1997粤东海域棕囊藻赤潮原因种18SrDNA基因分析

近年来,随着沿海城市工农业的高速发展,大量含有氮、磷等营养元素的污水排入大海,导致海水富营养化的加剧,有毒藻类赤潮分布范围及出现频率明显增加.1997年7～12月我国东南沿海水面首次发生大规模的棕囊藻类(Ｐｈａｅｏｃｙｓｔｉｓ)有毒赤潮,其持续时间长,危害大,给水产...

秦巴山区桑黄18SrDNA的序列与亲缘关系分析

目的以采自秦巴山区的3个不同桑黄菌株作为研究材料,进行18SrDNA区段克隆测序和序列特征比较,进行亲缘关系分析。方法对18SrDNA序列进行核酸序列数据库GenBank同源性检索比对,将从GenBank检索获得的11个最相似物种的18SrDNA序列连同3个不同桑黄菌株的18SrDNA序列一起用于系统发育分析。结果 3个桑黄菌株的18SrDNA序列长度为桦桑1294bp,桑-s1337bp,桑转1289bp。结论其中2个桑黄菌株桑-s和桦桑与鲍氏针层孔菌(Inonotus baumii)聚在一起,相似性分别为99.8%和99.9%。

18SrDNA序列分析鉴定棕囊藻香港株P_2为球形棕囊藻

有毒赤潮原因种棕囊藻(Phaeocystis sp.)生活史复杂,且形体微小,缺乏明确可靠的分类标准。1997、1999年中国东南沿海发生两次棕囊藻赤潮,但目前种的鉴定仍存在混乱。本文测定了香港海域一株棕囊藻赤潮原因种P_2的18S rDNA部分核苷酸序列,序列长度为650 bp,并对其进行了分子鉴定,结果表明其为球形棕囊藻(P.globosa)。

蒜芥茄染色体5 SrDNA、18 SrDNA和端粒序列位点检测及其核型分析

本研究以蒜芥茄为试验材料,取其根尖进行染色体制片,基于端粒保守重复序列、5 SrDNA和18 SrDNA为探针进行荧光原位杂交,观察探针在染色体上标记的位置和信号的强弱,应用染色体核型分析软件进行图像采集和染色体长度的测量分析。结果表明,蒜芥茄的核型公式为2 n=2 x=24=24 m(2 SAT),染色体上各有一对5 SrDNA、18 SrDNA位点,端粒序列(TTTAGGG)位于染色体的两端。蒜芥茄为二倍体,染色体臂比值在1.05~1.48之间,为中部着丝粒染色体(m),最长染色体与最短染色体之比为1.42,核型不对称系数为54.73%,属于较原始的1 A型。

南沙群岛珊瑚礁区黑斑鹦嘴鱼(Scarus globiceps)食性分析

鹦嘴鱼科(Scaridae)鱼类参与珊瑚礁生态系统诸多关键生态过程,在维持珊瑚礁生态系统稳定与平衡中发挥着重要作用。由于以往研究手段的限制,对鹦嘴鱼的食物来源及生态功能价值认识不足,在其功能定位方面存在较多争议。本研究选择珊瑚分布的典型区域—南沙群岛中的东门礁和南薰礁为研究海域,对该海域鹦嘴鱼优势种类黑斑鹦嘴鱼(Scarus globiceps)摄食的藻类多样性进行全面分析。通过18S rDNA和16S rDNA多基因条形码技术,分别对黑斑鹦嘴鱼肠含物的真核藻类和原核藻类DNA进行高通量测序分析。18S rDNA的测序结果发现,黑斑鹦嘴鱼类的肠含物中真核藻类以甲藻(Dinoflagellata)、红藻(Rhodophyta)、绿藻(Chlorophyta)、褐藻(Ochrophyta)为主,共计77个OTU(operational taxonomic units)。甲藻相对序列丰度和多样性较高,序列比例占真核藻类序列总数的51.42%,其中网甲藻科(Suessiaceae)OTU_5在东门礁和南薰礁的样品中均超过20%。16S rDNA测序鉴定发现肠含物含有原核藻类(蓝藻)的序列,共计21个OTU,其中以念珠藻目(Nostocales)的相对序列丰度最高,达到39.33%。本研究表明,黑斑鹦嘴鱼在摄食过程中会摄入一定量大型藻类,但微藻(甲藻)序列占据优势地位,蓝藻在肠含物中也有较高的检出率,说明需要重新考虑微藻(甲藻和蓝藻)在鹦嘴鱼食源中的重要贡献以及对珊瑚礁生态系统结构与功能的影响。

