壤等环境微生物多样性的分析 ,但尚未见其在大气微生物菌群分析中的应用报道。本研究选择 5株大气中采集分离的菌株 ,通过细菌 16SrRNA通用引物PCR扩增其对应序列 ,直接对PCR产物进行测序 ,分析鉴定其对应细菌的种属 ,并将该结果同细菌表型鉴定、全自动微生物分析仪以及气相色谱分析结果加以比较。结果表明 16SrRNA序列分析获得的鉴定结果与表型分析和气相色谱分析结果较为一致 ,该方法具有快速、准确和不依赖于细菌生长状态等优点 ,说明 16SrRNA序列分析法可以作为大气微生物分析的一个有效技术。

广东省水库3株水华微囊藻16srRNA序列分析

微囊藻是有害淡水水华的主要藻种,但其形态分类困难,制约了相关研究的深入;16SrRNA序列分析广泛应用于微生物种类鉴定。测定广东3个水库的3株水华微囊藻16SrRNA基因部分序列,运用Mega3软件分析其遗传特征,结果表明,3株藻同源序列长度为1305bp,没有插入与缺失,序列中有3个变异位点,A+T含量最大差异仅为0.2%,核苷酸相似性在99.85%以上,不能区分广东省水库同一藻种的不同藻株,表明水华微囊藻种内16SrRNA基因序列相当保守。要准确鉴定广东省水库微囊藻种类,丰富广东省水库微囊藻分子层面的分类资料,需要比较更多形态和地理来源的藻株,建立16SrRNA和其它基因序列核苷酸数据库,分析种间和种内差异,设计种专一性的分子探针。

16SrRNA序列分析技术在口腔微生物群落中的应用

人类口腔微生物种类繁多,结构复杂,与人类常见的口腔疾病有着密切的关系,与血管硬化、心脏病突发等疾病也可能存在关联。因此,对口腔微生物菌群进行研究具有重要意义。分子生物学手段可避免经典微生物技术在多样性研究中的局限性,更可靠、更直接地反映微生物多样性在生态系中的原始构成,其中16SrRNA序列分析是目前研究口腔微生物菌落最为广泛,最为有效的手段之一。现对16SrRNA基因的特点,序列分析技术的原理及进展,以及其在口腔微生物群落中的应用做一综述,以期为更好应用16SrRNA序列分析方法研究口腔微生物提供一些帮助。

16SrRNA序列分析法在医学微生物鉴定中的应用研究

目的 :研究16SrRNA序列分析法在医学微生物鉴定中的应用效果。方法 :抽取2016年1月至2017年1月我院收治的肺炎患者38例作为研究对象,所有患者均采用16S rRNA和传统微生物鉴定方式,以血清检测结果作为金标准,比较两种检测方式在医学微生物鉴定中的应用效果。结果 :38例患者中检测出肺炎支原体37(97.3%),16S rRNA序列分析法的在医学微生物鉴定中,灵敏度92.1%,高于传统微生物检测72.8%,假阳性率7.9%,低于传统微生物检测34.2%,且检测时间比传统微生物检测短,与传统微生物检测比较存在显著差异(P<0.05)。结论 :16S rRNA序列分析法在医学微生物检测中效果显著,检测准确率高,具有应用价值。

中国对虾线粒体16SrRNA基因序列分析(英文)

中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus,Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群:中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群;美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群,最后与中国对虾等聚到一起。同时可见,小褐美对虾(F.subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。

用16SrRNA基因序列分析从西藏的微小牛蜱中检出的埃立克体

用埃立克体属特异性套式PCR和DNA序列测定从西藏微小牛蜱检出边缘无形体和埃立克体 ;用半套式PCR扩得该埃立克体的 16SrRNA基因 ,并测定了它的序列 ;将该埃立克体的 16SrRNA基因序列与其它埃立克体的 16SrRNA基因序列进行对比分析 ,结果证明它的 16SrRNA基因与埃立克体属的犬埃立克体群 16SrRNA基因相似水平最高 (97%～ 98% ) ;用 16SrRNA基因序列做系统发育分析 。

