16SrRNA测序法检测家兔口腔内细菌种属及其丰度的研究

动物口腔内微生物群落对维持动物机体健康具有重要作用。为了确定家兔口腔内细菌种类,试验采用局部解剖法对家兔口腔进行解剖并提取家兔口腔唾液样本,用16SrRNA测序法检测家兔口腔内的细菌种类,并进行物种丰富度分析。结果表明:家兔口腔内属水平上的优势种群为放线杆菌属(Actinobacillus)、金氏菌属(Kingella)、里氏杆菌属(Riemerella)、莫拉克斯氏菌属(Moraxella),其丰度分别为0.3728,0.1451,0.0795,0.0775;家兔口腔内种水平上存在荚膜放线杆菌(Actinobacillus capsulatus)、小韦荣氏球菌(Veillonellaparvula)、脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)等菌群,其丰度分别为0.3686,0.0102,0.0080。

基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境特征分析研究

目的探讨基于16SrRNA基因测序对腹膜透析患者肠道微生态环境的特征分析。方法选取2019年2—9月赣州市人民医院收治的60例接受规律性腹膜透析的患者作为观察组,另选取2019年5月于本院进行常规体检的60名受试者作为对照组。对所有受试者进行粪便提取和检测。比较两组炎症指标水平[C反应蛋白CRP)、超敏C反应蛋白(hs-CRP)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)],分析观察组16SrRNA基因测序结果和肠道微生态检测结果。结果观察组CRP、hs-CRP、IL-6水平均高于对照组,TNF-α水平低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。60例患者中,腹膜透析透出液培养检出革兰阳性菌41例,阳性率为68.3%;观察组革兰阴性菌22例(其中大肠埃希菌14例),革兰阳性菌38例(其中表皮葡萄球菌13例,头状葡萄球菌、唾液链球菌均5例)。结论16SrRNA基因测序可准确评估腹膜透析患者的肠道情况,健康人群肠道微生物的群落较复杂,但基本稳定,为肠道菌群结构和功能研究提供了参考依据。

靶向代谢组学联合16SrRNA基因测序分析地黄炮制前后对肾阴虚证大鼠肠道菌群的影响

目的探讨地黄炮制前后对肾阴虚证大鼠肠道菌群的影响。方法将SD大鼠随机分为空白组、模型组、益生菌组(0.35 g·kg^(-1))、熟地黄高/中/低剂量组(3.5、1.75、0.875 g·kg^(-1))、生地黄高/中/低剂量组(3.5、1.75、0.875 g·kg^(-1)),每组9只。除空白组外,其余各组大鼠均肌肉注射地塞米松磷酸钠注射液(0.35 mg·kg^(-1)),每日1次,持续21 d。于造模第7天开始灌胃给药,每日1次,连续给药14 d。采用HE染色法观察肾上腺组织病理变化;ELISA法检测大鼠血清环磷酸腺苷(c AMP)、环磷酸鸟苷(c GMP)、促肾上腺皮质激素释放激素(CRH)、促肾上腺激素释放激素(ACTH)、皮质酮(CORT)水平;采用靶向代谢组学方法联合16Sr RNA基因测序检测各组大鼠粪便中短链脂肪酸的含量及肠道菌群多样性变化。结果(1)与空白组比较,模型组大鼠第7、14、21天体质量明显下降(P<0.05,P<0.01);血清中c AMP、CRH、ACTH、CORT含量及c AMP/c GMP比值均显著升高(P<0.01),c GMP含量显著降低(P<0.01);肾上腺皮质变薄,皮质各层边界不清。与模型组比较,熟地黄给药组大鼠第21天的体质量均明显增加(P<0.05,P<0.01),大鼠血清中c AMP、CRH、ACTH、CORT含量及c AMP/c GMP比值均明显降低(P<0.05,P<0.01),c GMP含量明显升高(P<0.05,P<0.01);生地黄给药组大鼠体质量变化不明显(P>0.05),生地黄高剂量组大鼠血清中CRH、CORT含量明显降低(P<0.01),生地黄中剂量组大鼠血清中ACTH含量明显降低(P<0.05);各给药组大鼠肾上腺皮质均有所改善,尤其熟地黄给药组大鼠肾上腺皮质各层增厚明显,改善作用优于生地黄组。(2)与空白组比较,各组间覆盖度指数(Coverage)的差异无统计学意义(P>0.05),各组覆盖度良好;模型组丰度指数(Sobs、Ace、Chao)、多样性指数(Shannon)显著升高(P<0.01),Simpson指数显著降低(P<0.01)。与模型组比较,熟地黄中、高剂量组的Sobs指数明显降低(P<0.05),熟地黄给药组及生地黄高剂量组的Chao指数显著降低(P<0.05,P<0.01),熟地黄高剂量组的Simpson指数明显升高(P<0.05)。生地黄对肾阴虚大鼠肠道微生物群落丰富度和多样性的改变较小,而熟地黄可以更好地维持肾阴虚大鼠肠道微生物群落丰富度和多样性的稳定。(3)与空白组比较,模型组大鼠粪便中的厚壁菌门丰度显著降低,拟杆菌门、放线菌门的丰度显著升高;乳杆菌属的丰度显著降低(P<0.01),norank_f__Muribaculaceae及Bifidobacterium的丰度显著升高(P<0.01)。与模型组比较,益生菌组和熟地黄高剂量组的菌群丰度恢复趋势与空白组更加相近,显示其对菌群比例的调节作用最佳;各给药组的乳酸菌丰度均有所上升,其中益生菌组显著升高(P<0.01);norank_f__Muribaculaceae及Bifidobacterium丰度均有所下降,其中益生菌组及熟地黄中、高剂量组显著降低(P<0.01),效果明显优于生地黄组。各组样本的COG功能主要集中于氨基酸转运与代谢,碳水化合物转运与代谢,翻译、核糖体结构与生物发生,复制、重组和修复等方面,但各功能在不同组间的丰度信息不同,可能是由于肠道菌群失调导致的差异。(4)与空白组比较,模型组大鼠粪便中的乙酸、丁酸、丙酸、己酸水平明显降低(P<0.05,P<0.01),异丁酸水平明显上升(P<0.01)。与模型组比较,益生菌组及熟地黄低、中、高剂量组大鼠粪便中的乙酸、丁酸、丙酸水平明显升高(P<0.05,P<0.01),异丁酸水平明显降低(P<0.05,P<0.01);生地黄给药组的上述指标虽然有所改善,但差异无统计学意义(P>0.05)。结论地黄经炮制后对肾阴虚证大鼠治疗作用增强,可能与其对肠道菌群的调节作用有关。