棉铃虫18S核糖体RNA基因的序列分析及其分子系统学

克隆并分析了鳞翅目棉铃虫 Ｈｅｌｉｃｏｖｅｒｐａ ａｒ ｍｉｇｅｒａ （ Ｈüｂｎｅｒ） １８ Ｓ 核糖体 Ｒ Ｎ Ａ 基因 （１８ Ｓｒ Ｄ Ｎ Ａ） 的全序列， 将该序列与鞘翅目、膜翅目、同翅目、双翅目、捻翅目和弹尾目各一种昆虫的同源保守区进行了比较。序列分析结果显示： 鳞翅目和双翅目昆虫在１８ Ｓｒ Ｄ Ｎ Ａ 结构上彼此较为相似， 捻翅目昆虫的１８ Ｓｒ Ｄ Ｎ Ａ 分子结构表现出与其它目昆虫有较大的差异， 但相对与弹尾目昆虫的１８ Ｓｒ Ｄ Ｎ Ａ 较为接近。该结果支持了有关捻翅目属于一个独立的目级分类阶元的论点。

猪白介素-18基因的克隆及其序列分析

通过对猪PBMC刺激诱导 ,提取总RNA ,然后采用RT PCR技术克隆了猪白介素 18(pIL 18)基因。序列分析结果表明 ,克隆的 pIL 18基因序列与GenBank上登录的 pIL 18基因序列完全一致 ,与其他各物种的IL 18基因间具有较大的种属差异性。该基因在国内的成功克隆为IL

新疆艾比湖中度嗜盐菌A6的16SrDNA分析

从新疆艾比湖分离得到中度嗜盐菌A6,该菌能够在0%~20%NaCl的条件下生长,为有芽孢的杆状菌。采用真细菌16SrDNA通用引物PCR扩增A6菌株的16SrDNA,得到的片段长度为1512bp。使用NCBI^Blast软件在Gen-bank数据库中对其进行同源性检索,A6的16SrDNA序列与多种地衣芽孢杆菌16SrDNA序列同源性高达99%。使用MEGA3.1软件构建系统发育树,A6菌株与地衣芽孢杆菌的亲缘关系最近。由此判断A6菌株属于芽胞杆菌属。结合生理生化分析及对A6菌株的甜菜碱醛脱氢酶基因和Ⅲ型乙醇脱氢酶基因的序列同源性分析,初步确定A6菌株有可能是地衣芽胞杆菌的1个新种。

前沟藻18S rDNA序列克隆和分子鉴定分析

旨在扩增一株未知微藻18S rDNA,并进行序列分析和物种鉴定分析。提取该微藻总DNA,用PCR技术扩增其18S rDNA,对序列进行测序,在GenBank进行序列比对分析,用Clustal X软件构建进化树;用光学显微镜进行形态学分析。经测序其序列长度为1 736 bp,G+C为47%;同源性分析表明,与GenBank中多个强壮前沟藻种的18S rDNA基因序列同源性达99%;与前沟藻属的其它藻种同源性均达95%以上。而与裸甲藻属和环藻属的藻株同源性为85%左右。经光学显微镜观察,该藻具有典型的强壮前沟藻形态。结合该藻18S rDNA序列分析和粗略的形态学分析,推断该藻可能为前沟藻属的强壮前沟藻。微藻形体微小,结构简单,需借助电子显微镜才可准确地从形态学上鉴定其种属,鉴定工作繁琐费时;而利用分子技术,则可能使鉴定工作变得简单快捷。

