6种累枝虫(Epistylis)rRNA基因18S-ITS1序列及其分子系统发育关系

建立了由采自自然界中的样品、不经实验室培养而直接用于大核DNA提取和PCR反应的原位（in situ）方法;在此基础上,测定并比较了6种累枝虫（Epistylis wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis,E.hentscheli,E.galea）的18S-ITS1序列,结果显示:E.wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis和E.hentscheli间18S和ITS1区序列的碱基相似性很高,而它们与E.galea间碱基变异位点在18S区和ITS1区均高达33个以上,遗传变异度分别大于15％和23％.以多态喇叭虫（Stentor polymorphus）为外类群,利用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了它们的系统发育树.分析指出:E.galea和其他5种累枝虫分属为两个类群,与其他5种累枝虫相比,E.galea可能较早从祖先种中分化出来;相比其他特征,大核和口围区可能与累枝虫进化的关系更为密切,是重要的系统发育特征.

刺激隐核虫LAMP检测方法的建立

为提高大黄鱼刺激隐核虫病的病原体检出率,本研究针对刺激隐核虫(Cryptocaryon irritans)18S-ITS2基因序列设计4条LAMP引物,在内外引物浓度比2∶1～6∶1、Mg2+浓度2 mmol/L、反应温度61℃～66℃、反应时间60 min的优化条件下,扩增产物经电泳后呈现特异性的LAMP梯形条带。本研究建立的LAMP方法具有高灵敏度(10-7ng/μL DNA浓度),比常规PCR方法高100倍。将该方法应用于采集自不同地域的虫体样本、病鱼和水样以及不同组织样品的检测,结果在13份样品中有10份检出阳性,并显示该方法既能够检测发病鱼,也能够检出已感染但未发病的鱼。实验表明,该方法是一种能够快速、简易、特异、敏感地检测海水鱼类刺激隐核虫病的病原学检测方法。

3种DNA分子标记法联合鉴别草珊瑚及其混伪品

目的采用18 S rRNA基因、ITS2序列、SCAR标记等3种DNA分子标记法鉴别草珊瑚,为其分子鉴定提供依据。方法通过PCR扩增、克隆测序后获得草珊瑚18 S rRNA基因序列,并进行Blast比对;通过PCR扩增、测序并注释后获得草珊瑚ITS2序列,从GenBank上收集混伪品和其他植物的ITS2序列,使用MEGA5.5软件,计算种内种间遗传距离,构建系统聚类树;通过RAPD法获得草珊瑚SCAR分子标记,克隆测序后,设计特异性引物扩增草珊瑚及其混伪品。结果获得的草珊瑚18 S rRNA基因长度为1820 bp,Blast比对显示草珊瑚与金粟兰科同源性最高,同源性为99%,证明其为草珊瑚的18 S rRNA基因。获得的草珊瑚ITS2序列长度为500 bp,草珊瑚与其混伪品之间的遗传距离为0.190~0.219,混伪品之间的遗传距离为0~0.074,聚类分析显示草珊瑚聚为一支,混伪品聚为一支,与其他植物距离较远。获得草珊瑚的SCAR分子标记,用特异性引物扩增出现草珊瑚特异性产物,混伪品未出现特异性产物。结论3种分子标记法联合可更有效地鉴别草珊瑚及其混伪品,从而建立一套新的鉴别草珊瑚与混伪品的方法,为其鉴别提供新的思路。