16SrRNA基因测序确定根瘤菌的系统发育

采用聚合酶链反应和ＤＮＡ测序技术分析了两个新根瘤菌群的代表菌株的部分１６ＳｒＲＮＡ基因序列，并对所得序列进行了聚类分析。在系统发育树状图中，菌株ｓｈ２２６２３所代表的根瘤菌群与菜豆根瘤菌、豌豆根瘤菌及发根土壤杆菌等构成一个亚群，另一个菌群的代表菌株ｓｈ１９３１２与土壤杆菌的３个种构成一亚群。这些结果初步确定了两菌群的系统发育地位，并揭示了根瘤菌与土壤杆菌两属间进化上的密切关系。

基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化的分析

为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系,本研究通过对16SrRNA基因V3~V4区测序,分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示:1)从F0到F3代,组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数,Observed-species指数和香侬指数(Shannon)指数随代次积累显著降低(P<0.05),Simpson指数无显著差异(P>0.05)。2)从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门(Bacteroides)(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属(Lactobacillus)(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%),但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高,丰度约为45.3%;从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异(P<0.05),各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低(P<0.05)。4)对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测,发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸,色氨酸和酪氨酸生物合成途径,萜类化合物生物合成途径,肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低,表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上,本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测,发现微生物多样性发生改变,F0至F2代优势菌门未发生明显变化,但在F3代出现了较多的为确认分类菌属,并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低,F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。

16SrRNA高通量测序研究有龋者唾液微生物群落结构及多样性

目的:通过16SrRNA高通量测序研究有龋和无龋者唾液的微生物群落结构及其差异。方法:在甘肃省康乐县景古镇居民口腔检查中随机选取14位汉族居民,其中,7例有龋(caries-active,CA组,DMFT≥4)、7例无龋(caries-free,CF组)。采取唾液样本,提DNA,PCR扩增,利用Illumina Miseq测序平台对16SrRNA V4区进行双端测序;利用Mothur、MEGAN4、Cluster 3.0和Java Treeview等软件进行细菌群落结构及多样性的差异分析。结果:共得到118151条优质序列,发现5738个OTUs,2795个物种,归属27个门,218个属。CA组和CF组唾液微生物群落结构有差异,其中,门水平上,Firmicutes和SR1在CA组显著低于CF组(P<0.05)。属水平上,Rothia、Alistipes和Catonella在CA组显著低于CF组(P<0.05),Scardovia在CA组显著高于CF组(P<0.05);CA组和CF组OTUs分别为(550.2±26.48),(597.4±66.07),CA组和CF组Simpson多样性指数分别为(0.73±0.03),(0.49±0.01),均无统计学差异。结论:人类口腔唾液有复杂的微生物群落结构;在门水平和属水平上,有龋者的微生物种类较无龋者稍有减少;Firmicutes和SR1菌门,Rothia、Alistipes和Catonella菌属的存在与龋病呈负相关;相反地,Scardovia等菌属的存在与龋病呈正相关。