大型艾美耳球虫18S rDNA部分序列测定与系统发育分析

从河北某兔场分离大型艾美耳球虫卵囊,CTAB法提取基因组DNA。利用艾美耳属球虫18S rDNA保守引物,PCR扩增大型艾美耳球虫18S rDNA片段,产物纯化后测序。将测得的序列用DNAStar软件分析并与GenBank中公布的11种兔球虫的相应序列进行同源性比较,绘制系统进化树。结果表明,扩增出大小约为1522bp的18S rDNA片段,序列分析显示河北株大型艾美耳球虫18S rDNA与GenBank公布的大型艾美耳球虫18S rDNA比对,同源性达99.6%;与国外的11种兔球虫相应序列同源性在92.4%～99.6%之间。

红毛菜rbcL和18S rDNA基因的序列比较及其系统进化分析

对山西娘子关(SN)、兰州五泉山(LW)、兰州兴隆山(LX)3个淡水红毛菜(暗紫红毛菜)及江苏海门(JH)、浙江南麂岛(ZN)海水红毛菜的rbc L和18S r DNA区进行PCR扩增和序列分析。结果表明,rbc L、18S r DNA基因片段的A+T平均含量分别为61.6%、52.1%,且A+T含量均高于G+C含量;长度为1 455 bp的rbc L基因片段突变率为14.09%,长度为1 780 bp左右的18S r DNA基因片段突变率为11.85%,说明rbc L基因比18S r DNA基因具有更大的变异度。基于rbc L基因序列的分析结果显示,紫菜与红毛菜形成2个独立分支,样品中3个淡水红毛菜与国外其他地区的淡水红毛菜以100%置信度聚类在一起,与海水红毛菜形成明显的2个分支,表明淡水和海水红毛菜为2个独立存在的种群;18S r DNA基因序列分析结果显示,淡水与海水红毛菜间的遗传距离(0.118~0.122)大于红毛菜与紫菜间的遗传距离(0.066~0.117),且海水红毛菜与紫菜聚为一大支,与经典分类结果不同。本研究为我国红毛菜物种的亲缘关系鉴别和系统分类积累了基础资料。

犬白细胞介素18基因的克隆与序列分析

为研究犬白细胞介素18(IL-18)的生物学功能,从犬外周血中分离白细胞,经Con A刺激后,提取总RNA,通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增犬IL-18基因,连接pMD19-T simple vector,转化DH5α感受态细胞,经双酶切鉴定,获得阳性重组质粒后进行序列分析。结果表明,获得的犬IL-18基因全长为582bp,编码氨基酸194个。将犬与GenBank中牛、猫、羊、猪、鼠、兔、狐、貉IL-18基因进行同源性比较,发现犬IL-18与红狐和貉IL-18的同源性最高,氨基酸序列同源性分别达96.4%、91.2%,与其他物种则存在较大种属差异。

三种稻飞虱体内类酵母共生菌18S rDNA和ITS-5.8S rDNA序列克隆及进化分析

为研究水稻3种主要害虫灰飞虱Laodelphax striatellus、褐飞虱Nilaparvata lugens和白背飞虱Sogatella furcifera体内类酵母共生菌(yeast-like symbiotes,YLS)的种属地位及与寄主的进化关系,测定了其体内YLS的18S rDNA及ITS-5.8Sr DNA的全长序列。基于3种稻飞虱体内YLS的18SrDNA序列比对表明,褐飞虱YLS和白背飞虱YLS的一致性比其与灰飞虱YLS的高(褐飞虱YLS和白背飞虱YLS为98.91%,灰飞虱YLS和褐飞虱YLS为95.74%,灰飞虱YLS和白背飞虱YLS为96.02%),而基于ITS-5.8SrDNA序列比对,灰飞虱YLS和白背飞虱YLS的一致性比其与褐飞虱YLS的要高(白背飞虱YLS和灰飞虱YLS为99.57%,灰飞虱YLS和褐飞虱YLS为91.91%,白背飞虱YLS和褐飞虱YLS为90.46%)。基于真菌18SrDNA和ITS-5.8SrDNA的系统发育树均表明,3种稻飞虱体内YLS与其他已知真菌进化关系较远。本研究证实了昆虫真菌类共生菌与寄主形成了长期的进化关系,从而形成了不同于已知真菌的分类地位。

