Tobramycin与16S rRNA A位点复合物的分子动力学模拟

采用分子动力学方法(Molecular dynamics,MD)对托普霉素(Tobramycin)与16S rRNA的A位点复合物的特异性识别机制进行了理论模拟研究,模拟时间为3.6ns.结果表明,A位点中波动最大的部位是两个环外碱基A1492和A1493;tobramycin的环Ⅰ和环Ⅱ是其最保守的结构单元,可能参与了Tobramycin与16S rRNA的A位点之间的特异性识别.另外,发现一个残存时间为3.6ns的'结构化'水分子,它桥接了Tobra-mycin环Ⅱ的N3与环Ⅰ的N6′之间的氢键,稳定了Tobramycin的结构;Tobramycin周围水合密度较高的位点出现在环Ⅰ和环Ⅱ附近,这也正是晶体结构中形成较多水媒介氢键及动力学模拟中结构化水分子出现的位置.动力学模拟证实Tobramycin与16S rRNA间的结合是大量氢键及水分子相互作用的结果,这有助于设计和开发以Tobramycin为基础,具有高亲和力及特异性的16S rRNA抑制剂.

慢性哮喘小鼠肺组织中组蛋白乙酰化修饰位点H2BK16ac表达增强

目的探讨组蛋白乙酰化修饰位点H2BK16a在慢性哮喘模型小鼠肺组织中的表达变化。方法BALB/C小鼠分为正常组和慢性哮喘组,应用卵蛋白致敏和激发方法构建慢性哮喘模型,HE染色观察气道炎症浸润,AB-PAS染色观察气道杯状细胞增生,Masson染色观察上皮下胶原沉积,免疫组织化学染色观察H2BK16ac在肺组织中的表达分布,Western blot检测肺组织中H2BK16ac水平。结果慢性哮喘小鼠气道血管周围可见大量炎症细胞浸润、气道纤毛柱状上皮细胞中的杯状细胞增生、黏液腺化生、上皮下胶原沉积,表明构建慢性哮喘模型成功。免疫组织化学染色和Western blot检测显示,正常小鼠肺组织中H2BK16ac的表达极少;慢性哮喘小鼠肺组织中H2BK16ac的表达水平显著升高,在气道纤毛柱状上皮细胞、气道血管周围炎症细胞、血管平滑肌细胞、肺泡腔炎症细胞中H2BK16ac均呈明显阳性表达。结论肺组织中乙酰化修饰位点H2BK16ac的高表达可能与慢性哮喘的发生密切相关。

鼠疫耶尔森氏菌16S-23SrRNA基因间区的酶切位点分析

目的 :了解鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区的酶切位点分布情况。方法 :PCR扩增及限制性内切酶分析。结果 :对EV菌及不同来源的 10 3株鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区进行了扩增 ,选用限制性内切酶TaqⅠ及MspⅠ对扩增产物进行酶切分析 ,结果发现所用鼠疫耶尔森氏菌该间区扩增产物及酶切图谱一致 ;选用TaqⅠ +MspⅠ ,HinfⅠ +MspⅠ对EV菌 16S - 2 3SrRNA基因间区扩增产物进行了双酶切分析 ,作出了TaqⅠ ,MspⅠ ,HinfⅠ在EV菌该间区的酶切位点图。结论 :鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区相当保守 ;

航空食品生产环境中肠杆菌科细菌的分离鉴定及多位点序列分型研究

目的对航空食品生产环境中肠杆菌科细菌进行分离鉴定和多位点序列分型研究,了解生产环境中肠杆菌科细菌的污染状况和来源。方法采集航空食品生产车间的操作台、推车和地面等32份环境涂抹样品,从中分离肠杆菌科细菌,采用生化实验和16S rDNA测序方法鉴定细菌种类,并进行多位点序列分型。结果从32份环境涂抹样品中分离出7株肠杆菌科细菌,包括3株产酸克雷伯菌、2株肺炎克雷伯菌、1株阴沟肠杆菌、1株河生肠杆菌。3株产酸克雷伯菌多位点序列分型的型别为ST126、ST160和ST277。结论本研究未从航空食品生产环境中分离到致病菌,但分离到肺炎克雷伯菌和产酸克雷伯菌、阴沟肠杆菌、河生肠杆菌等条件致病菌,这些条件致病菌对食品的污染风险也应引起重视。