基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构

目的基于16SrRNA测序分析肾结石患者结石及尿液微生态结构。方法选取2016年3月至2020年3月本院收治的肾结石患者102例为研究对象,均行经皮肾镜取石术。采用16SrRNA测序技术检测结石标本和尿液标本中的微生物信息,根据结石成分将标本分为碳酸磷灰石组、草酸钙组、磷酸铵镁组、尿酸组,分析各组样本菌群的多样性和丰富度。结果结石标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、放线菌门为主,科水平以肠杆菌科、黄单胞菌科、假单胞菌科为主,属水平以寡养单胞菌属、假单胞菌属、短波单胞菌属为主;变形菌门是四组结石标本中的优势菌门(>55%),磷酸铵镁组中放线菌门和无壁菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%),碳酸磷灰石组、草酸钙组中厚壁菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>8%),尿酸组中拟杆菌门和放线菌门是仅次于变形菌门的优势菌(>5%);在属水平中,磷酸铵镁组中的优势菌是奇异变形杆菌、寡养单胞菌属、棒状杆菌属,碳酸磷灰石组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、金黄杆菌属,草酸钙组是假单胞菌属、寡养单胞菌属、短波单胞菌属,尿酸组是寡养单胞菌属、假单胞菌属、金黄杆菌属。尿液标本中菌群门水平以变形菌门、厚壁菌门、无壁菌门为优势菌(>13%),属水平以假单胞菌属、支原体属、克雷伯氏菌属为优势菌(>8%);结石标本和尿液标本α多样性指标比较,差异无统计学意义(P>0.05):结论肾结石患者结石标本中寡养单胞菌、金黄杆菌和短波单胞菌含量较高,而尿液中则以假单胞菌属、支原体菌属、乳酸杆菌属为优势菌。

基于16SrRNA基因测序技术研究低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃细菌菌群的影响

【目的】本试验旨在利用16SrRNA基因测序技术研究低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃菌群的影响。【方法】试验采用两阶段交叉设计方法,将4头泌乳中国荷斯坦泌乳奶牛随机分为两组,第一阶试验结束,经过恢复期后,再将试验组和对照组交叉,由之前对照组变为试验组。试验组添加60 g/(d·头)的低聚异麦芽糖。【结果】结果表明日粮添加低聚异麦芽糖后,奶牛瘤胃细菌菌群多样性无显著影响。门水平上分析,疣微菌门丰度显著增加(P<0.05)。属水平上分析,饲喂低聚异麦芽糖,奶牛瘤胃液Comamonadaceae_NA(未注释丛毛单胞菌属)丰度极显著提高(P<0.01),WCHB1-25_NA丰度极显著增加(P<0.01),Ruminobacte(瘤胃杆菌属)丰度显著增加(P<0.05),Salinibacterium(盐细菌属)丰度显著增加(P<0.05),Lactobacillus(乳酸杆菌属)丰度显著降低(P<0.05)。Acidaminococcus(氨基酸球菌属)、Aeromicrobium(气微菌属)、Actinotalea、Adlercreutzia菌属丰度有增加趋势(0.05<P<0.1),TMEG_NA菌属丰度有降低的趋势(0.05<P<0.1)。【结论】在本试验条件下,日粮添加低聚异麦芽糖对奶牛瘤胃菌群多样性无显著影响,纤维分解菌丰度影响差异不显著,淀粉分解菌丰度增加、乳酸生成菌丰度降低。