罗氏沼虾不同群体线粒体16SrRNA基因的序列变异及其保守性分析

利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾广西养殖群体、江苏养殖群体和缅甸原种F13个不同群体共15个个体的线粒体16SrRNA基因片段,测定序列并进行序列同源性比较。结果显示,在得到的401bp长度的基因片段中,3个群体所有个体的核苷酸序列完全一致,序列同源性为100%,该基因在群体内或不同群体间均不存在遗传差异。表明罗氏沼虾的16SrRNA基因是比较保守的序列,在不同群体间的分化程度很低。

16SrRNA基因与16S-23SrRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用

测定了节旋藻属 3个品系和螺旋藻属 1个品系的全长 1 6SrRNA基因和 1 6S 2 3SrRNA转录单元内间隔区序列 (ITS) ,分析了已知的节旋藻、螺旋藻和相关品系的相应序列的同源性 ,构建了系统发生树 ,并评价了这两段DNA序列在节旋藻、螺旋藻种属分类和种质鉴定中的意义。结果表明 :( 1 ) 1 6SrRNA基因序列和ITS序列均可用于节旋藻属和螺旋藻属的属间分类 ,以两序列为基础的系统学分析结果一致 ;( 2 )ITS序列变异程度高于 1 6SrDNA序列 ,适用于节旋藻和螺旋藻属内品系或种质鉴定 ;( 3)节旋藻属可明确界定 ,1 6SrRNA基因序列相似性大于 98% ,ITS序列相似性大于 88% ;( 4 )螺旋藻属某些品系间 1 6SrDNA序列和ITS序列相似性较低 ,与不同属间的序列相似性程度为同一水平。

墨吉对虾Penaeus merguiensis线粒体16SrRNA基因序列分析

比较墨吉对虾 6个群体的线粒体 16SrRNA基因约 4 5 7个碱基对的DNA序列 .结果表明这 6个群体间的遗传距离 (D)在 0 - 0 .0 0 85之间 .未发现广东的

猪胞内劳森菌16SrRNA基因的克隆及序列分析

胞内劳森菌（Lawsonia intracellularis,LI）是猪增生性肠炎的病原,本试验设计3条引物,采用半巢式PCR,从猪的回肠粘膜中扩增出长为1 457 bp的胞内劳森氏菌16SrRNA基因,并进行序列比较分析。结果表明,与不同动物源性（鼠、仓鼠、鹿、马、鸵鸟等）的增生性肠炎胞内菌核苷酸同源性在98.4%-100%之间,与脱硫弧菌同源性达到88.6%,与一般弯曲杆菌和螺旋体同源性较低（71.8%-73.9%）。

氯酚的生物降解特性及其微生物的16SrRNA基因序列分析

从受氯代有机物污染的土壤中富集分离到对 2 ,4 二氯酚具有高效降解能力的微生物混合菌群 .实验表明 ,降解 1mol二氯酚可以定量释放出 2mol的氯离子 .在生物流化床反应器中 ,以聚胺酯泡沫块为固定化载体吸附固定化微生物 ,进行了连续降解氯酚的实验研究 ,当水力停留时间为 2 4h ,二氯酚的初始浓度为 3 0 μmol L时 ,二氯酚的去除率均在 90 %以上 .利用平板划线法从混合微生物菌群中分离到可以利用二氯酚为唯一碳源和能源的纯种微生物 .16SrRNA基因序列分析结果表明 。

立克次体的16SrRNA基因序列分析

目的 研究立克次体的１６ＳｒＲＮＡ基因序列的差异，为其分类和鉴定提供依据。方法 从基因数据库中选择不同的立克次体属代表种的１６ＳｒＲＮＡ基因序列，在计算机上用多序列排列程序对序列进行同源位排列和对比分析，以及依据序列的相似程度构建进化树。结果 立克次体的１６ＳｒＲＮＡ基因含有４ 个高变区，这些高变区的序列具有种或属的特异性，依据序列的相似程度构成的进化树可将立克次体目内成员分为柯克斯体、巴通体、立克次体、埃立克体等４ 个大基因群，每个大基因群含有若干个小基因群。结论 １６ＳｒＲＮＡ基因高变区的序列可用于设计立克次体种、属特异性ＰＣＲ引物和杂交探针；１６ＳｒＲＮＡ

