基于18S-ITS1-5.8S序列的吉富罗非鱼群体遗传多样性分析

运用PCR技术扩增吉富罗非鱼选育群体第20和21世代18S-ITS1-5.8S序列,分析二序列的遗传变异。结果表明,18S-ITS1-5.8S序列中,18S、内转录间隔区(ITS)1和5.8S序列分别为156、483~540、64 bp,主要变异位点位于ITS1中;基于ITS1序列的第20代吉富罗非鱼(17尾)群体内遗传距离为0.001,保守位点530个,变异位点10个,单倍型4个,单倍型多样性为0.331±0.143,核苷酸多样性为0.002,平均核苷酸差异为1.279;基于ITS1的第21代吉富罗非鱼(42尾)群体内遗传距离为0.015,6个个体存在严重碱基缺失现象,保守位点492个,变异位点49个,单倍型12个,单倍型多样性为0.638±0.083,核苷酸多样性为0.014,平均核苷酸差异为6.945。ITS序列在该两吉富罗非鱼群体中变异较小,基于ITS1序列分析的两代群体遗传多样性水平较低。

斯氏艾美耳球虫ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列的克隆及PCR检测方法的建立

通过对多种鸡球虫和松鼠球虫18SrRNA和28SrRNA进行序列比对分析,在18SrRNA 3′端和28SrRNA 5′端保守区设计艾美耳属通用引物,以斯氏艾美耳球虫洛阳分离株LY卵囊基因组DNA为模板首次成功克隆到斯氏艾美耳球虫完整的ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,其大小为1 178bp,其中ITS1序列长度为423bp,5.8SrRNA为155bp,ITS2为600bp,斯氏艾美耳球虫LY株ITS1/2序列高度变异,与鸡球虫、啮齿动物球虫的序列相似性低于60%。然后在斯氏艾美耳球虫ITS1/2序列超变区设计种特异引物,建立了灵敏、特异的PCR检测方法。本研究结果将为兔球虫强致病种的临床诊断和揭示兔球虫种群遗传特征提供有效的分子工具。

基于ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列兔肝球虫PCR检测方法的建立

通过对多种鸡球虫和松鼠球虫18S rRNA和28S rRNA进行序列比对分析,在18S rRNA 3'端和28S rRNA 5'端保守区设计艾美耳属通用引物,以斯氏艾美耳球虫洛阳分离株LY卵囊基因组DNA为模板首次成功克隆到斯氏艾美耳球虫完整的ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列,其大小为1178bp,其中ITS1序列长度为423bp,5.8S rRNA为155 bp,ITS2为600 bp,斯氏艾美耳球虫LY株ITS1/2序列高度变异,与鸡球虫、啮齿动物球虫的序列同源性低于60%。然后在斯氏艾美耳球虫ITS1/2序列超变区设计种特异引物,建立了灵敏、特异的PCR检测方法。本研究结果将为兔球虫强致病种的临床诊断和揭示兔球虫种群遗传特征提供有效的分子工具。

一株脉孢菌的鉴定及其挥发性物质GC-MS分析

脉孢菌(Neurospora spp.)是常见的霉菌,有气味,为了研究脉孢菌气味挥发性物质的化学组分,采用18S rDNA序列分析对脉孢菌菌株FH-1进行鉴定,并采用气质联用仪(GC-MS)对其挥发性物质组分进行分析。结果表明:脉孢菌菌株FH-1的18S rDNA序列(登录号:KF312458)与粗糙脉孢菌(N.crassa)(登录号:AY046271.1)相似度为99%,被鉴定为粗糙脉孢菌;GC-MS从FH-1挥发性物质中分离到13个组分,鉴定了其中的9个组分,占挥发性物质总量的93.035%;挥发性物质主要由酯类和醇类组成,含量最高的组分为1-辛烯-3-醇,其相对含量为80.663%。