16SrRNA高通量测序研究持续性高危型HPV感染患者阴道菌群特征

目的 通过16Sr RNA高通量测序研究高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)感染患者在不同型别和不同宫颈病变组间的阴道菌群特征。方法 选择2020年6月至2021年7月在粤北人民医院就诊的36例持续HR-HPV感染者为HR-HPV阳性组,10例无HR-HPV感染者为HR-HPV阴性组。HR-HPV阳性组按单一和多重HR-HPV感染分为单一HR-HPV阳性和多重HR-HPV阳性两个亚组。HR-HPV阳性组中共有23例接受宫颈活检,按宫颈病变级别分为三组:慢性炎症组、低级别鳞状上皮内病变(LSIL)组、高级别鳞状上皮内病变(HSIL)组。采用16Sr RNA高通量测序结合β多样性分析、微生物组成等生物信息学结果,对单一和多重HR-HPV阳性组与HR-HPV阴性组间、慢性炎症组与LSIL和HSIL组间的阴道菌群特征进行分析。结果 HR-HPV阴性组、单一HR-HPV阳性组、多重HR-HPV阳性组的阴道菌群β多样性分析显示,差异有统计学意义(H=12.872,P <0.001);单一HR-HPV阳性组和多重HR-HPV阳性组的阴道菌群结构,差异有统计学意义(Z=3.214,P <0.001)。关键物种分析显示Lactobacillus菌属在多重HR-HPV阳性组出现了明显的丰度下调,差异有统计学意义(Z=4.647,P <0.05)。Dialister菌属在多重HR-HPV阳性组出现了丰度上调,差异有统计学意义(Z=3.479,P <0.05)。慢性炎症组、LSIL组和HSIL组的阴道菌群结构,差异有统计学意义(H=11.653,P <0.05);慢性炎症组与LSIL组、LSIL组与HSIL组的阴道菌群结构,差异有统计学意义(Z=2.782,2.649,P <0.05)。关键物种分析显示Ureaplasma菌属在慢性炎症组和LSIL组间比较,差异有统计学意义(Z=2.816,P <0.05)。Enterococcus菌属占比在慢性炎症组和HSIL组间差异有统计学意义(Z=3.673,P <0.05)。结论 阴道菌群的多样性增加和物种的丰度变化与HR-HPV的持续性感染和宫颈高级别病变相关。

基于16S rRNA测序技术分析HLAP患者肠道微生态变化及与IL-1、TNF-α的关联性

目的研究基于16S rRNA测序技术分析HLAP患者肠道微生态变化及与IL-1、TNF-α的关联性分析。方法选取2020年6月至2020年12月泉州市第一医院收治的60例急性胰腺炎患者作为病例组,将其中33例高脂血症性急性胰腺炎列入高脂血症性急性胰腺炎(HLAP)组,27例非高脂血症性急性胰腺炎列入非HLAP组,患者均接受益生菌治疗。同时选取61例同期健康体检者作为对照组。对比三组入选者肠道微生态以及血清IL-1、TNF-α水平;对比HALP组和非HLAP组患者肠道微生态丰度。结果与对照组相比,HLAP组和非HLAP组运算分类单位、chao指数和shannon指数显著更低;与非HLAP组相比,HLAP组运算分类单位、chao指数和shannon指数显著更低(P<0.05);与对照组相比,HLAP组和非HLAP组IL-1和TNF-α水平显著更高;与非HLAP组相比,HLAP组IL-1和TNF-α水平显著更高(P<0.05);相比于非HLAP组患者,HLAP组患者厚壁菌门、拟杆菌门显著更低,变形菌门、梭杆菌门以及放线菌门显著更高(P<0.05);相比于非HLAP组患者,HLAP组患者双歧杆菌属、链球菌属、萨特菌属和艾克曼菌属显著更高,拟杆菌属、瘤胃球菌、梭菌属、戴阿利斯特菌属以及巨球菌属显著更低(P<0.05)。结论HLAP患者存在较为明显的肠道微生态失调,同时患者血清IL-1、TNF-α水平也存在明显异常,与肠道微生态变化存在相关性。

基于16S rRNA测序对树鼩肠道菌群特征与高级别肉瘤的相关性分析

目的检测高级别肉瘤的树鼩肠道微生物菌群结构,为探讨肠道微生物菌群结构的改变与肿瘤发生的相关性提供科学依据。方法选取3例患有恶性高级别肉瘤树鼩粪便为CA组,6例健康树鼩粪便为对照NO组。通过16SV3+4区引物进行细菌多样性的鉴定,通过对Reads剪切过滤,OTUs聚类,并进行物种注释及丰度分析,得出两组树鼩肠道微生物结构、丰度以及多样性。结果比较CA组和NO组树鼩肠道微生物结构,多样性指数Chao1指数值、ACE指数值、Shannon指数值差异无统计学意义(P>0.05)。NO组的树鼩肠道菌群OTUs为640种,而CA组为494种,健康树鼩肠道菌群结构呈多样性。在门水平上比较,其中CA组中螺旋体门(Spirochaetes)丰度为0.03%,低于NO组(丰度为0.12%),且差异有统计学意义(P<0.05);CA组厚壁菌门(Firmicutes)丰度为77.79%高于NO组(47.65%),但差异无统计学意义;CA组的拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度为0.75%低于NO组(8.31%),但差异无统计学意义。CA组中的乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标识。结论患有高级别肉瘤树鼩的肠道菌群结构丰度和多样性低于健康树鼩,肠道菌群的结构改变及厚壁菌门含量增加可能增加恶性肿瘤的发生。