桑黄化型萎缩病病原体16SrRNA基因的序列分析

用PCR法克隆了中国桑黄化型萎缩病病原植原体的 16SrRNA基因 ,并进行了序列分析。结果表明 :克隆的基因大小为 1372bp ,与日本桑萎缩病病原植原体 16SrRNA的同源性高达 99 85 % ,只存在个别碱基的突变。Blastj检索结果显示与中国桑黄化型萎缩病病原体 16SrRNA的基因同源性高达 99%的有来源于玉米、洋葱、土豆等5 0多种其它植物的植原体 16SrRNA基因 ,表明植物萎缩病病原体 16SrRNA基因具高度保守性。

宁夏布鲁氏菌系统鉴定及16SrRNA基因序列分析

目的鉴定宁夏地区布鲁氏菌历史菌株、近期分离菌株,检测分析16SrRNA基因序列,构建遗传进化树,为宁夏地区布鲁氏菌鉴定、传染源追溯和分子流行病学监测体系提供基础数据。方法利用传统生物学方法和分子生物学方法鉴定具有代表性的20株布鲁氏菌和参考菌株的种和生物型,从GeneBank下载与布鲁氏菌有共同抗原细菌的16SrRNA基因序列,并采用PCR扩增产物直接测序法对布鲁氏菌的16SrRNA扩增、测序,用DNAMAN软件进行序列拼接比对,构建遗传进化树。结果经传统生物学方法和分子生物学方法鉴定20株布鲁氏菌分别为羊种13株,牛种2株,猪种4株,犬种1株。布鲁氏菌历史菌株、近期分离菌株和部分参考菌株16SrRNA经PCR扩增均得到1 412 bp条带,所有菌株和布鲁氏菌有共同抗原细菌的16SrRNA经一致性分析,达到98.54%,进化树显示,选取的具有代表性的分离菌株与参考菌株在同一末端的分支上,遗传距离十分接近。布鲁氏菌与人苍白杆菌在进化树的同一次分支上,遗传距离为0.019,而与霍乱弧菌、大肠杆菌O∶157、耶尔森菌属O∶9的遗传距离较远,遗传距离均大于0.02。结论从遗传进化角度对布鲁氏菌分离株与标准菌株的亲缘关系进行分析,所有种型遗传距离接近,提示16SrRNA为高度保守序列,不宜做遗传进化分析的靶基因,可作为布鲁氏菌属的一个鉴定方法,布鲁氏菌与人苍白杆菌有较近的亲缘关系。

仙人掌丛枝病植原体CWB1株系16SrRNA基因克隆及序列分析

对表现丛枝症状的仙人掌植株总DNA进行植原体 1 6SrRNA基因PCR扩增 ,得到一条约 1 5kb的特异片段 ,表明植株中有植原体存在 ,将此植原体株系命名为CWB1。把此特异片段与pGEM TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM1 0 9感受态细胞中 ,通过PCR鉴定、限制性内切酶 (EcoRI)酶切分析及核苷酸序列分析 ,均表明克隆成功。序列分析结果显示 ,此株系的 1 6SrRNA基因全长 1 489个碱基 ,与属于植原体 1 6SrⅡ C亚组的Fababeanphyllody植原体同源率最高 ,为 99 7%。通过 1 6SrRNA基因核酸序列同源性比较 ,认为该株系属于 1 6SrⅡ C亚组 ,基本确定了其分类地位。

基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境特征分析研究

目的探讨基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境的特征分析。方法选取2019年2—9月赣州市人民医院收治的60例接受规律性腹膜透析的患者作为观察组,另选取2019年5月于本院进行常规体检的60名受试者作为对照组。对所有受试者进行粪便提取和检测。比较两组炎症指标水平[C反应蛋白CRP)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)],分析观察组16SrRNA基因测序结果和肠道微生态检测结果。结果观察组CRP、hs-CRP、IL-6水平均高于对照组,TNF-α水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。60例患者中,腹膜透析透出液培养检出革兰阳性菌41例,阳性率为68.3%;观察组革兰阴性菌22例(其中大肠埃希菌14例),革兰阳性菌38例(其中表皮葡萄球菌13例,头状葡萄球菌、唾液链球菌均5例)。结论16SrRNA基因测序可准确评估腹膜透析患者的肠道情况,健康人群肠道微生物的群落较复杂,但基本稳定,为肠道菌群结构和功能研究提供了参考依据。