暗紫红毛菜ITS序列的测定与分析

[目的]对暗紫红毛菜rDNA内转录间隔区(ITS区)进行序列测定,为其系统发育研究提供新资料。[方法]以产于山西娘子关泉的一株暗紫红毛菜为材料,提取DNA,设计引物,进行PCR扩增,进而测定其ITS区基因序列。[结果]暗紫红毛菜与同科的少精紫菜ITS区同源性为75%,与条斑紫菜ITS区同源性为79%。[结论]ITS区序列进化速率相对较快,种类和地理分布的差异是其序列差异产生的原因。

两株盐生海芦笋内生真菌的分离与鉴定

对分离自江苏盐城大丰港盐碱地野生海芦笋的两株嗜盐内生真菌进行分离鉴定,提取基因组DNA后分别对18S rDNA和rDNA ITS1-5.8S-ITS4区域进行PCR扩增,基因测序并进行同源性分析,构建进化树并进行系统发育分析,结合形态学观察,将该两株菌分别鉴定为维管束茎点霉(Phoma tracheiphila)与镰刀菌属(Fusarium sp.)。

中国南海硇洲岛潮间带产胞外蛋白酶的可培养海洋真菌多样性(英文)

【目的】研究中国南海硇洲岛潮间带产胞外蛋白酶的可培养海洋真菌多样性。【方法】从中国南海硇洲岛潮间带采集海水和沉积物样品,采用分离培养、蛋白酶生产菌平板检测法和基于内转录间隔区1-5.8S rRNA基因内转录间隔区2(ITS1-5.8S-ITS2)序列的系统进化分析法,研究产胞外蛋白酶真菌的多样性。【结果】采用50%海水配制的马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)固体培养板从所采集的样品中分离、纯化并收集了198株真菌分离株,并采用ITS1-5.8S-ITS2序列PCR扩增、测序、BLAST和系统进化分析的方法成功鉴定了其中的178株。其中,有10株的ITS1-5.8S-ITS2序列与其在NCBI数据库中最匹配的ITS1-5.8S-ITS2序列的一致性<97,表明它们有可能是新的物种;其余168株的ITS1-5.8S-ITS2序列与NCBI数据库中已存在的相关ITS1-5.8S-ITS2序列的一致性均≥98%。这178株真菌归属为66个种,分布在子囊菌门和担子菌门的6纲,16个目,27个科的45个属中。其中的主要属为青霉菌属,占28.70%;其次为曲霉属,占11.24%。有83株真菌在加在脱脂奶粉的PDA固体培养板上的菌落周围有一透明圈,表明其可产生分泌胞外蛋白酶。【结论】从中国南海硇洲岛潮间带共分离、鉴定和收集了178株真菌,其中10株可能是新的物种,83株为胞外蛋白酶生产菌。

猕猴小袋纤毛虫形态学观察及分子生物学鉴定

旨在对猕猴肠道内的小袋纤毛虫进行形态学观察及基于ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列的分子生物学鉴定分析。收集猕猴的新鲜粪便,经直接涂片、碘液染色、吖啶橙染色和苏木素染色后镜检进行虫体形态学观察;提取粪便总DNA,针对ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列设计特异引物进行PCR扩增、测序,经Blast进行同源性分析,并应用MEGA7.0绘制系统发育进化树。虫体形态学观察显示,镜检可大致判断该虫属于小袋纤毛虫;经碘液染色后可见虫体外周排列致密均匀的纤毛以及清晰可见的胞口;吖啶橙染色后可见一个肾形的大核;苏木素染色后滋养体大核、液泡结构明显;ITS1-5.8SrRNA-ITS2测序结果与GenBank中已公布的结肠小袋纤毛虫序列相似性高达96%以上。利用形态学观察和基于ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列的分子生物学分析,鉴定该寄生虫为结肠小袋纤毛虫(Balantidium coli),研究结果对猕猴肠道寄生虫的鉴定与分析具有重要的临床诊断意义。