基于16S rRNA V4区高通量测序的初治菌阳肺结核患者肠道菌群构成与表型分析

目的利用高通量测序技术与生物信息学分析,研究肺结核患者与健康个体肠道菌群构成与表型差异。方法应用PE 150(pair-end 2×150bp)测序方案对2020年4月14日至12月28日南华大学附属长沙中心医院收治的29例初治菌阳肺结核患者(肺结核组)与28名健康体检志愿者(对照组)的新鲜粪便样本菌群16SrRNA gene V4区进行测序,比对Silva数据库(Silva 128)对操作分类单位(operational taxonomic units,OTU)进行注释。QIIME软件计算OTU水平α多样性指数、β多样性指数,及门、属水平的相对丰度,并生成OTU水平丰度等级曲线(ranked abundance)。R软件包"VennDiagram"生成韦恩图。R语言ggplot绘制属水平气泡图。BugBase软件对肠道菌群7类表型进行分类比较。结果肺结核组与对照组比较肠道菌群α多样性指数中香农指数(Shannon index)分别为4.24±1.71和5.64±0.85,差异有统计学意义(t=3.889,P<0.01);辛普森指数(Simpson index)分别为[0.89(0.80,0.94)]和[0.94(0.90,0.96)],差异有统计学意义(Z=-3.256,P<0.01);Chao1指数分别为1085.35±659.99和1844.04±658.95,差异有统计学意义(t=4.378,P<0.01);ACE指数分别为1091.64±666.93和1857.34±657.90,差异有统计学意义(t=4.403,P<0.01);β多样性构成差异有统计学意义(R2=0.253,P<0.01)。共发现12个组间差异菌属,且主要集中于厚壁菌门,其中,肺结核组(35.44%)明显低于对照组(51.55%)(Z=-3.290,P<0.01);表型分析结果显示肺结核组肠道菌群的厌氧菌基因相对丰度(21.80%)低于对照组(26.50%)(Z=-3.080,P<0.01);肺结核组肠道革兰氏阳性菌基因相对丰度(13.86%)低于对照组(17.75%)(Z=-2.283,P<0.01);肺结核组肠道革兰氏阴性菌相对丰度(15.14%)高于对照组(10.25%)(Z=-2.283,P<0.05);肺结核组肠道兼性菌基因相对丰度(5.00%)高于对照组(0.59%)(Z=-3.240,P<0.01);肺结核组肠道菌群生物膜形成能力的菌群基因相对丰度(4.94%)高于对照组(1.19%)(Z=-2.267,P<0.05);肺结核组氧化胁迫耐受能力的菌群基因相对丰度(3.10%)高于对照组(0.35%)(Z=-2.075,P<0.05)。结论肺结核组患者存在肠道菌群组成及细菌表型改变,主要表现为肺结核组肠道菌群多样性下降,肠道菌群表型改变主要由肠道内氧环境变化引起。