分子动力学模拟研究A1408G突变对核糖体16S rRNA片段的影响

利用分子动力学模拟方法,研究了原核生物核糖体小亚基中的16SrRNA片段与氨基糖苷类抗生素巴龙霉素复合物结构的柔性.结果表明,16SrRNA片段中的1408位点的腺嘌呤(A)突变为鸟嘌呤(G),改变了与tRNA中反密码子环识别相关的2个腺嘌呤A1492和A1493的空间构象,阻碍了氨基糖苷类抗生素与核糖体的结合,从而影响原核生物蛋白转录过程.模拟结果与实验测定的晶体结构相吻合,可为基于核糖体16SrRNA的药物分子设计提供较可靠的结构信息.

p16基因突变及甲基化在砷致癌中的作用

目的了解抑癌基因p16在燃煤型砷中毒患者中突变及甲基化的情况和意义。方法采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析和PCR产物克隆测序技术对60例砷中毒患者外周血中p16基因第2外显子突变情况进行检测,同时采用甲基化敏感的限制性内切酶方法对p16基因第1外显子甲基化情况进行分析。结果燃煤型砷中毒患者p16基因第2外显子未发现突变存在;第1外显子SmaⅠ位点甲基化分析显示:癌变组10例患者中有4例出现了甲基化,癌前组12例、一般病变组38例,均未发现甲基化存在。结论p16基因高度甲基化可能是导致砷性肿瘤中p16基因失活的主要方式,并可能在砷致癌过程中起着重要作用。

人乳头瘤病毒16型甲基化水平与子宫颈病变程度关系的研究

目的定量检测位于人乳头瘤病毒16(HPV16)L1基因3′端和LCR基因18个CpG甲基化水平,了解HPV 16甲基化与子宫颈病变的关系。方法选取本院就诊HPV16阳性正常/低度病变、高度病变、子宫颈癌标本各10例患者,采用重硫酸盐-焦磷酸测序方法分析HPVl6甲基化与子宫颈病变的关系。结果 Ll基因3′端的位点7089在正常/低度病变标本的甲基化率最高,其次是子宫颈癌,高度病变标本的甲基化率最低,3组比较差异有统计学意义(P=0.006);3组在位点7 134中甲基化率差异有统计学意义(P=0.01),与正常/低度病变标本比较,子宫颈癌及高度病变甲基化率差异均具有统计学意义(P分别为0.038、0.017)。结论 HPVl6 L1基因3′端甲基化位点7089、7134的甲基化水平与子宫颈病变程度存在相关性,HPVl6型DNA甲基化检测可用于临床上子宫颈病变筛查。

大肠杆菌16S rRNA的核酶设计和初步应用

针对细菌rRNA研发抑制细菌增殖的新型抗菌素是抗生素研究领域的新课题。细菌rRNA与基因mRNA一样自然形成折叠卷曲高级结构,其结构上可以结合反义核酸的位点即靶点,靶点的阐明是设计有效反义核酸、核酶(ribozyme)和脱氧核酶(DNAzyme)的关键。MAST方法固定16S rRNA,将其与寡核苷酸文库杂交筛选出靶点,获得了大肠杆菌16S rRNA的6个反义核酸结合靶点,并鉴定5个靶点有效,其中1个为高效。5个靶点的反义核酸能在通透性大肠杆菌菌株培养中不同程度地抑制其生长,针对高效靶点的核酶在转化大肠杆菌中表达而抑制其生长。

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化。方法应用16S rRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1238株致病性钩体的基因种与MLST数据进行种群结构分析。结果16S rRNA基因测序分析结果显示7株钩体国际参考菌株和47株国内菌株基因种主要为问号基因种,分别占比71.4%和59.6%。7株国际参考菌株呈现7种不同ST型。而在47株中国钩体分离株中,发现15种ST型及24种尚未报道的新ST型。MLST聚类分析发现问号、波氏和卫氏基因种菌株均各自形成单独分支。7株不同ST的疫苗株也位于问号基因种内不同亚分支中。系统发育进化树表明世界范围内近百年分离的1238株钩体菌株主要包括16个进化簇,分别为ST17、ST34、ST149、ST1和ST37等,而中国236株钩体菌株可分为4个主要进化簇,主要流行基因型为ST1、ST128、ST17和ST143;不同国家流行菌株的基因种和ST型不尽相同。致病性钩体可在不同宿主物种广泛地交叉感染,不同国家间相互传播。结论获得我国致病性钩体基因种和MLST基因多态性资料,并系统地了解国内和全球致病性钩体种群结构和遗传进化关系,为后续致病性钩体监测和溯源提供科学指导。