西藏拟溞Daphniopsis tibetana核糖体18S和ITS2序列克隆及进化分析

利用PCR反应扩增出西藏拟溞Daphniopsis tibetana核糖体18S和转录间隔区II (ITS2)片段,经克隆测序后获得其序列,在此基础上研究西藏拟溞分类进化地位。西藏拟溞18S rDNA序列长2296 bp,A、T(U)、G、C含量分别为21.2%、24.4%、29.8%和24.6%; ITS2序列长度平均为1229 bp,A、T(U)、G、C含量平均为28.3%、23.5%、25.5%及22.7%。采用最大似然法(ML)构建的18S rDNA系统进化树显示,西藏拟溞D.tibetana和方角拟溞D.quadrangula亲缘关系最近,在进化树上聚集在同一分支;和溞属的大型溞Daphnia magna在不同分支上,该结果再次证明了西藏拟溞在分类上应归属于拟溞属。与18S rDNA相比,西藏拟溞ITS2序列存在个体间碱基及长度差异,与同科异属物种之间差异更大。获得的西藏拟溞18S rDNA、ITS2序列,为该种进一步的分子水平研究提供了基础数据。

荷叶离褶伞遗传差异性分析及菌丝形态鉴定

【目的】比较荷叶离褶伞(Lyophyllum decastes,Lyd)外地引进菌株与本地栽培菌株的遗传差异性和菌丝形态特征,为荷叶离褶伞选育提供参考。【方法】以真菌18S rRNA(V4)和ITS(ITS1–ITS4)(18S rRNA-ITS)序列对外地引进和本地栽培的荷叶离褶伞进行序列同源性分析、多重序列比对和构建系统发育进化树,通过分析碱基序列突变和遗传距离远近明确荷叶离褶伞菌株间的亲缘关系,并通过菌丝体生长及形态变化确定荷叶离褶伞的遗传学差异。【结果】18S rRNA-ITS序列比对结果显示,外地荷叶离褶伞菌株(Lyd-LR1、Lyd-LR6、Lyd-LR10、LydLR15和Lyd-LR17)发生较高比例的碱基缺失和碱基替换突变,且ITS序列同源性下降至80.09%~89.72%;LydLR1和Lyd-LR6菌株的碱基突变比例高于Lyd-LR10、Lyd-LR15和Lyd-LR17以及福建本地栽培菌株(Lyd-LRX和LydLRY)。进化树分析结果进一步显示,Lyd-LR1和Lyd-LR6与Lyd-LR10、 Lyd-LR15、 Lyd-LR17、 Lyd-LRX、 LydLRY以及NCBI已经登录的部分荷叶离褶伞或离褶伞(Lyophyllum,Ly)菌株有较远的遗传距离和亲缘关系。LydLR1梭子状菌丝生长较慢且不规则生长,菌丝体呈松散放射状;Lyd-LR6凹陷状菌丝生长较快且明显聚合生长,菌丝体呈平铺状且边缘厚度较高。Lyd-LR1和Lyd-LR6菌株的菌丝体生长速度和菌丝形态均不同于Lyd-LR10、LydLR15、Lyd-LR17、Lyd-LRX、Lyd-LRY菌株圆柱形饱满的菌丝和厚度高生长快的突起状菌丝体。而与Lyd-LR1菌株相比,Lyd-LR6菌株的碱基序列突变位置、碱基突变比例和菌丝形态发生的变化更明显。【结论】外地荷叶离褶伞菌株Lyd-LR6的基因序列碱基突变位置(碱基替换和碱基缺失)、18S rRNA-ITS序列同源性和种属亲缘关系明显区别于其他外地及本地的荷叶离褶伞菌株。高比例的基因序列碱基突变造成Lyd-LR6菌株的菌丝体生长速度和菌丝形态发生明显改变,可作为选育荷叶离褶伞新菌株的材料。