急性颅脑外伤患者肠道菌群多样性差异对继发性全身炎症反应综合征的临床预测价值

目的探讨急性颅脑外伤患者肠道菌群多样性差异对继发性全身炎症反应综合征(SIRS)的临床预测价值。方法回顾性分析2022年1月—2023年12月固原市人民医院急诊重症监护病房和神经外科重症监护病房收治的急性颅脑外伤患者60例。按SIRS诊断标准分为单纯急性颅脑外伤组(非SIRS组)与急性颅脑外伤后继发性SIRS组(SIRS组);收集患者一般资料并进行临床指标检测,通过16S rRNA基因测序比较两组肠道菌群多样性与菌属相对丰度,采用Pearson相关性分析肠道菌群与临床指标的关系,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析肠道菌群对SIRS的预测价值。结果两组患者性别构成、年龄、红细胞计数、血小板计数比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。SIRS组体温较非SIRS组高、心率较非SIRS组快、白细胞计数较非SIRS组多、C反应蛋白水平较非SIRS组高(P<0.05)。两组患者Chao1和Shannon指数比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。两组患者拟杆菌属、瘤胃球菌属、阿克曼菌属、粪肠球菌属相对丰度比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。SIRS组普雷沃菌属相对丰度低于非SIRS组(P<0.05),埃希菌-志贺菌属、棒状杆菌属相对丰度均高于非SIRS组(P<0.05)。Pearson相关性分析结果表明,体温、心率、白细胞计数及C反应蛋白与普雷沃菌属相对丰度均呈负相关(r=-0.574、-0.539、-0.554和-0.572,均P<0.05);体温、心率、白细胞计数及C反应蛋白与埃希菌-志贺菌属相对丰度呈正相关(r=0.751、0.743、0.657和0.770,均P<0.05),与棒状杆菌属相对丰度均呈正相关(r=0.782、0.762、0.707和0.799,均P<0.05)。ROC曲线分析结果表明,联合诊断的预测效能最高,曲线下面积为0.946(95%CI:0.871,1.000),敏感性为96.7%(95%CI:0.902,0.100),特异性为93.3%(95%CI:0.844,0.100)。结论肠道菌群组成的变化与颅脑损伤后SIRS的发展密切相关,特定菌属的丰度变化可作为SIRS发展的早期生物预警信号。

基于16S rRNA测序技术对阿尔茨海默病大鼠肠道菌群的分析

目的研究阿尔茨海默病大鼠肠道菌群的变化,观察菌群组成变化。方法将30只大小、年龄、体质量相似的大鼠应用阿尔茨海默病造模方法,并且在造模内28 d监测其体质量、血糖、血压的变化,对变化不稳定的大鼠进行淘汰,应用Morris水迷宫测试方法将其分为3组,分别为对照组、轻症模型组、重症模型组,每组6只。提取对照组、轻症模型组和重症模型组大鼠的粪便样本,进行16S rRNA测序检测,并进行物种组成分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析和关联网络分析。结果在门水平上模型组中硬壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochetes)丰度降低,而拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度上升,在属水平上以普雷沃氏菌属(Prevotella)和乳杆菌属(Lactobacillus)变化最为明显。阿尔茨海默病大鼠的肠道菌群多样性和丰富度明显改变。结论重症模型组与轻症模型组肠道菌群发生改变,包括多样性和丰富度组成变化,且轻症模型组与重症模型组之间也存在差异。

基于16S rRNA高通量测序技术探究补中益气加减方对胃癌荷瘤小鼠肠道菌群的影响

目的:基于16S rRNA高通量测序技术观察补中益气加减方对胃癌荷瘤小鼠肠道菌群结构组成和多样性的影响,探讨该中药复方治疗胃癌的潜在作用机制。方法:取24只小鼠采用腋下皮下注射MKN-28人胃癌高转移细胞悬液的方法制作胃癌荷瘤小鼠模型,待瘤块长到5 mm^(3)时视为造模成功。将造模成功的小鼠随机分为模型组、补中益气加减方组(中药组)和程序性死亡受体1(PD-1)抗体组(阳性药物组),每组8只,另取8只正常小鼠作为正常组。中药组按每日25 g/kg剂量灌胃给药,连续灌胃24 d;阳性药物组按每次10 mg/kg,每3 d腹腔注射1次给药,共给药8次;正常组和模型组给予每日1次等体积生理盐水灌胃,连续24 d。给药期间监测各组小鼠体质量,给药结束后收集小鼠粪便颗粒,运用16S rRNA高通量测序技术检测小鼠粪便中的肠道菌群结构组成和多样性,随后分离肿瘤并称重。结果:给药期间各组小鼠体质量波动不大,给药结束后各组小鼠体质量比较差异均无统计学意义(P>0.05)。给药结束后,中药组和阳性药物组小鼠瘤质量均显著低于模型组(P<0.05,P<0.01)。各组小鼠肠道菌群的操作分类单元(OTUs)共有17 905个,每组特异性OTUs分布为正常组1309个,模型组6236个,中药组1110个,阳性药物组462个。α多样性方面,模型组小鼠肠道菌群丰富度指数和多样性指数均显著升高(P<0.01,P<0.05),而中药组、阳性药物组小鼠肠道菌群上述指数均较模型组显著降低(P<0.01);β多样性方面,模型组和正常组小鼠的肠道菌群微生物群落构成差异明显,而中药组和阳性药物组与正常组接近。在门水平方面,与正常组比较,模型组小鼠肠道菌群中拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度降低,厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)丰度升高,差异均无统计学意义(P>0.05);Firmicutes/Bacteroidetes值(F/B值)显著升高(P<0.01)。与模型组比较,中药组和阳性药物组小鼠肠道菌群中Bacteroidetes、Proteobacteria丰度升高,Firmicutes丰度降低,差异均无统计学意义(P>0.05);F/B值显著降低(P<0.05,P<0.01)。在属水平方面,与模型组比较,中药和阳性药物可共同调节胃癌荷瘤小鼠肠道菌群Muribaculum、Enterorhabdus、Anaerostipes、Barnesiella、Clostridium、Lacrimispora、Lactonifactor、Dorea、Streptococcus、Mediterraneibacter10个菌属(P<0.05)。结论:补中益气加减方对胃癌荷瘤小鼠瘤体有抑制作用。胃癌造模使小鼠肠道菌群结构发生变化,补中益气加减方与PD-1抗体均能有效改善胃癌荷瘤小鼠肠道菌群多样性,维护肠道微生态平衡,这可能是两种药物抑制胃癌进展的共同靶点。