Tec激酶区作用蛋白RAI16的筛选和结构功能分析

目的筛选与Tec激酶结构域相互作用的蛋白分子,并获得其蛋白质结构及功能信息。方法通过酵母双杂交技术筛选作用蛋白,利用相应的计算机软件及数据库,对筛库所得蛋白进行生物信息学分析。结果筛选得到1种Tec激酶区作用蛋白RAI16,其cDNA序列由2863个核苷酸组成,编码759aa蛋白质,具有多个功能基序,其中包括3个酪氨酸磷酸化位点。结论推测RAI16蛋白与细胞分化有关,很可能在肝癌细胞的诱导分化信号转导转录中与Tec协同发挥重要作用。

pIRES-p16ink4a-hRb1载体的构建及其对骨肉瘤细胞周期的调控

目的应用内部核糖体插入位点(IRES)序列构建单启动子双顺反子穿梭载体pIRES-p16ink4a-hRb1并鉴定,观察其导入骨肉瘤细胞后对细胞周期的调控。方法利用基因工程技术,将p16ink4a与hRb1全长cDNA编码区依次亚克隆至pIRES载体中,质粒构建通过PCR、双酶切与测序鉴定;脂质体转染至p16ink4a表达缺失、hRb1表达阳性的骨肉瘤细胞株MG63,G418筛选获得抗性克隆,通过RT-PCR和Western blot法分析外源基因表达;流式细胞术分析细胞周期特异性和细胞凋亡率,四甲基偶氮唑蓝(MTT)比色法与细胞生长曲线观察细胞增殖情况。结果成功构建出pIRES-p16ink4a-hRb1载体,外源基因在靶细胞mRNA和蛋白水平分别有独立表达。与对照组比较,双基因导入组细胞生长抑制率显著上升,细胞周期显著阻滞在G1期,且细胞凋亡率极显著升高。结论pIRES-p16ink4a-hRb1双顺反子穿梭载体的构建与真核细胞导入、目的基因表达成功,为进一步研究p16ink4a与hRb1相互关系在细胞周期调控中的作用奠定了基础。

15个STR位点在潮汕地区人群的群体遗传学分析

〔目的〕分析潮汕地区汉族人群15个STR位点遗传多态性。〔方法〕利用五色荧光标记多重PCR和全自动毛细管电泳技术对STR位点进行基因分型。〔结果〕统计分析346例无关个体15个位点的基因频率,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡。经计算,FGA、D2S1338和D18S5 1属于高度多态性位点,D8S1179、D2 1S11、D19S4 33、D13S317、vWA、D5S818和D16S5 39属于中高度多态性位点,而D37S82 0、CSF1PO、D3S135 8、TH0 1和TPOX多态性方面相对稍差。15个位点个体识别能力累积值>0 .999999999,三联体非父排除概率的累积值>0 .99999、二联体非父排除概率>0 .999,平均杂合度为0 .777,累积偶合率为1.2 6×10 -17。〔结论〕获得的潮汕地区汉族人群15个STR位点的等位基因频率,为将这些位点成功应用于本地区的亲子鉴定和个体识别提供依据。

游离型HPV16细胞类型特异性增强子片段的变异对启动子活性的影响

目的 研究宫颈癌中游离型HPV16中细胞特异性增强子（cell-type specific enhancer,CTSE）片段的变异对启动子P97活性的影响,探讨CTSE片段变异与游离型HPV16致癌机制的关系.方法 分别构建含HPV16突变型及野生型CTSE片段的重组报道基因载体（pCAT3-Promoter）表达系统,利用脂质体将重组的报道基因载体转染HeLa细胞;ELISA法测定细胞中CAT蛋白表达量的变化,了解变异CTSE片段对启动子活性的影响.结果 与无增强子的CAT报道质粒pCAT3-Promoter相比,插入HPV16 CTSE序列的pCAT3-Promoter重组报道质粒CAT蛋白表达量增加1.5 ～2.5倍;插入突变型CTSE序列的报道载体与插入野生型CTSE序列的报道载体相比,报道基因CAT蛋白表达量增加了约1.6倍.结论 陕西地区宫颈癌组织中HPV16 YY1位点突变的CTSE序列可激活启动子活性,YY1位点的突变与游离型HPV16 DNA致宫颈癌有密切关系.