2株间日疟原虫18SrDNA的克隆及其同源性分析

目的克隆间日疟原虫河南分离株与湖北分离株红内期18SrDNA，并进行同源性分析。方法采用PCR方法从间日疟患者血样DNA中扩增间日疟原虫18SrDNA，纯化后与pGEM．Teasy质粒连接，转化大肠埃希氏菌JMl09；阳性克隆质粒经双酶切鉴定后，进行序列测定，采用BLAST和MEGA4生物软件分析同源性。结果间日疟原虫18SrDNA扩增片段大小为998bp：阳性克隆重组质粒经双酶切鉴定，与预期结果相符；序列测定结果显示，河南、湖北2分离株间日疟原虫18SrDNA序列完全相同．与GenBank中报道的12株间日疟原虫相同序列进行比对，其同源性均大于99％：用邻位连接法（neigh—bor-joining，NJ）和非加权组平均法（UPGMA）2种方法构建系统发生树发现，河南分离株、湖北分离株与间日疟原虫X13926．1株遗传距离小．同属一个分支。结论克隆了间日疟原虫河南与湖北分离株红内期18SrDNA，该基因序列在不同地理株间遗传稳定。

普洱茶发酵过程中真菌群落结构的变化分析

该文通过变性剂法提取普洱茶样品中微生物的基因组DNA作为模板,以真菌的通用引物扩增18S rDNA的NS31/Glol区,再将PCR产物用变性梯度凝胶电泳进行分析,通过对DGGE图谱的统计分析和18S rDNA序列分析研究普洱茶发酵过程中真菌群落结构的组成和演变规律。研究结果表明:普洱茶不同发酵阶段的真菌多样性呈现出一定差异和变化趋势,黑曲霉(Aspergillus niger)在整个发酵过程中占有优势地位,此外还包括酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)和光孢青霉(Penicillium glabrum)。

利用16S rDNA部分序列聚类分析鉴定乳球菌

在表型鉴定的基础上,应用已发表的16S rDNA序列设计引物,扩增L.sp.F001菌株16S rDNA基因,并进行测序,将结果与同属及非同属的乳酸菌进行同源性比较。结果表明,L.sp.F001菌株与同属的乳酸乳球菌同源性为99%以上,尤其与乳酸乳球菌叶蝉亚种NC-DO 2181T同源性为100%,与不同属的肉明串珠菌、漫游球菌、嗜盐四联球菌同源性分别为77.0%,82.1%,78.2%。结论:菌株L.sp.F001为乳酸乳球菌。

林芝地区羊蜱蝇的形态学及分子鉴定

为了鉴定西藏林芝地区绵羊外寄生虫的种属类型,采集林芝地区羊蜱蝇成虫30只、蛹5只,通过形态学作初步鉴定,同时基于18S rRNA序列的PCR方法进行分子鉴定,获得18S rRNA基因序列进行Blast相似性搜索,应用MegAlign和MEGA 7.0软件完成同源性分析及种系发育分析。结果显示:虫体18S rRNA序列与中国新疆2016年上传的羊蜱蝇序列同源性达99.5%~99.9%,差异性在0.1%~0.5%之间;进化树显示与蜱蝇属、羊蜱蝇18S rRNA基因序列聚类。研究表明林芝地区绵羊感染的外寄生虫是羊蜱蝇。

蘑菇基肥中真菌多样性的研究

应用 18SrDNA同源性分析和常规微生物培养方法 ,对蘑菇基肥中的真菌种群进行了研究 .采用纯培养技术分离基肥中的真菌 ,机械破壁法提取分离真菌总DNA ,真菌特异引物对EF4 /EF3扩增18SrDNA ,并进行测序及序列相似性比较 ,结果表明 :纯培养技术分离自基肥中的真菌种属较少 ,从 11株分离菌中只鉴定获得 2株不同真菌Chaetomiumelatum和Penicilliumexpansum .18SrDNA部分片段 2次聚合酶链反应 (PCR)扩增及温度梯度凝胶电泳 (TGGE)分析结果表明 :不同时间取自同一地点的原始蘑菇基肥样本中的真菌种群结构要比纯培养技术的分析结果复杂得多 .研究结果表明 。