湘西苗医刘氏小儿推拿流派“推五经”对缓解期哮喘患儿肠道菌群的影响

目的:观察湘西苗医刘氏小儿推拿流派“推五经”治疗缓解期哮喘患儿的疗效及对肠道菌群的影响,并探讨其作用机制。方法:30例健康儿童作为健康组,不予任何干预。将60例缓解期哮喘患儿随机分为健康教育组和推拿组,每组30例。健康教育组采用常规干预和健康教育,推拿组在健康教育组的基础上加用小儿推拿“推五经”,每日1次,每周4次。两组均治疗3个月。比较健康教育组及推拿组治疗前后的中医主要证候积分,采用16SrRNA测序技术检测两组患儿治疗后及健康组的肠道菌群。结果:与本组治疗前比较,推拿组患儿喘憋、胸闷、咳嗽气急、哮鸣音等中医主要证候评分均减少,差异有统计学意义(P<0.05),健康教育组患儿喘憋、胸闷中医主要证候评分减少,差异有统计学意义(P<0.05)。与健康教育组比较,推拿组患儿治疗后喘憋、胸闷、咳嗽气急、哮鸣音等中医主要证候评分均减少更明显(P<0.05)。3组粪便样本肠道菌群物种组成比较,差异有统计学意义(P=0.001);健康教育组患儿肠道菌群丰富度、多样性、均匀度均低于健康组,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗后,推拿组患儿红蝽菌纲、红蝽菌目、红蝽菌科、柯林斯菌属、粪球菌属、经黏液真杆菌属、SMB53、乳球菌属、02d06的丰度高于健康教育组,差异有统计学意义(LDA>2,P<0.05)。结论:湘西苗医刘氏小儿推拿流派“推五经”可有效改善缓解期哮喘患儿的中医主要证候,其机制可能与上调肠道有益菌的丰度,调整肠道微生态有关。上调哮喘患儿红蝽杆菌纲、红蝽菌目、粪球菌属的丰度,也为小儿推拿“推五经”可能改善哮喘患儿脑功能失调状态提供了参考依据。

老年慢性便秘患者肠道菌群特点的研究

目的对老年慢性便秘人群的肠道菌群特点进行初步探索。方法纳入2018年1月—2018年3月期间在复旦大学附属华东医院就诊的89例老年慢性便秘患者作为老年慢性便秘组,并选取20名健康老年人作为健康对照组,采集其粪便样本,运用16s rRNA高通量测序技术进行肠道菌群特征分析。数据分析使用STATISTICA 10.0软件,根据数据类型分别采用t检验及χ^(2)检验进行组间比较。结果老年慢性便秘患者的肠道菌群组成与健康老年人相比存在显著差异。Beta多样性分析表明,2组菌群组成不同,老年便秘患者的肠道菌群呈现出丰富度和多样性均降低的特征。老年便秘组的Anaerostipes、Bacteroides、Blautia、Faecalibacterium、Lachnospira、Megamonas等属相对丰度明显更低(0.10%vs 0.62%;42.28%vs 46.58%;0.33%vs 1.30;3.89%vs 6.10%;1.04%vs 1.92%;1.26%vs 1.51%);而其他一些细菌属在老年慢性便秘组中相对丰度更高,如Dialister、Escherichia、Prevotella、Ruminiclostridium、Ruminococcus等(1.05%vs 0.69%;0.89%vs 0.17%;7.29%vs 5.72%;0.98%vs 0.32%;1.77%vs 0.92%)。在种的水平上,老年便秘组相对丰度占优势的物种有3个,分别为s__Bacteroides_coprophilus、g__Holdemanella、g__Anaerotruncus。相比之下,健康对照组有12个,其中5个属于毛螺菌科,3个属于颤螺菌科,1个属于月形单胞菌科。结论老年慢性便秘患者的肠道菌群结构发生了显著变化,本研究为进一步研究老年慢性便秘的发病机制及探索潜在治疗策略提供了重要依据。