鲟形目线粒体16S rRNA的部分序列变异及系统发生

采用通用引物对3种鲟形目(Acipenseriformes)鱼类,中华鲟(Acipenser sinensis)、俄罗斯鲟(Acipenser gueldenstaedtii)和匙吻鲟(Polyodon spathula)的16S rRNA基因部分片段进行扩增,并与NCBI数据库中获得另外6种鲟形目鱼类相应的16S rRNA序列部分进行比较,探讨鲟形目2个科5个属共9个种之间的遗传变异和亲缘关系.数据合并后用于分析的序列共514 bp,变异位点29个,含简约信息位点16个,单一信息位点13个.以多鳍鱼目(Polypteriformes)多鳍鱼属Polypterus ornatipinnis为外群,采用部分16S rRNA序列基于Kimura双参数模型构建其系统发育关系,结果表明:MP法和NJ法得到系统树基本相同,其科、亚科和属的分化上基本与传统形态学分类相吻合,另外,欧鳇与鲟属鱼类的分化也并不明显.值得注意的是,鲟亚科6个种所划分出的3个分支恰恰分别归属于3个地理区域,欧鳇、闪光鲟和俄罗斯鲟主要集中于黑海和里海流域等地区;中华鲟和达氏鲟分布在西北太平洋,中国长江流域以及朝鲜;而高首鲟则分布于东太平洋.

基于16S rDNA和看家基因序列分析技术的鲍鱼养殖水体弧菌种类的鉴定

采用TCBS选择性培养基从厦门某鲍鱼养殖场的养殖水体中分离到19株细菌.经16S rDNA序列分析,所有菌株均属于弧菌属(Vibrio),且与最近似的弧菌模式种的同源性都在98.99%以上.由于弧菌种间16S rDNA序列相似度极高,无法仅靠16S rDNA序列比对来鉴定这些菌株到种的水平.16S rDNA序列的系统发育分析也显示,大多数菌株与弧菌模式种无法归为一簇,表明16S rDNA基因在弧菌种的分类鉴定上分辨率不高.进一步采用基于4种看家基因(rpo A、pyr H、gap A和top A)的多位点序列分析技术(MLSA)对分离到的弧菌菌株进行分类鉴定,结果显示19株海洋弧菌归于溶藻弧菌(Vibrio alginalyticus)与魔鬼弧菌(Vibrio diabolicus)2个种,表明这两种弧菌是该鲍鱼养殖场水体环境中的优势弧菌种,在鲍鱼养殖弧菌病害防治方面需要重点关注.此外,看家基因与16S rDNA基因的多态性分析表明,4种看家基因的多态位点比率均高于16S rDNA.4种看家基因串联后的多态位点比率高达41.1%,远高于16S r DNA基因的13.4%,表明看家基因相较于16S rDNA基因有着更高的分辨率,更适合于海洋弧菌的分类鉴定.

口腔黏膜癌变过程中Bmi-1及P16蛋白的表达及意义

目的:了解Bmi-1及P16蛋白在口腔黏膜癌变过程中的表达情况,探讨Bmi-1-P16通路在口腔鳞癌发生发展中的作用及意义。方法::正常口腔黏膜10例、上皮异常增生31例、口腔鳞癌61例的石蜡包埋组织,采用免疫组化SP法检测Bmi-1及P16表达情况,分析二者的相关性及其临床病理学意义。结果:Bmi-1在正常口腔黏膜、上皮异常增生及OSCC组织中的阳性率分别为0%、29%(9/31)和62.3%(38/61);P16在正常、上皮异常增生及OSCC组中的阳性率分别为100%(10/10)、77.4%(24/31)和47.5%(29/61)。OSCC中Bmi-1阳性率在P16阴性组高于P16阳性组,差异有统计学意义(P<0.05),Spearman相关分析显示两者间具负相关关系(r=-0.414,P<0.05)。Bmi-1阳性表达及Bmi-1高表达且P16失表达与OSCC临床分期及淋巴结转移密切相关(P<0.05)。结论:Bmi-1过表达是口腔黏膜癌变过程中的早期事件,口腔鳞癌中Bmi-1过表达可能与P16失表达有关并与临床分期及淋巴结转移密切相关,有可能作为临床评估口腔鳞癌浸润、转移和预后的参考指标之一。

男性冲动攻击行为的15个短串联重复序列基因位点等位基因频率的病例对照研究(英文)

背景:遗传多态性短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)分析是用于检测基因型和表型之间关联的公认方法 ,但它以前没有在冲动攻击行为的遗传学研究中使用。目的 :在有冲动攻击行为史的男性和无冲动攻击行为史的男性对照组之间,比较15个STR基因位点(D8S1179,D21S11,D7S820,CSF1PO,D3S1358,TH01,D13S317,D16S539,D2S1338,D19S433,vWA,TPOX,D18S51,D5S818和FGA)不同多态性的发生率。方法 :应用AmpFlSTR?Identifiler?试剂盒比较407个有冲动性攻击行为的案例和415个对照的15个STR基因位点等位基因的分布。结果 :有冲动攻击行为史的男性以下等位基因的平均频率显著低于对照组:TH01的等位基因10(OR=0.29,95%CI=0.16-0.52,p<0.0001),TPOX的等位基因8(OR=0.71,95%CI=0.58-0.86,p=0.0005),TPOX的等位基因9(OR=0.65,95%CI=0.47-0.89,p=0.0072),和CSF1PO的等位基因14(OR=0.27,95%CI=0.11-0.68,p=0.0035)。而案例组有一个等位基因频率显著高于对照组:TPOX的等位基因11(OR=1.79,95%CI=1.45-2.22,p<0.0001)。结论 :据我们所知,本项行为遗传学研究首次清楚表明了特定的遗传标记与非精神病罪犯的冲动暴力行为之间的密切关系。进一步的前瞻性工作将需要确定已辨识出的等位基因是否可以被认为是冲动攻击行为的危险因素以及导致这种关系的基本机制。

LRRK2调控ERES支架蛋白Sec16A分布的研究

目的探讨LRRK2和内质网出口位点(ERES)支架蛋白Sec16A之间的相互作用,以及LRRK2对细胞中Sec16A分布的影响。方法利用Lrrk2基因敲除小鼠(Lrrk2^-/-小鼠)及野生型小鼠(Lrrk2^+/+小鼠),应用免疫共沉淀实验和蔗糖梯度离心实验检测LRRK2和Sec16A之间的相互作用,应用免疫染色实验观察LRRK2表达缺失对细胞中Sec16A的分布的影响。结果免疫共沉淀实验显示Lrrk2^+/+小鼠脑皮质中内源性的LRRK2和Sec16A存在相互作用;蔗糖梯度离心实验显示LRRK2和Sec16A存在于相同组分中;免疫荧光染色结果显示小鼠原代成纤维细胞中LRRK2缺失导致Sec16A异常弥散分布。结论LRRK2和Sec16A存在相互作用,二者之间的相互作用可能促进Sec16A锚定于ERES。

孕烯醇酮D环结构修饰的合成方法及生物活性研究进展

简单介绍了甾体的结构以及在医药方面的广泛应用;阐述了16-脱氢孕烯醇酮醋酸酯(16-DPA)作为合成甾体药物的关键中间体在甾体合成中占有重要地位;随后详细综述了以不同基团修饰16-DPA的D环得到甾体衍生物的合成方法,其中包括N杂环(噁唑环、吡唑环、嘧啶环、咪唑环)、O杂环、碳环等修饰;以及其显示的抗肿瘤抗炎等生物活性进行分析;最后进行总结并对其发展趋势和应用前景进行了展望。

福建省2008-2017年人间布鲁氏菌病流行特征及分离株MLVA分型研究

目的探讨福建省人间布鲁氏菌病流行特征,并对其分离株进行分子分型,为制定预防控制策略提供依据。方法收集中国疾病预防控制信息系统中2008-2017年福建省布鲁氏菌病报告数据,进行流行特征分析;采用传统生物学鉴定和BCSP31-PCR、AMOS-PCR、MLVA-16进行布鲁氏菌分离株分子鉴定和分型,并进行聚类分析。结果福建省2008-2017年布鲁氏菌病发病呈逐年上升趋势,年均发病率0.11/10万;疫情波及福建省80%的县区,呈高度散发态势;发病高峰为4-8月;40～64岁发病数占62.7%,60～64岁组发病率最高(0.27/10万);男女比为2.50∶1,农牧民占50.7%。40株布鲁氏菌分离株分子检测结果与传统分型基本相符,为2个种(羊种和猪种)和2个生物型(羊3型和猪3型),其中羊种布鲁氏菌占绝大多数(87.5%);MLVA-16分型将其分为羊种和猪种2个种群,35株羊种菌分为28种基因型,5株猪种菌分为4种基因型,其中26种基因型为单分离株,6种基因型为共享基因型(共14株,35.0%)。同国内147株布鲁氏菌进行聚类分析显示,福建省菌株与广东和内蒙古地区存在4种共享基因型,均为羊种菌,其他部分菌株与外省菌株存在着较近的遗传距离,主要集中在panel 2B上,仅存在1～3个位点的差异。结论福建省布鲁氏菌病流行强度逐年增高,建议相关部门加强传染源的管控、对疫情高发地区的重点人群采取必要防控措施,控制其发生与流行。福建省布鲁氏菌MLVA-16分型显示高度基因多态性,提示MLVA-16可用于遗传多样性分析和分子流行病学溯源调查,可以提高布鲁氏菌病监测能力。