低体温对极低出生体重儿肠道菌群的影响

目的了解入院低体温的极低出生体重儿肠道菌群失调的特征。方法以前瞻性队列研究的方式选取出生胎龄<32周且出生身体质量<1.5 kg的早产儿。收集早产儿在出生后24 h内的胎粪样本。根据入院时体温将患儿分为两组:低体温组(体温<36℃)和正常体温组(体温≥36.5℃)。使用16S rRNA基因测序比较纳入对象的粪便样本菌群多样性、群落组成以及生物标志物分析。结果从2022年4-12月共纳入34例受试者(低温组19例,正常体温组15例)。与正常体温组相比,低体温组中p_Bacteroidota、c_Clostridia和c_Bacteroidia丰度显著增加(P值分别为0.031、0.042、0.031),低体温组Faecalibaculum、Dubosiella、Blautia、Faecalibaculum_rodentium的相对丰度也明显增加(P值分别为0.008、0.008、0.005、0.008)。低体温组与正常体温组的总体微生物多样性存在显著差异。CCA结果显示剖宫产的r2值最大(r2=0.4484,P=0.001),剖宫产对肠道菌群结构的影响最大。结论低体温组患儿在肠道菌群多样性及组成等方面存在菌群失调可能,优势属Faecalibaculum可能作为低温组的生物标志物。

艾司奥美拉唑对大鼠肠道菌群结构组成的影响

目的:研究艾司奥美拉唑(EMZ)对肠道菌群结构和组成的影响。方法:将7只大鼠置于代谢笼中饲养,灌胃EMZ(3.6 mg/kg体质量),每日1次,连续灌胃14 d。分别在EMZ给药前及给药后两周收集大鼠新鲜粪便,应用16SrRNA高通量测序,确定粪便细菌组成。结果:EMZ灌胃两周后大鼠肠道菌群组成发生明显改变,肠单胞菌属(Intestinimonas)、嗅杆菌属(Odoribacter)和卵形拟杆菌(Bacteroides-ovatus)相对丰度较给药前明显升高(P<0.05);与此相反,米氏链球菌(Streptococcus_merionis)、萨特氏科(Sutterellaceae)、副拟杆菌属(Parasutterella)、假黄酮素属(Pseudoflavonifractor)、醋酐菌属(Acetanaerobacterium)、瘤胃球杆菌(Rumenbacterium)和厚壁杆菌属(Firmicutes_bacterium),给药两周后相对丰度较给药前明显降低(P<0.05)。在科水平,给药两周后瘤胃球菌科细菌相对丰度明显低于给药前(P<0.05)。EMZ给药后肠道细菌多样性和丰富度均较给药有所降低,但无显著性差异(P>0.05)。结论:EMZ处理可导致肠道菌群组成变化,对肠道菌群多样性无明显影响。使用EMZ两周会引起一些肠道共生菌相对丰度改变,如瘤胃球菌等相对丰度降低,可能导致肠道细菌感染的风险增加。

乳双歧杆菌联合乳果糖对功能性便秘儿童的疗效及其对肠道菌群的影响分析

目的 分析乳双歧杆菌联合乳果糖对功能性便秘儿童的疗效及其对肠道菌群的影响。方法 选取2019年10月至2022年1月就诊于上海市嘉定区南翔医院儿科门诊的61例功能性便秘(FC)患儿为研究对象,采用随机数字表法分为干预组(31例)和对照组(30例)。干预组给予乳双歧杆菌B6-12联合乳果糖治疗,对照组仅给予乳果糖治疗。对比分析治疗前后患者的便秘症状是否改善,同时通过16SrRNA测序结果分析两组治疗前后肠道菌群的改变。结果 两组患儿治疗前资料差异均无统计学意义(P>0.05),但治疗后干预组的治疗有效率大于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);干预组治疗前后的菌群多样性的差异有统计学意义(P<0.05);干预组和对照组治疗前后的菌群相对丰度的差异有统计学意义(P<0.05)。结论 乳双歧杆菌联合乳果糖治疗儿童FC的临床疗效优于常规单一乳果糖治疗,同时使用乳双歧杆菌联合乳果糖有利于儿童FC菌群多样性和相对丰度的恢复。